Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,782,036 | G→C | 7.4% | R1760G (CGC→GGC) | pvdJ ← | non‑ribosomal peptide synthetase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,782,036 | 0 | G | C | 7.4% | 162.2 / 3.3 | 54 | R1760G (CGC→GGC) | pvdJ | non‑ribosomal peptide synthetase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/26); new base C (2/2); total (26/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.29e-01 |
TAACAGTGCCCAGGCGCCTTGCACCAGGGTGTTGACCGTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGAAACCTTGCAGCTCATTGCGCCAGAAATCACGCGAAGCCTCACGGTCCCATCGCTGCAGCAAGGCGATGAAGTCGCGGTAGCGCGGCGGCGTCGGCAGTTGTACCGGCACACCGGTGGTC > NC_002947/4781890‑4782184 | tAACAGTGCCCAGGCGCCTTGCACCAGGGTGTTGACCGTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGt > 7:67373/1‑149 (MQ=255) tAACAGTGCCCAGGCGCCTTGCACCAGGGTGTTGACCGTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCCGt > 8:190622/1‑149 (MQ=255) aCAGTGCCCAGGCGCCTTGCACCAGGGTGTTGACCGTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTc > 3:95790/1‑148 (MQ=255) gTGCCCAGGCGCCTTGCACCAGGGTGTTGACCGTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAAc > 1:216288/1‑149 (MQ=255) tGCCCAGGCGCCTTGCACCAGGGTGTTGACCGTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCCGttcgacc < 7:190622/149‑7 (MQ=255) ggCGCCTTGCACCAGGGTGTTGACCGTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGTTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTCTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAgcg < 7:172754/149‑1 (MQ=255) ccTTGCACCAGGGTGTTGACCGTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGt > 3:225426/1‑149 (MQ=255) ttGCACCAGGGTGTTGACCGTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACgg < 8:264560/138‑1 (MQ=255) ttGCACCAGGGTGTTGACCGTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACgg > 7:264560/1‑138 (MQ=255) ttGCACCAGGGTGTTGACCGTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCg > 1:142346/1‑149 (MQ=255) ttGCACCAGGGTGTTGACCGTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTCGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCg > 8:15026/1‑149 (MQ=255) cACCAGGGTGTTGACCGTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGc < 7:70745/148‑1 (MQ=255) cACCAGGGTGTTGACCGTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGc < 8:67373/148‑1 (MQ=255) ccAGGGTGTTGACCGTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGc > 5:82302/1‑149 (MQ=255) ggggtTGACCGGCAACTGTGCCGCCGGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGa < 8:10742/146‑1 (MQ=255) tgtTGACCGTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGaaa < 4:225426/149‑1 (MQ=255) tgtTGACCGTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGaaa < 4:95790/149‑1 (MQ=255) tgtTGACCGTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGaaa < 2:147265/149‑1 (MQ=255) gACCGTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTc > 1:67437/1‑141 (MQ=255) gACCGTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTc < 2:67437/141‑1 (MQ=255) gTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGAAACCTTGCAg > 4:37461/1‑149 (MQ=255) gTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGAAACCTTGCAg > 7:134113/1‑149 (MQ=255) tCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGAAACCTTGc < 6:98603/146‑1 (MQ=255) tCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGAAACCTTGc > 5:98603/1‑146 (MQ=255) ccgccTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGGGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGAAACCTTGCAGCTCATTgcgc < 6:24568/149‑1 (MQ=255) cTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGAAACCTTGCAGCTCATTGCGCCAg > 1:17265/1‑148 (MQ=255) gggCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGAAACCTTGCAGCTCATTGCGCCAGaaa > 7:7195/1‑149 (MQ=255) cgcCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGAAACCTTGCAGCTCATTGCGCCAGAAATCACGCGaa < 6:307338/148‑1 (MQ=255) aCCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGAAACCTTGCAGCTCATTGCGCCAGAAATCACGCGAAGCCTc < 5:26752/149‑1 (MQ=255) ccTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGAAACCTTGCAGCTCATTGCGCCAGAAATCACGCGAAGCCTCa < 3:271760/149‑1 (MQ=255) ccTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGAAACCTTGCAGCTCATTGCGCCAGAAATCACGCGAAGCCTCa < 8:125979/149‑1 (MQ=255) cTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGAAACCTTGCAGCTCATTGCGCCAGAAATCACGCGAAGCCTCAc > 3:17866/1‑149 (MQ=255) cgcgcTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGAAACCTTGCAGCTCATTGCGCCAGAAATCACGCGAAGCCTCACGGt > 3:95352/1‑149 (MQ=255) gcgcTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGAAACCTTGCAGCTCATTGCGCCAGAAATCACGCGAAGCCTCACGGTc < 8:134113/149‑1 (MQ=255) gcgGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGAAACCTTGCAGCTCATTGCGCCAGAAATCACGCGAAGCCTCACGGTCCCATCGCTgc < 8:7195/148‑1 (MQ=255) gTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGAAACCTTGCAGCTCATTGCGCCAGAAATCACGCGAAGCCTCACGGTCCCATCGCTGCAGCAAGGCGa > 8:280000/1‑149 (MQ=255) tACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGAAACCTTGCAGCTCATTGCGCCAGAAATCACGCGAAGCCTCACGGTCCCATCGCTGCAGCAAGGCGAt < 6:82302/149‑1 (MQ=255) tACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGAAACCTTGCAGCTCATTGCGCCAGAAATCACGCGAAGCCTCACGGTCCCATCGCTGCAGCAAGGCGAt < 2:216288/149‑1 (MQ=255) agctgCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGAAACCTTGCAGCTCATTGCGCCAGAAATCACGCGAAGCCTCAc < 7:163452/117‑1 (MQ=255) aTCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGAAACCTTGCAGCTCATTGCGCCAGAAATCACGCGAAGCCTCACGGTCCCATCGCTGCAGCAAGGCGATGAAGTCGCgg > 4:42662/1‑148 (MQ=255) tCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGAAACCTTGCAGCTCATTGCGCCAGAAATCACGCGAAGCCTCACGGTCCCATCGCTGCAGCAAGGCGATGAAGTCGCgg > 5:5230/1‑147 (MQ=255) tCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGAAACCTTGCAGCTCATTGCGCCAGAAATCACGCGAAGCCTCACGGTCCCATCGCTGCAGCAAGGCGATGAAGTCGCgg > 2:252492/1‑147 (MQ=255) cACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGAAACCTTGCAGCTCATTGCGCCAGAAATCACGCGAAGCCTCACGGTCCCATCGCTGCAGCAAGGCGATGAAGTCGCGGTAGcgcg > 7:219042/1‑149 (MQ=255) aCTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGAAACCTTGCAGCTCATTGCGCCAGAAATCACGCGAAGCCTCACGGTCCCATCGCTGCAGCAAGGCGATGAAGTCGCGGTAGCgcgg > 7:220706/1‑149 (MQ=255) aCTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGAAACCTTGCAGCTCATTGCGCCAGAAATCACGCGAAGCCTCACGGTCCCATCGCTGCAGCAAGGCGATGAAGTCGCGGTAGCgcgg > 2:323973/1‑149 (MQ=255) ctgctgCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGAAACCTTGCAGCTCATTGCGCCAGAAATCACGCGAAGCCTCACGGTCCCATCGCTGCAGCAAGGCGATGAAGTCGCGGTAGCgcggc < 4:95352/149‑1 (MQ=255) ctgcATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGAAACCTTGCAGCTCATTGCGCCAGAAATCACGCGAAGCCTCACGGTCCCATCGCTGCAGCAAGGCGATGAAGTCGCGGTAGCgcggcg < 2:17265/147‑1 (MQ=255) cATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGAAACCTTGCAGCTCATTGCGCCAGAAATCACGCGAAGCCTCACGGTCCCATCGCTGCAGCAAGGCGATGAAGTCGCGGTAGCGCGGCGGCGTc > 6:225454/1‑149 (MQ=255) aTGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGAAACCTTGCAGCTCATTGCGCCAGAAATCACGCGAAGCCTCACGGTCCCATCGCTGCAGCAAGGCGATGAAGTCGCGGTAGCGCGGCGGCGTCg < 8:219042/149‑1 (MQ=255) tgCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGAAACCTTGCAGCTCATTGCGCCAGAAATCACGCGAAGCCTCACGGTCCCATCGCTGCAGCAAGGCGATGAAGTCTCGGTAGCGCGGCGGCGTCGGCAGtt < 7:15026/148‑1 (MQ=255) cgcgctgCCGTTCGACCGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGAAACCTTGCAGCTCATTGCGCCAGAAATCACGCGAAGCCTCACGGTCCCATCGCTGCAGCAAGGCGATGAAGTCGCGGTAGCGCGGCGGCGTCGGCAGtt > 8:311553/2‑137 (MQ=255) cgcgctgCCGTTCGACCGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGAAACCTTGCAGCTCATTGCGCCAGAAATCACGCGAAGCCTCACGGTCCCATCGCTGCAGCAAGGCGATGAAGTCGCGGTAGCGCGGCGGCGTCGGCAGtt < 7:311553/136‑1 (MQ=255) cGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGAAACCTTGCAGCTCATTGCGCCAGAAATCACGCGAAGCCTCACGGTCCCATCGCTGCAGCAAGGCGATGAAGTCGCGGTAGCGCGGCGGCGTCGGCAGTTGTACCGGCACACCggtggt < 5:225454/149‑1 (MQ=255) cGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGAAACCTTGCAGCTCATTGCGCCAGAAATCACGCGAAGCCTCACGGTCCCATCGCTGCAGCAAGGCGATGAAGTCGCGGTAGCGCGGCGGCGTCGGCAGTTGTACCGGCACACCggtggt < 1:323973/149‑1 (MQ=255) ggTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGAAACCTTGCAGCTCATTGCGCCAGAAATCACGCGAAGCCTCACGGTCCCATCGCTGCAGCAAGGCGATGAAGTCGCGGTAGCGCGGCGGCGTCGGCAGTTGTACCGGCACACCggtggt > 3:309030/1‑148 (MQ=255) ggTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGAAACCTTGCAGCTCATTGCGCCAGAAATCACGCGAAGCCTCACGGTCCCATCGCTGCAGCAAGGCGATGAAGTCGCGGTAGCGCGGCGGCGTCGGCAGTTGTACCGGCACACCGGTGGTc < 3:37461/149‑1 (MQ=255) | TAACAGTGCCCAGGCGCCTTGCACCAGGGTGTTGACCGTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGAAACCTTGCAGCTCATTGCGCCAGAAATCACGCGAAGCCTCACGGTCCCATCGCTGCAGCAAGGCGATGAAGTCGCGGTAGCGCGGCGGCGTCGGCAGTTGTACCGGCACACCGGTGGTC > NC_002947/4781890‑4782184 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |