| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,126,647 | +C | intergenic (‑101/+48) | tdcG‑II ← / ← gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,126,645 | 1 | . | C | 84.0% | 68.1 / 8.4 | 25 | intergenic (‑99/+50) | tdcG‑II/gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (4/0); new base C (5/16); total (9/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.96e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGC‑GGGT‑AAA‑CCGCTCCTACACAGAGCCCGC‑CACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGG > NC_002947/1126500‑1126781 | gAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTTACCGCCAATGGGGACGTTTAGCCCCCATCGCCTTAGC‑GGGT‑aaaac > 4:110642/1‑146 (MQ=255) atgccgatCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTTAACGCGAATTCGGTGGGATATGCACCATCGCATTAGC‑CGGTAAAA‑CCGCTCCTac > 7:131238/1‑148 (MQ=255) ccgatCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCCGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGTTTTACCCGCTAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGC‑GGTT‑AAACCCGCTCCTAcaca < 6:96690/148‑1 (MQ=255) aaCCGGGCGCAGACGCTCTGGGACATGTGGACGTCCTGCCAGGTTGTGGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATCGCCACCATCGCATTCGC‑GGGT‑AAACCCGCTCCTACACaga < 8:110386/141‑1 (MQ=25) aaCAGGGCGAAGACGCTCAGGGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGC‑GGGT‑AAACCCGCTCCTACACaga < 7:74399/141‑1 (MQ=255) gCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTTAACCCGCAAGGGGAGGTATATGCCCCAAAGCAATAGC‑CGGTAAAA‑CCCCGGCTACACAACGCCCCC‑CCCcccacccacggg > 4:127285/1‑144 (MQ=255) tCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGGTTTACCC‑CCAATGCGGGGGGTTAGCCCACATCGCCCTAGCGGGGT‑AAC‑CCCCGGCGACACCCAGCCCCC‑CCCCCCACCCACGTGGc > 5:89783/1‑148 (MQ=255) tCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTGGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGC‑GGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGC‑CACCCAAGCCAGGTGGc < 5:39766/148‑1 (MQ=255) tcctGCGAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTCCCCGCGAATGCGGCGGTATAGCCACCATCGCATTCGG‑GGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGC‑CACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGc < 2:102024/148‑1 (MQ=38) 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caTCGCATTCGC‑GGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGC‑CACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCg > 1:6188/1‑148 (MQ=255) gc‑gGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGC‑CACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACcggcgg > 2:178817/1‑146 (MQ=255) | GAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGC‑GGGT‑AAA‑CCGCTCCTACACAGAGCCCGC‑CACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGG > NC_002947/1126500‑1126781 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |