| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,048,730:1 | +C | 8.7% | coding (572/603 nt) | PP_1821 → | glutathione S‑transferase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,048,730 | 1 | . | C | 8.7% | 175.1 / 11.6 | 46 | coding (572/603 nt) | PP_1821 | glutathione S‑transferase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (22/20); new base C (2/2); total (24/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.51e-01 | |||||||||||
CAGATGACGCCTTACCTGGTGGGTGAGCAGTACTCGATTGCCGATGTGGCGCTGTATGCCTACACCCATGTGGCGCAGCAGGGCGGGTTCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACGGGCGCAGCCCGTGCCAACCACCGCGGTGCCTGCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCC > NC_002947/2048591‑2048877 | cAGATGACGCCTTACCTGGTGGGTGAGCAGTACTCGATTGCCGATGTGGCGCTGTATGCCTACACCCATGTGGCGCAGCAGGGCGGGTTCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCcgc < 6:92467/148‑1 (MQ=255)cAGATGACGCCTTACCTGGTGGGTGAGCAGTACTCGATTGCCGATGTGGCGCTGTATGCCTACACCCATGTGGCGCAGCAGGGCGGGTTCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCcgc < 4:285566/148‑1 (MQ=255) gATGACGCCTTACCTGGTGGGTGAGCAGTACTCGATTGCCGATGTGGCGCTGTATGCCTACACCCATGTGGCGCAGCAGGGCGGGTTCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCgg > 4:84141/1‑148 (MQ=255) gCCTTACCTGGTGGGTGAGCAGTACTCGATTGCCGATGTGGCGCTGTATGCCTACACCCATGTGGCGCAGCAGGGCGGGTTCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGc > 7:32131/1‑149 (MQ=255) aCCTGGTGGGTGAGCAGTACTCGATTGCCGATGTGGCGCTGTATGCCTACACCCATGTGGCGCAGCAGGGCGGGTTCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGAtg > 1:351503/1‑149 (MQ=255) cTGGTGGGTGAGCAGTACTCGATTGCCGATGTGGCGCTGTATGCCTACACCCATGTGGCGCAGCAGGGCGGGTTCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGAtggt > 6:184686/1‑149 (MQ=255) gggtgAGCAGTACTCGATTGCCGATGTGGCGCTGTATGCCTACACCCATGTGGCGCAGCAGGGCGGGTTCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCAc > 4:229697/1‑124 (MQ=255) gggtgAGCAGGACTCGATTGCCGATGTGGCGCTGTATGCCTACACCCATGTGGCGCAGCAGGGCGGGTTCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCAc < 3:229697/124‑1 (MQ=255) gtgAGCAGTACTCGATTGCCGATGTGGCGCTGTATGCCTACACCCATGTGGCGCAGCAGGGCGGGTTCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAGCCCACCATCGGCACATGCCGCgggtggctgc < 4:292197/149‑5 (MQ=255) gtgAGCAGTACTCGATTGCCGATGTGGCGCTGTATGCCTACACCCATGTGGCGCAGCAGGGCGGGTTCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAGCCCACCATCGGCACATGCCGCgggtggctgc > 3:292197/1‑145 (MQ=255) gtgAGCAGTACTCGATTGCCGATGTGGCGCTGTATGCCTACACCCATGTGGCGCAGCAGGGCGGGTTCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGa < 3:84141/149‑1 (MQ=255) aGCAGTACTCGATTGCCGATGTGGCGCTGTATGCCTACACCCATGTGGCGCAGCAGGGCGGGTTCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGaaaa < 2:17473/149‑1 (MQ=255) cAGTACTCGATTGCCGATGTGGCGCTGTATGCCTACACCCATGTGGCGCAGCAGGGCGGGTTCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAAcc > 1:6405/1‑149 (MQ=255) tACTCGATTGCCGATGTGGCGCTGTATGCCTACACCCATGTGGCGCAGCAGGGCGGGTTCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGAtg > 4:253579/1‑132 (MQ=255) aCTCGATTGCCGATGTGGCGCTGTATGCCTACACCCATGTGGCGCAGCAGGGCGGGTTCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGAc < 2:351503/148‑1 (MQ=255) aTTGCCGATGTGGCGCTGTATGCCTACACCCATGTGGCGCAGCAGGGCGGGTTCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGttt > 6:249708/1‑149 (MQ=255) cGATGTGGCGCTGTATGCCTACACCCATGTGGCGCAGCAGGGCGGGTTCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAg > 7:154922/1‑149 (MQ=255) tGCCTACACCCATGTGGCGCAGCAGGGCGGGTTCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGTGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATc < 5:184686/148‑1 (MQ=255) ccTACACCCATGTGGCGCAGCAGGGCGGGTTCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCtt < 5:249708/149‑1 (MQ=255) cTACACCCATGTGGCGCAGCAGGGCGGGTTCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGTCGATGGAGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCtt < 1:89863/148‑1 (MQ=255) cTACACCCATGTGGCGCAGCAGGGCGGGTTCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTtg > 3:109627/1‑149 (MQ=255) cTACACCCATGTGGCGCAGCAGGGCGGGTTCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTtg > 4:149472/1‑149 (MQ=255) cTACACCCATGTGGCGCAGCAGGGCGGGTTCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGAGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCtt > 2:89863/1‑148 (MQ=255) tgGCGCAGCAGGGCGGGTTCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGc < 6:33586/149‑1 (MQ=255) gcgcAGCAGGGCGGGTTCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGt < 2:147638/149‑1 (MQ=255) gcagcaGGGCGGGTTCGCCCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGTGc > 6:234498/1‑149 (MQ=255) gggTTCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAacac < 3:145606/149‑1 (MQ=255) gTTCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAGCCCACCATCGGCACATGCCGCgggtggc > 8:16133/1‑81 (MQ=21) gTTCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAGCCCACCATCGGCACATGCCGCgggtggc < 7:16133/82‑2 (MQ=21) gTTCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTgcg < 4:130936/113‑1 (MQ=255) gTTCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTgcg > 3:130936/1‑113 (MQ=255) ttCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACggg > 5:322019/1‑149 (MQ=255) cGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACGGgc < 8:32131/148‑1 (MQ=255) gcccTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGAGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCtt > 4:230784/3‑117 (MQ=255) aCCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGca > 5:271097/1‑128 (MQ=255) aCCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGca < 6:271097/129‑2 (MQ=255) cTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACGTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACGGGCGCAGc < 6:249469/149‑1 (MQ=255) cTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACGGGCGCAGc > 3:323199/1‑149 (MQ=255) aGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACGGGCGCAGCCCGTg > 2:80189/1‑149 (MQ=255) ccGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACGGGCGCAGCCCGTGCCAacca > 2:2890/1‑149 (MQ=255) ccGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACGGGCGCAGCCCGTGCCAacca > 6:232076/1‑149 (MQ=255) ccGGCGGGAAGGGCCGGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAGCACGGGCTGCGCCCGTgttcgcgg < 4:288099/149‑8 (MQ=255) gcggTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGAGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACGGGCGCAGCCCGTGCCAACCACcg < 1:80189/149‑1 (MQ=255) gggCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACGGGCGCAGCCCGTGCCAACCACCGCGGTGcc < 3:149472/149‑1 (MQ=255) ctggctggAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACGGGCGCAGCCCGTGCCAACCACCGCGGTGCCTGCt > 7:253998/1‑149 (MQ=255) ctggAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACGGGCGCAGCCCGTGCCAACCACCGCGGTGCCTGCTTcgc < 8:253998/149‑1 (MQ=255) gcag‑cCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACGGGCGCAGCCCGTGCCAACCACCGCGGTGCCTGCTTCGCGGGCTCGCCCGCt > 5:311764/1‑149 (MQ=255) cag‑cCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACGGGCGCAGCCCGTGCCAACCACCGCGGTGCCTGCTTCGCGGGCTCGCCCGCTc < 2:6405/149‑1 (MQ=255) ag‑cCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACGGGCGCAGCCCGTGCCAACCACCGCGGTGCCTGCTTCGCGGGCTCGCCCGCTcc < 8:154922/149‑1 (MQ=255) | CAGATGACGCCTTACCTGGTGGGTGAGCAGTACTCGATTGCCGATGTGGCGCTGTATGCCTACACCCATGTGGCGCAGCAGGGCGGGTTCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACGGGCGCAGCCCGTGCCAACCACCGCGGTGCCTGCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCC > NC_002947/2048591‑2048877 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |