Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,452,723 | C→T | 9.1% | A776V (GCA→GTA) | nicB → | nicotinate dehydrogenase subunit B |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,452,723 | 0 | C | T | 9.1% | 119.9 / 3.0 | 44 | A776V (GCA→GTA) | nicB | nicotinate dehydrogenase subunit B |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (21/19); new base T (2/2); total (23/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.30e-01 |
CGCGAGCTGCCGATCACAGCCGAACGCGTGCGTGCTGCGCTCGGTGGCGAAGGCCAAGGGCCAGATGCGCCCGCGCCAGCGCAGCCGTCAACCAAGCGTTCGAAGTG‑GTGGTTCGGCTCGCTGGCCGGGGTGTTCGGCGCCGCATTGGGCATGCTTGCCACCGCCTTGCCCTGGCGCGCCGAAATCGCCCCGGTAACGCCACCTGGTGTCGGCAGCTGGAGCGCCGCCATGCTCGAGCGCGGGCGCCAGGTGGCGGCGGCCGGCGACTGCGCCGTGTGCCATACGGTCAGC > NC_002947/4452581‑4452871 | cgcgAGCTGCCGATCACAGCCGAACGCGTGCGTGCTGCGCTCGGTGGCGAAGGCCAAGGGCCAGATGCGCCCGCGCCAGCGCAGCCGTCAACCAAGCGTTCGAAGTG‑GTGGTTCGGCTCGCTGGCCGGGGTGTTCGGCGCCGCATTgg < 5:265248/148‑1 (MQ=255) gATCACAGCCGAACGCGTGCGTGCTGCGCTCGGTGGCGAAGGCCAAGGGCCAGATGCGCCCGCGCCAGCGCAGCCGTCAACCAAGCGTTCGAAGTG‑GTGGTTCGGCTCGCTGGCCGGGGTGTTCGGCGCCGCATTGGGCATGCTTGCCa > 6:111400/1‑149 (MQ=255) ccGAACGCGTGCGTGCTGCGCTCGGTGGCGAAGGCCAAGGGCCAGATGCGCCCGCGCCAGCGCAGCCGTCAACCAAGCGTTCGAAGTG‑GTGGTTCGGCTCGCTGGCCGGGGTGTTCGGCGCCGCATTGGGCATGCtt < 8:259841/137‑1 (MQ=255) ccGAACGCGTGCGTGCTGCGCTCGGTGGCGAAGGCCAAGGGCCAGATGCGCCCGCGCCAGCGCAGCCGTCAACCAAGCGTTCGAAGTG‑GTGGTTCGGCTCGCTGGCCGGGGTGTTCGGCGCCGCATTGGGCATGCtt > 7:259841/1‑137 (MQ=255) ccGAACGCGTGCGTGCTGCGCTCGGTGGCGAAGGCCAAGGGCCAGATGCGCCCGCCCCAGCGCAGCCGTCAACCAAGCGTTCGAAGTG‑GTGGTTCGGCTCGCTGGCCGGGGTGTTCGGCGCCGCATTGGGCATGCTTGCCACCGCCTTg > 8:201743/1‑149 (MQ=255) aaCGCGTGCGTGCTGCGCTCGGTGGCGAAGGCCAAGGGCCAGATGCGCCCGCGCCAGCGCAGCCGTCAACCAAGCGTTCGAAGTG‑GTGGTTCGGCTCGCTGGCCGGGGTGTTCGGCGCCGCATTGGGCATGCTTGCCACCGCCTTGccc < 1:20060/149‑1 (MQ=255) tgcgtgcTGCGCTCGGTGGCGAAGGCCAAGGGCCAGATGCGCCCGCGCCAGCGCAGCCGTCAACCAAGCGTTCGAAGTG‑GTGGTTCGGCTCGCTGGCCGGGGTGTTCGGCGCCGCATTGGGCATGCTTGCCACCGCCTTGCCCTGgcgc > 5:342324/1‑149 (MQ=255) gctgcGCTCGGTGGCGAAGGCCAAGGGCCAGATGCGCCCGCGCCAGCGCAGCCGTCAACCAAGCGTTCGAAGTG‑GTGGTTCGGCTCGCTGGCCGGGGTGTTCGGCGCCGCATTGGGc < 5:125280/117‑1 (MQ=255) gctgcGCTCGGTGGCGAAGGCCAAGGGCCAGATGCGCCCGCGCCAGCGCAGCCGTCAACCAAGCGTTCGAAGTG‑GTGGTTCGGCTCGCTGGCCGGGGTGTTCGGCGCCGCATTGGGc > 6:125280/1‑117 (MQ=255) cTCGGTGGCGAAGGCCAAGGGCCAGATGCGCCCGCGCCAGCGCAGCCGTCAACCAAGCGTTCGAAGTG‑GTGGTTCGGCTCGCTGGCCGGGGTGTTCGGCGCCGCATTGGGCATGCTTGCCACCGCCTTGCCCTGGCGCGCCGAAATCGc < 2:293755/149‑1 (MQ=255) gCGAAGGCCAAGGGCCAGATGCGCCCGCGCCAGCGTAGCCGTCAACCAAGCGTTCGAAGTG‑GTGGTTCGGCTCGCTGGCCGGGGTGTTCGGCGCCGCa > 6:109109/1‑98 (MQ=255) gCGAAGGCCAAGGGCCAGATGCGCCCGCGCCAGCGTAGCCGTCAACCAAGCGTTCGAAGTG‑GTGGTTCGGCTCGCTGGCCGGGGTGTTCGGCGCCGCa < 5:109109/98‑1 (MQ=255) gCGAAGGCCAAGGGCCAGATGCGCCCGCGCCAGCGCAGCCGTCAACCAAGCGTTCGAAGTGAAGGGTTCGGCTCGCTGGCCGGGGTGTTCGGCGCCGCATTGGGCATGCTTGCCACCGCCTTGCCCTGGCGCGCCGAAATCGCCCCgg > 1:283914/1‑148 (MQ=255) gAAGGCCAAGGGCCAGATGCGCCCGCGCCAGCGCAGCCGTCAACCAAGCGTTCGAAGTG‑GTGGTTCGGCTCGCTGGCCGGGGTGTTCGGCGCCGCATTGGGCATGCTTGCCACCGCCTTGCCCTGGCGCGCCGAAATCGCCCCGGTAAc < 4:101051/149‑1 (MQ=255) gAAGGCCAAGGGCCAGATGCGCCCGCGCCAGCGCAGCCGTCAACCAAGCGTTCGAAGTG‑GTGGTTCGGCTCGCTGGCCGGGGTGTTCGGCGCCGCATTGGGCATGCTTGCCACCGCCTTGCCCTGGCGCGCCGAAATCGCCCCGGTAAc > 7:98877/1‑149 (MQ=255) gAAGGCCAAGGGCCAGATGCGCCCGCGCCAGCGCAGCCGTCAACCAAGCGTTCGAAGTG‑GTGGTTCGGCTCGCTGGCCGGGGTGTTCGGCGCCGCATTGGGCATGCTTGCCACCGCCTTGCCCTGGCGCGCCGAAATCGCCCCGGTAAc > 6:27132/1‑149 (MQ=255) cAAGGGCCAGATGCGCCCGCGCCAGCGCAGCCGTCAACCAAGCGTTCGAAGTG‑GTGGTTCGGCTCGCTGGCCGGGGTGTTCGGCGCCGCATTGGGCATGCTTGCCACCGCCTTGCCCTGGCGCGCCGAAATCGCCCCGGTAACGCCAcc > 8:246212/1‑149 (MQ=255) gggCCAGATGCGCCCGCGCCAGCGCAGCCGTCAACCAAGCGTTCGAAGTG‑GTGGTTCGGCTCGCTGGCCGGGGTGTTCGGCGCCGCATTGGGCATGCTTGCCACCGCCTTGCCCTGGCGCGCCGAAATCGCCCCgg < 4:118171/136‑1 (MQ=255) gggCCAGATGCGCCCGCGCCAGCGCAGCCGTCAACCAAGCGTTCGAAGTG‑GTGGTTCGGCTCGCTGGCCGGGGTGTTCGGCGCCGCATTGGGCATGCTTGCCACCGCCTTGCCCTGGCGCGCCGAAATCGCCCCgg > 3:118171/1‑136 (MQ=255) ggtcAGATGCGCCCGCGCCAGCGCAGCCGTCAACCAAGCGTTCGAAGTG‑GTGGTTCGGCTCGCTGGCCGGGGTGTTCGGCGCCGCATTGGGCATGCTTGCCACCGCCTTGCCCTGGCGCGCCGAAATCGCCCCGGTAACGCCACCTGgt < 4:21853/146‑1 (MQ=255) cAGATGCGCCCGCGCCAGCGCAGCCGTCAACCAAGCGTTCGAAGTG‑GTGGTTCGGCTCGCTGGCCGGGGTGTTCGGCGCCGCATTGGGCATGCTTGCCACCGCCTTGCCCTGGCGCGCCGAAATCGCCCCGGTAACGCCACCTGGTGTc < 1:311480/149‑1 (MQ=255) gcCCGCGCCAGCGCAGCCGTCAACCAAGCGTTCGAAGTG‑GTGGTTCGGCTCGCTGGCCGGGGTGTTCGGCGCCGCATTGGGCATGCTTGCCACCGCCTTGCCCTGGCGCGCCGAAATCGCCCCGGTAACGCCACCTGGTGTCGGCAGCt > 4:44368/1‑149 (MQ=255) cgcgCCAGCTCAGCCGTCAACCAAGTGTTCGATGTG‑GTGGTTCGGATCGCTGGCCGGGGTGTTCGGCGCCGCATTGGGCATGCTTGCCACCGCCTTGCCCTGGCGCGCCGAAATCGCCCCGGTAACGCCACCTGTTGTCGGCAGCTGGa < 8:300178/149‑1 (MQ=255) cAGCGCAGCCGTCAACCAAGCGTTCGAAGTG‑GTGGTTCGGCTCGCTGGCCGGGGTGTTCGGCGCCGCATTGGGCATGCTTGCCACCGCCTTGCCCTGGCGCGCCGAAATCGCCCCGGTAACGCCACCTGGTGTCGGCAGCTGGAGcgcc > 3:193486/1‑149 (MQ=255) ccttCAACCAAGCGTTCGAAGTG‑GTGGTTCGGCTCGCTGGCCGGGGTGTTCGGCGCCTCATTGGGCATGCTTGCCACCGCCTTGCCCTGGCGCGCCGAAATCGCCCCGGTAACGCCACCTGGTGTCGGCAGCTGGAGCGCCGCCATGCt < 7:201743/146‑1 (MQ=255) aCCAAGCGTTCGAAGTG‑GTGGTTCGGCTCGCTGGCCGGGGTGTTCGGCGCCGCATTGGGCATGCTTGCCACCGCCTTGCCCTGGCGCGCCGAAATCGCCCCGGTAACGCCACCTGGTGTCGGCAGCTGGAGCGCCGCCATGCTCGAgcg > 2:186745/1‑149 (MQ=255) aGCGTTCGAAGTG‑GTGGTTCGGCTCGCTGGCCGGGGTGTTCGGCGCCGCATTGGGCATGCTTGCCACCGCCTTGCCCTGGCGCGCCGAAATCGCCCCGGTAACGCCACCTGGTGTCGGCAGCTGGAGCGCCGCCATGCTCGAGCGCggg < 8:98877/149‑1 (MQ=255) gAAGTG‑GTGGTTCGGCTCGCTGGCCGGGGTGTTCGGCGCCGTATTGGGCATGCTTGCCACCGCCTTGCCCTGGCGCGCCGAAATCGCCCCGGTAACGCCACCTGGTGTCGGCAGCTGGAGCGCCGCCATGCTCGAGCGCGGGCGCCAgg > 8:302450/1‑149 (MQ=255) gAAGTG‑GTGGTTCGGCTCGCTGGCCGGGGTGTTCGGCGCCGTATTGGGCATGCTTGCCACCGCCTTGCCCTGGCGCGCCGAAATCGCCCCGGTAACGCCACCTGGTGTCGGCAGCTGGAGCGCCGCCATGCTCGAGCGCGGGCGCCAgg > 8:297562/1‑149 (MQ=255) ggtTCGGCTCGCTGGCCGGGGTGTTCGGCGCCGCATTGGGCATGCTTGCCACCGCCTTGCCCTGGCGCGCCGAAATCGCCCCGGTAACGCCACCTGGTGTCGGCAGCTGGAGCGCCGCCATGCTCGAGCGCGGGCGCCAGGTggcggcg > 6:329702/1‑149 (MQ=255) ggtTCGGCGCGCTGGCCGGGGTGTTCGGCGCCGCATTGGGCATGCTTGCCACCGCCTTGCCCTGGCGCGCCGAAATCGCCCCGGTAACGCCACCTGGTGTCGGCAGCTGGAGCGCCGCCATGCTCGAGCGCGGGCGCCAGGTggcggcg < 4:279749/149‑1 (MQ=255) gCTCGCTGGCCGGGGTGTTCGGCGCCGCATTGGGCATGCTTGCCACCGCCTTGCCCTGGCGCGCCGAAATCGCCCCGGTAACGCCACCTGGTGTCGGCAGCTGGAGCGCCGCCATGCTCGAGCGCGGGCGCCAGGTGGCGGcggccggc < 5:111400/149‑1 (MQ=255) gCTCGCTGGCCGGGGTGTTCGGCGCCGCATTGGGCATGCTTGCCACCGCCTTGCCCTGGCGCGCCGAAATCGCCCCGGTAACGCCACCTGGTGTCGGCAGCTGGAGCGCCGCCATGCTCGAGCGCGGGCGCCAGGTGGCGGcggccggc > 7:72939/1‑149 (MQ=255) cTCGCTGGCCGGGGTGTTCGGCGCCGCATTGGGCATGCTTGACACCGCCTTGCCCTGGCGCGCCGAAATCGCCCCGGTAACGCCACCTGGTGTCGGCAGCTGGAGCGCCGCCATGCTCGAGCGCGGGCGCCAGGTGGCGGCGGCCGGCg < 6:342324/149‑1 (MQ=255) tCGCTGGCCGGGGTGTTCGGCGCCGCATTGGGCATGCTTGCCACCGCCTTGCCCTGGCGCGCCGAAATCGCCCCGGTAACGCCACCTGGTGTCGGCAGCTGGAGCGCCGCCATGCTCGCGCGCGGGCGCCAGGTGGCGGCGGCCGGCGa > 2:159140/1‑149 (MQ=255) tCGCTGGCCGGGGTGTTCGGCGCCGCATTGGGCATGCTTGCCACCGCCTTGCCCTGGCGCGCCGAAATCGCCCCGGTAACGCCACCTGGTGTCGGCAGCTGGAGCGCCGCCATGCTCGAGCGCGGGCGCCAGGTGGCGGCGGCCGGCGa > 2:251677/1‑149 (MQ=255) gCTGGCCGGGGTGTTCGGCGCCGCATTGGGCATGCTTGCCACCGCCTTGCCCTGGCGCGCCGAAATCGCCCCGGTAACGCCACCTGGTGTCGGCAGCTGGAGCGCCGCCATGCTCGAGCGCGGGCGCCAGGTGGCGGCGGCCGGCGACt > 3:177043/1‑149 (MQ=255) gCTGGCCGGGGTGTTCGGCGCCGCATTGGGCATGCTTGCCACCGCCTTGCCCTGGCGCGCCGAAATCGCCCCGGTAACGCCACCTGGTGTCGGCAGCTGGAGCGCCGCCATGCTCGAGCGCGGGCGCCAGGTGGCGGCGGCCGGCGACt < 4:193486/149‑1 (MQ=255) cTGGCCGGGGTGTTCGGCGCCGCATTGGGCATGCTTGCCACCGCCTTGCCCTGGCGCGCCGAAATCGCCCCGGTAACGCCACCTGGTGTCGGCAGCTGGAGCGCCGCCATGCTCGAGCGCGGGCGCCAGGTGGCGGCGGCCGGCGACTg < 1:186745/149‑1 (MQ=255) cGGGGTGTTCGGCGCCGCATTGGGCATGCTTGCCACCGCCTTGCCCTGGCGCGCCGAAATCGCCCCGGTAACGCCACCTGGTGTCGGCAGCTGGAGCGACGCCATGCTCGAGCGCGGGCGCCAGGTGGCGGCGGCCGGCGACTGCGCCg > 5:96961/1‑149 (MQ=255) gtgtTCGGCGCCGTATTGGGCATGCTTGCCACCGCCTTGCCCTGGCGCGCCGAAATCGCCCCGGTAACGCCACCTGGTGTCGGCAGCTGGAGCGCCGCCATGCTCGAGCGCGGGCGCCAGGTGGCGGCGGCCGGCGACTGCGCCGtgtg < 7:297562/149‑1 (MQ=255) gtgtTCGGCGCCGTATTGGGCATGCTTGCCACCGCCTTGCCCTGGCGCGCCGAAATCGCCCCGGTAACGCCACCTGGTGTCGGCAGCTGGAGCGCCGCCATGCTCGAGCGCGGGCGCCAGGTGGCGGCGGCCGGCGACTGCGCCGtgtg < 7:302450/149‑1 (MQ=255) ttCGGCGCCGCATTGGGCATGCTTGCCACCGCCTTGCCCTGGCGCGCCGAAATCGCCCCGGTAACGCCACCTGGTGTCGGCAGCTGGAGCGCCGCCATGCTCGAGCGCGGGCGCCAGGTGGCGGCGGCCGGCGACTGCGCCgtg < 5:32689/144‑1 (MQ=255) ttCGGCGCCGCATTGGGCATGCTTGCCACCGCCTTGCCCTGGCGCGCCGAAATCGCCCCGGTAACGCCACCTGGTGTCGGCAGCTGGAGCGCCGCCATGCTCGAGCGCGGGCGCCAGGTGGCGGCGGCCGGCGACTGCGCCgtg > 6:32689/1‑144 (MQ=255) cgccgcATTGGGCATGCTTGCCACCGCCTTGCCCTGGCGCGCCGAAATCGCCCCGGTAACGCCACCTGGTGTCGGCAGCTGGAGCGCCGCCATGCTCGAGCGCGGGCGCCAGGTGGCGGCGGCCGGCGACTGCGCCGTGTGCCATATgg > 8:89103/1‑149 (MQ=255) gccgcATTGGGCATGCTTGCCACCGCCTTGCCCTGGCGCGCCGAAATCGCCCCGGTAACGCCACCTGGTGTCGGCAGCTGGAGCGCCGCCATGCTCGAGCGCGGGCGCCAGGTGGCGGCGGCCGGCGACTGCGCCGTGTGCCATACGGt > 4:84410/1‑149 (MQ=255) cgcATTGGGCATGCTTGCCACCGCCTTGCCCTGGCGCGCCGAAATCGCCCCGGTAACGCCACCTGGTGTCGGCAGCTGGAGCGCCGCCATGCTCGAGCGCGGGCGCCAGGTGGCGGCGGCCGGCGACTGCGCCgtgt < 3:290995/137‑1 (MQ=255) cgcATTGGGCATGCTTGCCACCGCCTTGCCCTGGCGCGCCGAAATCGCCCCGGTAACGCCACCTGGTGTCGGCAGCTGGAGCGCCGCCATGCTCGAGCGCGGGCGCCAGGTGGCGGCGGCCGGCGACTGCGCCgtgt > 4:290995/1‑137 (MQ=255) cgcATTGGGCATGCTTGCCACCGCCTTGCCCTGGCGCGCCGAAATCGCCCCGGTAACGCCACCTGGTGTCGGCAGCTGGAGCGCCGCCATGCTCGAGCGCAGGCGCCAGGTGGCGGCGGCCGGCGACTGCGCCGTGTGCCATACGGTc > 3:339189/1‑148 (MQ=255) cgcATTGGGCATGCTTGCCACCGCCTTGCCCTGGCGCGCCGAAATCGCCCCGGTAACGCCACCTGGTGTCGGCAGCTGGAGCGCCGCCATGCTCGAGCGCAGGCGCCAGGTGGCGGCGGCCGGCGACTGCGCCGTGTGCCATACGGTc < 4:339189/148‑1 (MQ=255) cATTGGGCATGCTTGCCACCGCCTTGCCCTGGCGCGCCGAAATCGCCCCGGTAACGCCACCTGGTGTCGGCAGCTGGAGCGCCGCCATGCTCGAGCGCGGGCGCCAGGTGGCGGCGGCCGGCGACTGCGCCGTGTGCCATACGGTCAgc > 4:237222/1‑149 (MQ=255) | CGCGAGCTGCCGATCACAGCCGAACGCGTGCGTGCTGCGCTCGGTGGCGAAGGCCAAGGGCCAGATGCGCCCGCGCCAGCGCAGCCGTCAACCAAGCGTTCGAAGTG‑GTGGTTCGGCTCGCTGGCCGGGGTGTTCGGCGCCGCATTGGGCATGCTTGCCACCGCCTTGCCCTGGCGCGCCGAAATCGCCCCGGTAACGCCACCTGGTGTCGGCAGCTGGAGCGCCGCCATGCTCGAGCGCGGGCGCCAGGTGGCGGCGGCCGGCGACTGCGCCGTGTGCCATACGGTCAGC > NC_002947/4452581‑4452871 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |