| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,419,548:1 | +C | 100% | intergenic (‑37/+99) | PP_1242 ← / ← PP_1244 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,419,548 | 1 | . | C | 96.8% | 101.0 / ‑3.2 | 31 | intergenic (‑37/+99) | PP_1242/PP_1244 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base C (11/19); total (11/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
CTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGC‑TGG‑CTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGC > NC_002947/1419401‑1419622 | cTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGT‑TGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGggc‑tgg‑c < 3:277150/149‑1 (MQ=255) tGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGggc‑tgg‑cc > 8:38622/1‑148 (MQ=255) aGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGggc‑tgg‑cctctt < 1:325850/149‑6 (MQ=255) ccGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGC‑TGGCCTCTTCGCGGGCa < 1:100474/149‑1 (MQ=255) ggTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGC‑TGGCCTCTTCGCGGGCACGc < 7:58510/149‑1 (MQ=255) gATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGC‑TGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGc < 7:38622/148‑1 (MQ=255) gATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGC‑TGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCt < 3:115513/149‑1 (MQ=255) cGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGC‑TGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTccc < 1:343397/148‑1 (MQ=255) cGGGGGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTTGC‑CTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACt < 8:107896/149‑1 (MQ=255) gggTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGC‑TGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAg < 2:239242/143‑1 (MQ=255) gggTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGC‑TGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAg > 1:239242/1‑143 (MQ=255) ggTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGC‑TGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACtgt > 5:14830/1‑149 (MQ=255) gTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGC‑TGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTcc < 1:172484/136‑1 (MQ=255) gTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTATGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTTTTTACCTTGATTCTGGGTTTCCTGGGC‑TGGCCACTTACCCGGCACGCCCGCTcc > 2:172484/1‑136 (MQ=255) tGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGggc‑tgg‑cctc > 3:232792/1‑112 (MQ=255) tGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGggc‑tgg‑cctc < 4:232792/115‑4 (MQ=255) tgttgtTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGC‑TGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTg > 3:342050/1‑149 (MQ=255) gCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGC‑TGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAgg < 8:89329/127‑1 (MQ=255) gCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGC‑TGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAgg > 7:89329/1‑127 (MQ=255) ggTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGC‑TGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCtgtg < 6:14830/147‑1 (MQ=255) ggTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGC‑TGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCtgtg < 7:46269/147‑1 (MQ=255) ggTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGAATCTGGGTTGCCTGGGC‑TGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCtgtg < 5:24243/147‑1 (MQ=255) gAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGC‑TGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGAcc < 4:342050/149‑1 (MQ=255) aGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGC‑TGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCt < 7:36274/149‑1 (MQ=255) tgaGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTATGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGC‑TGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCtg < 2:124247/147‑1 (MQ=255) aGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGC‑TGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCtgtg > 7:137774/1‑149 (MQ=255) ggTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGC‑TGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTgg < 8:137774/149‑1 (MQ=255) gACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGC‑TGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTgtggtg < 5:356248/131‑1 (MQ=255) gACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGC‑TGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTgtggtg > 6:356248/1‑131 (MQ=255) tgtgGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGC‑TGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCtgtg > 1:208245/1‑137 (MQ=255) tgtgGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGC‑TGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCtgtg < 2:208245/136‑1 (MQ=255) gtggGTTCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGC‑TGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGc > 4:37024/1‑87 (MQ=255) ttCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGC‑TGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGc > 7:237297/1‑82 (MQ=255) ttCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGC‑TGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGc < 8:237297/82‑1 (MQ=255) ttgtgttgtCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGC‑TGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGc > 6:313461/1‑131 (MQ=255) ttgtgttgtCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGC‑TGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGc < 5:313461/131‑1 (MQ=255) | CTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGC‑TGG‑CTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGC > NC_002947/1419401‑1419622 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |