Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,824,151 | A→G | 6.9% | F2347L (TTC→CTC) | pvdL ← | non‑ribosomal peptide synthetase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,824,151 | 0 | A | G | 6.9% | 165.2 / 2.5 | 58 | F2347L (TTC→CTC) | pvdL | non‑ribosomal peptide synthetase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (23/31); new base G (2/2); total (25/33) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.12e-01 |
GCAGTACCACGCGCGCACCACACAACAGCGGCACCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAAC‑TCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTC > NC_002947/4824010‑4824289 | gcAGTACCACGCGCGCACCACACAACAGCGGCACCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAAC‑TCGCCa > 8:107407/1‑149 (MQ=255) aGTACCACGCGCGCACCACACAACAGCGGCACCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAGT‑TCGCCATg < 8:96761/149‑1 (MQ=255) ggaCCCCGCGCGGACCACACAACAGCGGCACCCACAGGCGCTCGCTGGTAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAAC‑TCGCCATgg < 7:298545/147‑1 (MQ=255) gTACCACGCGCGCACCACACAACAGCGGCACCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAAC‑TCGCCATgg < 3:158435/149‑1 (MQ=255) ccACGCGCGCACCACACAACAGCGGCACCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAGT‑TCGCCATgcact < 1:175717/149‑5 (MQ=255) ccACGCGCGCACCACACAACAGCGGCACCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAAC‑TCGCCATGGCt > 2:76298/1‑148 (MQ=255) cACGCGCGCACCACACAACAGCGGCACCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAAC‑TCGCCATGGCTGa < 1:76298/149‑1 (MQ=255) accacACAACAGCGGCACCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAAC‑TCGCCATGGCTGACCACCACGc > 4:250751/1‑149 (MQ=255) caacaGCGGCACCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAAC‑TCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTgg < 8:5975/149‑1 (MQ=255) aCCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATTCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAAC‑TCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGt < 6:226925/149‑1 (MQ=255) aCCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAAC‑TCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGt < 5:277583/149‑1 (MQ=255) cccACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAAC‑TCGCCATGGCTGac < 3:118997/124‑1 (MQ=255) cccACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAAC‑TCGCCATGGCTGac > 4:118997/1‑124 (MQ=255) cccACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAAC‑TCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTg < 6:288671/149‑1 (MQ=255) ccACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAAC‑TCGCCATGGCTGACAACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTg > 2:87240/1‑148 (MQ=255) caGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAAC‑TCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGc < 3:37633/149‑1 (MQ=255) ggCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAAC‑TCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCt < 1:82664/149‑1 (MQ=255) gcgcTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAAC‑TCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGc < 2:301703/146‑1 (MQ=255) gcgcTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAAC‑TCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGc > 1:301703/1‑146 (MQ=255) cgctcgctGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTg < 1:79187/149‑1 (MQ=255) gctcgctGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAAC‑TCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAg < 3:185154/149‑1 (MQ=255) ctcgctGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAAC‑TCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAgg < 7:238371/149‑1 (MQ=255) gCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAAC‑TCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGa > 3:317863/1‑148 (MQ=255) cAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAAC‑TCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATc < 4:317863/149‑1 (MQ=255) aaTTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAAC‑TCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGcc < 4:64274/149‑1 (MQ=255) gATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAAC‑TCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTgg < 3:250751/148‑1 (MQ=255) gcGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAAC‑TCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGtgc > 5:118582/2‑149 (MQ=255) gAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAAC‑TCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGtgctg > 6:193369/1‑149 (MQ=255) aaTAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGTAGTGCATGGCGAAC‑TCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGgtgt < 6:153462/126‑1 (MQ=255) aaTAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGTAGTGCATGGCGAAC‑TCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGgtgt > 5:153462/1‑126 (MQ=255) aTAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAAC‑TCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCg < 1:87240/149‑1 (MQ=255) gAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAAC‑TCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCgg > 3:23203/1‑147 (MQ=255) aaTGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAAC‑TCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAg < 7:107407/148‑1 (MQ=255) cTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAAC‑TCGcc < 3:328166/66‑1 (MQ=255) cTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACAGCCTGGCAGTGCATGGCGAAC‑TCGcc > 4:328166/1‑66 (MQ=255) gCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAAC‑TCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGt > 1:862/1‑149 (MQ=255) gCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAAC‑TCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGt > 7:137381/1‑149 (MQ=255) cAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAAC‑TCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTc < 4:23203/149‑1 (MQ=255) aaTCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAAC‑TCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGCTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTc > 5:347424/1‑148 (MQ=255) gCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAAC‑TCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGt < 4:67039/119‑1 (MQ=255) gCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAAC‑TCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGt > 3:67039/1‑119 (MQ=255) cGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAAC‑TCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAg > 7:261005/1‑149 (MQ=255) aaTGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAAC‑TCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTg > 5:236293/1‑144 (MQ=255) aaTGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAAC‑TCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTg < 6:236293/144‑1 (MQ=255) cggcgATCACGGCCTGGCAGTGCATGGCGAAC‑TCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGgccgcc < 6:347424/149‑1 (MQ=255) cgATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAAC‑TCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAgg > 4:275276/1‑149 (MQ=255) tCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAAC‑TCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTg > 1:267236/1‑149 (MQ=255) cACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAAC‑TCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCACGTAAGACTCCTTATCATTAAAAATAAAGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTgg > 2:135322/1‑149 (MQ=255) aCCGCCTGGCAGTGCATGGCGAAC‑TCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTATATCAGCTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTggc < 5:193369/149‑1 (MQ=255) aCCGCCTGGCAGTGCATGGCGAAC‑TCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTggc < 3:275276/149‑1 (MQ=255) cGCCTGGCAGTGCATGGCGAAC‑TCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAg > 3:55478/1‑108 (MQ=255) cGCCTGGCAGTGCATGGCGAAC‑TCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAg < 4:55478/108‑1 (MQ=255) cGCCTGGCAGTGCATGGCGAAC‑TCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGt > 7:69298/1‑131 (MQ=255) cGCCTGGCAGTGCATGGCGAAC‑TCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGt < 8:69298/131‑1 (MQ=255) tGGCAGTGCATGGCGAAC‑TCGCCATGGCTGACCACCACGCGCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATc < 6:118582/149‑1 (MQ=255) cAGTGCATGGCGAAC‑TCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTc < 8:137381/149‑1 (MQ=255) gccATGGCGAGT‑TCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTc > 5:334194/3‑149 (MQ=255) ccATGGCGAGT‑TCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCACGTAAGACTCCTTATCATTAAAAAAAAGATTGTCCAGCGGTGGATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTc > 2:52434/2‑148 (MQ=255) | GCAGTACCACGCGCGCACCACACAACAGCGGCACCCACAGGCGCTCGCTGGCAGCGTCGAAATTGATCGAATAGAAATGCAGCTCGCAATCATCGCTGCGCATGCCGAATGCGGCGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAAC‑TCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTC > NC_002947/4824010‑4824289 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |