Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,028,652 | Δ1 bp | 11.5% | coding (392/2067 nt) | wbpM → | polysaccharide biosynthesis protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,028,652 | 0 | G | . | 11.5% | 156.5 / 14.4 | 52 | coding (392/2067 nt) | wbpM | polysaccharide biosynthesis protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/22); new base . (2/4); total (26/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.68e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.25e-01 |
GCCTCTCGTAGCCATTCCGCTGTTCATTCGTTTTGGCATGTACC‑GGGCGGTGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTGGGTGACTGGTTTACCGGCGCCCATCAGATACCGTTCGCCAACCG > NC_002947/2028509‑2028799 | gcCTCTCGTAGCCATTCCGCTGTTCATTCGTTTTGGCATGTACCGGGGCGGTGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAAc > 1:79957/1‑149 (MQ=255) tcGTAGCCATTCCGCTGTTCATTCGTTTTGGCATGTACC‑GGGCGGTGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATc < 5:105756/147‑1 (MQ=255) tcGTAGCCATTCCGCTGTTCATTCGTTTTGGCATGTACC‑GGGCGGTGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAg > 7:78006/1‑149 (MQ=255) tcGTAGCCAATCCCCTGGTCATTCGATTAGGCATGTACC‑GGGCGGTGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTGCTGTACCAGTACA‑CAACCaca < 4:201616/147‑3 (MQ=255) gcttAGCCATTCCGCTGTTCATTCGTTTTGGCATGTTCC‑GGGCGGTGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTGATTCTGGCTGTGGTTGCTGTACCAGTACA‑CAACCacag < 6:13942/145‑4 (MQ=255) cGTAGCCATTCCGCTGTTCATTCGTTTTGGCATGTACC‑GGGCGGTGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAgg < 2:50154/149‑1 (MQ=255) gTAGCCATTCCGCTGTTCATTCGTTTTGGCATGTACC‑GGGCGGTGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTGCTGTACCAGTACA‑CAACCacagcca < 5:295583/149‑7 (MQ=255) gTAGCCATTCCGCTGTTCATTCGTTTTGGCATGTACC‑GGGCGGTGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTGCTGTACCAGTACA‑CAACCacagcca < 3:285947/149‑7 (MQ=255) tAGCCATTCCGCTGTTCATTCGTTTTGGCATGTACC‑GGGCGGTGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGt > 4:2971/1‑148 (MQ=255) gTTCATTCGTTTTGGCATGTTCC‑GGGCGGTGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCt < 4:196144/149‑1 (MQ=255) ttCGTTTTGGCATGTACC‑GGGCGGTGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGcc > 6:129060/1‑139 (MQ=255) ttCGTTTTGGCATGTACC‑GGGCGGTGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGcc < 5:129060/139‑1 (MQ=255) ttCGTTTTGGCATGTACC‑GGGCGGTGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACAGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGAt > 3:128098/1‑148 (MQ=255) cGTTTTGGCATGTACC‑GGGCGGTGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCa < 8:78006/148‑1 (MQ=255) ggccATGTACC‑GGGCGGTGATGCGCTACTTCGGCAATCATGCATTGGTGACCATTATCAACGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTc < 8:55440/145‑1 (MQ=255) aCC‑GGGCGGTGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGAAACCATCAGGTAATCTTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATtgt > 8:87421/1‑148 (MQ=255) cc‑GGGCGGTGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATtgg < 3:2971/148‑1 (MQ=255) ggTGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGtt > 8:257942/1‑147 (MQ=255) ggTGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGtt > 3:231036/1‑147 (MQ=255) gTGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAg < 2:79957/149‑1 (MQ=255) tGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAg > 5:212379/1‑148 (MQ=255) tGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGc < 2:212278/149‑1 (MQ=255) gcTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTTTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGtc < 7:87421/149‑1 (MQ=255) aCTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCt > 3:64523/1‑111 (MQ=255) aCTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCt < 4:64523/111‑1 (MQ=255) cGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCAtt < 6:212379/148‑1 (MQ=255) ggCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATtgg > 3:108960/1‑149 (MQ=255) ggCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATtg < 7:257942/148‑1 (MQ=255) aTTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGc < 2:247788/124‑1 (MQ=255) aTTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGcc > 6:134775/1‑149 (MQ=255) aTTGGTGACCATTATCAAGGCCATTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGAAACCATCAGGTAATCGTGCCCCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGACATCATAGCTGCTTTACGc > 7:6675/1‑148 (MQ=255) aCCATTATCAGGGCCGTTTCCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTTCAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGGTCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGGATGGTCATCCTTGGTGGTTTACGCGTGATCAt > 6:349684/1‑149 (MQ=255) cATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATgc > 4:333523/1‑149 (MQ=255) cATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTAAGCCTGATCATgc > 7:159819/1‑149 (MQ=255) gTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTggtggt > 1:180767/1‑97 (MQ=255) gTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTggtggt < 2:180767/97‑1 (MQ=255) 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tCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTAGAGCAAGCATAAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGAATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATAATGCGACAGTATTTCCTGGGTGACTGGTTTACAGgcg > 1:312420/1‑149 (MQ=255) tGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTGGGTGACTGGTTTACCGGCGcc > 6:144681/1‑149 (MQ=255) ggCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGt < 5:341951/119‑1 (MQ=255) ggCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGt > 6:341951/1‑119 (MQ=255) ctgatgGTTGCTGTACCAGTACA‑CAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTGGGTGACTGGTTTACCGGCGCCCa > 7:300352/5‑149 (MQ=255) tgatgGTTGCTGTACCAGTACA‑CAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCAACATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTGGGTGACTGGTTTACCGGCGCCCAt > 2:118161/4‑149 (MQ=255) gtgtTTG‑TGTAATGGTACAGCAACCATCAGGTAATCCTGCCGCGCGCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGGATGTTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTGGGTTACTGGTTTACCGGCGCCCATCa < 8:156042/149‑1 (MQ=255) tgGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTGGGTGACTGGTTTACCGGCGCCCATCa < 3:333523/148‑1 (MQ=255) gTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTGGGTGACTGGTTTACCGGCGCCCATCAGa < 4:108960/148‑1 (MQ=255) cTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTGGGTGACTGGTTTACCGGCGCCCATCAGATACCGTTc < 5:134775/148‑1 (MQ=255) aGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTGGGTGACTGGTTTACCGGCGCCCATCAGATACCGTTCGCCAACcg > 6:280625/1‑149 (MQ=255) | GCCTCTCGTAGCCATTCCGCTGTTCATTCGTTTTGGCATGTACC‑GGGCGGTGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTGGGTGACTGGTTTACCGGCGCCCATCAGATACCGTTCGCCAACCG > NC_002947/2028509‑2028799 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |