Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,882,212 | Δ1 bp | 8.0% | coding (1295/1356 nt) | uacT → | uric acid permease |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,882,212 | 0 | T | . | 8.0% | 152.4 / 7.4 | 50 | coding (1295/1356 nt) | uacT | uric acid permease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (20/26); new base . (2/2); total (22/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 |
AACCAGCTGTTGGTTGCCGTGAGCGTCGGCTTCGGGTTGATCCCCGTGGTGCGTCCGGAGTTCTTTGCCCAGATGCCACAGTGGATGGAGCCCATCACCCACAGCGGTATCGCCATGGCCACGGTCTGTGCCCTGGTGTTGAAC‑GTACTGTTCAACATCCTTGGCGGTGCCGACCGCGCAATGCACAACGACGTCTGTCACCAGCATTGAGCCAAGGGGGGCGGTGCATGGCTGCCCCTCGTTCACCTCTGCAGTAACCGCTACGCCGTCGACCCGCCGGAATGGGTCGCCCGGGG > NC_002947/4882064‑4882359 | aaCCAGCTGTTGGTTGCCGTGAGCGTCGGCTTCGGGTTGATCCCCGTGGTGCGTCCGGAGTTCTTTGCCCAGATGCCACAGTGGATGGAGCCCATCACCCACAGCGGTATCGCCATGGCCACGGTCTGTGCCCTGGTGTTGAAC‑GTACt > 4:131087/1‑149 (MQ=255) aaCCAGCTGTTGGTTGCCGTGAGCGTCGGCTTCGGGTTGATCCCCGTGGTGCGTCCGGAGTTCTTTGCCCAGATGCCACAGTGGATGGAGCCCATCACCCACAGCGGTATCGCCATGGCCACGGTCTGTGCCCTGGTGTTGAAC‑GTACt < 6:340364/149‑1 (MQ=255) ccAGCTGTTGGTTGCCGTGAGCGTAGGCTTAGGGTTTATAACCGTGGTGCGTCCGGAGTTCTTTGCCCAGATGCCACAGTGGATGGAGCCCATCACCCAAAGCGGTATCGCCATGGCCACGGTCTTTGCCCTGGTGTTTAAC‑GTACTGt > 3:303326/1‑149 (MQ=255) cTGTTGGTTGCCGTGAGCGTCGGCTTCGGGTTGATCCCCGTGGTGCGTCCGGAGTTCTTTGCCCAGATGCCACAGTGGATGGAGCCCATCACCCACAGCGGTATCGCCATGGCCACGGTCTGTGCCCTGGTGTTGAAC‑GTACTGTTCaa < 3:116427/149‑1 (MQ=255) ttggttgCCGTGAGCGTCGGCTTCGGGTTGATCCCCGTGGTGCGTCCGGAGTTCTTTGCCCAGATGCCACAGTGGATGGAGCCCATCACCCACAGCGGTATCGCCATGGCCACGGTCTGTGCCCTGGTGTTGAACAGTAC‑GTTCAACac < 6:94594/149‑2 (MQ=255) ggttgCCGTGAGCGTCGGCTTCGGGTTGATCCCCGTGGTGCGTCCGGAGTTCTTTGCCCAGATGCCACAGTGGATGGAGCCCATCACCCACAGCGGTATCGCCATGGCCACGGTCTGTGCCCTGGTGTTGAAC‑GTACTGTTCAACATc < 8:318280/148‑1 (MQ=255) ccGTGAGCGTCGGCTTCGGGTTGATCCCCGTGGTGCGTCCGGAGTTCTTTGCCCAGATGCCACAGTGGATGGAGCCCATCACCCACAGCGGTATCGCCATGGCCACGGTCTGTGCCCTGGTGTTGAAC‑GTACTGTTCAACATCCTTgg < 5:322407/148‑1 (MQ=255) ccGTGAGCGTCGGCTTCGGGTTGATCCCCGTGGTGCGTCCGGAGTTCTTTGCCCAGATGCCACAGTGGATGGAGCCCATCACCCACAGCGGTATCGCCATGGCCACGGTCTGTGCCCTGGTGTTGAAC‑GTACTGTTCAACATCCTTGGc > 8:11691/1‑149 (MQ=255) cGTCGGCTTCGGGTTGATCCCCGTGGTGCGTCCGGAGTTCTTTGCCCAGATGCCACAGTGGATGGAGCCCATCACCCACAGCGGTATCGCCATGGCCACGGTCTGTGCCCTGGTGTTGAAC‑GTACTGTTCAACATCCTTGGCGGTGc < 3:239651/147‑1 (MQ=255) cGTCGGCTTCGGGTTGATCCCCGTGGTGCGTCCGGAGTTCTTTGCCCAGATGCCACAGTGGATGGAGCCCATCACCCACAGCGGTATCGCCATGGCCACGGTCTGTGCCCTGGTGTTGAAC‑GTACTGTTCAACATCCTTGGCGGTGc > 4:239651/1‑147 (MQ=255) cTTCGGGTTGATCCCCGTGGTGCGTCCGGAGTTCTTTGCCCAGATGCCACAGTGGATGGAGCCCATCACCCACAGCGGTATCGCCATGGCCACGGTCTGTGCCCTGGTGTTGAAC‑GTACTGTTCAACATCCTTGGCGGTGCCGACcgcg < 8:213556/149‑1 (MQ=255) gggTTGATCCCCGTGGTGCGTCCGGAGTTCTTTGCCCAGATGCCACAGTGGATGGAGCCCATCACCCACAGCGGTATCGCCATGGCCACGGTCTGTGCCCTGGTGTTGAAC‑GTACTGTTCAACATCCTTGGCGGTGCCGACCGCGCaa < 8:204951/148‑1 (MQ=255) ggTTGATCCCCGTGGTGCGTCCGGAGTTCTTTGCCCAGATGCCACAGTGGATGGAGCCCATCACCCACAGCGGTATCGCCATGGCCACGGTCTGTGCCCTGGTGTTGAAC‑GTACTGTTCAACATCCTTGGCGGTGCCGACCGCGCAATg < 7:11691/149‑1 (MQ=255) gATCCCCGTGGTGCGTCCGGAGTTCTTTGCCCAGATGCCACAGTGGATGGAGCCCATCACCCACAGCGGTATCGCCATGGCCACGGTCTGTGCCCTGGTGTTGAAC‑GTACTGTTCAACATCCTTGGCGGTGCCGACCGCGCAATGcac < 4:108973/148‑1 (MQ=255) ccGTGGTGCGTCCGGAGTTCTTTGCCCAGATGCCACAGTGGATGGAGCCCATCACCCACAGCGGTATCGCCATGGCCACGGTCTGTGCCCTGGTGTTGAAC‑GTACTGTTCAACATCCTTGGCGGTGCCGACCGCGCAATGCACAacgac > 3:181896/1‑149 (MQ=255) ccGTGGTGCGTCCGGAGTTCTTTGCCCAGATGCCACAGTGGATGGAGCCCATCACCCACAGCGGTATCGCCATGGCCACGGTCTGTGCCCTGGTGTTGAAC‑GTACTGTTCAACATCCTTGGCGGTGCCGACCGCGCAATGCACAacgac > 3:253722/1‑149 (MQ=255) ccGTGGTGCGTCCGGAGTTCTTTGCCCAGATGCCACAGTGGATGGAGCCCATCACCCACAGCGGTATCGCCATGGCCACGGTCTGTGCCCTGGTGTTGAAC‑GTACTGTTCAACATCCTTGGCGGTGCCGACCGCGCAATGCACAacgac > 8:241732/1‑149 (MQ=255) tgCGTCCGGAGTTCTTTGCCCAGATGCCACAGTGGATGGAGCCCATCACCCACAGCGGTATCGCCATGGCCACGGTCTGTGCCCTGGTGTTGAAC‑GTACTGTTCAACATCCTTGGCGGTGCCGACCGCGCAATGCACAACGACGTCTGt < 4:253722/149‑1 (MQ=255) ggAGTTCTTTGCCCAGATGCCACAGTGGATGGAGCCCATCACCCACAGCGGTATCGCCATGGCCACGGTCTGTGCCCTGGTGTTGAAC‑GTACt > 6:152267/1‑93 (MQ=255) ggAGTTCTTTGCCCAGATGCCACAGTGGATGGAGCCCATCACCCACAGCGGTATCGCCATGGCCACGGTCTGTGCCCTGGTGTTGAAC‑GTACt < 5:152267/93‑1 (MQ=255) ggAGTTCTTTGCCCAGATGCCACAGTGGATGGAGCCCATCACCCACAGCGGTATCGCCATGGCCACGGTCTGTGCCCTGGTGTTGAAC‑GTACTGTTCAACATCCTTGGCGGTGCCGACCGCGCAATGc > 6:228024/1‑128 (MQ=255) ggAGTTCTTTGCCCAGATGCCACAGTGGATGGAGCCCATCACCCACAGCGGTATCGCCATGGCCACGGTCTGTGCCCTGGTGTTGAAC‑GTACTGTTCAACATCCTTGGCGGTGCCGACCGCGCAATGc < 5:228024/128‑1 (MQ=255) aGTTCTTTGCCCAGATGCCACAGTGGATGGAGCCCATCACCCACAGCGGTATCGCCATGGCCACGGTCTGTGCCCTGGTGTTGAAC‑GTACTGTTCAACATCCTTGGCGGTGCCGACCGCGCAATGCACAACGACGTCTGTCACCAGCAt < 4:181896/149‑1 (MQ=255) cTTTGCACAGATGCCACAGTGGATGGAGCCCATCACCCACAGCGGTATCGCCATGGCCACGGTCTGTGCCCTGGTGTTGAAC‑GTACTGTTCAACATCCTTGGCGGTGCCGACCGCGCAATGCACAACGACGTCTGTCACCAGCATTGa < 6:215069/148‑1 (MQ=255) gCCCAGATGCCACAGTGGATGGAGCCCATCACCCACAGCGGTATCGCCATGGCCACGGTCTGTGCCCTGGTGTTGAAC‑GTACTGTTCAACATCCTTGGCGGTGCCGACCGCGCAATGCACAACGACGTCTGt < 3:105868/132‑1 (MQ=255) gCCCAGATGCCACAGTGGATGGAGCCCATCACCCACAGCGGTATCGCCATGGCCACGGTCTGTGCCCTGGTGTTGAAC‑GTACTGTTCAACATCCTTGGCGGTGCCGACCGCGCAATGCACAACGACGTCTGt > 4:105868/1‑132 (MQ=255) ccAGATGCCACAGTGGATGGAGCCCATCACCCACAGCGGTATCGCCATGGCCACGGTCTGTGCCCTGGTGTTGAAC‑GTACTGTTCAACATCCTTGGCGGTGCCGACCGCGCAATGCACAACAACGTCTGTCACCAGCATTGAGCCAAgg > 5:347886/1‑149 (MQ=255) cAGATGCCACAGTGGATGGAGCCCATCACCCACAGCGGTATCGCCATGGCCACGGTCTGTGCCCTGGTGTTGAAC‑GTACTGTTCAACATCCTTGGCGGTGCCGACCGCGCAATGCACAACGACGTCTGTCACCAGCATTGAGCCAAggg > 6:335960/1‑149 (MQ=255) aGATGCCACAGTGGATGGAGCCCATCACCCACAGCGGTATCGCCATGGCCACGGTCTGTGCCCTGGTGTTGAAC‑GTACTGTTCAACATCCTTGGCg < 3:15997/96‑1 (MQ=255) aGATGCCACAGTGGATGGAGCCCATCACCCACAGCGGTATCGCCATGGCCACGGTCTGTGCCCTGGTGTTGAAC‑GTACTGTTCAACATCCTTGGCg > 4:15997/1‑96 (MQ=255) aTGCCACAGTGGATGGAGCCCATCACCCACAGCGGTATCGCCATGGCCACGGTCTGTGCCCTGGTGTTGAAC‑GTACTGTTCAACATCCTTGGCGGTGCCGACCGCGCAATGCACAACGACGTCTGTCACCAGCATTGAGCCAAgggggg < 3:241865/149‑1 (MQ=255) acaGTGGATGGAGCCCATCACCCACAGCGGTATCGCCATGGCCACGGTCTGTGCCCTGGTGTTGAAC‑GTACTGTTCAACATCCTTGGc > 7:28712/1‑88 (MQ=255) acaGTGGATGGAGCCCATCACCCACAGCGGTATCGCCATGGCCACGGTCTGTGCCCTGGTGTTGAAC‑GTACTGTTCAACATCCTTGGc < 8:28712/88‑1 (MQ=255) acaGTGGATGGAGCCCATCACCCACAGCGGTATCGCCATGGCCACGGTCTGTGCCCTGGTGTTGAAC‑GTACTGTTCAACATCCTTGGCGGTGCCGACCGCGCAATGCACAACGACGTCTGTCACCAGCATTGAGCCAAGGGGGGCGGTg > 7:218973/1‑149 (MQ=255) aGTGGATGGAGCCCATCACCCACAGCGGTATCGCCATGGCCACGGTCTGTGCCCTGGTGTTGAAC‑GTACTGTTCAACATCCTTGGCGGTGCCGACCGCGCAATGCACAACGACGTCTGTCACCAGCATTGAGCCAAGGGGGGCGGTGCa < 8:308890/149‑1 (MQ=255) atggaGCCCATCACCCACAGCGGTATCGCCATGGCCACGGTCTGTGCCCTGGTGTTGAAC‑GTACTGTTCAACATCCTTGGCGGTGCCGACCGCGCAATGCACAACGACGTCTGTCACCAGCATTGAGCCAAGGGGGGCGGTGCATGGCt < 3:177868/149‑1 (MQ=255) ggaGCCCATCACCCACAGCGGTATCGCCATGGCCACGGTCTGTGCCCTGGTGTTGAAC‑GTACTGTTCAACATCCTTGGCGGTGCCGACCGCGCAATGCACAACGACGGCTGTCACCAGCATTGAGCCAAGGGGGGCGGTGCATGGCTg < 8:238241/148‑1 (MQ=255) aGCCCATCACCCACAGCGGTATCGCCATGGCCACGGTCTGTGCCCTGGTGTTGAAC‑GTACTGTTCAACATCCTTGGCGGTGCCGACCGCGCAATGCACAACGACGTCTGTCACCAGCATTGAGCCAAggggg < 2:284853/132‑1 (MQ=255) aGCCCATCACCCACAGCGGTATCGCCATGGCCACGGTCTGTGCCCTGGTGTTGAAC‑GTACTGTTCAACATCCTTGGCGGTGCCGACCGCGCAATGCACAACGACGTCTGTCACCAGCATTGAGCCAAggggg > 1:284853/1‑132 (MQ=255) ccATCACCCACAGCGGTATCGCCATGGCCACGGTCTGTGCCCTGGTGTTGAAC‑GTACTGTTCAACATCCTTGGCGGTGCCGACCGCGCAATGCACAACGACGTCTGTCACCAGCATTGAGCCAAGGGGGGCGGTGCATGGCTGCCCCTc > 2:121004/1‑149 (MQ=255) tCACCCACAGCGGTATCGCCATGGCCACGGTCTGTGCCCTGGTGTTGAAC‑GTACTGTTCAACATCCTTGGCGGTGCCGACCGCGCAATGCACAACGACGTCTGTCACCAGCATTGAGCCAAGGGGGGCGGTGCATGGCTGCCCCTCGtt < 3:131087/149‑1 (MQ=255) aCCCACAGCGGTATCGCCATGGCCACGGTCTGTGCCCTGGTGTTGAAC‑GTACTGTTCAACATCCTTGGCGGTGCCGACCGCGCAATGCACAACGACGTCTGTCACCAGCATTGAGCCAAGGGGGGCGGTGCATGGCTGCCCCTCGTTc < 5:335960/148‑1 (MQ=255) ccACAGCGGTATCGCCATGGCCACGGTCTGTGCCCTGGTGTTGAAC‑GTACTGTTCAACATCCTTGGCGGTGCCGCCCGCGCAATGCACAACGACGTCTGTCACCAGCATTGAGCCAAGGGGGGCGGTGCATGGc > 5:118297/1‑134 (MQ=255) ccACAGCGGTATCGCCATGGCCACGGTCTGTGCCCTGGTGTTGAAC‑GTACTGTTCAACATCCTTGGCGGTGCCGACCGCGCAATGCACAACGACGTCTGTCACCAGCATTGAGCCAAGGGGGGCGGTGCATGGc < 6:118297/134‑1 (MQ=255) gCGGTATCGCCATGGCCACGGTCTGTGCCCTGGTGTTGAAC‑GTACTGTTCAACATCCTTGGCGGTGCCGACCGCGCAATGCACAACGACGTCTGTCACCAGCATTGAGCCAAGGGGGGCGGTGCATGGCTGCCCCTCGTTCACCTCTGc < 7:241732/149‑1 (MQ=255) cGGTATCGCCATGGCCACGGTCTGTGCCCTGGTGTTGAAC‑GTACTGTTCAACATCCTTGGCGGTGCCGACCGCGCAATGCACAACAACGTCTGTCACCAGCATTGAGCCAAGGGGGGCGGTGCATGGCTGCCCCTCGTTCACCTCTGCa < 6:347886/149‑1 (MQ=255) ccATGGCCACGGTCTGTGCCCTGGTGTTGAAC‑GTACTGTTCAACATCCTTGGCGGTGCCGACCGCGCAATGCACAACGACGTCTGTCACCAGCATTGAGCCAAGGGGGGTGGTGCATGGCTGCCCCTCGTTCACCTCTGCAGTAACCg > 3:123782/1‑148 (MQ=255) cTGGTGTTGAAC‑GTACTGTTCAACATCCTTGGCGGTGCCGACCGCGCAATGCACAACGACGTCTGTCACCAGCATTGAGCCAAGGGGGGCGGTGCATGGCTGCCCCTCGTTCACCTCTGCAGTAACCGCTACGCCGTCGACCCGCCgg > 3:166742/1‑148 (MQ=255) ggatgtTGAACAGTAC‑GTTCAACATCCTTGGCGGTGCCGACCGCGCAATGCACAACGACGTCTGTCACCAGCATTGAGCCAAGGGGGGCGGTGCATGGCTGCCCCTCGTTCACCTCTGCAGTAACCGCTACGCCGTCGACCCGCCGGaa > 6:58400/4‑149 (MQ=255) atgtTGAACAGTAC‑GTTCAACATCCTTGGCGGTGCCGACCGCGCAATGCACAACGACGTCTGTCACCAGCATTGAGCCAAGGGGGGCGGTGCATGGCTGcccc > 3:169868/2‑103 (MQ=255) atgtTGAACAGTAC‑GTTCAACATCCTTGGCGGTGCCGACCGCGCAATGCACAACGACGTCTGTCACCAGCATTGAGCCAAGGGGGGCGGTGCATGGCTGcccc < 4:169868/102‑1 (MQ=255) ttGAAC‑GTACTGTTCAACATCCTTGGCGGTGCCGACCGCGCAATGCACAACGACGTCTGACACCAGCATTGAGCCAAGGGGGGCGGTGCATGGCTGCCCCACGTTCACCTCTGCAGTAACCGCTACGCCGTCGACCCGCCGGAATGGGt > 5:122884/1‑149 (MQ=255) aC‑GTACTGTTCAACATCCTTGGCGGTGCCGACCGCGCAATGCACAACGACGTCTGTCACCAGCATTGAGCCAAGGGGGGCGGTGCATGGCTGCCCCTCGTTCACCTCTGCAGTAACCGCTACGCCGTCGACCCGCCGGAATGGGTCGcc > 2:298158/1‑149 (MQ=255) cTGTTCAACATCCTTGGCGGTGCCGACCGCGCAATGCACAACGACGTCTGTCACCAGCATTGAGCCAAGGGGGGCGGTGCATGGCTGCCCCTCGTTCACCTCTGCAGTAACCGCTACGCCGTCGACCCGCCGGAATGGGTCGCCCgggg < 7:177816/149‑1 (MQ=255) | AACCAGCTGTTGGTTGCCGTGAGCGTCGGCTTCGGGTTGATCCCCGTGGTGCGTCCGGAGTTCTTTGCCCAGATGCCACAGTGGATGGAGCCCATCACCCACAGCGGTATCGCCATGGCCACGGTCTGTGCCCTGGTGTTGAAC‑GTACTGTTCAACATCCTTGGCGGTGCCGACCGCGCAATGCACAACGACGTCTGTCACCAGCATTGAGCCAAGGGGGGCGGTGCATGGCTGCCCCTCGTTCACCTCTGCAGTAACCGCTACGCCGTCGACCCGCCGGAATGGGTCGCCCGGGG > NC_002947/4882064‑4882359 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |