Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,126,201 | G→A | 8.0% | A387V (GCG→GTG) | opdT‑II ← | tyrosine‑specific outer membrane porin D |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,126,201 | 0 | G | A | 8.0% | 139.5 / 2.2 | 50 | A387V (GCG→GTG) | opdT‑II | tyrosine‑specific outer membrane porin D |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/22); new base A (2/2); total (26/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.06e-01 |
CGTCCAGATCCGACTCGAACGCCGTGGCCCGGGTGGTGGCCTGGCGAACCCGCAACGACAGGTCCTTGGCCGCGCCCGTCTGCACCACATACTTCACCTCGATGTCACGCTCCCAGCGTTTCTGGTCGGTCAGCGGGTTGCCCGCAACGTCACGGCGCATGTAGGTGGCGTTGGCATTGGAGTAGTCAGCATCGTTACCCTTGCCGTAGCGCGTCATGAACGACAACCCGGGTACGCCGTAGGCAGCCATGTTCAGGTCATAACGCAGCATCCACGAACGCTCCTTGGGC > NC_002947/4126058‑4126347 | cGTCCAGATCCGACTCGAACGCCGTGGCCCGGGTGGTGGCCTGGCGAACCCGCAACGACAGGTCCTTGGCCGCGCCCGTCTGCACCACATACTTCACCTCGATGTCACGCTCCCAGCGTTTCTGGTCGGTCAGCGGGTTGCCCGCAACg > 2:132172/1‑149 (MQ=255) cGACTCGAACGCCGTGGCCCGGGTGGTGGCCTGGCGAACCCGCAACGACAGGTCCTTGGCCGCGCCCGTCTGCACCACATACTTCACCTCGATGTCACGCTCCCAGCGTTTCTGGTCGGTCAGCGGGTTGCCCGCAACGTCACGgcgc < 2:311015/148‑1 (MQ=255) gACTCGAACGCCGTGGCCCGGGTGGTGGCCTGGCGAACCCGCAACGACAGGTCCTTGGCCGCGCCCGTCTGCACCACATACTTCACCTCGATGTCACGCTCCCAGCGTTTCTGGTCGGTCAGCGGGTTGCCCACAACGTCACGGCGCAt > 8:317071/1‑149 (MQ=255) tCGAACGCCGTGGCCCGGGTGGTGGCCTGGCGAACCCGCAACGACAGGTCCTTGGCCGCGCCCGTCTGCACCACATACTTCACCTCGATGTCACGCTCCCAGCGTTTCTGGTCGGTCAGCGGGTTGCCCGCAACGTCACGGCGCATg > 7:126940/1‑147 (MQ=255) aaCGCCGTGGCCCGGGTGGTGGCCTGGCGAACCCGCAACGACAGGTCCTTGGCCGCGCCCGTCTGCACCACATACTTCACCTCGATGTCACGCTCCCAGCGTTTCTGGTCGGTCAGCGGGTTGCCCGCAACGTCACGGCGCATGTAGGt > 2:360430/1‑149 (MQ=255) gTGGCCCGGGTGGTGGCCTGGCGAACCCGCAACGACAGGTCCTTGGCCGCGCCCGTCTGCACCACATACTTCACCTCGATGTCACGCTCCCAGCGTTTCTGGTCGGTCAGCGGGTTGCCCGCAACGTCACGGCGCATGTAGGTGGCGtt > 1:140678/1‑149 (MQ=255) gTGGCCCGGGTGGTGGCCTGGCGAACCCGCAACGACAGGTCCTTGGCCGCGCCCGTCTGCACCACATACTTCACCTCGATGTCACGCTCCCAGCGTTTCTGGTCGGTCAGCGGGTTGCCCGCAACGTCACGGCGCATGTAGGTGGCGtt < 1:334878/149‑1 (MQ=255) gCCCGGGTGGTGGCCTGGCGAACCCGCAACGACAGGTCCTTGGCCGCGCCCGTCTGCACCACATACTTCACCTCGATGTCACGCTCCCAGCGTTTCTGGTCGGTCAGCGGGTTGCCCGCAACGTCACGGCGCATGTAGGTGGCGTTg > 8:211113/1‑147 (MQ=255) gCCCGGGTGGTGGCCTGGCGAACCCGCAACGACAGGTCCTTGGCCGCGCCCGTCTGCACCACATACTTCACCTCGATGTCACGCTCCCAGCGTTTCTGGTCGGTCAGCGGGTTGCCCGCAACGTCACGGCGCATGTAGGTGGCGTTg < 7:211113/147‑1 (MQ=255) gggTGGTGGCCTGGCGAACCCGCAACGACAGGTCCTTGGCCGCGCCCGTCTGCACCACATACTTCACCTCGATGTCACGCTCCCAGCGTTTCTGGTCGGTCAGCGGGTTGCCCGCAACGTCACGGCGCATGTAGGTGGCGTTGGCATTg < 8:240247/149‑1 (MQ=255) gggTGGTGGCCTGGCGAACCCGCAACGACAGGTCCTTGGCCGCGCCCGTCTGCACCACATACTTCACCTCGATGTCACGCTCCCAGCGTTTCTGGTCGGTCAGCGGGTTGCCCGCAACGTCACGGCGCATGTAGGTGGCGTTGGCATTg < 8:155712/149‑1 (MQ=255) gtggtgGCCTGGCGAACCCGCAACGACAGGTCCTTGGCCGCGCCCGTCTGCACCACATACTTCACCTCGATGTCACGCTCCCAGCGTTTCTGGTCGGTCAGCGGGTTGCCCGCAACGTCACGGCGCATGTAGGTGGCGTTGGCATTGGa < 2:130161/149‑1 (MQ=255) tggtggCCTGGCGAACCCGCAACGACAGGTCCTTGGCCGCGCCCGTCTGCACCACATACTTCACCTCGATGTCACGCTCCCAGCGTTTCTGGTCGGTCAGCGGGTTGCCCGCAACGTCACGGCGCATGTAGGTGGCGTTGGCATTGGag < 4:223369/149‑1 (MQ=255) gAACCCGCAACGACAGGTCCTTGGCCGCGCCCGTCTGCACCACATACTTCACCTCGATGTCACGCTCCCAGCGTTTCTGGTCGGTCAGCGGGTTGCCCGCAACGTCACGGCGCATGTAGGTGGCGTTGGCATTGGAGTAGTCAGCATCg > 4:73833/1‑149 (MQ=255) ccGCAACGACAGGTCCTTGGCCGCGCCCGTCTGCACCACATACTTCACCTCGATGTCACGCTCCCAGCGTTTCTGGTCGGTCAGCGGGTTGCCCGCAACGTCACGGCGCATGTAGGTGGCGTTGGCATTGGAGTAGTCAGCATCGTTAc > 5:299434/1‑149 (MQ=255) cGCAACGACAGGTCCTTGGCCGCGCCCGTCTGCACCACATACTTCACCTCGATGTCACGCTCCCAGCGTTTCTGGTCGGTCAGCGGGTTGCCCGCAACGTCACGGCGCATGTAGGTGGCGTTGGCATTGGAGTAGTCAGCATCGTTAcc < 6:65269/149‑1 (MQ=255) cGACAGGTCCTTGGCCGCGCCCGTCTGCACCACATACTTCACCTCGATGTCACGCTCCCAGCGTTTCTGGTCGGTCAGCGGGTTGCCCACAACGTCACGGCGCATGTAGGTGGCGTTGGCATTGGAGTAGTCAGCATCGTTACCCTTGc < 7:317071/149‑1 (MQ=255) tCCTTGGCCGCGCCCGTCTGCACCACATACTTCACCTCGATGTCACGCTCCCAGCGTTTCTGGTCGGTCAGCGGGTTGCCCGCAACGTCACGGCGCATGTAGGTGGCGTTGGCATTGGAGTAGTCAGCATCGTTACCCTTGCCGTAgcg > 3:44311/1‑149 (MQ=255) ggCCGCGCCCGTCTGCACCACATACTTCACCTCGATGTCACGCTCCCAGCGTTTCTGGTCGGTCAGCGGGTTGCCCGCAACGTCACGGCGCATGTAGGTGGCGTTgg < 3:162797/107‑1 (MQ=255) ggCCGCGCCCGTCTGCACCACATACTTCACCTCGATGTCACGCTCCCAGCGTTTCTGGTCGGTCAGCGGGTTGCCCGCAACGTCACGGCGCATGTAGGTGGCGTTgg > 4:162797/1‑107 (MQ=255) gCCGCGCCCGTCTGCACCACATACTTCACCTCGATGTCACGCTCCCAGCGTTTCTGGTCGGTCAGCGGGTTGCCCACAACGTCACGGCGCATGTAGGTGGCGTTGGCATTGGAGTAGTCAGCATCGTTACCCTTGCCGTAGCGCGTCAt > 8:93818/1‑149 (MQ=255) ccGCGCCCGTCTGCACCACATACTTCACCTCGATGTCACGCTCCCAGCGTTTCTGGTCGGTCAGCGGGTTGCCCGCAACGTCACGGCGCATGTAGGTGGCGTTGGCATTGGAGTAGTCAGCATCGTTACCCTTGCCGTAGCGCGTCATg < 3:73833/149‑1 (MQ=255) cgcCCGTCTGCACCACATACTTCACCTCGATGTCACGCTCCCAGCGTTTCTGGTCGGTCAGCGGGTTGCCCGCAACGTCACGGCGCATGTAGGTGGCGTTGGCATTGGAGTAGTCAGCATCGTTACCCTTGCCGTAGCGCGTCATGAAc < 6:28562/149‑1 (MQ=255) cccGTCTGCACCACATACTTCACCTCGATGTCACGCTCCCAGCGTTTCTGGTCGGTCAGCGGGTTGCCCGCAACGTCACGGCGCATGTAGGTGGCGTTGGCATTGGAGTAGTCAGCATCGTTACCCTTGCCGTAGCGCGTCATGAACGa < 6:299434/149‑1 (MQ=255) cccGTCTGCACCACATACTTCACCTCGATGTCACGCTCCCAGCGTTTCTGGTCGGTCAGCGGGTTGCCCGCAACGTCACGGCGCATGTAGGTGGCGTTGGCATTGGAGTAGTCAGCATCGTTACCCTTGCCGTAGCGCGTCATGAACGa < 7:80058/149‑1 (MQ=255) cGTCTGCACCACATACTTCACCTCGATGTCACGCTCCCAGCGTTTCTGGTCGGTCAGCGGGTTGCCCGCAACGTCACGGCGCATGTAGGTGGCGTTGGCATTGGAGTAGTCAGCATCGTTACCCTTGCCGTAGCGCGTCAt < 1:325070/141‑1 (MQ=255) cGTCTGCACCACATACTTCACCTCGATGTCACGCTCCCAGCGTTTCTGGTCGGTCAGCGGGTTGCCCGCAACGTCACGGCGCATGTAGGTGGCGTTGGCATTGGAGTAGTCAGCATCGTTACCCTTGCCGTAGCGCGTCAt > 2:325070/1‑141 (MQ=255) ccacATACTTCACCTCGATGTCACGCTCCCAGCGTTTCTGGTCGGTCAGCGGGTTGCCCACAACGTCACGGCGCATGTAGGTGGCGTTGGCATTGGAGTAGTCAGCATCGTTACCCTTGCCGTAGCGCGTCATGAACGACAACCCGGGt < 7:93818/149‑1 (MQ=255) acaTACTTCACCTCGATGTCACGCTCCCAGCGTTTCTGGTCGGTCAGCGGGTTGCCCGCAACGTCACGGCGCATGTAg < 8:124178/78‑1 (MQ=255) acaTACTTCACCTCGATGTCACGCTCCCAGCGTTTCTGGTCGGTCAGCGGGTTGCCCGCAACGTCACGGCGCATGTAg > 7:124178/1‑78 (MQ=255) ttCACCTCGATGTCACGCTCCCAGCGTTTCTGGTCGGTCAGCGGGTTGCCCGCAACGTTACGGCGCATGTAGGTGGCGTTGGCATTGGAGTAGTCAGCATCGTTACCCTTGCCGTAGCGCGTCATGAACGACAACCCGGGTACGCCg > 1:93056/1‑147 (MQ=255) ttCACCTCGATGTCACGCTCACAGCGTTTCTGGTCGGTCAGCGGGTTGCCCGCAACGTCACGGCGCATGTAGGTGGCGTTGGCATTGGAGTAGTCAGCATCGTTACACTTGCCGTAGCGCCTCATGAACGACAACCCGGGTACGCCg > 4:100685/1‑147 (MQ=255) cACCTCGATGTCACGCTCCCAGCGTTTCTGGTCGGTCAGCGGGTTGCCCGCAACGTCACGGCGCATGTAGGTGGCGTTGGCATTGGAGTAGTCAGCATCGTTACCCTTGCCGTAGCGCGTCATGAACGACAACCCGGGTACGCCGTAgg > 1:92833/1‑149 (MQ=255) aCCTCGATGTCACGCTCCCAGCGTTTCTGGTCGGTCAGCGGGTTGCCCGCAACGTCACGGCGCATGTAGGTGGCGTTGGCATTGGAGTAGTCAGCATCGTTACCCTTGCCGTAGCGCGTCATGAACGACAACCCGGGTACGCCGTAgg > 6:290296/1‑148 (MQ=255) cTCGATGTCACGCTCCCAGCGTTTCTGGTCGGTCAGCGGGTTGCCCGCAACGTCACGGCGCATGTAGGTGGCGTTGGCATTGGAGTAGTCAGCATCGTTACCCTTGCCGTAGCGCGTCATGAACGACAACCCggg > 5:362073/1‑135 (MQ=255) cTCGATGTCACGCTCCCAGCGTTTCTGGTCGGTCAGCGGGTTGCCCGCAACGTCACGGCGCATGTAGGTGGCGTTGGCATTGGAGTAGTCAGCATCGTTACCCTTGCCGTAGCGCGTCATGAACGACAACCCggg < 6:362073/135‑1 (MQ=255) cTCGATGTCACGCTCCCAGCGTTTCTGGTCGGTCAGCGGGTTGCCCGCAACGTCACGGCGCATGTAGGTGGCGTTGGCATTGGAGTAGTCAGCATCGTTACCCTTGCCGTAGCGCGTCATGAACGACAACCCGGGTACGCCGTAGGCAg > 7:128651/1‑149 (MQ=255) tCGATGTCACGCTCCCAGCGTTTCTGGTCGGTCAGCGGGTTGCCCGCAACGTCACGGCGCATGTAGGTGGCGTTGGCATTGGAGTAGTCAGCATCGTTACCCTTGCCGTAGCGCGTCATGAACGACAACCCGGGTACGCCGTAGGCa < 7:141342/147‑1 (MQ=255) tCGATGTCACGCTCCCAGCGTTTCTGGTCGGTCAGCGGGTTGCCCGCAACGTCACGGCGCATGTAGGTGGCGTTGGCATTGGAGTAGTCAGCATCGTTACCCTTGCCGTAGCGCGTCATGAACGACAACCCGGGTACGCCGTAGGCa > 8:141342/1‑147 (MQ=255) aTGTCACGCTCCCAGCGTTTCTGGTCGGTCAGCGGGTTGCCCGCAACGTCACGGCGCATGTAGGTGGCGTTGGCATTGGAGTAGTCAGCATCGTTACCCTTGCCGTAGCGCGTCATGAACGACAACCCGGGTACGCCGTAGGCAGCCAt < 8:128651/149‑1 (MQ=255) aGCGTTTCTGGTCGGTCAGCGGGTTGCCCGCAACGTCACGGCGCATGTAGGTGGCGTTGGCATTGGAGTAGTCAGCATCGTTACCCTTGCCGTAGCGCGTCATGAACGACAACCCGGGTACGCCGTAGGCAGCCATGTTCAGGTCATa > 4:48942/1‑148 (MQ=255) aGCGTTTCTGGTCGGTCAGCGGGTTGCCCGCAACGTCACGGCGCATGTAGGTGGCGTTGGCATTGGAGTAGTCAGCATCGTTACCCTTGCCGTAGCGCGTCATGAACGACAACCCGGGTACGCCGTAGGCAGCCATGTTCAGGTCATa < 3:48942/148‑1 (MQ=255) gCGTTTCTGGGCGGTCAGCGGTTTGCCCGCAACGTCACGGCGCATGTAGGTGGCGTTGGCATTGGAGTAGTCAGCATCGTTACCCTTGCCGTAGCGCGTCATGAACGACAACCCGTGTACGCCGTAGGCAGCCATGTTCAGGTCATAAc < 1:49475/149‑1 (MQ=255) tttCTGGTCGGTCAGCGGGTTGCCCGCAACGTCACGGCGCATGTAGGTGGCGTTGGCATTGGAGTAGTCAGCATCGTTACCCTTGCCGTAGCGCGTCATGAACGACAACCCGGGTACGCCGTAGGCAGCCATGTTCAGGTCATAACgca < 1:360430/149‑1 (MQ=255) ggttAGCGGGTTGCCCGCAACGTCACGGCGCATGTAGGTGGCGTTGGCATTGGAGTAGTCAGCATCGTTACCCTTGCCGTAGCGCGTCATGAACGACAACCCGGGTACGCCGTAGGCAGCCATGTTCAGGTCATAACGCAGCATCCAc > 7:187283/1‑148 (MQ=255) ggtcAGCGGGTTGCCCGCAACGTCACGGCGCATGTAGGTGGCGTTGGCATTGGAGTAGTCAGCATCGTTAccc > 6:285498/1‑73 (MQ=255) ggtcAGCGGGTTGCCCGCAACGTCACGGCGCATGTAGGTGGCGTTGGCATTGGAGTAGTCAGCATCGTTAccc < 5:285498/73‑1 (MQ=255) cGGGTTGCCCGCAACGTCACGGCGCATGTAGGTGGCGTTGGCATTGGAGTAGTCAGCATCGTTACCCTTGCCGTAGCGCGTCATGAACGACAACCCGGGTACGCCGTAGGCAGCCATGTTCAGGTCATAACGCAGCATCCACGAACGCt > 4:205098/1‑149 (MQ=255) ttGCCCGCAACGTCACGGCGCATGTAGGTGGCGTTGGCATTGGAGTAGTCAGCATCGTTACCCTTGCCGTAGCGCGTCATGAACGACAACCCGGGTACGCCGTAGGCAGCCATGTTCAGGTCATCACGCAGCATCCACGAACGCTCCtt > 2:52700/1‑149 (MQ=255) ccGCAACGTCACGGCGCATGTAGGTGGCGTTGGCATTGGAGTAGTCAGCATCGTTACCCTTGCCGTAGCGCGTCATGAACGACAACCCGGGTACGCCGTAGGCAGCCATGTTCAGGTCATAACGCAGCATCCACGAACGCTCCTTGGgc > 5:285352/1‑149 (MQ=255) | CGTCCAGATCCGACTCGAACGCCGTGGCCCGGGTGGTGGCCTGGCGAACCCGCAACGACAGGTCCTTGGCCGCGCCCGTCTGCACCACATACTTCACCTCGATGTCACGCTCCCAGCGTTTCTGGTCGGTCAGCGGGTTGCCCGCAACGTCACGGCGCATGTAGGTGGCGTTGGCATTGGAGTAGTCAGCATCGTTACCCTTGCCGTAGCGCGTCATGAACGACAACCCGGGTACGCCGTAGGCAGCCATGTTCAGGTCATAACGCAGCATCCACGAACGCTCCTTGGGC > NC_002947/4126058‑4126347 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |