| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 5989280 | 1798 (57.690) | 20 (0.710) | 11/262 | 1.5 | 1.1% | noncoding (29/87 nt) | PP_mr64 | C4 ncRNA |
| ? | NC_002947 | = 5989327 | 1883 (66.870) | noncoding (76/87 nt) coding (38/399 nt) |
PP_mr64 PP_5247 |
C4 ncRNA hypothetical protein |
|||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 2449 total aligned reads displayed.
CAAGGAATTATCCTACACACCGTGTCGACGCCCGTCTGATTGTCCGGGGAAAGCCAGCTCTCTAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCGTTATGGCAGTTGTGCGCGTGAGGCCGTTTGGCCTACCGGCTTGCCTTCTCACCGGTTTTCCACCCCGCGCACAACTGCCGCCTTCTGCGTGGAAACGGGTGGTTGCAGTTCAATCCTGGAGAAGGAATTGCCATGAAAAGAATCGTCCCCGATCCACCCCTCCCC > NC_002947/5989133‑5989427 | cAAGGAATTATCCTACACACCGTGTCGACGCCCGTCTGATTGTCCGGGGAAAGCCAGCTCTCTAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCGTTATGGCAGTTGTGCGCG > 6:18706‑M1/1‑148 (MQ=255)cAAGGAATTATCCTACACACCGTGTCGACGCCCGTCTGATTGTCCGGGGAAAGCCAGCTCTCTAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCGTTATGGCAGTTGTGCGCG > 7:136514‑M1/1‑148 (MQ=255)cAAGGAATTATCCTACACACCGTGTCGACGCCCGTCTGATTGTCCGGGGAAAGCCAGCTCTCTAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCGTTATGGCAGTTGTGCGCG > 3:57944‑M1/1‑148 (MQ=255)cAAGGAATTATCCTACACACCGTGTCGACGCCCGTCTGATTGTCCGGGGAAAGCCAGCTCTCTAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCGTTATGGCAGTTGTGCGCG > 6:84358‑M1/1‑148 (MQ=255)cAAGGAATTATCCTACACACCGTGTCGACGCCCGTCTGATTGTCCGGGGAAAGCCAGCTCTCTAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACACGGATGTGATGAAGGGCTGCCGTTATTGCAGTTGTGCGCG > 3:90877‑M1/1‑148 (MQ=255) aaGGAATTATCCTACACACCGTGTCTACGCCCGTCTGATTGTCCGGGGAAAGCCAGCTCTCTAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCGTTATGGCAGTTGTGCGCGt < 6:47181/148‑1 (MQ=255) cTACACACCGTGTCGACGCCCGTCTGATTGTCCGGGGAAAGCCAGCTCTCTAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCGTTATGGCAGTTGTGCGCGTGAGGCCGTTTg < 2:89712/148‑1 (MQ=255) tgtCGACGCCCGTCTGATTGTCCGGGGAAAGCCAGCTCTCTAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCGTTATGGCAGTTGTGCGCGTGAGGCCGTTTGGCCTACCGGc < 5:101138/148‑1 (MQ=255) cGACGCCCGTCTGATTGTCCGGGGAAAGCCAGCTCTCTAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCGTTATGGCAGTTGTGCGCGTGAGGCCGTTTGGCCTACCGGCtt < 7:60956/147‑1 (MQ=255) gCCCGTCTGATTGTCCGGGGAAAGCCAGCTCTCTAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCGTTATGGCAGTTGTGCGCGTGAGGCCGTTTGGCCTACCGGCTTGCCtt > 8:38901/1‑148 (MQ=255) gCCCGTCTGATTGTCCGGGGAAAGCCAGCTCTCTAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCGTTATGGCAGTTGTGCGCGTGAGGCCGTTTGGCCTACCGGCTTGCCtt < 2:151118/148‑1 (MQ=255) ccGTCTGATTGTCCGGGGAAAGCCAGCTCTCTAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCGTTATGGCAGTTGTGCGCGTGAGGCCGTTTGGCCTACCGGCTTGCCTtc > 5:148982/1‑147 (MQ=255) tCTGATTGTCCGGGGAACGCCAGCTCTCTAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCGTTATGGCAGTTGTGCGCGTGAGGCCCTTTGGCCTACCGGCTTGCCTTCTCAc > 8:132323/1‑148 (MQ=255) 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(MQ=255) ccAGCTCTCTAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCGTTATGGCAGTTGTGCGCGTGAGGCCGTTTGGCCTACCGGCTTGCCTTCTCACCGGTTTTCCACCCcgcgc < 6:106950‑M2/147‑6 (MQ=255) ccAGCTCTCTAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCGTTATGGCAGTTGTGCGCGTGAGGCCGTTTGGCCTACCGGCTTGCCTTCTCACCGGTTTTCCACCCcgcgc < 4:104197‑M2/147‑6 (MQ=255) ctctctAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCGTTATGGCAGTTGTGCGCGgggtggaaaaccggtgagaaggcaagccggtaggccaaacggcctcacgcgcacaac < 6:66451‑M1/148‑58 (MQ=255) ctctctAGGCTGACCAGGTCACTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCGTTATGGCAGTTGTGCGCGgggtggaaaaccggtgagaaggcaagccggtaggccaaacggcctcacgcgcacaac < 1:63775‑M1/148‑58 (MQ=255) tctAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCGTTATGGCAGTTGTGCGCGTGAGGCCGTTTGGCCTACCGGCTTGCCTTCTCACCGGTTTTCCACCCcgcgcacaactgc < 4:53265‑M2/148‑14 (MQ=255) 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tgaAGGGCTGCCGTTATGGCAGTTGTGCGCGTGAGGCCGTTTGGCCTACCGGCTTGCCTTCTCACCGGTTTTCCACCCCGCGCACAACTGCCGCCTTCTGCGTGGAAACGGGTGGTTGCAGTTCAATCCTGGAGAAGGAATTGCCAt < 3:46317/147‑1 (MQ=255) tgaAGGGCTGCCGTTATGGCAGTTGTGCGCGTGAGGCCGTTTGGCCTACCGGCTTGCCTTCTCACCGGTTTTCCACCCCGCGCACAACTGCCGACTTCTGCGTGGAAACGGGTGGTTGCAGTTCAATCCTGGAGAAGGAATTGCCAt > 7:128706/1‑147 (MQ=255) aGGGCTGCCGTTATGGCAGTTGTGCGCGTGAGGCCGTTTGGCCTACCGGCTTGCCTTCTCACCGGTTTTCCACCCCGCGCACAACTGCCGCCTTCTGCGTGGAAACGGGTGGTTGCAGTTCAATCCTGGAGAAGGAATTGCCATGaaa < 3:163917/148‑1 (MQ=255) gggCTGCCGTTATGGCAGATGTGCGCGTGAGGCCGTTTGGCCTACCGGCTTGCCTTCTCACCGGTTTTCCACCCCGCGCACAACTGCCGCCTTCTGCGTGGAAACGGGTGGTTGCAGTTCAATCCTGGAGAAGGAATTGCCATGaaaa < 6:147289/148‑1 (MQ=255) cTGCCGTTATGGCAGTTGTGCGCGTGAGGCCGTTTGGCCTACCGGCTTGCCTTCTCCCCGGTTTTCCACCCCGCGCACCACTGCCGCCTTCTGCGTGGAAACGGGTGGTTGCAGTTCAATCCTGGAGAAGGAATTGCCATGAAAAGaa > 5:9666/1‑148 (MQ=255) tGCCGTTATGGCAGTTGTGCGCGTGAGGCCGTTTGGCCTACCGGCTTGCCTTCTCACCGGTTTTCCACCCCGCGCACAACTGCCGCCTTCTGCGTGGAAACGGGTGGTTGCAGTTCAATCCTGGAGAAGGAATTGc < 7:50129/136‑1 (MQ=255) gCCGTTATGGCAGTTGTGCGCGTGAGGCCGTTTGGCCTACCGGCTTGCCTTCTCACCGGTTTTCCACCCCGCGCACAACTGCCGCCTTCTGCGTGGAAACGGGTGGTTGc > 1:29127/1‑110 (MQ=255) ccGTTATGGCAGTTGTGCGCGTGAGGCCGTTTGGCCTACCGGCTTGCCTTCTCACCGGTTTTCCACCCCGCGCCCAACTGCCGCCTTCTGCGTGGAACCGGGTGGTTGCAGTTCAATCCTGGAGAAGGCATTGCCATGAAAAGAATCg > 1:133599/1‑148 (MQ=255) cGTTATGGCAGTTGTGCGCGTGAGGCCGTTTGGCCTACAGGCTTCCCTTCTCACCGGTTTTCCACCCCGCGCACAACTGCCGCCTTCTGCGTGGAAACGGGTGGTTGCAGTTCAATCCTGGAGAAGGAATTGCCATGAAAAGAATCGt > 2:6347/1‑148 (MQ=255) gTTATGGCAGTTGTGCGCGTGAGGCCGTTTGGCCTACCGGCTTGCCTTCTCACCGGTTTTCCACCCCGCGCACAACTGCCGCCTTCTGCGTGGAAACGGGTGGTTGCAGTTCAATCCTGGAGAAGGAATTGCCATGAAAAGAATCGTc > 1:78660/1‑148 (MQ=255) ttATGGCAGTTGTGCGCGTGAGGCCGTTTGGCCTACCGGCTTGCCTTCTCACCGGTTTTCCACCCCGCGCACAACTGCCGCCTTCTGCGTGGAAACGGGTGGTTGCAGTTCAATCCTGGAGAAGGAATTGCCATGAAAAGAATCGTcc < 1:147419/148‑1 (MQ=255) tATGGCAGTTGTGCGCGTGAGGCCGTTTGGCCTACCGGCTTGCCTTCTCACCGGTTTTCCACCCCGCGCACAACTGCCGCCTTCTGCGTGGAAACGGGTGGTTGCAGTTCAATCCTGGAGAAGGAATTGCCATGAAAAGAATCGTccc < 5:112717/148‑1 (MQ=255) tGGCAGTTGTGCGCGTGAGGCCGTTTGGCCTACCGGCTTGCCTTCTCACCGGTTTTCCACCCCGCGCACAACTGCCGCCTTCTGCGTGGAAACGGGTGGTTGCAGTTCAATCCTGGAGAAGGAATTGCCATGAAAAGAATCGTCCCCg > 3:112590/1‑148 (MQ=255) GGCAGTTGTGCGCGTGAGGCCGTTTGGCCTACCGGCTTGCCTTCTCACCGGTTTTCCACCCCGCGCACAACTGCCGCCTTCTGCGTGGAAACGGGTGGTTGCAGTTCAATCCTGGAGAAGGAATTGCCATGAAAAGAATCGTCCCCGa > 7:37102‑M1/1‑148 (MQ=255) GCAGTTGTGCGCGTGAGGCCGTTTGGCCTACCGGCTTGCCTTCTCACCGGTTTTCCACCCCGCGCACAACTGCCGCCTTCTGCGTGGAAACGGGTGGTTGCAGTTCAATCCTGGAGAAGGAATTGCCATGAAAAGAATCGTCCccgct < 3:78513‑M1/148‑3 (MQ=255) CAGTTGTGCGCGTGAGGCCGTTTGGCCTACCGGCTTGCCTTCTCACCGGTTTTCCACCCCGCGCACAACTGCCGCCTTCTGCGTGGAAACGGGTGGTTGCAGTTCAATCCTGGAGAAGGAATTGCCATGAAAAGAATCGTCCCCGATc < 2:35337‑M1/148‑1 (MQ=255) aGTTGTGCGCTgggtggaaaacaggtgagaaggcaagccggtaggccaaacggccgcacgcgcacaactgccataacggcagcccttcatcacatccggggttccacacccgatcgctgacccgacagcgacctggtcagcctagaga < 5:8738‑M1/148‑138 (MQ=255) aGTTGTGCGCGgggtggaaaaccggtgagaaggcaagccggtaggccaaacggcctcacgcgcacaactgccataacggcagcccttcatcacatccgggtttccacacccgatcgctgaaccgacagcgacctggtcagcctagaga < 3:3343‑M1/148‑138 (MQ=255) gTTGTGCGCGgggtggaaaaccggtgagaaggcaagccggtaggccaaacggcctcacgcgcacaactgccataacggcagcccttcatcacatccgggtttccacacccgatcgctgaaccgacagcgacctggtcagcctagagag < 7:156675‑M1/148‑139 (MQ=255) GTTGTGCGCGTGAGGCCGTTTGGCCTACCGGCTTGCCTTCTCACCGGTTTTCCACCCCGCGCACAACTGCCGCCTTCTGCGTGGAAACGGGTGGTTGCAGTTCAATCCTGGAGAAGGAATTGCCATGAAAAGAATCGTCCCCGATCCa < 3:69927‑M1/148‑1 (MQ=255) TTGTGCGCGTGAGGCCGTTTGGCCTACCGGCTTGCCTTCTCACCGGTTTTCCACCCCGCGCACAACTGCCGCCTTCTGCGTGGAAACGGGTGGTTGCAGTTCAATCCTGGAGAAGGAATTGCCATGAAAAGAATCGTCCCCGATCCAc < 2:74456‑M1/148‑1 (MQ=255) GTGCGCGTGAGGCCGTTTGGCCTACCGGCTTGCCTTCTCACCGGTTTTCCACCCCGCGCACAACTGCCGCCTTCTGCGTGGAAACGGGTGGTTGCAGTTCAATCCTGGAGAAGGAATTGCCATGAAAAGAATCGTCCCCGATCCAccc > 4:144858‑M1/1‑148 (MQ=255) TGCGCGTGAGGACGTTGGGCCTACCGGCTTGCCTTCTCACCGGGTTTCCACCCCGCGCACAACTGCCGCCTTCTGCGTGGAAACGGGTGGTTGCAGTTCAATCCTGGAGAAGGAATTGCCATGAAAAGAATCGTCCCCGATCCAccc > 8:145700‑M1/1‑147 (MQ=255) CGTGAGGCCGTTTGGCCTACCGGCTTGCCTTCTCACCGGTTTTCCACCCCGCGCACAACTGCCGCCTTCTGCGTGGAAACGGGTGGTTGCAGTTCAATCCTGGAGAAGGAATTGCCATGAAAAGAATCGTCCCCGATCCACCCCTccc > 2:125745‑M1/1‑148 (MQ=255) ggggtggaaaaccggtgagaaggcaagccggtaggccaaactgcctcacgcgcacaactgccataacggcagcccttcatcacatccgggtttccacagccgatcgctgaaccgacagcgacctggtcagcctagagagctggctttc < 5:26570‑M1/148‑148 (MQ=255) GTGAGGCCGTTTGGCCTACCGGCTTGCCTTCTCACCGGTTTTCCACCCCGCGCACAACTGCCGCCTTCTGCGTGGAAACGGGTGGTTGCAGTTCAATCCTGGAGAAGGAATTGCCATGAAAAGAATCGTCCCCGATCCACCCCTccc < 1:123741‑M1/147‑1 (MQ=255) | CAAGGAATTATCCTACACACCGTGTCGACGCCCGTCTGATTGTCCGGGGAAAGCCAGCTCTCTAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCGTTATGGCAGTTGTGCGCGTGAGGCCGTTTGGCCTACCGGCTTGCCTTCTCACCGGTTTTCCACCCCGCGCACAACTGCCGCCTTCTGCGTGGAAACGGGTGGTTGCAGTTCAATCCTGGAGAAGGAATTGCCATGAAAAGAATCGTCCCCGATCCACCCCTCCCC > NC_002947/5989133‑5989427 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |