Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,623,000 | C→T | 7.1% | intergenic (+1593/+2971) | PP_5654 → / ← PP_4091 | phosphotriesterase/transposase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,623,000 | 0 | C | T | 7.1% | 157.3 / 2.1 | 57 | intergenic (+1593/+2971) | PP_5654/PP_4091 | phosphotriesterase/transposase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (27/25); new base T (2/2); total (29/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.39e-01 |
ACTCAACCACCTGTACTACGGCAGCGGGCACCTGCACCAGATCAACCTGAACGGCCGGGTGATCAGCGATTTCGAACGTGATGCGGTGCACGACGAGGTCCTGCGCACCCAAGGCAAACTGGTCACCCGCACGCGCTACGACACCAGCGGTCGCCTGGCCGGAAAGGCTATTCACTACCGCGATGCCCCTGCTGAAGTGCTGCCACTGCTGGACGAGGCCTATCGCTACGATGCCAGCGACAACCTGATTGCCGAGGTACTGACCCAGACCCAGCGCCGCGGGATGACCAAC > NC_002947/4622853‑4623144 | aCTCAACCACCTGTACTACGGCAGCGGGCACCTGCACCAGATCAACCTGAACGGCCGGGTGATCAGCGATTTAGAACGTGATGCGGTGCACGACGAGGTCCTGCGCACCCAAGGCAAACTGGTCACCCGCACGCGCTACGACACCAGCg > 1:208655/1‑149 (MQ=21) cTCAACCACCTGTACTACGGCAGCGGGCACCTGCACCAGATCAACCTGAACGGCCGGGTGATCAGCGATTTCGAACGTGATGCGGTGCACGACGAGGTCCTGCGCACCCAAGGCAAACTGGTCACCCGCACGCGCTACGACACCAGCgg > 2:7123/1‑149 (MQ=34) accaccTGTACTACGGCAGCGGGCACCTGCACCAGATCAACCTGAACGGCCGGGTGATCAGCGATTTCGAACGTGATGCGGTGCACGACGAGGTCCTGCGCACCCAAGGCAAACTGGTCACCCGCACGCGCTACGACACCAGCGGTCGc < 7:108312/149‑1 (MQ=34) accTGTACTACGGCAGCGGGCACCTGCACCAGATCAACCTGAACGGCCGGGTGATCAGCGATTTCGAACGTGATGCGGTGCACGACGAGGTCCTGCGCACCCAAGGCAAACTGGTCACCCGCACGCGCTACGACACCAGCGGTCGCCTg < 8:54070/149‑1 (MQ=37) tactacGGCAGCGGGCACCTGCACCAGATCAACCTGAACGGCCGGGTGATCAGCGATTTCGAACGTGATGCGGTGCACGACGAGGTCCTGCGCACCCAAGGCAAACTGGTCACCCGCACGCGCTACGACACCAGCGGTCGCCTGGCCg > 3:9468/1‑148 (MQ=37) tacGGCAGCGGGCACCTGCACCAGATCAACCTGAACGGCCGGGTGATCAGCGATTTCGAACGTGATGCGGTGCACGACGAGGTCCTGCGCACCCAAGGCAAACTGGTCACCCGCACGCGCTACGACACCAGCGGTCGCCTGGCCGGa > 7:140826/1‑147 (MQ=38) tacGGCAGCGGGCACCTGCACCAGATCAACCTGAACGGCCGGGTGATCAGCGATTTCGAACGTGATGCGGTGCACGACGAGGTCCTGCGCACCCAAGGCAAACTGGTCACCCGCACGCGCTACGACACCAGCGGTCGCCTGGCCGGa > 4:210048/1‑147 (MQ=38) gCAGCGGGCACCTGCACCAGATCAACCTGAACGGCCGGGTGATCAGCGATTTCGAACGTGATGCGGTGCACGACGAGGTCCTGCGCACCCAAGGCAAACTGGTCACCCGCACGCGCTACGACACCAGCGGTCGCCTGGCCGGAAAGGc > 4:346049/1‑148 (MQ=39) aGCGGGCACCTGCACCAGATCAACCTGAACGGCCGGGTGATCAGCGATTTCGAACGTGATGCGGTGCACGACGAGGTCCTGCGCACCCAAGGCAAACTGGTCACCCGCACGCGCTACGACACCAGCGGTCGCCTGGCCGGAAAGGCTAt < 8:140826/149‑1 (MQ=39) aGCGGGCACCTGCACCAGATCAACCTGAACGGCCGGGTGATCAGCGATTTCGAACGTGATGCGGTGCACGACGAGGTCCTGCGCACCCAAGGCAAACTGGTCACCCGCACGCGCTACGACACCAGCGGTCGCCTGGCCGGAAAGGCTAt > 4:96982/1‑149 (MQ=39) cGGGCACCTGCACCAGATCAACCTGAACGGCCGGGTGATCAGCGATTTCGAACGTGATGCGGTGCACGACGAGGTCCTGCGCACCCAAGGCAAACTGGTCACCCGCACGCGCTACGACACCAGCGGTCGCCTGGCCGGAAAGGCTATTc < 4:171836/149‑1 (MQ=39) gCACCTGCACCAGATCAACCTGAACGGCCGGGTGATCAGCGATTTCGAACGTGATGCGGTGCACGACGAGGTCCTGCGCACCCAAGGCAAACTGGTCACCCGCACGCGCTACGACACCAGCGGTCGCCTGGCCg > 7:238754/1‑134 (MQ=37) gCACCTGCACCAGATCAACCTGAACGGCCGGGTGATCAGCGATTTCGAACGTGATGCGGTGCACGACGAGGTCCTGCGCACCCAAGGCAAACTGGTCACCCGCACGCGCTACGACACCAGCGGTCGCCTGGCCg < 8:238754/134‑1 (MQ=37) gCACCTGCACCAGATCAACCTGAACGGCCGGGTGATCAGCGATTTCGAACGTGATGCGGTGCACGACGAGGTCCTGCGCACCCAAGGCAAACTGGTCACCCGCACGCGCTACGACACCAGCGGTCGCCTGGCCGGAAAGGCTATTCACt < 1:7123/149‑1 (MQ=39) aCCTGCACCAGATCAACCTGAACGGCCGGGTGATCAGCGATTTCGAACGTGATGCGGTGCACGACGAGGTCCTGCGCACCCAAGGCAAACTGGTCACCCGCACGCGCTACGACACCAGCGGTCGCCTGGCCGGAAAGGCTATTCACTAc > 6:286566/1‑149 (MQ=39) cTGCACCAGATCAACCTGAACGGCCGGGTGATCAGCGATTTCGAACGTGATGCGGTGCACGACGAGGTCCTGCGCACCCAAGGCAAACTGGTCACCCGCACGCGCTACGACACCAGCGGTCGCCTGGCCGGAAAGGCTATTCACTACcg < 3:96982/149‑1 (MQ=39) aCCAGATCAACCTGAACGGCCGGGTGATCAGCGATTTCGAACGTGATGCGGTGCACGACGAGGTCCTGCGCACCCAAGGCAAACTGGTCACCCGCACGCGCTACGACACCAGCGGTCGCCTGGCCGGAAAGGATATTCACTACCGCGAt > 8:73225/1‑149 (MQ=255) cAGATCAACCTGAACGGCCGGGTGATCAGCGATTTCGAACGTGATGCGGTGCACGACGAGGTCCTGCGCACCCAAGGCAAACTGGTCACCCGCACGCGCTACGACACCAGCGGTCGCCTGGCCGGAAAGGCTATTCACTACCGCGATGc < 3:210048/149‑1 (MQ=39) aTCAACCTGAACGGCCGGGTGATCAGCGATTTCGAACGTGATGCGGTGCACGACGAGGTCCTGCGCACCCAAGGCAAACTGGTCACCCGCACGCGCTACGACACCAGCGGTCGCCTGGCCGGAAAGGCTATTCACTACCGCGATGcccc < 3:148613/149‑1 (MQ=39) tCAACCTGAACGGCCGGGTGATCAGCGATTTCGAACGTGATGCGGTGCACGACGAGGTCCTGCGCACCCAAGGCAAACTGGTCACCCGCACGCGCTACGACACCAGCGGTCGCCTGGCCGGAAAGGCTATTCACTACCGCGATGCCCct < 4:21760/149‑1 (MQ=39) aaCCTGAACGGCCGGGTGATCAGCGATTTCGAACGTGATGCGGTGCACGACGAGGTCCTGCGCACCCAAGGCAAACTGGTCACCCGCACGCGCTACGACACCAGCGGTCGCCTGGCCGGAAAGGCTATTCACTACCGCGATGCCCctgc > 6:353208/1‑149 (MQ=39) ccTGAACGGCCGGGTGATCAGCGATTTCGAACGTGATGCGGTGCACGACGAGGTCCTGCGCACCCAAGGCAAACTGGTCACCCGCACGCGCTACGACACCAGCGGTCGCCTGGCCGGAAAGGCTAtt > 6:352766/1‑127 (MQ=40) ccTGAACGGCCGGGTGATCAGCGATTTCGAACGTGATGCGGTGCACGACGAGGTCCTGCGCACCCAAGGCAAACTGGTCACCCGCACGCGCTACGACACCAGCGGTCGCCTGGCCGGAAAGGCTAtt < 5:352766/127‑1 (MQ=40) ggCCGGGTGATCAGCGATTTCGAACGTGATGCGGTGCACGACGAGGTCCTGCGCACCCAAGGCAAACCGGTCACCCGCACGCGCTACGACACCAGCGGTCGCCTGGCCGGAAAGGCTATTCACTACCGCGATGCCCCTGCTGAAGtgct > 4:348386/1‑149 (MQ=255) gCCGGGTGATCAGCGATTTCGAACGTGATGCGGTGCACGACGAGGTCCTGCGCACCCAAGGCAAACTGGTCACCCGCACGCGCTACGACACCAGCGGTCGCCTGGCCGGAAAGGCTATTCACTAcc > 4:180218/1‑126 (MQ=40) gCCGGGTGATCAGCGATTTCGAACGTGATGCGGTGCACGACGAGGTCCTGCGCACCCAAGGCAAACTGGTCACCCGCACGCGCTACGACACCAGCGGTCGCCTGGCCGGAAAGGCTATTCACTAcc < 3:180218/126‑1 (MQ=40) cGATTTCGAATGTGATGCGGTGCACGACGAGGTCCTGCGCACCCAAGGCAAACTGGTCACCCGCACGCGCTACGACACCAGCGGTCGCCTGGCCGGAAAGGCTATTCACTACCGCGATGCCCCTGCTGAAGTGCTGCCACTGCTGGAc > 4:105836/1‑148 (MQ=255) gTGATGCGGTGCACGACGAGGTCCTGCGCACCCAAGGCAAACTGGTCACCCGCACGCGCTACGACACCAGCGGTCGCCTGGCCGGAAAGGCTATTCACTACCGCGATGCCCCTGCTGAAGTGCTGCCACTGCTGGACGAGGCCTATCGc > 6:366452/1‑149 (MQ=255) aTGCGGTGCACGACGAGGTCCTGCGCACCCAAGGCAAACTGGTCACCCGCACGCGCTACGACACCAGCGGTCGCCTGGCCGGAAAGGCTATTCACTACCGCGATGCCCCTGCTGAAGTGCTGCCACTGCTGGACGAGGCCTATCGCTa < 1:121302/148‑1 (MQ=255) gCGGTGCACGACGAGGTCCTGCGCACCCAAGGCAAACTGGTCACCCGCACGCGCTACGCCACCAGCGGTCGCCTGGCCGGAAAGGCTATTCACTACCGCGATGCCCCTGCTGAAGTGCTGCCACTGCTGGACGAGGCCTATCGCTACGa > 5:286971/1‑149 (MQ=255) cGGTGCACGACGAGGTCCTGCGCACCCAAGGCAAACTGGTCACCCGCACGCGCTACGACACCAGCGGTCGCCTGGCCGGAAAGGCTATTCACTACCGCGATGCCCCTGCTGAAGTGCTGCCACTGCTGGACGAGGCCTATCGCTACGAt < 4:9468/149‑1 (MQ=255) cACGACGAGGTCCTGCGCACCCAAGGCAAACTGGTCACCCGCACGCGCTACGACACCAGCGGTCGCCTGGCCGGAAAGGCTATTCACTACCGCGATGCCCCTGCTGAAGTGCTGCCACTGCTGGACGAGGCCTATCGCTACGa < 8:16481/143‑1 (MQ=255) cACGACGAGGTCCTGCGCACCCAAGGCAAACTGGTCACCCGCACGCGCTACGACACCAGCGGTCGCCTGGCCGGAAAGGCTATTCACTACCGCGATGCCCCTGCTGAAGTGCTGCCACTGCTGGACGAGGCCTATCGCTACGa > 7:16481/1‑143 (MQ=255) acgacgAGGTCCTGCGCACCCAAGGCAAACTGGTCACCCGCACGCGCTACGACACCAGCGGTCGCCTGGCCGGAAAGGCTATTCACTACCGCGATGCCCCTGCTGAAGTGCTGCCACTGCTGGACGAGGCCTATCGCTACGATGCCAGc < 5:286566/149‑1 (MQ=255) acgacgAGGTCCTGCGCACCCAAGGCAAACTGGTCACCCGCACGCGCTACGACACCAGCGGTCGCCTGGCCGGAAAGGCTATTCACTACCGCGATGCCCCTGCTGAAGTGCTGCCACTGCTGGACGAGGCCTATCGCTACGATGCCAGc < 5:353208/149‑1 (MQ=255) cccAAGGCAAACTGGTCACCCGCACGCGCTACGACACCAGCGGGCGCCTGGCCGGAAAGGCTATTCACTACCGCGATGCCCCTGCTGAAGTGCTGCCACTGCTGGACGAGGCCTATCGCTACGATGCCAGCGACAACCTGATTGCCGAg < 1:313433/149‑1 (MQ=255) ccAAGGCAAACTGGTCACCCGCACGCGCTACGACACCAGTGGTCGCCTGGCCGGAAAGGCTATTCACTACCGCGATGCCCCTGCTGAAGTGCTGCCACTGCTGGCCGAGGCCTATCGCTACGATGCCAGCGCCAACCTGagt > 4:303510/1‑140 (MQ=255) ccAAGGCAAACTGGTCACCCGCACGCGCTACGACACCAGTGGTCGCCTGGCCGGAAAGGCTATTCACTACCGCGATGCCCCTGCTGAAGTGCTGCCACTGCTGGACGAGGCCTATCGCTACGATGCCAGCGACAACCTGagt > 4:308608/1‑140 (MQ=255) ccAAGGCAAACTGGTCACCCGCACGCGCTACGACACCAGTGGTCGCCTGGCCGGAAAGGCTATTCACTACCGCGATGCCCCTGCTGAAGTGCTGCCACTGCTGGACGAGGCCTATCGCTACGATGCCAGCGACAACCTGAtt < 3:308608/142‑1 (MQ=255) ccAAGGCAAACTGGTCACCCGCACGCGCTACGACACCAGTGGTCGCCTGGCCGGAAAGGCTATTCACTACCGCGATGCCCCTGCTGAAGTGCTGCCACTGCTGGACGAGGCCTATCGCTACGATGCCAGCGACAACCTGAtt < 3:303510/142‑1 (MQ=255) ccAAGGCAAACTGGTCACCCGCACGCGCTACGACACCAGCGGTCGCCTGGCCGGAAAGGCTATTCACTACCGCGATGCCCCTGCTGAAGTGCTGCCACTGCTGGACGAGGCCTATCGCTACGATGCCAGCGACAACCTGATTGCCGAgg > 6:107206/1‑149 (MQ=39) aaGGCAAACTGGTCACCCGCACGCGCTACGACACCAGCGGTCGCCTGGCCGGAAAGGCTATTCACTACCGCGATGCCCCTGCTGAAGTGCTGCCACTGCTGGACGAGGCCTATCGCTACGATGCCAGCGACAACCTGATTGCCGAGGTa < 3:129018/149‑1 (MQ=39) gCAAACTGGTCACCCGCACGCGCTACGACACCAGCGGTCGCCTGGCCGGAAAGGCTATTCACTACCGCGATGCCCCTGCTGAAGTGCTGCCACTGCTGGACGAGGCCTATCGCTACGATGCCAGCGACAACCTGATTGCCGAGGTACt > 4:236965/1‑148 (MQ=39) gTCACCCGCACGCGCTACGACACCAGCGGTCGCCTGGCCGGAAAGGCTATTCACTACCGCGATGCCCCTGCTGAAGTGCTGCCACTGCTGGACGAGGCCTATCGCTACGATGCCAGCGACAACCTGATTGCCGAGGTACTgacccaga < 3:105836/148‑1 (MQ=39) aCCCGCACGCGCTACGACACCAGGGGTCGGCTGGCCGGAAAGGCTATTCAGTACCGCGATGCCCCTGCTGAAGTGCTGCCACTGATGGACTAGGCCTATCGCTACGATGCCAGCGACAACCTGATTTCCGa < 3:209467/131‑1 (MQ=11) aCCCGCACGCGCTACGACACCAGCGGTCGCCTGGCCGGAAAGGCTATTCACTACCGCGATGCCCCTGCTGAAGTGCTGCCACTGCTGGACGAGGCCTATCGCTACGATGCCAGCGACAACCTGATTGCCGAGGTACTgacccagaccca > 5:57127/1‑149 (MQ=255) aCCCGCACGCGCTACGACACCAGCGGTCGCCTGGCCGGAAAGGCTATTCACTACCGCGATGCCCCTGCTGAAGTGCTGCCACTGCTGGACGAGGCCTATCGCTACGATGCCAGCGACAACCTGATTGCCGAGGTACTgacccagacc > 6:347339/1‑147 (MQ=40) aCCCGCACGCGCTACGACACCAGCGGTCGCCTGGCCGGAAAGGCTATTCACTACCGCGATCCACCTCCTGAAGTGCTGCCACTCCTGTACCAGGCCTATCGCTACGATGCCAGAGACAACCTGAGTGCCGa > 4:209467/1‑131 (MQ=11) ccGCACGCGCTACGACACCAGCGGTCGCCTGGCCGGAAAGGCTATTCACTACCGCGATGCCCCTGCTGAAGTGCTGCCACTGCTGGACGAGGCCTATCGCTACGATGCCAGCGACAACCTGATTGCCGAGGTACTga > 2:22976/1‑137 (MQ=40) ccGCACGCGCTACGACACCAGCGGTCGCCTGGCCGGAAAGGCTATTCACTACCGCGATGCCCCTGCTGAAGTGCTGCCACTGCTGGACGAGGCCTATCGCTACGATGCCAGCGACAACCTGATTGCCGAGGTACTga < 1:22976/137‑1 (MQ=40) ccGCACGCGCTACGACACCAGCGGTCGCCTGGCCGGAAAGGCTATTCACTACCGCGATGCCCCTGCTGAAGTGCTGCCACTGCTGGACGAGGCCTATCGCTACGATGCCAGCGACAACCTGATTGCCGAGGTACTGACCCAGACCCAgc > 7:119648/1‑149 (MQ=255) gcgcTACGACACCAGCGGTCGCCTGGCCGGAAAGGCTATTCACTACCGCGATGCCCCTGCTGAAGTGCTGCCACTGCTGGACGAGGCCTATCGCTACGATGCCAGCGACAACCTGATTGCCGAGGTACTGACCCAGACCCAGCGCcgcg < 5:107206/149‑1 (MQ=255) gcTACGACACCAGCGGTCGCCTGGCCGGAAAGGCTATTCACTACCGCGATGCCCCTGCTGAAGTGCTGCCACTGCTGGACGAGGCCTATCGCTACGATGCCAGCGACAACCTGATTGCCGAGGTACTGACCCAGACACAGCGCCGCgg > 4:36847/1‑148 (MQ=255) tACGACACCAGCGGTCGCCTGGCCGGAAAGGCTATTCACTACCGCGATGCCCCTGCTGAAGTGCTGCCACTGCTGGACGAGGCCTATCGCTACGATGCCAGCGACAACCTGATTGCCGAGGTACTGACCCAGACCCAGCGCCGCGGGAt > 8:169243/1‑149 (MQ=255) cGACACCAGCGGTCGCCTGGCCGGAAAGGCTATTCACTACCGCGATGCCCCTGCTGAAGTGCTGCCACTGCTGGACGAGGCCTATCGCTACGATGCCAGCGACAACCTGATTGCCGAGGTACTGACCCAGACCCAGCGCCGCGGGATGa < 5:366452/149‑1 (MQ=255) gACACCAGCGGTCGCCTGGCCTGAAAGGCTATTCACTACCGCGATGCCCCTGCTGAAGTGCTGCCACTGCTGGACGAGGCCTATCGCTACGATGCCAGCGACAACCTGATTGCCGAGGTACTGACCCAGACCCAGCGCCGCTGGATGAc < 2:208655/149‑1 (MQ=255) ccAGCGGTCGCCTGGCCGGAAAGGCTATTCACTACCGCGATGCCCCTGCTGAAGTGCTGCCACTGCTGGACGAGGCCTATCGCTACGATGCCAGCGACAACCTGATTGCCGAGGTACTGACCCAGACCCAGCGCCGCGGGATGACCAAc < 7:73225/149‑1 (MQ=255) | ACTCAACCACCTGTACTACGGCAGCGGGCACCTGCACCAGATCAACCTGAACGGCCGGGTGATCAGCGATTTCGAACGTGATGCGGTGCACGACGAGGTCCTGCGCACCCAAGGCAAACTGGTCACCCGCACGCGCTACGACACCAGCGGTCGCCTGGCCGGAAAGGCTATTCACTACCGCGATGCCCCTGCTGAAGTGCTGCCACTGCTGGACGAGGCCTATCGCTACGATGCCAGCGACAACCTGATTGCCGAGGTACTGACCCAGACCCAGCGCCGCGGGATGACCAAC > NC_002947/4622853‑4623144 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |