Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,682,181 | G→A | 29.3% | W157* (TGG→TGA) | mltD → | membrane‑bound lytic murein transglycosylase D |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,682,181 | 0 | G | A | 29.3% | 79.5 / 38.4 | 58 | W157* (TGG→TGA) | mltD | membrane‑bound lytic murein transglycosylase D |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/20); new base A (8/9); total (29/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.35e-01 |
GGGAACGTGGCAGCCTCTACCTGCACTACATCGTCGAGCGCCTTGAAGAACGCGACATGCCGCTGGAACTGGCCCTGCTGCCAGCCATCGAAAGTGCCTACAACCCCATGGCCTACTCACGCGCCAGCGCTGCCGGCATGTGGCAGTTCATGCCGGCTACCGGTCGCCACTTCAACCTGCGCCAGACCAACTTCTATGACGGCCGCCGCGATGTCACCGCGTCGACCAACGCCGCGCTGGACTACCTGACCCGCCTGCACGACATGTTCAACGGCGACTGGCTGTTGG > NC_002947/4682039‑4682326 | gggAACGTGGCAGCCTCTACCTGCACTACATCGTCGAGCGCCTTGAAGAACGCGACATGCCGCTGGAACTGGCCCTGCTGCCAGCCATCGAAAGTGCCTACAACCCCATGGCCTACTCACGCGCCAGCGCTGCCGGCATGTGGCAGtt > 7:193601/1‑148 (MQ=255) gAACGTGGCAGCCTCTACCTGCACTACATCGTCGAGCGCCTTGAAGAACGCGACATGCCGCTGGAACTGGCCCTGCTGCCAGCCATCGAAAGTGCCTACAACCCCATGGCCTACTCACGCGCCAGCGCTGCCGGCATGTGGCAGtt > 1:189002/1‑146 (MQ=255) gAACGTGGCAGCCTCTACCTGCACTACATCGTCGAGCGCCTTGAAGAACGCGACATGCCGCTGGAACTGGCCCTGCTGCCAGCCATCGAAAGTGCCTACAACCCCATGGCCTACTCACGCGCCAGCGCTGCCGGCATGTGGCAGtt < 2:189002/146‑1 (MQ=255) gAACGTGGCAGCCTCTACCTGCACTACATCGTCGAGCGCCTTGAAGAACGCGACATGCCGCTGGAACTGGCCCTGCTGCCAGCCATCGAAAGTGCCTACAACCCCATGGCCTACTCACGCGCCAGCGCTGCCGGCATGTGGCAGTTCAt < 8:143743/149‑1 (MQ=255) cGTGGCAGCCTCTACCTGCACTACATCGTCGAGCGCCTTGAAGAACGCGACATGCCGCTGGAACTGGCCCTGCTGCCAGCCATCGAAAGTGCCTACAACCCCATGGCCTACTCACGCGCCAGCGCTGCCGGCATGTGACAGTTCATGcc < 8:181722/149‑1 (MQ=255) gCAGCCTCTACCTGCACTACATCGTCGAGCGCCTTGAAGAACGCGACATGCCGCTGGAACTGGCCCTGCTGCCAGCCATCGAAAGTGCCTACAACCCCATGGCCTACTCACGCGCCAGCGCTGCCGGCATGTGGCAGTTCATGCCGGc > 5:258149/1‑148 (MQ=255) aGCCTCTACCTGCACTACATCGTCGAGCGCCTTGAAGAACGCGACATGCCGCTGGAACTGGCCCTGCTGCCAGCCATCGAAAGTGCCTACAACCCCATGGCCTACTCACGCGCCAGCGCTGCCGGCATGTGGCAGTTCATGCCGGCTAc > 3:27004/1‑149 (MQ=255) ctctACCAGCACTACATCGTCGAGCGCCTTGAAGAACGCGACATGCCGCTGGAACTGGCCCTGCTGCCAGCCATCGAAAGTGCCTACAACCCCATGGCCTACTCACCCGCCAGCGCTGCCGGCATGTGGCAGTTCATGCAGGCAACCgg > 1:60273/1‑149 (MQ=255) tctACCTGCACTACATCGTCGAGCGCCTTGAAGAACGCGCCATGCCGCTGGAACTGGCCCTGCTGCCAGCCATCGAAAGTGCCTACAACCCCATGGCCTACTCACGCGCCAGCGCTGCCGGCATGTGGCAGTTCATGCCGGCTACCGGt > 6:180535/1‑149 (MQ=255) tctACCTGCACTACATCGTCGAGCGCCTTGAAGAACGCGACATGCCGCTGGAACTGGCCCTGCTGCCAGCCATCGAAAGTGCCTACAACCCCATGGCCTACTCACGCGCCAGCGCTGCCGGCATGTGGCAGTTCATGCCGGCTACCGGt > 5:280147/1‑149 (MQ=255) ccTGCACTACATCGTCGAGCGCCTTGAAGAACGCGACATGCCGCTGGAACTGGCCCTGCTGCCAGCCATCGAAAGTGCCTACAACCCCATGGCCTACTCACGCGCCAGCGCTGCCGGCATGTGGCAGTTCATGCCGGCTACCGGTCGc < 8:193601/148‑1 (MQ=255) ccTGCACTACATCGTCGAGCGCCTTGAAGAACGCGACATGCCGCTGGAACTGGCCCTGCTGCCAGCCATCGAAAGTGCCTACAACCCCATGGCCTACTCACGCGCCAGCGCTGCCGGCATGTGGCAGTTCATGCCGGCTACCGGTCGc < 1:169276/148‑1 (MQ=255) tACATCGTCGAGCGCCTTGAAGAACGCGACATGCCGCTGGAACTGGCCCTGCTGCCAGCCATCGAAAGTGCCTACAACCCCATGGCCTACTCACGCGCCAGCGCTGCCGGCATGTGACAGTTCATGCCGGCTACCGGTCGCCACTTCaa > 3:185162/1‑149 (MQ=255) cATCGTCGAGCGCCTTGAAGAACGCGACATGCCGCTGGAACTGGCCCTGCTGCCAGCCATCGAAAGTGCCTACAACCCCATGGCCTACTCACGCGCCAGCGCTGCCGGCATGTGGCAGTTCATGCCGGCTACCGGTCGCCACTTCAAcc > 3:327302/1‑149 (MQ=255) tcgtcgAGCGCCTTGAAGAACGCGACATGCCGCTGGAACTGGCCCTGCTGCCAGCCATCGAAAGTGCCTACAACCCCATGGCCTACTCACGCGCCAGCGCTGCCGGCATGTGGCAGTTCATGCCGGCTACCGGTCGCCACTTCAACCTg > 3:138029/1‑149 (MQ=255) cgAGCGCCTTGAAGAACGCGACATGCCGCTGGAACTGGCCCTGCTGCCAGCCATCGAAAGTGCCTACAACCCCATGGCCTACTCACGCGCCAGCGCTGCCGGCATGTGGCAGTTCATGCCGGCTACCGGTCGCCACTTCAACCTgcgc > 1:47595/1‑148 (MQ=255) gAGCGCCTTGAAGAACGCGACATGCCGCTGGAACTGGCCCTGCTGCCAGCCATCGAAAGTGCCTACAACCCCATGGCCTACTCACGCGCCAGCGCTGCCGGCATGTGGCAGTTCATGCCGGCTACCGGTCGCCACTTCAACCTGCGCCa < 6:258149/149‑1 (MQ=255) cgcCTTGAAGAACGCGACATGCCGCTGGAACTGGCCCTGCTGCCAGCCATCGAAAGTGCCTACAACCCCATGGCCTACTCACGCGCCAGCGCTGCCGGCATGTGGCAGTTCATGCCGGCTACCGGTCGCCACTTCAACCTGCGCCAGAc < 8:230798/149‑1 (MQ=255) cTTGAAGAACGCGACATGCCGCTGGAACTGGCCCTGCTGCCAGCCATCGAAAGTGCCTACAACCCCATGGCCTACTCACGCGCCAGCGCTGCCGGCATGTGACAGTTCATGCCGGCTACCGGTCGCCACTTCAACCTGCGCCAGACCaa > 1:267240/1‑149 (MQ=255) aagaaCGCGACATGCCGCTGGAACTGGCCCTGCTGCCAGCCATCGAAAGTGCCTACAACCCCATGGCCTACTCACGCGCCAGCGCTGCCGGCATGTGACAGTTCATGCCGGCTACCGGTCGCCACTTCAACCTGCGCCAGACCAACTTc > 5:63020/1‑149 (MQ=255) agaaCGCGACATGCCGCTGGAACTGGCCCTGCTGCCAGCCATCGAAAGTGCCTACAACCCCATGGCCTACTCACGCGCCAGCGCTGCCGGCATGTGGCAGTTCATGCCGGCTACCGGTCGCCACTTCAACCTGCGCCAGACCAACTTCt < 4:180686/149‑1 (MQ=255) agaaCGCGACATGCCGCTGGAACTGGCCCTGCTGCCAGCCATCGAAAGTGCCTACAACCCCATGGCCTACTCACGCGCCAGCGCTGCCGGCATGTGGCAGTTCATGCCGGCTACCGGTCGCCACTTCAACCTGCGCCAGACCAACTTCt < 4:27004/149‑1 (MQ=255) aaCGCGACTTGCCGCTGGAACTGGCCCTGCTGCCAGCCATCGAAAGTGCCTACAACCCCATGGCCTACTCACGCGCCAGCGCTGCCGGCATGTGGCAGTTCATGCCGGCTACCGGTCGCCACTTCAACCTGCGCCAGACCAACTTCTAt > 8:17140/1‑149 (MQ=255) ccGCTGGAACTGGCCCTGCTGCCAGCCATCGAAAGTGCCTACAACCCCATGGCCTACTCACGCGCCAGCGCTGCCGGCATGTGACAGTTCATGCCGGCTACCGGTCGCCACTTCAACCTGCGCCAGACCAACTTCTATGACGgccgcc < 6:63020/148‑1 (MQ=255) gCTGGAACTGGCCCTGCTGCCAGCCATCGAAAGTGCCTACAACCCCATGGCCTACTCACGCGCCAGCGCTGCCGGCATGTGGCAGTTCATGCCGGCTACCGGTCGCCACTTCAACCTGCGCCAGCCCAACTTCTATGACGGCcgccgc > 3:260826/1‑148 (MQ=255) cTGGAACTGGCCCTGCTGCCAGCCATCGAAAGTGCCTACAACCCCATGGCCTACTCACGCGCCAGCGCTGCCGGCATGTGGCAGTTCATGCCGGCTACCGGTCGCCACTTCAACCTGCGCCAGACCAACTTCTATGACGGCCGCCGCGa < 5:180535/149‑1 (MQ=255) cTGGCCCTGCTGCCAGCCATCGAAAGTGCCTACACCCCCATGGCCTACTCACGCGCCAGCGCTGCCGGCATGTGGCAGTTCATGCCGGCTACCGGTCGCCACTTCAACCTGCGCCAGACCAACTTCTATGACGGCCGCCGCGATGTCAc > 5:116961/1‑149 (MQ=255) ccTGCTGCCAGCCATCGAAAGTGCCTACAACCCCATGACCTACTAACGCCCCAGCGCTGCCCGCATGTGGCAGTTAATTCCGGCTACCCGTCGCCACTTCAACCTGCGCCAGACCAACTTAAATGAACGCCCCCCCGATGTCAccccc > 1:245926/1‑145 (MQ=255) ctgctgCCAGCCATCGAAAGTGCCTACAACCCCATGGCCTACTCACGCGCCAGCGCTGCCGGCATGTGACAGTTCATGCCGGCTACCGGTCGCCACTTCAACCTGCGCCAGACCAACTTCTATGACGGCCGCCGCGATGTCACCGCGTc < 5:240361/149‑1 (MQ=255) ctgcCAGCCATCGAAAGTGCCTACAACCCCATGGCCTACTCACGCGCCAGCGCTGCCGGCATGTGGCAGTTCATGCCGGCTACCGGTCGCCACTTCAACCTGCGCCAGACCAACTTCTATGACGGCCGCCGCGATGTCACCGCGTCGAc < 4:138029/149‑1 (MQ=255) ctgcCAGCCATCGAAAGTGCCTACAACCCCATGGCCTACTCACGCGCCAGCGCTGCCGGCATGTGACAGTTCATGCCGGCTACCGGTCGCCACTTCAACCTGCGCCAGACCAACTTCTATGACGGCCGCCGCGATGTCACCGCGTCGa < 2:267240/148‑1 (MQ=255) gAAAGTGCCTACAACCCCATGGCCTACTCACGCGCCAGCGCTGCCGGCATGTGGCAGTTCATGCCGGCTACCGGTCGCCACTTCAACCTGCGCCAGACCAACTTCTATGACGGCCGCCGCGATGTCACCGCGTCGACCAACGCCgcgc < 2:47595/148‑1 (MQ=255) aCAACCCCATGGCCTACTCACGCGCCAGCGCTGCCGGCATGTGGCAGTTCATGCCGGCTACCGGTCGCCACTTCAACCTGCGCCAGACCAACTTCTATGACGGCCGCCGCGATGTCCCCGCGTCGACCAACGCCGCGCTGGACTACCt > 4:195708/1‑148 (MQ=255) cAACCCCATGGCCTACTCACGCGCCAGCGCTGCCGGCATGTGACAGTTCATGCCGGCTACCGGTCGCCACTTCAACCTGCGCCAGACCAACTTCTATGACGGCCGCCGCGATGTCACCGCGTCGACCAACGCCGCGCTGGACTACCTGa < 5:56006/149‑1 (MQ=255) aaCCCCATGGCCTACTCACGCGCCAGCGCTGCCGGCATGTGGCAGTTCATGCCGGCTACCGGTCGCCACTTCAACCTGCGCCAGACCAACTTCTATGACGGCCGCCGCGATGTCACCGCGTCGACCAACGCCGCGCTGGACTACCTGAc > 7:341687/1‑149 (MQ=255) ccccATGGCCTACTCACGCGCCAGCGCTGCCGGCATGTGGCAGTTCATGCCGGCTACCGGTCGCCACTTCAACCTGCGCCAGACCAACTTCTATGACGGCCGCCGCGATGTCACCGCGTCGACCAACGCCGCGCTGGACTACCTGAccc < 6:280147/149‑1 (MQ=255) ccATGGCCTACTCACGCGCCAGCGCTGCCGGCATGTGGCAGTTCATGCCGGCTACCGGTCGCCACTTCAACCTGCGCCAGACCAACTTCTATGACGGCCGCCGCGATGTCACCGCGTCGACCAACGCCGCGCTGGACTACCTGACCCGc > 2:6926/1‑149 (MQ=255) cATGGCCTACTCACGCGCCAGCGCTGCCGGCATGTGGCAGTTCATGCCGGCTACCGGTCGCCACTTCAACCTGCGCCAGACCAACTTCTATGACGGCCGCCGCGATGTCACCGCGTCGACCAACGCCGCGCTGGACTACCTGACCCGcc > 7:93512/1‑149 (MQ=255) cATGGCCTACTCACGCGCCAGCGCTGCCGGCATGTGACAGTTCATGCCGGCTACCGGTCGCCACTTCAACCTGCGCCAGACCAACTTCTATGACGGCCGCCGCGATGTCACCGCGTCGACCAACGCCGCGCTGGACTACCTGACCCGcc > 8:291231/1‑149 (MQ=255) cgacgcccgcgCCCGCGCTGCCGGCCTGTGGCAGTTCCTGCCGGCTACCGGTCGCCACTTCAACCTGCGCCAGCCCAACTTCTATGACGGCCGCCGCGATGGCACCGCGTCGACCAACGCCGCGCTGGACTACCTGACCCGCCTGCACg < 8:93512/142‑1 (MQ=255) cTACTCACGCGCCAGCGCTGCCGGCATGTGACAGTTCATGCCGGCTACCGGTCGCCACTTCAACCTGCGCCAGACCAACTTCTATGACGGCCGCCGCGATGTCACCGCGTCGACCAACGCCGCGCTGGAc < 6:109440/130‑1 (MQ=255) cTACTCACGCGCCAGCGCTGCCGGCATGTGACAGTTCATGCCGGCTACCGGTCGCCACTTCAACCTGCGCCAGACCAACTTCTATGACGGCCGCCGCGATGTCACCGCGTCGACCAACGCCGCGCTGGAc > 5:109440/1‑130 (MQ=255) cTCACGCGCCAGCGCTGCCGGCATGTGGCAGTTCATGCCGGCTACCGGTCGCCACTTCAACCTGCGCCAGACCAACTTCTATGACGGCCGCCGCGATGTCACCGCGTCGACCAACGCCGCGCTGGACTACCTGACCCGCCt > 3:180157/1‑141 (MQ=255) cTCACGCGCCAGCGCTGCCGGCATGTGGCAGTTCATGCCGGCTACCGGTCGCCACTTCAACCTGCGCCAGACCAACTTCTATGACGGCCGCCGCGATGTCACCGCGTCGACCAACGCCGCGCTGGACTACCTGACCCGCCt < 4:180157/141‑1 (MQ=255) cTCACGCGCCAGCGCTGCCGGCATGTGGCAGTTCATGCCGGCTACCGGTCGCCACTTCAACCTGCGCCAGACCAACTTCTATGACGGCCGCCGCGATGTCACCGCGTCGACCAACGCCGCGCTGGACTACCTGACCCGCCTGCACGACa < 7:17140/149‑1 (MQ=255) cgcgCCAGCGCTGCCGGCATGTGGCAGTTCATGCCGGCTACCGGTCGCCACTTCAACCTGCGCCAGACCAACTTCTATGACGGCCGCCGCGATGTCACCGCGTCGACCAACGCCGCGCTGGACTACCTGACCCGCCTGCACGACATGtt < 6:116961/149‑1 (MQ=255) gcgcCAGCGCTGCCGGCATGTGGCAGTTCATGCCGGCTACCGGTCGCCACTTCAACCTGCGCCAGACCAACTTCTATGACGGCCGCCGCGATGTCACCGCGTCGACCAACGCCGCGCTGGACTACCTGACCCGCCTGCACGACATGtt > 4:347942/1‑148 (MQ=255) gcgcCAGCGCTGCCGGCATGTGGCAGTTCATGCCGGCTACCGGTCGCCACTTCAACCTGCGCCAGACCAACTTCTATGACGGCCGCCGCGATGTCACCGCGTCGACCAACGCCGCGCTGGACTACCTGACCCGCCTGCACGACATGTTc < 2:245926/149‑1 (MQ=255) gcgcCAGCGCTGCCGGCATGTGACAGTTCATGCCGGCTACCGGTCGCCACTTCAACCTGCGCCAGACCAACTTCTATGACGGCCGCCGCGATGTCACCGCGTCGACCAACGCCGCGCTGGACTACCTGACCCGCCTGCACGACATGtt > 8:712/1‑148 (MQ=255) gcgcCAGCGCTGCCAGCATGTGGCAGTTCATGCCGGCTACCGGTCGCCACTTCAACCTGCGCCAGACCAACTTCTATGACGGCCGCCGCGATGTCACCGCGTc < 5:16238/103‑1 (MQ=255) gcgcCAGCGCTGCCAGCATGTGGCAGTTCATGCCGGCTACCGGTCGCCACTTCAACCTGCGCCAGACCAACTTCTATGACGGCCGCCGCGATGTCACCGCGTc > 6:16238/1‑103 (MQ=255) aGCGCTGCCGGCATGTGACAGTTCATGCCGGCTACCGGTCGCCACTTCAACCTGCGCCAGACCAACTTCTATGACGGCCGCCGCGATGTCACCGCGTCGACCAACGCCGCGCTGGACTACCTGACCCGCCTGCACGACATGTTCaa > 5:52453/1‑146 (MQ=255) aGCGCTGCCGGCATGTGACAGTTCATGCCGGCTACCGGTCGCCACTTCAACCTGCGCCAGACCAACTTCTATGACGGCCGCCGCGATGTCACCGCGTCGACCAACGCCGCGCTGGACTACCTGACCCGCCTGCACGACATGTTCaa < 6:52453/146‑1 (MQ=255) ccGGCATGTGACAGTTCATGCCGGCTACCGGTCGCCACTTCAACCTGCGCCAGACCAACTTCTATGACGGCCGCCGCGATGTCACCGCGTCGACCAACGCCGCGCTGGACTACCTGACCCGCCTGCACGACATGTTCAACGGCGACt < 7:712/147‑1 (MQ=255) cATGTGGCAGTTCATGCCGGCTACCGGTCGCCACTTCAACCTGCGCCAGACCAACTTCTATGACGGCCGCCGCGATGTCACCGCGTCGACCAACGCCGCGCTGGACTACCTGACCCGCCTGCACGACATGTTCAACGGCGACTGGCTg < 4:210876/148‑1 (MQ=255) gtgACAGTTCATGCCGGCTACCGGTCGCCACTTCAACCTGCGCCAGACCAACTTCTATGACGGCCGCCGCGATGTCACCGCGTCGACCAACGCCGCGCTGGACTACCTGACCCGCCTGCACGAc > 5:217044/1‑124 (MQ=255) gtgACAGTTCATGCCGGCTACCGGTCGCCACTTCAACCTGCGCCAGACCAACTTCTATGACGGCCGCCGCGATGTCACCGCGTCGAACAACGCCGCGCTGGACTACCTGACCCGCCTGCACGAc < 6:217044/124‑1 (MQ=255) tgGCAGTTCATGCCGGCTACCGGTCGCCACTTCAACCTGCGCCAGACCAACTTCTATGACGGCCGCCGCGATGTCACCGCGTCGACCAACGCCGCGCTGGACTACCTGACCCGCCTGCACGACATGTTCAACGGCGACTGGCTGTTgg < 4:260826/148‑1 (MQ=255) | GGGAACGTGGCAGCCTCTACCTGCACTACATCGTCGAGCGCCTTGAAGAACGCGACATGCCGCTGGAACTGGCCCTGCTGCCAGCCATCGAAAGTGCCTACAACCCCATGGCCTACTCACGCGCCAGCGCTGCCGGCATGTGGCAGTTCATGCCGGCTACCGGTCGCCACTTCAACCTGCGCCAGACCAACTTCTATGACGGCCGCCGCGATGTCACCGCGTCGACCAACGCCGCGCTGGACTACCTGACCCGCCTGCACGACATGTTCAACGGCGACTGGCTGTTGG > NC_002947/4682039‑4682326 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |