| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,586,057 | +C | intergenic (+140/+75) | PP_4061 → / ← PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,586,056 | 1 | . | C | 90.0% | 54.2 / 0.5 | 20 | intergenic (+139/+76) | PP_4061/PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/2); new base C (8/10); total (8/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGGCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTT‑GAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTCTGC‑GGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑A‑C‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGC > NC_002947/4585910‑4586199 | aGGCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTT‑GAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑A‑c < 2:224307/149‑1 (MQ=255) ggCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTT‑GAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑A‑cc < 4:237868/149‑2 (MQ=255) aaGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTT‑GAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑A‑ccgtgc < 8:42988/148‑6 (MQ=39) aaGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTT‑GAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑A‑ccgtg < 8:218259/147‑5 (MQ=39) tAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTT‑GAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACC‑GTGCCGGCCt < 1:260215/149‑1 (MQ=39) aCCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTCGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCCCTCCTACCACGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATg‑cggc > 1:75815/1‑149 (MQ=255) gCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTT‑GAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAg < 4:133924/149‑1 (MQ=39) cgcTGCTCCATTGAAAGGTT‑GAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑G‑CAGCGCC‑GCATTCAAGGCCGGCACGGTCCCTGGTAGGAGCGGGt < 6:388234/148‑1 (MQ=14) cgcTGCTCCATTGAAAGGTT‑GAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGt < 7:12666/148‑1 (MQ=38) ctgctCCATTGAAAGGTT‑GAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTa < 6:175594/149‑1 (MQ=38) cATTGAAAGGTT‑GAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTAccc < 8:135314/146‑1 (MQ=38) cATTGAAAGGTT‑GAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCcgc < 8:22222/148‑1 (MQ=38) aaGGGT‑GTGGATGCCCGGGGGCTTGGCAAGGTGTAGATCTTGCATTGATGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCCGGGCC‑C‑GTGCCGGCCTTTAATG‑CGGCGCGGCCCCGGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAagag < 2:75815/148‑1 (MQ=21) cTTGCATTTTTCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCTGGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAaga < 6:111342/109‑1 (MQ=21) cTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAaga > 5:111342/1‑109 (MQ=25) gTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCg > 5:131265/1‑149 (MQ=255) aCCCGCTCCTACCAGGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGca > 1:110827/1‑92 (MQ=255) aCCCGCTCCTACCAGGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGca < 2:110827/92‑1 (MQ=255) ccGCTCCTACCAGGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACtt > 5:131364/1‑149 (MQ=255) cTCCTACCAGGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCAc < 4:311608/133‑1 (MQ=255) cTCCTACCAGGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCAc > 3:311608/1‑133 (MQ=255) tACCAGGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCa < 4:213094/80‑1 (MQ=255) tACCAGGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCa > 3:213094/1‑80 (MQ=255) aGGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGc > 3:164994/1‑149 (MQ=255) | AGGCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTT‑GAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTCTGC‑GGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑A‑C‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGC > NC_002947/4585910‑4586199 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |