| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,601,818 | Δ1 bp | 7.8% | coding (1664/5418 nt) | PP_4924 ← | subtilase family serine protease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,601,818 | 0 | G | . | 7.8% | 160.1 / 7.6 | 51 | coding (1664/5418 nt) | PP_4924 | subtilase family serine protease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (22/25); new base . (2/2); total (24/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.48e-01 | |||||||||||
GCTGGCACTGATCACGAATACATCGTCGCCCGCCCCGCCGTGATAGGTGTTGCTGCCACCGCCACCAACCAGCCAACTGCCCTCTGGGGCCGCGGTCAAGACATCATCGCCCGCGCTGCCGTAAAGCGTCTGTACGCCG‑AGCGCTG‑CGGCGTCCAGCGTGCT‑GCCTTGAGCACTCTGGCTGATGTAGGCCCTTCGGGAAGTGGGCCCGCTTGACGAAGTCAGTAGAGTGCCACCCTCCTGGGCCTCGATCCGATTACCGACGGTATCGGCGAGAAACCTCACCGC > NC_002947/5601673‑5601957 | gCTGGCACTGATCACGAATACATCGTCGCCCGCCCCGCCGTGATAGGTGTTGCTGCCACCGCCACCAACCAGCCAACTGCCCTCTGGGGCCGCGGTCAAGACATCATCGCCCGCGCTGCCGTAAAGCGTCTGTACGCCG‑AGCGCTg‑cg < 5:58820/148‑1 (MQ=255) cTGTCACTGATCACGAATACTTCGTCGCCCGCGCCGCCGTTTTAGGTGTTTCTGACACCGCCACCAACCAGCCAACTGCCCTCTGGGGCCGCGTTCAAGACATCTTCGCCCGCGCTGCCGTATATCGTCTTTACGCCG‑AGCGCTg‑cggc < 8:161829/149‑1 (MQ=255) cTGGCACTGATCACGAATACATCGTCGCCCGCCCCGCCGTGATAGGTGTTGCTGCCACCGCCACCAACCAGCCAACTGCCCTCTGGGGCCGCGGTCAAGACATCATCGCCCGCGCTGCCGTAAAGCGTCTGTACGCCG‑AGCGCTg‑cggc < 7:300774/149‑1 (MQ=255) tGGCACTGATCACGAATACATCGTCGCCCGCCCCGCCGTGATAGGTGTTGCTGCCACCGCCACCAACCAGCCAACTGCCCTCTGGGGCCGCGGTCAAGACATCATCGCCCGCGCTGCCGTAAAGCGTCTGTACGCCG‑AGCGCTg‑cggcg > 2:357624/1‑149 (MQ=255) aCTGATAACGAATACATCGTCGACAGCCCCGCCGTGATAGGTGTTGCTGCCACCGCCACCAACAAGCCAACTGCCCTCTGGTTCCGCGGTCAAGACATCATCGCCCGCGCTCCCGTAAAGCGTCTGTACGACG‑AGCGCTG‑CGGCGAcc > 4:123908/1‑148 (MQ=255) aTCACGACTACATCGTCGCCCGCCCCCCCGTGATAGGTGGGGCTGCCACCGCCACCAACCAGCCAACTGCCCTCTGGGGCCGCGGGCAAGACATCATCGCCCGCGCTGCCGTAAAGCGTCTGTACGCCG‑AGCGCTG‑CGGCGTCCAGCGt < 6:19683/149‑1 (MQ=255) tCACGAATACATCGTCGCCCGCCCCGCCGTGATAGGTGTTGCTGCCACCGCCACCAACCAGCCAACTGCCCTCTGGGGCCGCGGTCAAGACATCATCGCCCGCGCTGCCGTAAAGCGTCTGTACGCCG‑AGCGCTG‑CGGCGTCCAGCGtg > 1:26883/1‑149 (MQ=255) aCGAATACATCGTCGCCCGCCCCGCCGTGATAGGTGTTGCTGCCACCGCCACCAACCAGCCAACTGCCCTCTGGGGCCGCGGTCAAGTCATCATCGCCCGCGCTGCCGTAAAGCGTCTGTACGCCG‑AGCGCTG‑CGGCGTCCAGc > 1:140846/1‑144 (MQ=255) aCGAATACATCGTCGCCCGCCCCGCCGTGATAGGTGTTGCTGCCACCGCCACCAACCAGCCAACTGCCCTCTGGGGCCGCGGTCAAGACATCATCGCCCGCGCTGCCGTAAAGCGTCTGTACGCCG‑AGCGCTG‑CGGCGTCCAGCGtgct > 2:269443/1‑149 (MQ=255) tACATCGTCGCCCGCCCCGCCGTGATAGGTGTTGCTGCCACCGCCACCAACCAGCCAACTGCCCTCTGGGGCCGCGGTCAAGACATCATCGCCCGCGCTGCCGTAAAGCGTCTGTACGCCG‑AGCGCTG‑CGGCGTCCAGCGTGCT‑GCCtt < 4:316657/149‑1 (MQ=255) tACATCGTCGCCCGCCCCGCCGTGATAGGTGTTGCTGCCACCGCCACCAACCAGCCAACTGCCCTCTGGGGCCGCGGTCAAGACATCATCGCCCGCGCTGCCGTAAAGCGTCTGTACGCCG‑AGCGCTG‑CGGCGTCCAGCGTGCT‑GCCtt < 4:103494/149‑1 (MQ=255) aTCGTCGCCCGCCCCGCCGTGATAGGTGTTGCAGCCACCGCCACCAACCAGCCAACTGCCCTCTGGGGCCGCAGTCAAGACATCATCGCCCGCGCTGCCGTAAAGCGTCTGTACGCCG‑AGCGCTG‑CCGCGTCCAGCGTGCT‑GCCTTGAg > 5:244719/1‑149 (MQ=255) gtcgCCCGCCCCGCCGTGATAGGTGTTGCTGCCACCGCCACCAACCAGCCAACTGCCCTCTGGGGCCGCGGTCAAGACATCATCGCCCGCGCTGCCGTAAAGCGTCTGTACGCCG‑AGCGCTG‑CGGCGTCCAGCGTGCT‑GCCTTGAGCa < 1:319749/148‑1 (MQ=255) gcccgcccCGCCGTGATAGGTGTTGCTGCCACCGCCACCAACCAGCCAACTGCCCTCTGGGGCCGCGGTCAAGACATCATCGCCCGCGCTGCCGTAAAGCGTCTGTACGCCG‑AGCGCTG‑CGGCGTCCAGCGTGCT‑GCCTTGAGCActct < 1:269443/149‑1 (MQ=255) gcccgcccCGCCGTGATAGGTGTTGCTGCCACCGCCACCAACCAGCCAACTGCCCTCTGGGGCCGCGGTCAAGACATCATCGCCCGCGCTGCCGTAAAGCGTCTGTACGCCG‑AGCGCTG‑CGGCGTCCAGCGTGCT‑GCCTTGAGCActc < 1:218490/148‑1 (MQ=255) cgccccgccGTGATAGGTGTTGCTGCCACCGCCACCAACCAGCCAACTGCCCTCTGGGGCCGCGGTCAAGACATCATCGCCCGCGCTGCCGTAAAGCGTCTGTACGCCG‑AGCGCTG‑CGGCGTCCAGCGTGCT‑GCCTTGAGCACTCTGGc > 2:89741/1‑149 (MQ=255) ccccgccGTGATAGGTGTTGCTGCCACCGCCACCAACCAGCCAACTGCCCTCTGGGGCCGCGGTCAAGACATCATCGCCCGCGCTGCCGTAAAGCGTCTGTACGCCG‑AGCGCTG‑CGGCGTCCAGCGTGCT‑GCCTTGAGCACTCTGGCTg < 2:85501/149‑1 (MQ=255) cgccgTGATAGGGGGTGCTGCCACCGCCACCAACCAGCCAACTGCCCTCTGGGGCCGCAGTCAAGACATCATCGCCCGCGCTGCCGTAAAGCGTCTGTACGCCG‑AGCGCTG‑CGGCGTCCAGCGTGCT‑GCCTTGAGCACTCTGGCTGATg < 6:244719/149‑1 (MQ=255) ccgTGATAGGTGTTGCTGCCACCGCCACCAACCAGCCAACTGCCCTCTGGGGCCGCGGTCAAGACATCATCGCCCGCGCTGCCGTAAAGCGTCTGTACGCCG‑AGCGCTG‑CGGCGTCCAGCGTGCT‑GCCTTGAGCACTCTGGCTGATGTa < 1:58359/149‑1 (MQ=255) gtgtTGCTGCCACCGCCACCAACCAGCCAACTGCCCTCTGGGGCCGCGGTCAAGACATCATCGCCCGCGCTGCCGTAAAGCGTCTGTACGCCG‑AGCGCTg‑cg < 7:138184/102‑1 (MQ=255) gtgtTGCTGCCACCGCCACCAACCAGCCAACTGCCCTCTGGGGCCGCGGTCAAGACATCATCGCCCGCGCTGCCGTAAAGCGTCTGTACGCCG‑AGCGCTg‑cg > 8:138184/1‑102 (MQ=255) ttGCTGCCACCGCCACCAACCAGCCAACTGCCCTCTGGGGCCGCGGTCAAGACATCATCGCCCGCGCTGCCGTAAAGCGTCTGTACGCCG‑AGCGCTGCCGGCGTCCAGCGTGCT‑GCCTTGAGCACTCTGGCTGATGTAGGCCCTTCggg < 1:89741/149‑1 (MQ=255) ttGCTGCCACCGCCACCAACCAGCCAACTGCCCTCTGGGGCCGCGGTCAAGACATCATCGCCCGCGCTGCCGTAAAGCGTCTGTACGCCG‑AGCGCTG‑CGGCGTCCAGCGTGCT‑GCCTTGAGCACTCTGGCTGATGTAGGCCCTTCggg > 2:70983/1‑148 (MQ=255) agccaccgccaccAACCAGCCAACTGCCCTCTGGGGCCGCGGTCAAGACATCATCGCCCGCGCTGCCGTAAAGCGTCTGTACGCCG‑AGCGCTG‑CGGCGTCCAGCGTGCT‑GCCTTGAGCACTCTGGCTGATGTAGGCCCTTCGGGAAGTg > 2:283376/2‑149 (MQ=255) ccaccgccaccAACCAGCCAACTGCCCTCTGGGGCCGCGGTCAAGACATCATCGCCCGCGCTGCCGTAAAGCGTCTGTACGCCG‑AGCGCTG‑CGGCGTCCAGCGTGCT‑GCCTTGAGCACTCTGGCTGATGTAGGCCCTTCGGGAAGTgg < 2:320295/148‑1 (MQ=255) accgccaccAACCAGCCAACTGCCCTCTGGGGCCGCGGTCAAGACATCATCGCCCGCGCTGCCGTAAAGCGTCTGTACGCCGCAGCGCT‑‑CGGCGtac < 6:291042/97‑3 (MQ=255) accgccaccAACCAGCCAACTGCCCTCTGGGGCCGCGGTCAAGACATCATCGCCCGCGCTGCCGTAAAGCGTCTGTACGCCGCAGCGCT‑‑CGGCGtac > 5:291042/1‑95 (MQ=255) accgccaccAACCAGCCAACTGCCCTCTGGGGCCGCGGTCAAGACATCATCGCCCGCGCTGCCGTAAAGCGTCTGTACGCCG‑AGCGCTG‑CGGCGTCCAGCGTGCT‑GCCTTGAGCa < 1:95068/115‑1 (MQ=255) accgccaccAACCAGCCAACTGCCCTCTGGGGCCGCGGTCAAGACATCATCGCCCGCGCTGCCGTAAAGCGTCTGTACGCCG‑AGCGCTG‑CGGCGTCCAGCGTGCT‑GCCTTGAGCa > 2:95068/1‑115 (MQ=255) ccaaccaGCCAACTGCCCTCTGGGGCCGCGGTCAAGACATCATCGCCCGCGCTGCCGTAAAGCGTCTGTACGCCG‑AGCGCTG‑CGGCGTCCAGCGTGCT‑GCCTTGAGCACTCTGGCTGATGTAGGCCCTTCGGGAAGTGGGCCCGCTTGa < 1:357624/149‑1 (MQ=255) aaccaGCCAACTGCCCTCTGGGGCCGCGGTCAAGACATCATCGCCCGCGCTGCCGTAAAGCGTCTGTACGCCG‑AGCGCTG‑CGGCGTCCAGCGTGCT‑GCCTTGAGCACTCTGGCTGATGTAGGCCCTTCGGGAAGTGGGCCCGCTTGAc > 2:7328/1‑148 (MQ=255) caGCCAACTGCCCTCTGGGGCCGCGGTCAAGACATCATCGCCCGCGCTGCCGTAAAGCGTCTGTACGCCG‑AGCGCTG‑CGGCGTCCAGCGTGCT‑GCCTTGATCACTCTGGCTGATGTAGGCCCTTCGTCAAGCGGGCCCACTTCCCGAAg < 3:123908/149‑1 (MQ=255) ccAACTGCCCTCTGGGGCCGCGGTCAAGACATCATCGGCGGCTCTGCCGTAAAGCGTCTTTACGCGG‑AGCGCTG‑CTGCGTCCAGCGTTCT‑GCCTTCAGCACTCTGGCTGATGTAGGCCCTTCGGGAAGTGGGCCCGCTTGACGAAGTCa < 7:129627/149‑1 (MQ=255) ccAACTGCCCTCTGGGGCCGCGGTCAAGACATCATCGCCCGCGCTGCCGTAAAGCGTCTGTACGCCG‑AGCGCTG‑CGGCGTCCAGCGTGCT‑GCCTTGAGCACTCTGGCTGATGTAGGCCCTTCGGGAAGTGGGCCCGCTTGACGAAGTCa < 1:7328/149‑1 (MQ=255) aCTGCCCTCTGGGGCCGCGGTCAAGACATCATCGCCCGCGCTGCCGTAAAGCGTCTGTACGCCG‑AGCGCTG‑CGGCGTCCAGCGTGCT‑GCCTTGAGGACTCTGGCTGATGTAGGCCCTTCGGGAAGTGGGCCCGCTTGACGATGTCAg > 8:270916/1‑147 (MQ=255) aCTGCCCTCTGGGGCCGCGGTCAAGACATCATCGCCCGCGCTGCCGTAAAGCGTCTGTACGCCG‑AGCGCTG‑CGGCGTCCAGCGTGCT‑GCCTTGAGCACTCTGGCTGATGTAGGCCCTTCGGGAAGTGGGCCCGCTTGACGAAGTCAGTa < 1:283376/149‑1 (MQ=255) ggCCGCGGTCAAGACATCATCGCCCGCGCTGCCGTAAAGCGTCTGTACGCCG‑AGCGCTG‑CGGCGTCCAGCGTGCT‑GCCTTGAGCACTCTGGCTGATGTa > 5:33787/1‑99 (MQ=255) ggCCGCGGTCAAGACATCATCGCCCGCGCTGCCGTAAAGCGTCTGTACGCCG‑AGCGCTG‑CGGCGTCCAGCGTGCT‑GCCTTGAGCACTCTGGCTGATGTAGGCCCTTCGGGAAGTGGGCCCGCTTGACGAAGTCAGTAGAGTGCCACcct > 1:145381/1‑149 (MQ=255) ggCCGCGGGCAAGACATCATCGCCCGCGCTGCCGTAAAGCGTCTGTACGCCG‑AGCGCTG‑CGGCGTCCAGCGTGCT‑GCCTTGAGCACTCTGGCTGATGTa < 6:33787/99‑1 (MQ=255) gCCGCGGTCAAGACATCATCGCCCGCGCTGCCGTAAAGCGTCTGTACGCCG‑AGCGCTG‑CGGCGTCCAGCGTGCT‑GCCTTGAGCACTCTGGCTGATGTAGGCCCTTCGGGAAGTGGGCCCGCTTGa < 1:250362/125‑1 (MQ=255) gCCGCGGTCAAGACATCATCGCCCGCGCTGCCGTAAAGCGTCTGTACGCCG‑AGCGCTG‑CGGCGTCCAGCGTGCT‑GCCTTGAGCACTCTGGCTGATGTAGGCCCTTCGGGAAGTGGGCCCGCTTGa > 2:250362/1‑125 (MQ=255) ccGCGGTCAAGACATCATCGCCCGCGCTGCCGTAAAGCGTCTGTACGCCG‑AGCGCTG‑CGGCGTCCAGCGTGCT‑GCCTTGAGCACTCTGGCTTATGTAGGCCCTTCGGGAAGTGGGCCCGCTTGACGaa < 5:230475/128‑1 (MQ=255) ccGCGGTCAAGACATCATCGCCCGCGCTGCCGTAAAGCGTCTGTACGCCG‑AGCGCTG‑CGGCGTCCAGCGTGCT‑GCCTTGAGCACTCTGGCTGATGTAGGCCCTTCGGGAAGTGGGCCCGCTTGACGaa > 6:230475/1‑128 (MQ=255) gcgGTCAAGACATCATCGCCCGCGCTGCCGTAAAGCGTCTGTACGCCG‑AGCGCTG‑CGGCGTCCAGCGTGCT‑GCCTTGAGCACTCTGGCTGATGTAGGCCCTTCGGGAAGTGGGCCCGCTTGACGAAGTCAGTAGAGTGCCACCCTCCTg > 1:296881/1‑149 (MQ=255) gTCAAGACATCATCGCCCGCGCTGCCGTAAAGCGTCTGTACGCCG‑AGCGCTG‑CGGCGTCCAGCGTGCT‑GCCTTGAGCACTCTGGCTGATGTAGGCCCTTCGGGAAGTGGGCCCGCTTGACGAAGTCAGTAGAGTGCCACCCTCCTGGGc < 2:26883/149‑1 (MQ=255) ccGCGCTGCCGTAAAGCGTCTGTACGCCG‑AGCGCTG‑CGGCGTCCAGCGTGCTGGCCTTGAGCACTCTGGCTGATGTAGGCCCTTCGGGAAGTGGGCCCGCTTGACGAAGTCAGTAGAGTGCCACCCTCCTGGGCCTCGATCCGATTAcc > 1:89478/1‑149 (MQ=255) ccGCGCTGCCGTAAAGCGTCTGTACGCCG‑AGCGCTG‑CGGCGTCCAGCGTGCT‑GCCTTGAGCACTCTGGCTg > 2:295482/1‑71 (MQ=255) ccGCGCTGCCGTAAAGCGTCTGTACGCCG‑AGCGCTG‑CGGCGTCCAGCGTGCT‑GCCTTGAGCACTCTGGCTg < 1:295482/71‑1 (MQ=255) ccGTAAAGCGTCTGTACGCCG‑AGCGCTG‑CGGCGTCCAGCGTGCT‑GCCTTGAGCACTCTGGCTGATGTAGGCCCTTCGGGAAGTGGGCCCGCTTGACGAAGTCa > 7:249715/1‑103 (MQ=255) ccGTAAAGCGTCTGTACGCCG‑AGCGCTG‑CGGCGTCCAGCGTGCT‑GCCTTGAGCACTCTGGCTGATGTAGGCCCTTCGGGAAGTGGGCCCGCTTGACGAAGTCa < 8:249715/103‑1 (MQ=255) aaGCGTCTGTACGCCG‑AGCGCTG‑CGGCGTCCAGCGTGCT‑GCCTTGAGCACTCTGGCTGATGTAGGCCCTTCGGGAAGTGGGCCCGCTTGACGAAGTCAGTAGAGTGCCACCCTCCTGGGCCTCGATCCGATTACCGACGGTATCGGCga < 4:288214/149‑1 (MQ=255) tCTGTACGCCG‑AGCGCTG‑CGGCGTCCAGCGTGCT‑GCCTTGAGCACTCTGGCTGATGTAGGCCCTTCGGGAAGTGGGCCCGCTTGACGAAGTCAGTAGAGTGCCACCCTCCTGGGCCTCGATCCGATTACCGACGGTATCGGCGAGAAAc < 2:89478/149‑1 (MQ=255) tCTGTACGCCG‑AGCGCTG‑CGGCGTCCAGCGTGCT‑GCCTTGAGCACTCTGGCTGATGTAGGCCCTTCGGGAAGTGGGCCCGCTTGACGAAGTCAGTAGAGTGCCACCCTCCTGGGCCTCGATCCGATTACCGACGGTATCGGCGAGAAAc > 3:346906/1‑149 (MQ=255) tggaCGCCGCAGCGCT‑‑CGGCGTACAGCGTGCT‑GCCTTGAGCACTCTGGCTGATGTAGGCCCTTCGGGAAGTGGGCCCGCTTGACGAAGTCAGTAGAGTGCCACCCTCCTGGGCCTCGATCCGATTACCGACGGTATCGGCga > 6:328379/4‑142 (MQ=255) tggaCGCCGCAGCGCT‑‑CGGCGTACAGCGTGCT‑GCCTTGAGCACTCTGGCTGATGTAGGCCCTTCGGGAAGTGGGCCCGCTTGACGAAGTCAGTAGAGTGCCACCCTCCTGGGCCTCGATCCGATTACCGACGGTATCGGCga < 5:328379/139‑1 (MQ=255) cG‑AGCGCTG‑CGGCGTCCAGCGTGCT‑GCCTTGAGCACTCTGGCTGATGTAGGCCCTTCGGGAAGTGGGCCCGCTTGACGAAGTCAGTAGAGTGCCACCCTCCTGGGCCTCGATCCGATTACCGACGGTATCGGCGAGAAACCTCACCGc > 8:18673/1‑148 (MQ=255) g‑AGCGCTG‑CGGCGTCCAGCGTGCT‑GCCTTGAGCACTCTGGCTGATGTAGGCCCTTCGGGAAGTGGGCCCGCTTGACGAAGTCAGTAGAGTGCCACCCTCCTGGGCCTCGATCCGATTACCGACGGTATCGGCGAGAAACCTCACCGc > 3:241597/1‑147 (MQ=255) | GCTGGCACTGATCACGAATACATCGTCGCCCGCCCCGCCGTGATAGGTGTTGCTGCCACCGCCACCAACCAGCCAACTGCCCTCTGGGGCCGCGGTCAAGACATCATCGCCCGCGCTGCCGTAAAGCGTCTGTACGCCG‑AGCGCTG‑CGGCGTCCAGCGTGCT‑GCCTTGAGCACTCTGGCTGATGTAGGCCCTTCGGGAAGTGGGCCCGCTTGACGAAGTCAGTAGAGTGCCACCCTCCTGGGCCTCGATCCGATTACCGACGGTATCGGCGAGAAACCTCACCGC > NC_002947/5601673‑5601957 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |