| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,028,639:1 | +C | 11.3% | coding (379/2067 nt) | wbpM → | polysaccharide biosynthesis protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,028,639 | 1 | . | C | 11.3% | 178.7 / 20.8 | 53 | coding (379/2067 nt) | wbpM | polysaccharide biosynthesis protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (25/22); new base C (2/4); total (27/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.20e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.53e-01 | |||||||||||
CTGGTTGTTCATGGTTGCGCCTCTCGTAGCCATTCCGCTGTTCATTCGTTTTGGCATGTACC‑GGGCGGTGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTGGGTGACTGGTTTACCGGCGCCCATCAGA > NC_002947/2028491‑2028783 | cTGGTTGTTCATGGTTGCGCCTCTCGTAGCCATTCCGCTGTTCATTCGTTTTGGCATGTACC‑GGGCGGTGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACGCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTtg > 6:77546/1‑149 (MQ=255) ttCATGGTTGCGCCTCTCGTAGCCATTCCGCTGTTCATTCGTTTTGGCATGTACC‑GGGCGGTGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGCCAATTATCTAGGCCGTTACCCTGACATCGCTCATTCTGGCTGTGGTtgctgtaa > 5:13942/1‑142 (MQ=255) cATGGTTGCGCCTCTCGTAGCCATTCCGCTGTTCATTCGTTTTGGCATGTACC‑GGGCGGTGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTgg > 1:212278/1‑148 (MQ=255) 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gTGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAg < 2:79957/149‑1 (MQ=255) tGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAg > 5:212379/1‑148 (MQ=255) tGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGc < 2:212278/149‑1 (MQ=255) gcTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTTTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGtc < 7:87421/149‑1 (MQ=255) aCTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCt < 4:64523/111‑1 (MQ=255) aCTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCt > 3:64523/1‑111 (MQ=255) 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(MQ=255) gtgtTTG‑TGTAATGGTACAGCAACCATCAGGTAATCCTGCCGCGCGCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGGATGTTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTGGGTTACTGGTTTACCGGCGCCCATCa < 8:156042/149‑1 (MQ=255) tgGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTGGGTGACTGGTTTACCGGCGCCCATCa < 3:333523/148‑1 (MQ=255) gTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTGGGTGACTGGTTTACCGGCGCCCATCAGa < 4:108960/148‑1 (MQ=255) | CTGGTTGTTCATGGTTGCGCCTCTCGTAGCCATTCCGCTGTTCATTCGTTTTGGCATGTACC‑GGGCGGTGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTGGGTGACTGGTTTACCGGCGCCCATCAGA > NC_002947/2028491‑2028783 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |