Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,385,793 | Δ1 bp | 6.8% | coding (85/576 nt) | PP_2093 ← | two‑component system response regulator NasT |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,385,793 | 0 | T | . | 6.8% | 271.3 / 13.6 | 88 | coding (85/576 nt) | PP_2093 | two‑component system response regulator NasT |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (42/39); new base . (3/3); total (46/42) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.98e-01 |
AACACGATGGGCCGCGGCTGGTCACGGCTGACCAGCACTACCTGTTCCATCACATCGCGGTCTGGCGAGTCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGACCG‑AGCTTGCTCTGGGTGTCGTCGATCAGCAGGATGCGCAACATGTTCGTCCCCCTCACGCGCCGACACGGGCATCGGGCAACTCGCCCAAGGCATGCAAGCTG > NC_002947/2385645‑2385937 | aacaCGATGGGCCGCGGCTGGTCACGGCTGACCAGCACTACCTGTTCCATCACATCGCGGTCTGGCGAGTCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCgat > 3:109742/1‑149 (MQ=255) aacaCGATGGGCCGCGGCTGGTCACGGCTGACCAGCACTACCTGTTCCATCACATCGCGGTCTGGCGAGTCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCgat > 8:320611/1‑149 (MQ=255) aacaCGATGGGCCGCGGCTGGTCACGGCTGACCAGCACTACCTGTTCCATCACATCGCGGTCTGGCGAGTCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCGCAACGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGGCTGGGGCTTCgat > 4:66278/1‑149 (MQ=255) acGATGGGCCGCGGCTGGTCACGGCTGACCAGCACTACCTGTTCCATCACATCGCGGTCTGGCGAGTCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCgatgat > 5:111648/1‑149 (MQ=255) gCCGCGGCTGGTCACGGCTGACCAGCACTACCTGTTCCATCACATCGCGGTCTGGCGAGTCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAg > 8:237365/1‑149 (MQ=255) gCCGCGGCTGGTCACGGCTGACCAGCACTACCTGTTCCATCACATCGCGGTCTGGCGAGTCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGGCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAg > 8:73846/1‑149 (MQ=255) cgcgGCTGGTCACGGCTGACCAGCACTACCTGTTCCATCACATCGCGTTCTGGCGAGTCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGA‑GATCATCGAAGcc < 7:139388/149‑1 (MQ=255) cgcgGCTGGTCACGGCTGACCAGCACTACCTGTTCCATCACATCGCGGTCTGGCGAGTCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGA‑GATCATCGAAGcc < 3:49834/149‑1 (MQ=255) gcgGCTGGTCACGGCTGACCAGCACTACCTGTTCCATCACATCGCGGTCTGGCGAGTCGGTAGCGATCAGCACCACGCCCGGGCGCACCGTTGCGACGCTAGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCg < 1:263885/149‑1 (MQ=255) gTCACGGCTGACCAGCACTACCTGTTCCATCACATCGCGGTCTGGCGAGTCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCTCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATCGTCAGGTCTGGGGCTTCGTTGATC‑TCGAAGCCGGccaccc > 2:257321/1‑145 (MQ=255) gTCACGGCTGACCAGCACTACCTGTTCCATCACATCGCGGTCTGGCGAGTCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCctcac > 8:25897/1‑149 (MQ=255) tCACGGCTGACCAGCACTACCTGTTCCATCACATCGCGGTCTGGCGAGTCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCctcact > 8:333632/1‑149 (MQ=255) ggCTGACCAGCACTACCTGTTCCATCACATCGCGGTCTGGCGAGTCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAAc > 6:35853/1‑149 (MQ=255) ggCTGACCAGCACTACCTGTTCCATCACATCGCGGTCTGGCGAGTCGGTATCGATCAGCACCACGGACGGGCGCACCGTTACGACGCAGGCGGCCAGGTCGATGGGCAGGTCTGGGGCGTCGAGGATC‑TCGAAGCCGGCCGCGCTCCAc > 8:93996/1‑149 (MQ=255) aCCAGCACTACCTGTTCCATCACATCGCGGTCTGGCGAGTCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑Ag < 6:111648/148‑1 (MQ=255) cAGCACTACCTGTTCCATCACATCGCGGTCTGGCGAGTCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGccc > 3:97798/1‑149 (MQ=255) cAGCACTACCTGTTCCATCACATCGCGGTCTGGCGAGTCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGccc > 2:238921/1‑149 (MQ=255) gCACTACCTGTTCCATCACATCGCGGTCTGGCGAGTCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCt > 7:259765/1‑148 (MQ=255) gCACTACCTGTTCCATCACATCGCGGTCTGGCGAGTCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTc < 7:237365/149‑1 (MQ=255) cACTACCTGTTCCATCACATGGCTGGCTGGCGAGTCGGTATCGTTCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCa < 3:184514/149‑1 (MQ=255) tACCTGTTCCATCACATCGCGGTCTGGCGAGTCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGcc > 1:100925/1‑127 (MQ=255) tACCTGTTCCATCACATCGCGGTCTGGCGAGTCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGcc < 2:100925/127‑1 (MQ=255) cTGTTCCATCACATCGCGGTCTGGCGAGTCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGAc < 7:73846/149‑1 (MQ=255) cTGTTCCATCACATCGCGGTCTGGCGAGTCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGAc > 1:328201/1‑149 (MQ=255) ttCCATCACATCGCGGTCTGGCGAGTCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGA‑GATCATCGAAGcccca < 7:219934/120‑4 (MQ=255) ttCCATCACATCGCGGTCTGGCGAGTCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGA‑GATCATCGAAGcccca > 8:219934/1‑117 (MQ=255) ccATCACATCGCGGTCTGGCGAGTCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGACCG‑AGc > 6:133221/1‑149 (MQ=255) tCACATCGCGGTCTGGCGAGTCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGACCG‑AGCTTg > 7:32150/1‑149 (MQ=255) caTCGCGGTCTGGCGAGTCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGACCG‑AGCTTGctc > 6:268996/1‑149 (MQ=255) aTCGCGGTCTGGCGAGTCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGACCG‑AGCTTGctct < 4:97798/149‑1 (MQ=255) aTCGCGGTCTGGCGAGTCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGACCG‑AGCTTGctct > 8:13710/1‑149 (MQ=255) tCGCGGTCTGGCGAGTCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGACCG‑AGCTTGCTCTg < 4:27149/149‑1 (MQ=255) cgcgGTCTGGCGAGTCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGACCG‑AGCTTGCTCTgg > 8:290234/1‑149 (MQ=255) cgcgGTCTGGCGAGTCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGACCG‑AGCTTGCTCTgg > 8:295196/1‑149 (MQ=255) gcgGTCTGGCGAGTCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGACCG‑AGCTTGCTCTgg < 4:109742/148‑1 (MQ=255) gcgGTCTGGCGAGTCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGACCG‑AGCTTGCTCTgg > 4:114620/1‑148 (MQ=255) gcgGTCTGGCGAGTCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGACCG‑AGCTTGCTCTgg < 4:141361/148‑1 (MQ=255) gcgGTCTGGCGAGTCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGACCG‑AGCTTGCTCTgg < 3:114620/148‑1 (MQ=255) gcgGTCTGGCGAGTCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGACCG‑AGCTTGCTCTgg < 2:328201/148‑1 (MQ=255) gTCTGGCGAGTCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGACCG‑AGCTTGctct > 3:67476/1‑143 (MQ=255) gTCTGGCGAGTCGGTATCGATCAGCACCACGGCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGACCG‑AGCTTGctct < 4:67476/143‑1 (MQ=255) gCGAGTCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGACCG‑AGCTTGCTCTGGGTgtcgt < 7:333632/147‑1 (MQ=255) cGAGTCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGACCG‑AGCTTGCTCTGGGTGtcgtcg > 7:300775/1‑148 (MQ=255) gAGTCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGaa < 2:303473/92‑1 (MQ=255) gAGTCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGaa > 1:303473/1‑92 (MQ=255) aGTCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGACCG‑AGCTTGCTCTGGGTGTCGTCGAt > 8:159187/1‑148 (MQ=255) gTCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGACCG‑AGCTTGCTCTGGGTGTCGTCGATca < 5:268996/149‑1 (MQ=255) gTCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGCCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGACCG‑AGCTTGCTCTGGGTGTCGTCGATca > 2:291727/1‑149 (MQ=255) tCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGACCG‑AGCTTGCTCTGGGTgtcgtc > 1:157451/1‑143 (MQ=255) tCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGACCG‑AGCTTGCTCTGGGTgtcgtc < 2:157451/143‑1 (MQ=255) gTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCTATCGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGACCG‑AGCTTGCTCTGGGTgtc > 5:250330/1‑137 (MQ=255) aTCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCAGTCGACCG‑AGCTTGATCTGGGTGTCGTCGATCAGCAGGATgcg > 3:221877/1‑149 (MQ=255) cAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGACCG‑AGCTTGCTCTGGGTGTCGTCGATCAGCAGTATgcgc < 1:257321/148‑1 (MQ=255) aGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGACCGCAGCTTGCTCTGGGTGTCGTCGATCAGCAGGATgcgc < 1:238921/148‑1 (MQ=255) aGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGACCG‑AGCTTGCTCTGGGTGTCGTCGATCAGCAGGATGCGCaa < 7:295196/149‑1 (MQ=255) aGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGACCG‑AGCTTGCTCTGGGTGTCGTCGATCAGCAGGATGCGCaa < 7:290234/149‑1 (MQ=255) caccacGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATGGACAGGTCTGGGGCTTGGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGACCG‑AGCTTGCTCTGGCTGTCGTCGCTCAGCAGGATGCGCAACa > 8:149581/1‑149 (MQ=255) cGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGACCG‑AGCTTGCTCTGGGTGTCGTCGATCAGCAGGATGCGCAACATGTTc < 5:35853/149‑1 (MQ=255) cGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGACC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGACCG‑AGCTTGCTCTGGGTGTCGTCGATCAGCAGGATGCGCAACATGTTc < 6:324780/149‑1 (MQ=255) gTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGACCG‑AGCTTGCTCTGGGTGTCGTCGATCAGCAGGATGCGCAACATGTTc > 6:314675/1‑148 (MQ=255) gTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGACCG‑AGCTTGCTCTGGGTGTCGTCGATCAGCAGGATGCGCAACATGTTc < 5:314675/148‑1 (MQ=255) gggCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGACCG‑AGCTTGCTCTGGGTGTCGTCGATCAGCAGGATGCGCAACATGTTCGTccc < 8:259765/149‑1 (MQ=255) gggCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGACCG‑AGCTTGCTCTGGGTGTCGTCGATCAGCAGGATGCGCAACATGTTCGTccc < 3:66278/149‑1 (MQ=255) gcgcACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGACCG‑AGCTTGCTCTGGGTGTCGTCGATCAGCAGGATGCGCAACATGTTCGTcccc > 6:224085/1‑148 (MQ=255) aCGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGACCG‑AGCTTGCTCTGGGTGTCGTCGATCAGCAGGATGCGCAACATGTTCGTCCCCCTCACGCGCCGaca < 7:159187/149‑1 (MQ=255) aCGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGACCG‑AGCTTGCTCTGGGTGTCGTCGATCAGCAGGATGCGCAACATGTTCGTCCCCCTCACGCGCCGaca > 7:238534/1‑149 (MQ=255) gCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGACCG‑AGCTTGCTCTGGGTGTCGTCGATCAGCAGGATGCGCAACATGTTCGTCCCCCTCACGCGCCGACACg < 7:25897/149‑1 (MQ=255) cAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGACCG‑AGCTTGCTCTGGGTGTCGTCGATCAGCAGGATGCGCAACATGTTCGTCCCCCTCACGCGCCGACACgg < 7:320611/149‑1 (MQ=255) cAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCACTCAGGCGACCG‑AGCTTGCTCAGGGTGTCGTCGATCAGCAGGATGCGCAACATGTTAGTCCCCCTCACGCGcc > 3:220662/1‑142 (MQ=255) ggCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGACCG‑AGCTTGCTCTGGGTGTCGTCGATCAGCAGGATGTGCAACATGTTCGTccccc < 6:66827/131‑1 (MQ=255) ggCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCTCTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGACCG‑AGCTTGCTCTGGGTGTCGTCGATCAGCAGGATGCGCAACATGTTCGTCCCCCTCACGCGCCGACACGGGCATCg < 8:300775/149‑1 (MQ=255) gTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGACCG‑AGCTTGCTCTGGGTGTCGTCGATCAGCAGGATGCGCAACATGTTCGTCCCCCTCACGCGCCGACACGGGCATCGGGCaa > 1:23572/1‑149 (MQ=255) tCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGACCG‑AGCTTGCTCTGGGTGTCGTCGATCAGCAGGATGCGCAACATGTTCGTCCCCCTCACGCGCCGACACGGGCATCGGGCAAc > 4:202054/1‑149 (MQ=255) cGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGACCG‑AGCTTGCTCTGGGTGTCGTCGATCAGCAGGATGCGCAACATGTTCGTCCCCCTCACGCGCCGACACGGGCATCGGGCAACt > 7:259896/1‑149 (MQ=255) gATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGACCG‑AGCTTGCTCTGGGTGTCGTCGATCAGCAGGATGCGCaa > 4:135608/1‑105 (MQ=255) gATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGACCG‑AGCTTGCTCTGGGTGTCGTCGATCAGCAGGATGCGCaa < 3:135608/105‑1 (MQ=255) tGGTCAGGTCTGGGGCTTAGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGACCG‑AGCTTGCTCTGGGTGGCGTCGATCAGCAGGATGCGCAACATGTTCGTCCCCCTCACGCGCCGACACGGGCATCGGGCAACTCGc < 7:149581/149‑1 (MQ=255) ggTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGACCG‑AGCTTGCTCTGGGTGTCGTCGATCAGCAGGATGCGCAACATGTTCGTCCCCCTCACGCGCCGACACGGGCATCGGGCAACTCGCCCAAgg < 5:133221/149‑1 (MQ=255) gTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGCTAGCCCTCAGGCGACCG‑AGCTTGCTCTGGGTGTCGTCGATcagca > 1:248658/1‑87 (MQ=255) gTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGACCG‑AGCTTGCTCTGGGTGTCGTCGATcagca < 2:248658/86‑1 (MQ=255) gTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGACCG‑AGCTTGCTCTGGGTGTCGTCGATCAGCAGGATGCGCAACATGTTCGTCCCCCTCACGCGCCGACACGGGCATCGGGCAACTCGCCCAAgg > 6:142922/1‑148 (MQ=255) cTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGACCG‑AGCTTGCTCTGGGTGTCGTCGATCAGCAGGATGCGCAACATGTTCGTCCCCCTCACGCGCCGACACGGGCATCGGGCAACTCGCCCAAgg < 3:295897/146‑1 (MQ=255) cTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGACCG‑AGCTTGCTCTGGGTGTCGTCGATCAGCAGGATGCGCAACATGTTCGTCCCCCTCACGCGCCGACACGGGCATCGGGCAACTCGCCCAAgg > 4:295897/1‑146 (MQ=255) cggCTTCGA‑GATCATCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGACCG‑AGCTTGCTCTGGGTGTCGTCGATCAGCAGGATGCGCAACATGTTCGTCCCCCTCCCGCGCCGACACGGGCATCGGGCAACTCGCCCAAGGCATGc > 2:102791/2‑148 (MQ=255) gCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGACCG‑AGCTTGCTCTGGGTGTCGTCGATCAGCAGGATGCGCAACATGTTCGTCCCCCTCACGCGCCGACACGGGCATCGGGCAACTCGCCCAAGGCATGCAAg < 1:291727/149‑1 (MQ=255) gCTTCGA‑GATCATCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGACCG‑AGCTTGCTCTGGGTGTCGTCGATCAGCAGGATGCGCAACATGTTCGTCCCCCTCACGCGCCGACACGGGCATCGGGCAACTCGCCCAAGGCATGCAAg > 1:323264/1‑149 (MQ=255) ttCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCATCGC‑AGCCCTCAGGCGACCG‑AGCTTGCTCTGGGTGTCCTCGATCAGCAGGATGCGAAACATGTTCGTCCCCCTCAGGCGCCGACACGGGCATCGGGCAACTCGCCCAAGGCATGc < 7:299443/144‑1 (MQ=255) ttCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGACCG‑AGCTTGCTCTGGGTGTCGTCGATCAGCAGGATGCGCAACATGTTCGTCCCCCTCACGCGCCGACACGGGGATCCGGCAAGTCGCCCAAGGCAAGCAAGCt > 2:142353/1‑149 (MQ=255) ttCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGACCG‑AGCTTGCTCTGGGTGTCGTCGATCAGCAGGATGCGCAACATGTTCGTCCCCCTCACGCGCCGACACGGGCATCGGGCAACTCGCCCAAGGCATGCAAGCt > 7:127754/1‑149 (MQ=255) ttCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGACCG‑AGCTTGCTCTGGGTGTCGTCGATCAGCAGGATGCGCAACATGTTCGTCCACCTCACGCGCCGACACGCGCAACGGGCAACTCGCCCAACGCATGCAAga > 8:299443/1‑147 (MQ=255) cGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCGCTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGACCG‑AGCTTGCTCTGGGTGTCGTCGATCAGCAGGATGCGCAACATGTTCGTCCCCCTCACGCGCCGACACGGGCATCGGGCAACTCGCCCAAGGCATGCAAGCTg > 7:55187/1‑148 (MQ=255) cGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGACCG‑AGCTTGCTCTGGGTGTCGTCGATCAGCAGGATGCGCAACATGTTCGTCCCCCTCACGCGCCGACACGGGCATCGGGCAACTCGCCCAAGGCATGCAAGCTg < 2:23572/148‑1 (MQ=255) | AACACGATGGGCCGCGGCTGGTCACGGCTGACCAGCACTACCTGTTCCATCACATCGCGGTCTGGCGAGTCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTCTGGGGCTTCGATGATC‑TCGAAGCCGGCCTCACTCAACGC‑AGCCCTCAGGCGACCG‑AGCTTGCTCTGGGTGTCGTCGATCAGCAGGATGCGCAACATGTTCGTCCCCCTCACGCGCCGACACGGGCATCGGGCAACTCGCCCAAGGCATGCAAGCTG > NC_002947/2385645‑2385937 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |