Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,089,065 | C→G | 7.0% | G44G (GGC→GGG) | kdgD → | 5‑dehydro‑4‑deoxyglucarate dehydratase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,089,065 | 0 | C | G | 7.0% | 177.7 / 3.9 | 57 | G44G (GGC→GGG) | kdgD | 5‑dehydro‑4‑deoxyglucarate dehydratase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (27/26); new base G (2/2); total (29/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.78e-01 |
GATGCCAACAACAATGAATCCACAAGAACTCAAATCCATCCTCTCCCACGGCCTGCTGTCTTTCCCGGTCACCGACTTCAATGCCCAGGGCGACTTCAACCCGGCTGGCTACATCAAGCGCCTTGAGTGGCTGGCCCCCTACGGCGCCAGCGCGCTGTTCGCCGCTGGCGGTACAGGTGAATTCTTCTCCCTGGCCGCCAGCGAATACAGCCAGGTGATCAAGACCGCGGTCGACACCTGCGCCACTTCGGTGCCGATCCTCGCCGGTGTCGGTGGCTCCACCCGTCAGG > NC_002947/4088921‑4089210 | gATGCCAACAACAATGAATCCACAAGAACTCAAATCCATCCTCTCCCACGGCCTGCTGTCTTTCCCGGACACCGACTTCAATGCCCAGGGCGCCTTCAACCCGGCTGGCAACAACAAGCCCCTTGAGTGGCTGGCCCCATACGGCGCCa > 2:236605/1‑149 (MQ=255) gATGCCAACAACAATGAATCCACAAGAACTCAAATCCATCCTCTCACACGGCCTGCTGTCTTTCCCGGTCACCGACTTCAATGCCCAGGGCGACTGCAACACGGCTGGCTACATAAAGCGCCTTGATTGGCTGGCCCCATACGgcgc > 4:76484/1‑147 (MQ=255) caacaacaaTGAATCCACAAGAACTCAAATCCATCCTCTCCCACGGCCTGCTGTCTTTCCCGGTCACCGACTTCAATGCCCAGGGCGACTTCAACCCGGCTGGCTACATCAAGCGCCTTGAGTGGCTGGCCCCCTACGGCGCCAgcgcg < 6:96563/149‑1 (MQ=255) caaTGAATCCACAAGAACTCAAATCCATCCTCTCCCACGGCCTGCTGTCTTTCCCGGTCACCGACTTCAATGCCCAGGGCGACTTCAACCCGGCTGGCTACATCAAGCGCCTTGAGTGGCTGGCCCCCTACGGCGCCAGCGCGCTGTTc < 7:106742/149‑1 (MQ=255) aaTGAATCCACAAGAACTCAAATCCATCCTCTCCAACGGCCTGCTGTCTTTCCCGGTCACCGAATTCAATGCCCAGGGCGACTTCAACCCGGCTGGCTACATCAAGAGCCTTGAGTGGCTGGCCCCCTACGGCGCCAGCGCGCTGTTcg > 7:27857/1‑149 (MQ=255) acaAGAACTCAAATCCATCCTCTCCCACGGCCTGCTGTCTTTCCCGGTCACCGACTTCAATGCCCAGGGCGACTTCAACCCGGCTGGCTACATCAAGCGCCTTGAGTGGCTGGCCCCCTACGGCGCCAGCGCGCt > 8:214652/1‑135 (MQ=255) acaAGAACTCAAATCCATCCTCTCCCACGGCCTGCTGTCTTTCCCGGTCACCGACTTCAATGCCCAGGGCGACTTCAACCCGGCTGGCTACATCAAGCGCCTTGAGTGGCTGGCCCCCTACGGCGCCAGCGCGCt < 7:214652/135‑1 (MQ=255) acaAGAACTCAAATCCATCCTCTCCCACGGCCTGCTGTCTTTCCCGGTCACCGACTTCAATGCCCAGGGCGACTTCAACCCGGCTGGCTACATCAAGCGCCTTGAGTGGCTGGCCCCCTACGGCGCCAGCGCGCTGTTCGCCGCTGGCg > 2:319732/1‑149 (MQ=255) acaAGAACTCAAATCCATCCTCTCCCACGGCCTGCTGTCTTTCCCGGTCACCGACTTCAATGCCCAGGGCGACTTCAACCCGGCTGGCTACATCAAGCGCCTTGAGTGGCTGGCCCCCTACGGCGCCAGCGCGCTGTTCGCCGCTGGCg > 5:55364/1‑149 (MQ=255) caAGAACTCAAATCCATCCTCTCCCACGGCGTGCTGTCTTTCCCGGTCACCGACTTCAATGCCCAGGGCGACTTCAACCCGGCTGGCTACATCAAGCGCCTTGAGTGGCTGGCCCCCTACGGCGCCAGCGCGCTGTTCGCCGCTGGCgg < 2:231600/149‑1 (MQ=255) gAACTCAAATCCATCCTCTCCCACGGCCTGCTGTCTTTCCCGGTCACCGACTTCAATGCCCAGGGCGACTTCAACCCGGCTGGCTACATCAAGCGCCTTGAGTGGCTGGCCCCCTACGGCGCCAGCGCGCTGTTCGCCGCTGGCGGTa > 1:174660/1‑148 (MQ=255) aaaTCCATCCTCTCCCCCGGCCGGCTGTCTTTCCCGGTCACCGACTTCAATGCCCAGGGCGACTTCAACCCGGCTGGCTACATCAAGCGCCTTGAGTGGCTGGCCCCCTACGGCGCCAGCGCGCTGTTCGCCGCTGGCGGTACAGGt < 3:76484/147‑1 (MQ=255) aaTCCATCCTCTCCCACGGCCTGCTGTCTTTCCCGGTCACCGACTTCAATGCCCAGGGCGACTTCAACCCGGCTGGCTACATCAAGCGCCTTGAGTGGCTGGCCCCCTACGGCGCCAGCGCGCTGTTCGCCGCTGGCGGTACAGGTGaa < 1:360713/149‑1 (MQ=255) atccTCTCCCACGGCCTGCTGTCTTTCCCGGTCACCGACTTCAATGCCCAGGGCGACTTCAACCCGGCTGGCTACATCAAGCGCCTTGAGTGGCTGGCCCCCTACGGCGCCAGCGCGCGGTTCGCCGCTGGCGGTACAGGTGAAttctt > 8:207488/1‑149 (MQ=255) ccACGGCCTGCTGTCTTTCCCGGTCACCGACTTCAATGCCCAGGGCGACGTCAACCCGGCTGGCTACATCAAGCGCCTTGAGTGGCTGGCCCCCTACGGCGCCAGCGCGCTGTTCGCCGCTGGCGGTACAGGTGAATTCTTCTCCCTg < 2:183932/148‑1 (MQ=255) ccACGGCCTGCTGTCTTTCCCGGTCACCGACTTCAAAGCCCAGGGCGACTTCAACCCGGCTGGCTACATCAAGCGCCTTGAGTGGCTGGCCCCCTACGGCGCCAGCGCGCTCTTCGCCGCTGGCGGTACAGGTAAATTCTTCTCACTgg > 2:252042/1‑149 (MQ=255) ctgctgTCTTTCCCGGTCACCGACTTCAATGCCCAGGGCGACTTCAACCCGGCTGGCTACATCAAGCGCCTTGAGTGGCTGGCCCCCTACGGCGCCAGCGCGCTGTTCGCCGCTGGCGGTACAGGTGAATTCTTCTCCCTGGCCGCCAg < 1:22467/149‑1 (MQ=255) tgctgTCTTTCCCGGTCACCGACTTCAATGCCCAGGGCGACTTCAACCCGGCTGGCTACATCAAGCGCCTTGAGTGGCTGGCCCCCTACGGCGCCAGCGCGCTGTTCGCCGCTGGCGGTACAGGTGAATTCTTCTCCCTGGCCGCCAGc > 6:132430/1‑149 (MQ=255) tCTTTCCCGGTCACCGACTTCAATGCCCAGGGCGACTTCAACCCGGCTGGCTACATCAAGCGCCTTGAGTGGCTGGCCCCCTACGGCGCCAGCGCGCTGTTCGCCGCTGGCGGTACAGGTGAATTCTTCTCCCTGGCCGCCAGCGAAt < 2:96401/148‑1 (MQ=255) tttCCCGGTCACCGACTTCAATGCCCAGGGCGACTTCAACCCGGCTGGCTACATCAAGCGCCTTGAGTGGCTGGCCCCCTACGGCGCCAGCGCGCTGTTCGCCGCTGGCGGTa < 6:286008/113‑1 (MQ=255) tttCCCGGTCACCGACTTCAATGCCCAGGGCGACTTCAACCCGGCTGGCTACATCAAGCGCCTTGAGTGGCTGGCCCCCTACGGCGCCAGCGCGCTGTTCGCCGCTGGCGGTa > 5:286008/1‑113 (MQ=255) ttCCCGGTCACCGACTTCAATGCCCAGGGCGACTTCAACCCGGCTGGCTACATCAAGCGCCTTGAGTGGCTGCCCCCCTACGGCGCCAGCGCGCTGTTCGCCGCTGGCGGTACAGGTGAATTCTTCTCCCTGGCCGCCAGCGAATACAg > 8:6318/1‑149 (MQ=255) tCCCGGTCACCGACTTCAATGCCCAGGGCGACTTCAACCCGGCTGGCTACATCAATCGCCTTGAGTGGCTGGCCCCCTACGGCGCCAGCGCGCTGTTCGCCGCTGGCGGTACAGGTGAATTCTTCTCCCTGGCCGCCAGCGAATACa < 6:32452/147‑1 (MQ=255) tCCCGGTCACCGACTTCAATGCCCAGGGCGACTTCAACCCGGCTGGCTACATCAAGCGCCTTGAGTGGCTGGCCCCCTACGGCGCCAGCGCGCTGTTCGCCGCTGGCGGTACAGGTGAATTCTTCTCCCTGGCCGCCAGCGAATACa < 3:338006/147‑1 (MQ=255) tCCCGGTCACCGACTTCAATGCCCAGGGCGACTTCAACCCGGCTGGCTACATCAAGCGCCTTGAGTGGCTGGCCCCCTACGGCGCCAGCGCGCTGTTCGCCGCTGGCGGTACAGGTGAATTCTTCTCCCTGGCCGCCAGCGAATACAg < 8:27857/148‑1 (MQ=255) gggTCACCGACTTCAATGCCCAGGGCGACTTCAACCCGGCTGGCTACATCTAGCGCCTTGAGTGGCTGGCCCCCTACGGCGCCAGCGCGCTGTTCGCCGCTGGCGGTACAGGGGAATTCTTCTCCCTGGCCGCCAGCGAATACAGCCAg < 1:236605/148‑1 (MQ=255) gTCACCGACTTCAATGCCCAGGGCGACTTCAACCCGGCTGGCTACATCAAGCGCCTTGAGTGGCTGCCCCCCTACGGCGCCAGCGCGCTGTTCGCCGCTGGCGGTACAGGTGAATTCTTCTCCCTGGCCGCCAGCGAATACAGCCAGGt < 7:6318/149‑1 (MQ=255) acggtcTTCAAAGGCCAGGGCGACTTCAACGCGGCTGGCTACATCAAGCGCCTTGAGTGGCTGGCCCCCTACGGCGCCAGAGCGCTGTTCGCAGCTGGCGGTACAGGTGAATTCTTCTCCCTGGCCGCCAGCGAATACAGCCAGGTGAt < 1:252042/144‑1 (MQ=255) cGACTTCAATGCCCAGGGCGACTTCAACCCGGCTGGCTACATCAAGCGCCTTGAGTGGCTGGCCCCCTACGGCGCCAGCGCGCTGTTCGCCGCTGGCGGTACAGGTGAATTCTTCTCCCTGGCCGCCAGCGAATACAGCCAGGTGATc > 1:122809/1‑148 (MQ=255) aCTTCAATGCCCAGGGCGACTTCAACCCGGCTGGCTACATCAAGCGCCTTGAGTGGCTGGCCCCCTACGGCGCCAGCGCGCTGTTCGCCGCTGGCGGTACAGGTGAATTCTTCTCCCTGGCCGCCAGCGAATACAGCCAGGTgtcgacc > 3:253372/1‑143 (MQ=255) aCTTCAATGCCCAGGGCGACTTCAACCCGGCTGGCTACATCAAGCGCCTTGAGTGGCTGGCCCCCTACGGCGCCAGCCCGCTGGTCGCCGCTGGCGGTACAGGTGAAATCTTCTCCCTGCCCGCCAGCGAATACAGCCAGGAGATc > 5:118715/1‑146 (MQ=255) cAATGCCCAGGGCGACTTCAACCCGGCTGGCTACATCAAGCGCCTTGAGTGGCTGGCCCCCTACGGCGCCAGCGCGCTGTTCGCCGCTGGCGGTACAGGTGAATTCTTCTCCCTGGCCGCCAGCGAATACAg < 6:246409/132‑1 (MQ=255) cAATGCCCAGGGCGACTTCAACCCGGCTGGCTACATCAAGCGCCTTGAGTGGCTGGCCCCCTACGGCGCCAGCGCGCTGTTCGCCGCTGGCGGTACAGGTGAATTCTTCTCCCTGGCCGCCAGCGAATACAg > 5:246409/1‑132 (MQ=255) cGACTTCAACCCGGCTGGCTACATCAAGCGCCTTGAGTGGCTGGCCCCCTACGGCGCCAGCGCGCTGTTCGCCGCTGGCGGTACAGGTGAATTCTTCTCCCTGGCCGCCAGCGAATACAGCCAGGTGATCAAGACCGCGGTCGACACCt < 1:319732/149‑1 (MQ=255) aCTTCAACCCGGCTGGCTACATCAAGCGCCTTGAGTGGCTGGCCCCCTACGGCGCCAGCGCGCGGTTCGCCGCTGGCGGTACAGGTGAATTCTTCTCCCTGGCCGCCAGCGAATACAGCCAGGTGATCAAGACCGCGGTCGACACCTgc < 7:207488/149‑1 (MQ=255) aaCCCGGCTGGCTACATCAAGCGCCTTGAGTGGCTGGCCCCCTACGGCGCCAGCGCGCTGTTCGCCGCTGGCGGTACAGGTGAATTCTTCTCCCTGGCCGCCAGCGAATACAGCCAGGTGATCAAGACCGCGGTCGACACCTGCGCCAc > 6:129727/1‑149 (MQ=255) cccGGCTGGCTACATCAAGCGCCTTGAGTGGCTGGCCCCCTACGGCGCCAGCGCGCTGTTCGCCGCTGGCGGTACAGGTGAATTCTTCTCCCTGGCCGCCAGCGAATACAGCCAGGTGATCAAGACCGCGGTCGACACCTGCGCCACtt < 5:107581/149‑1 (MQ=255) gctACATCAAGCGCCTTGAGTGGCTGGCCCCCTACGGCGCCAGCGCGCTGTTCGCCGCTGGCGGTACAGGTGAATTCTTCTCCCTGGCCGCCAGCGAATACAGCCAGGTGATCAAGACCGCGGTCGACACCTGCGCCACTTCGGTGc < 2:174660/147‑1 (MQ=255) tACATCAAGCGCCTTGAGTGGCTGGCCCCCTACGGCGCCAGCGCGCTGTTCGCCGCTGGCGGTACAGGTGAATTCTTCTCCCTGGCCGCCAGCGAATACAGCCAGGTGATCAAGACCGCGGTCGACACCTGCGCCACTTCGGTGCCGAt > 6:163469/1‑149 (MQ=255) tCAAGCGCCTTGAGTGGCTGGCCCCCTACGGCGCCAGCGCGCTGTTCGCCGCTGGCGGTACAGGTGAATTCTTCTCCCTGGCCGCCAGCGAATACAGCCAGGTGATCAAGACCGCGGTCGACACCTGCGCCACTTCGGTGCCGATCCTc < 2:122809/149‑1 (MQ=255) ccTTGAGTGGCTGGCCCCCTACGGCGCCAGCGCGCTGTTCGCCGCTGGCGGTACAGGTGAATTCTTCTCCCTGGCCGCCAGCGAATACAGCCAGGTGATCAAGACCGCGGTCGACACCTGCGCCACTTCGGTGCCGATCCTCGCCGgtg > 4:110425/1‑149 (MQ=255) cTTGAGTGGCTGGCCCCCTACGGCGCCGGCGCGCTGTTCGCCGCTGGCGGTACAGGTGAATTCTTCTCCCTGGCCGCCAGCGAATACAGCCAGGTGATCAAGACCGCGGTCGACACCTGCGCCACTTCGGTGCCGATCCTCGCCGgtgt > 2:306273/1‑149 (MQ=255) ttGAGTGGCTGGCCCCCTACGGCGCCAGCGCGCTGTTCGCCGCTGGCGGTACAGGTGAATTCTTCTCCCTGgcc < 7:309401/74‑1 (MQ=255) ttGAGTGGCTGGCCCCCTACGGCGCCAGCGCGCTGTTCGCCGCTGGCGGTACAGGTGAATTCTTCTCCCTGgcc > 8:309401/1‑74 (MQ=255) gcgcgctggcGCCGTAGGGGGCCAGCGCGCTGTTCGCCGCTGGCGGTACAGGTGAATTCTTCTCCCTGGCCGCCAGCGAATACAGCCAGGTGATCAAGACCGCGGTCGACACCTGCGCCACTTCGGTGCCGATCCTCGCCGGTGTCGGt > 6:192584/5‑149 (MQ=255) gcgcgctggcGCCGTAGGGGGCCAGCGCGCTGTTCGCCGCTGGCGGTACAGGTGAATTCTTCTCCCTGGCCGCCAGCGAATACAGCCAGGTGATCAAGACCGCGGTCGACACCTGCGCCACTTCGGTGCCGATCCTCGCCGGTGTCGGt < 5:192584/145‑1 (MQ=255) aGTGGCTGGCCCCCTACGGCGCCAGCGCGCTGTTCGCCGCTGGCGGTACAGGTGAATTCTTCTCCCTGGCCGCCAGCGAATACAGCCAGGTGATCAAGACCGCGGTc > 5:166877/1‑107 (MQ=255) aGTGGCTGGCCCCCTACGGCGCCAGCGCGCTGTTCGCCGCTGGCGGTACAGGTGAATTCTTCTCCCTGGCCGCCAGCGAATACAGCCAGGTGATCAAGACCGCGGTc < 6:166877/107‑1 (MQ=255) gcgctggcGCCGTAGGGGGCCAGCGCGCTGTTCGCCGCTGGCGGTACAGGTGAATTCTTCTCCCTGGCCGCCAGCGAATACAGCCAGGTGATCAAGACCGCGGTCGACACCTGCGCCACTTCGGTGCCGATCCTCGCCGGTGTCggg > 7:317788/3‑146 (MQ=255) gcgctggcGCCGTAGGGGGCCAGCGCGCTGTTCGCCGCTGGCGGTACAGGTGAATTCTTCTCCCTGGCCGCCAGCGAATACAGCCAGGTGATCAAGACCGCGGTCGACACCTGCGCCACTTCGGTGCCGATCCTCGCCGGTGTCGGt < 8:317788/145‑1 (MQ=255) ctggcCCCCTACGGCGCCAGCGCGCTGTTCGCCGCTGGCGGTACAGGTGAATTCTTCTCCCTGGCCGCCAGCGAATACAGCCAGGTGATCAAGACCGCTGTCGACACCTGCGCCACTTCGGTGCCGATCCTCGCCGGTGTCGGTGGCTc > 4:250008/1‑149 (MQ=255) ctggcCCCCTACGGCGCCAGCGCGCTGTTCGCCGCTGGCGGTACAGGTGAATTCTTCTCCCTGGCCGCCAGCGAATACAGCCAGGTGATCAAGACCGCGGTCGACACCTGCGCCACTTCGGTGCCGATCCTCGCCGGTGTCGGTGGCTc > 4:245323/1‑149 (MQ=255) tggcCCCCTACGGCGCCAGCGCGCTGTTCGCCGCTGGCGGTACAGGTGAATTCTTCTCCCTGGCCGCCAGCGAATACAGCCAGGTGATCAAGACCGCGGTCGACACCTGCGCCACTTCGGTGCCGATCCTCGCCg > 3:252603/1‑135 (MQ=255) tggcCCCCTACGGCGCCAGCGCGCTGTTCGCCGCTGGCGGTACAGGTGAATTCTTCTCCCTGGCCGCCAGCGAATACAGCCAGGTGATCAAGACCGCGGTCGACACCTGCGCCACTTCGGTGCCGATCCTCGCCg < 4:252603/135‑1 (MQ=255) tggcCCCCTACGGCGCCAGCGCGCTGTTCGCCGCTGGCGGTACAGGTGAATTCTTCTCCCTGGCCGCCAGCGAATACAGCCAGGTGATCAAGACCGCGGTCGACACCTGCGCCACTTCGGTGCCGATCCTCGCCGGTGTCGGTGGCTc > 3:25855/1‑148 (MQ=255) gcCCCCTACGGCGCCAGCGCGCTGTTCGCCGCTGGCGGTACAGGTGAATTCTTCTCCCTGGCCGCCAGCGAATACAGCCAGGTGATCAAGACCGCGGTCGACACCTGCGCCACTTCGGTGCCGATCCTCGCCGGTGTCGGTGGCTcccc > 7:143041/1‑147 (MQ=255) cccccTACGGCGCCAGCGCGCTGTTCGCCGCTGGCGGTACAGGTGAATTCTTCTCCCTGGCCGCCAGCGAATACAGCCAGGTGATCAAGACCGCGGTCGACACCTGCGCCACTTCGGTGCCGATCCTCGCCGGTGTCGGTGGCTCCAcc > 5:60577/1‑149 (MQ=255) cGGCGCCAGCGCGCTGTTCGCCGCTGGCGGTACAGGTGAATTCTTCTCCCTGGCCGCCAGCGAATACAGCCAGGTGATCAAGACCGCGGTCGACACCTGCGCCACTTCGGTGCCGATCCTCGCCGGTGTCGGTGGCTCCACCCGTCAgg < 5:163469/149‑1 (MQ=255) | GATGCCAACAACAATGAATCCACAAGAACTCAAATCCATCCTCTCCCACGGCCTGCTGTCTTTCCCGGTCACCGACTTCAATGCCCAGGGCGACTTCAACCCGGCTGGCTACATCAAGCGCCTTGAGTGGCTGGCCCCCTACGGCGCCAGCGCGCTGTTCGCCGCTGGCGGTACAGGTGAATTCTTCTCCCTGGCCGCCAGCGAATACAGCCAGGTGATCAAGACCGCGGTCGACACCTGCGCCACTTCGGTGCCGATCCTCGCCGGTGTCGGTGGCTCCACCCGTCAGG > NC_002947/4088921‑4089210 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |