Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,990,761 | Δ1 bp | 7.4% | coding (719/2169 nt) | vgrG‑I ← | type VI secretion system protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,990,761 | 0 | T | . | 7.4% | 166.4 / 7.5 | 54 | coding (719/2169 nt) | vgrG‑I | type VI secretion system protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/24); new base . (2/2); total (28/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.74e-01 |
TCGCGTTTATAGCGGCCTGGGTAATCGAAGTATTCGTAATCTTTGCTCTGATGCTCCAGGAAGGGCCCGGCGGCTCTGTGCTCCTGGCGGTAGGCCGGGTGGGTGAAGGT‑GTGGTCGCGCTGCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGCTGTTCGCTTGGTACAGGACGCTGTCAGGGCCTACAGGCTCGTCGTCATCGCCGAAACCCTCGTCTTCATGGTCGGCCTTGATGGCGCCATGGCTGAT > NC_002947/2990617‑2990909 | tCGCGTTTATAGCGGCCTGGGTAATCGAAGTATTCGTAATCTTTGCTCTGATGCTCCAGGAAGGGCCCGGCGGCTCTGTGCTCCTGGCGGTAGGCCGGGTGGGTGAAGGT‑GTGGTCGCGCTGCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTc < 1:92535/149‑1 (MQ=37) gTTTATAGCGGCCTGGGTAATCGAAGTATTCGTAATCTTTGCTCTGATGCTCCAGGAAGGGCCCGGCGGCTCTGTGCTCCTGGCGGTAGGCCGGGTGGGTGAAGGT‑GTGGTCGCGCTGCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTg > 7:80796/1‑149 (MQ=39) gCCTGGGTAATCGAAGTATTCGTAATCTTTGCTCTGATGCTCCAGGAAGGGCCCGGCGGCTCTGTGCTCCTGGCGGTAGGCCGGGTGGGTGAAGGT‑GTGGTCGCGCTGCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAgc < 4:258804/149‑1 (MQ=39) cTGGGTAATCGAAGTATTCGTAATCTTTGCTCTGATGCTCCAGGAAGGGCCCGGCGGCTCTGTGCTCCTGGCGGTAGGCCGGGTGGGTGAAGGT‑GTGGTCGCGCTGCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAgcgg < 4:176441/149‑1 (MQ=39) ggTAATCGAAGTATTCGTAATCTTTGCTCTGATGCTCCAGGAAGGGCCCGGCGGCTCTGTGCTCCTGGCGGTAGGCCGGGTGGGTGAAGGT‑GTGGTCGCGCTGCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAgcggcg > 5:333950/1‑148 (MQ=39) ggTAATCGAAGTATTCGTAATCTTTGCTCTGATGCTCCAGGAAGGGCCCGGCGGCTCTGTGCTCCTGGCGGTAGGCCGGGGGGGTGAAGGTAGTGGGCGCGCTGCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAgcgg < 1:98698/147‑1 (MQ=255) gTAATCGAAGTATTCGTAATCTTTGCTCTGATGCTCCAGGAAGGGCCCGGCGGCTCTGTGCTCCTGGCGGTAGGCCGGGTGGGTGAAGGT‑GTGGTCGCGCTGCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGaa < 5:144727/149‑1 (MQ=39) tCGAAGTATTCGTAATCTTTGCTCTGATGCTCCAGGAAGGGCCCGGCGGCTCTGTGCTCCTGGCGGTAGGCCGGGTGGGTGAAGGT‑GTGGTCGCGCTGCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAgg > 3:88352/1‑147 (MQ=39) aaGTATTCGTAATCTTTGCTCTGATGCTCCAGGAAGGGCCCGGCGGCTCTGTGCTCCTGGCGGTAGGCCGGGTGGGTGAAGGT‑GTGGTCGCGCTGCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAggg > 8:247745/1‑149 (MQ=39) tCTTTGCTCTGATGCTCCAGGAAGGGCCCGGCGGCTCTGTGCTCCTGGCGGTAGGCCGGGTGGGTGAAGGT‑GTGGTCGCGCTGCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATc > 1:53595/1‑149 (MQ=37) tttGCTCTGATGCTCCAGGAAGGGCCCGGCGGCTCTGTGCTCCTGGCGGTAGGCCGGGTGGGTGAAGGT‑GTGGTCGCGCTGCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGc > 4:113404/1‑149 (MQ=37) tttGCTCTGATGCTCCAGGAAGGGCCCGGCGGCTCTGTGCTCCTGGCGGTAGGCCGGGTGGGTGAAGGT‑GTGGTCGCGCTGCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGc > 5:235560/1‑149 (MQ=37) tGCTCTGATGCTCCAGGAAGGGCCCGGCGGCTCTGTGCTCCTGGCGGTAGGCCGGGTGGGTGAAGGT‑GTGGTCGCGCTGCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATc < 6:333950/145‑1 (MQ=37) tGCTCTGATGCTCCAGGAAGGGCCCGGCGGCTCTGTGCTCCTGGCGGTAGGCCGGGTGGGTGAAGGT‑GTGGTCGCGCTGCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATc < 7:247745/145‑1 (MQ=37) tGATGCTCCAGGAAGGGCCCGGCGGCTCTGTGCTCCTGGCGGTAGGCCGGGTGGGTGAAGGT‑GTGGTCGCGCTGCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGCt > 4:64974/1‑149 (MQ=37) tCCAGGAAGGGCCCGGCGGCTCTGTGCTCCTGGCGGTAGGCCGGGTGGGTGAAGGT‑GTGGTCGCGCTGCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGCTGTTCGc > 8:209886/1‑149 (MQ=39) tCCAGGAAGGGCCCGGCGGCTCTGTGCTCCTGGCGGTAGGCCGGGTGGGTGAAGGT‑GTGGTCGCGCTGCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGCTGTTCGc > 3:255860/1‑149 (MQ=39) ccAGGAAGGGCCCGGCGGCTCTGTGCTCCTGGCGGTAGGCCGGGTGGGTGAAGGT‑GTGGTCGCGCTGCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGCTGTTCGCt > 7:205096/1‑149 (MQ=39) aGGATGGGCCCGGCGGCTCTGTGCTCCTGGCGGTAGGCCGGGTGGGTGAAGGT‑GTGGTCGCGCTGCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGCTGTTCGCTTg < 5:42721/149‑1 (MQ=255) ggCCCGGCGGCTCTGTGCTCCTGGCGGTAGGCCGGGTGGGTGAAGGT‑GTGGTCGCGCTGCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGCTGTTCGCTTGGTACAg > 6:24424/1‑149 (MQ=39) gCCCGGCGGCTCTGTGCTCCTGGCGGTAGGCCGGGTGGGTGAAGGT‑GTGGTCGCGCTGCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGCTGTTCGCTTGGTACAgg < 7:213807/149‑1 (MQ=40) gcggcTCTGTGCTCCTGGCGGTAGGCCGGGTGGGTGAAGGT‑GTGGTCGCGCTGCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGCTGTTCGCTTGGTACAGGACGCt < 3:113404/149‑1 (MQ=255) tctGTGCTCCTGGCGGTAGGCCGGGTGGGTGAAGGT‑GTGGTCGCGCTGCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAgcgg < 4:15150/91‑1 (MQ=255) tctGTGCTCCTGGCGGTAGGCCGGGTGGGTGAAGGT‑GTGGTCGCGCTGCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAgcgg > 3:15150/1‑91 (MQ=255) tgCTCCTGGCGGTAGGCCGGGTGGGTGAAGGT‑GTGGTCGCGCTGCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGCTGTTCTCTTGGTACAGGACGCTGTCAgg < 6:235560/146‑1 (MQ=255) tgCTCCTGGCGGTAGGCCGGGTGGGTGAAGGT‑GTGGTCGCGCTGCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGCTGTTCGCTTGGTACAGGACGCTGTCAggg < 4:255860/147‑1 (MQ=255) tgCTCCTGGCGGTAGGCCGGGTGGGTGAAGGT‑GTGGTCGCGCTGCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGCTGTTCGCTTGGTACAGGACGCTGTCAggg < 2:53595/147‑1 (MQ=255) tgCTCCTGGCGGTAGGCCGGGTGGGTGAAGGT‑GTGGTCGCGCTGCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGCTGTTCGCTTGGTACAGGACGCTGTCAGGGc < 7:192622/148‑1 (MQ=255) tGGCGGTAGGCCGGGTGGGTGAAGGT‑GTGGTCGCGCTGCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGCTGTTCGCTTGGTACAGGACGCTGTCAGGGCCTACAgg > 5:279443/1‑149 (MQ=255) gTAGGCCGGGTGGGTGAAGGT‑GTGGTCGCGCTGCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGCTGTTCGCTTGGTACAGGACGCTGTCAGGGCCTACAGGCtcgt > 3:156848/1‑149 (MQ=255) tAGGCCGGGTGGGTGAAGGT‑GTGGTCGCGCTGCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGCTGTTCGCTTGGTACAGGACGCTGTCAGGGCCTACAGGCtcgtc < 3:64974/149‑1 (MQ=255) tgAAGGT‑GTGGTCGCGCTGCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGCTGTTCGCTTGGTACAGGACGCTGTCAGGGCCTACAGGCTCGTCGTCATCGCCGaaa > 8:160757/1‑149 (MQ=255) ggT‑GTGGTCGCGCTGCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGCTGtt < 3:16908/93‑1 (MQ=37) ggT‑GTGGTCGCGCTGCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGCTGtt > 4:16908/1‑93 (MQ=37) ggT‑GTGGTCGCGCTGCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGCTGTTCGCTTGGTACAGGACGCTGTCAGGGCCTACAGGCTCGTCGTCATCGCCGAAACCCt > 6:322830/1‑149 (MQ=255) gtgGTCGCGCTGCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGCTGTTCGCTTGGTACAGGACGCTGTCAGGGCCTACAGGCTCGTCGTCATCGCCGAAACCCTCg > 6:132349/1‑148 (MQ=255) tgGTCGCGCTGCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGCTGTTCGCTTGGTACAGGACGCTGTCAGGGCCTACAGGCTCGTCGTCATCGCCGAAACCCTCGt < 5:24424/148‑1 (MQ=255) gTCGCGCTGCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGCTGTTCGCTTGGTACAGGACGCTGTCAGGGCCTACAGGCTCGTCGTCATCGCCGAAACCCTCGTCtt > 6:289882/1‑149 (MQ=255) cgcgCTGCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGCTGTTCGCTTGGTACAGGACGCTGTCAGGGCCTACAGGCTCGTCGTCATCGCCGAAACCCTCGTCTTCa < 6:279443/149‑1 (MQ=255) gCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGCTGTTCGCTTGGTACAGGACGCTGTCAGGGCCTACAGGCTCGTCGTCATCGCCGAAACCCTCGTCTTCATGGTCg < 8:205096/149‑1 (MQ=255) tacagCGAGCAGGTGCGCACC‑GCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGCTGTTCGCTTGGTACAGGACGCTGTCAGGGCCTACAGGCTCGTCGTCATCGCCGAAACCCTCGTCTTCATGGTCGGcc > 1:24590/5‑149 (MQ=17) cTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGCTGTTCGCTTGGTACAGGACGCTGTCAGGGCCTACAGGCTCGTCGTCATCGCCGAAACCCTCGTCTTCATGGTCGGCCt > 1:275597/1‑149 (MQ=255) ggCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGCTGTTCGCTTGGTACAGGACGCt < 2:82359/91‑1 (MQ=255) ggCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGCTGTTCGCTTGGTACAGGACGCt > 1:82359/1‑91 (MQ=255) gCGAGCAGGTGCGCACC‑GCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGCTGTTCGCTTGGTACAGGACGCTGTCAGGGCCTACAGGCTCGTCGTCATCGCCGAAACCCTCGTCTTCATGGTCGGCCTTGa > 6:45988/1‑149 (MQ=255) gC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGCTGTTCGCTTGGTACAGGACGCTGTCAGGGCCTACAGGCTCGTCGTCATCGCCGAAACCCTCGTCTTCATGGTCGGCCTTGATGgc < 2:275597/149‑1 (MQ=255) caggTGCGCACC‑GCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGCTGTTCGCTTGGTACAGGACGCTGTCAGGGCCTACAGGCTCGTCGTCATCGCCGAAACCCTCGTCTTCATGGTCGGCCTTGATGgcg < 5:45988/147‑1 (MQ=255) aggTGCGCACC‑GCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGCTGTTCGCTTGGTACAGGACGCTGTCAGGGCCTACAGGCTCGTCGTCATCGCCGAAACCCTCGTCTTCATGGTCGGCCTTGATGgcgc < 2:24590/148‑1 (MQ=255) gTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGCTGTTCGCTTGGTACAGGACGCTGTCAGGGCCTACAGGCTCGTCGTCATCGCCGAAACCCTCGTCTTCATGGTCGGCCTTGATGgcgc > 5:320032/1‑148 (MQ=255) tGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGCTGTTCGCTTGGTACAGGACGCTGTCAGGGCCTACAGGCTCGTCGTCATCGCCGAAACCCTCGTCTTCATGGTCGGCCTTGATGGCGCCa > 1:71022/1‑149 (MQ=255) gcACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGCTGTTCGCTTGGTACAGGACGCTGTCAGGGCCTACAGGCTCGTCGTCATCGCCGAAACCCTCGTCTTCATGGTCGGCCTTGATGGCGCCATgg < 8:80796/149‑1 (MQ=255) aCCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGCTGTTCGCTTGGTACAGGACGCTGTCAGGGCCTACAGGCTCGTCGTCATCGCCGAAACCCTCGTCTTCATGGTCGGCCTTGATGGCGCCATGGCt > 6:44308/1‑149 (MQ=255) cTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGCTGTTCGCTTGGTACAGGACGCTGTCAGGGCCTACAGGCtcgtc < 2:43973/96‑1 (MQ=255) cTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGCTGTTCGCTTGGTACAGGACGCTGTCAGGGCCTACAGGCtcgtc > 1:43973/1‑96 (MQ=255) tGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGCTGTTCGCTTGGTACAGGACGCTGTCAGGGCCTACAGGCTCGTCGTCATCGCCGAAACCCTCGTCTTCATGGTCGGCCTTGATGGCGCAATGGCTGAt > 7:124653/1‑149 (MQ=255) | TCGCGTTTATAGCGGCCTGGGTAATCGAAGTATTCGTAATCTTTGCTCTGATGCTCCAGGAAGGGCCCGGCGGCTCTGTGCTCCTGGCGGTAGGCCGGGTGGGTGAAGGT‑GTGGTCGCGCTGCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGCTGTTCGCTTGGTACAGGACGCTGTCAGGGCCTACAGGCTCGTCGTCATCGCCGAAACCCTCGTCTTCATGGTCGGCCTTGATGGCGCCATGGCTGAT > NC_002947/2990617‑2990909 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |