| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,586,057 | +C | intergenic (+140/+75) | PP_4061 → / ← PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,586,056 | 1 | . | C | 92.6% | 80.2 / 0.7 | 27 | intergenic (+139/+76) | PP_4061/PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/0); new base C (12/13); total (14/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.81e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.19e-01 | |||||||||||
TTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGA‑TCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTCTGC‑GGTAAA‑CCCGCTCCTACCA‑GGGA‑CGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCAC > NC_002947/4585914‑4586194 | ttAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATTCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑ACCGCTCCTACCA‑GGGA‑ccgt > 1:55725/1‑146 (MQ=38) ggTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGA‑TCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACCA‑GGGACCGTGCCGGc > 4:212886/1‑149 (MQ=39) gTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGA‑TCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACCA‑GGGACCGTGCCGGcc > 6:25912/1‑149 (MQ=39) tAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGA‑TCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGGGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACCA‑GGGACCGTGCCGGCCt < 3:243456/149‑1 (MQ=38) ccACGGCACCGGCGTGAACAGCTGA‑TCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACCA‑GGGACCGTGCCGGCCTTGaa < 6:185693/149‑1 (MQ=39) aaCAGCTGA‑TCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACCA‑GGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTg > 1:155566/1‑149 (MQ=39) gCTGA‑TCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACCA‑GGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAg < 5:25912/149‑1 (MQ=39) tGA‑TCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACCA‑GGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTg > 5:49402/1‑143 (MQ=38) tGA‑TCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACCA‑GGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTg < 6:49402/143‑1 (MQ=38) tCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACCA‑GGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGc < 7:9537/148‑1 (MQ=39) gcgcTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACCA‑GGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCggg < 2:155566/148‑1 (MQ=38) cgcTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACCA‑GGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCgg < 3:212886/146‑1 (MQ=38) ctCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACCA‑GGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCgg > 3:30719/1‑141 (MQ=38) ctCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACCA‑GGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCgg < 4:30719/141‑1 (MQ=38) ctCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACCA‑GGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTAc < 2:192399/147‑1 (MQ=38) tCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTTAA‑CCCGCTACTACCAGGGGA‑CGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGGCCCTGGTAGGAGCGGGTTTTcccc > 1:34173/1‑148 (MQ=255) ccATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTACTAACACGGCC‑CCTGCCGGCCGTGAATGCGGCGCTGCCCCGGGTAGGATCGGGGTTAccccc > 6:224639/1‑147 (MQ=255) aacggTTGCGGATGACCGGGTGCTGGGAAAGGTCACGATCTTGCATTCATCGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGAAACCCCGCGCCTCCCC‑GGCACCGGGCCGGCCTTGAATGCGGCGCGGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAaga < 8:32610/145‑1 (MQ=19) gTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACCA‑GGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTAc > 4:170861/1‑120 (MQ=37) gTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACCA‑GGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTAc < 3:170861/120‑1 (MQ=37) ttcgcgggTAAA‑CCCGCTCCTACCA‑GGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCTCACTGATCTCAc > 5:240769/7‑149 (MQ=38) ggTAAA‑CCCGCTCCTACCA‑GGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGc > 5:14174/1‑149 (MQ=255) ggTAAA‑CCCGCTCCTACCA‑GGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGc > 2:249932/1‑149 (MQ=255) a‑CCCGCTCCTACCA‑GGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAAc < 1:249932/149‑1 (MQ=255) gCTCCTACCA‑GGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCt > 5:296189/1‑149 (MQ=255) cTACCA‑GGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCAc > 6:263693/1‑149 (MQ=255) cA‑GGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCt > 7:143009/1‑141 (MQ=255) cA‑GGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCt < 8:143009/141‑1 (MQ=255) | TTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGA‑TCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTCTGC‑GGTAAA‑CCCGCTCCTACCA‑GGGA‑CGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCAC > NC_002947/4585914‑4586194 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |