| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,201,428:1 | +C | 7.0% | coding (756/1368 nt) | PP_2808 → | oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,201,428 | 1 | . | C | 7.0% | 218.0 / 11.5 | 57 | coding (756/1368 nt) | PP_2808 | oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (23/30); new base C (2/2); total (25/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.39e-01 | |||||||||||
CCATCGAGGCGGGGGTGAAGCTCTACGAACGCACGCCGTTGCTGAGCTTCAGCGAAGGGCCGGTCATTACCTGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTG‑GGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAACGCTGTCGACGCAGCAGTTGGCTGCCCTCGGCTGGCAAGGGCGGGAAGGGATCATCACGCCGCACTACACCATGGAGAGCCACCGCCTGAC > NC_002947/3201286‑3201574 | ccATCGAGGCGGGGGTGAAGCTCTACGAACGCACGCCGTTGCTGAGCTTCAGCGAAGGGCCGGTCATTACCTGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTG‑GGGgtg > 3:200105/1‑149 (MQ=255) tCGAGGCGGGGGTGAAGCTCTACGAACGCACGCCGTTGCTGAGCTTCAGCGAAGGGCCGGTCATTACCTGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTG‑GGGGTGTTg < 4:200105/149‑1 (MQ=255) tCGAGGCGGGGGGGAAGCTCTACGAACGCACGCCGTTGCTGAGCTTCAGCGAAGGGCCGGTCATTACCTGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTG‑GGGGTGTTg < 5:96244/149‑1 (MQ=255) gCGGGGGGGAAGCTCTACGAACGCACGCCGTTGCTGAGCTTCAGCGAAGGGCCGGTCATTACCTGCAAGACTGCCCATGGCCGGGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTG‑GGGGTGTTGCGcaa < 8:202659/149‑1 (MQ=255) gggTGAAGCTCTACGAACGCACGCCGTTGCTGAGCTTCAGCGAAGGGCCGGTCATTACCTGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTG‑GGGGTGTTGCGCAACAAg < 8:162451/149‑1 (MQ=255) gggTGAAGCTCTACGAACGCACGCCGTTGCTGAGCTTCAGCGAAGGGCCGGTCATTACCTGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTG‑GGGGTGTTGCGCAACAAg < 5:165251/149‑1 (MQ=255) aaGCTCTACGAACGCACGCCGTTGCTGAGCTTCAGCGAAGGGCCGGTCATTACCTGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTG‑GGGGTGTTGCGCAACAAGGTcgc < 2:14524/149‑1 (MQ=255) gCTCTACGAACGCACGCCGTTGCTGAGCTTCAGCGAAGGGCCGGTCATTACCTGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTG‑GGGGTGTTGCGCAACAAGGTCgcgg > 3:224502/1‑149 (MQ=255) tctACGAACGCACGCCGTTGCTGAGCTTCAGCGAAGGGCCGGTCATTACCTGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTG‑GGGGTGTTGCGCAACAAGGTCgcggc > 4:316977/1‑148 (MQ=255) aaCGCACGCCGTTGCTGAGCTTCAGCGAAGGGCCGGTCATTACCTGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTG‑GGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCgg < 2:16659/149‑1 (MQ=255) cgcacgcCGTTGCTGAGCTTCAGCGAAGGGCCGGTCATTACCTGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTG‑GGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGgt < 8:105532/149‑1 (MQ=255) acgcCGTTGCTGAGCTTCAGCGAAGGGCCGGTCATTACCTGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTg‑g > 4:307998/1‑112 (MQ=255) acgcCGTTGCTGAGCTTCAGCGAAGGGCCGGTCATTACCTGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTg‑g < 3:307998/112‑1 (MQ=255) gTTGCTGAGGTTCAGCGAAGGGCCGGTCATTACCTGCAAGACTGCCCATGGCCGTTCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGTCAACCAACGCCTATACCCCGGAGCTG‑GGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCaa < 7:49722/149‑1 (MQ=255) gCTGAGCTTCAGCGAAGGGCCGGTCATTACCTGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTG‑GGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATc < 4:224502/148‑1 (MQ=255) ggCGAAGGGCCGGTCATTACCTGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTG‑GGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCgg > 7:164608/2‑133 (MQ=255) ggCGAAGGGCCGGTCATTACCTGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTG‑GGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCgg < 8:164608/132‑1 (MQ=255) aGCGACGGGCCGGTCATTACCTGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCTCAGCTG‑GGGGTGTTGCACAACAAGGGCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCaaa < 3:257122/148‑1 (MQ=255) aGCGAAGGGCCGGTCATTACCTGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTG‑GGGGTGTTGCGCAACAAGGTCACGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAAc < 3:316977/149‑1 (MQ=255) aGGGCCGGTCATTACCTGCAAGACTG‑CCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGTTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTG‑GGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAACGCTGTc < 2:283945/149‑1 (MQ=255) ggCCGGTCATTACCTGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTG‑GGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAAc < 3:172792/136‑1 (MQ=255) ggCCGGTCATTACCTGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTG‑GGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAAc > 4:172792/1‑136 (MQ=255) gTCATTACCTGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTG‑GGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAACGCTGTCGACgca < 8:21570/149‑1 (MQ=255) tGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTG‑GGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAAt < 4:286628/116‑1 (MQ=255) tGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTG‑GGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAAt > 3:286628/1‑116 (MQ=255) gCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTG‑GGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAACGCTGTCGACGCAGCAGTTGGCt > 7:74005/1‑149 (MQ=255) gACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTG‑GGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAACGCTGTCGACGCAGCAGTTGGCTGccc > 8:111750/1‑149 (MQ=255) cccATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTG‑GGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAACGCTGTCGACGCAGCAGTTGGCTGCCCTCGGc > 3:33365/1‑149 (MQ=255) ccATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTG‑GGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAACGCTGTCGACg > 4:169017/1‑127 (MQ=255) ccATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTG‑GGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAACGCTGTCGACg < 3:169017/127‑1 (MQ=255) ccATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTG‑GGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAACGCTGTCGACGCAGCAGTTGGCTGCCCTCGGCt > 5:253095/1‑149 (MQ=255) ccATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTG‑GGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAACGCTGTCGACGCAGCAGTTGGCTGCCCTCGGCt > 5:369288/1‑149 (MQ=255) cATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTG‑GGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAACGCTGTCGACGCAGCAGTTGGCTGCCCTCGGCTg > 2:251257/1‑149 (MQ=255) aTGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTG‑GGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAACGCTGTCGACGCAGCAGTTGGCTGCCCTCGGCTgg > 5:364026/1‑149 (MQ=255) cGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTG‑GGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAACGCTGTCGACGCAGCAGTTGGCTGCCCTCGGCTGGCAAgg < 7:111750/149‑1 (MQ=255) gCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTG‑GGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAACGCTGTCGACGCAGCAGTTGGCTGCCCTCGGc < 2:50315/132‑1 (MQ=255) gCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTG‑GGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAACGCTGTCGACGCAGCAGTTGGCTGCCCTCGGc > 1:50315/1‑132 (MQ=255) ccccGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTG‑GGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAACGCTGTCGACGCAGCAGTTGGCTGCCCTCGGCTGGCAAGGGCGGGAAggg < 8:74005/149‑1 (MQ=255) ccccGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTG‑GGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAACGCTGTCGACGCAGCAGTTGGCTGCCCTCGGCTGGCAAGGGCGGGAAggg < 4:33365/149‑1 (MQ=255) cccGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTG‑GGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAACGCTGTCGACGCAGCAGTTGGCTGCCCTCGGCTGGCAAGGGCGGGAAGGGa < 6:364026/149‑1 (MQ=255) gTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTG‑GGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAACGCTGTCGACGCAGCAGTTGGCTGCCCTCGGCTGGCAAGGGCGGGAAGGGATCATCAcgc < 1:251257/148‑1 (MQ=255) gCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTG‑GGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAACGCTGTCGACGCAGCAGTTGGCTGCCCTCGGCTGGCAAGGGCGGGAAGGGATCATCAcgccg > 1:33527/1‑148 (MQ=255) caaccaacGCCTATACCCCGCAGCTG‑GGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAACGCTGTCGACGCAGCAGTTGGCTGCCCTCGGCTGGCAAGGGCGGGAAGGGATCATCACGCCGCACTa > 7:316061/1‑148 (MQ=255) ataCCCCGCAGCTG‑GGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAACGCTGTCGACGCAGCAGTTGGCTGCCCTCGGCTGGc > 6:270753/1‑105 (MQ=255) ataCCCCGCAGCTG‑GGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAACGCTGTCGACGCAGCAGTTGGCTGCCCTCGGCTGGc < 5:270753/105‑1 (MQ=255) ataCCCCGCAGCTG‑GGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAACGCTGTCGACGCAGCAGTTGGCTGCCCTCGGCTGGCAAGGGCGGGAAGGGATCATCAcgccg < 3:141309/131‑1 (MQ=255) ataCCCCGCAGCTG‑GGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAACGCTGTCGACGCAGCAGTTGGCTGCCCTCGGCTGGCAAGGGCGGGAAGGGATCATCAcgccg > 4:141309/1‑131 (MQ=255) accccCAGCTGCGGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAACGCTGTCGACGCAGCAGTTGGCTGCCCTCGGCTgg > 7:191289/2‑102 (MQ=255) accccCAGCTGCGGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAACGCTGTCGACGCAGCAGTTGGCTGCCCTCGGCTgg < 8:191289/101‑1 (MQ=255) ccccCAGCTGCGGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAACGCTGTCGACGCAGCAGTTGGCTGCCCTCGGCTGGCAAGGGCGGGAAGGGatc < 7:261571/119‑1 (MQ=255) ccccCAGCTGCGGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAACGCTGTCGACGCAGCAGTTGGCTGCCCTCGGCTGGCAAGGGCGGGAAGGGatc > 8:261571/1‑119 (MQ=255) cccGCAGCTG‑GGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAACGCTGTCGACGCAGCAGTTGGCTGCCCTCGGCTGGCAAg < 7:68866/104‑1 (MQ=255) cccGCAGCTG‑GGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAACGCTGTCGACGCAGCAGTTGGCTGCCCTCGGCTGGCAAg > 8:68866/1‑104 (MQ=255) cccGCAGCTG‑GGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAACGCTGTCGACGCAGCAGTTGGCTGCCCTCGGCTGGCAAGGGCGGGAAGGGATCATCACGCCGCACTACACCATGGAGAGCCAcc > 8:120649/1‑149 (MQ=255) cccGCAGCTG‑GGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAACGCTGTCGACGCAGCAGTTGGCTGCCCTCGGCTGGCAAGGGCGGGAAGGGATCATCACGCCGCACTACACCATGGAGAGCCAcc > 5:282621/1‑149 (MQ=255) cGCAGCTG‑GGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAACGCTGTCGACGCAGCAGTTGGCTGCCCTCGGCTGGCAAGGGCGGGAAGGGATCATCACGCCGCACTACACCATGGAGAGCCACCGc < 2:33527/149‑1 (MQ=255) cGCAGCTG‑GGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAACGCTGTCGACGCAGCAGTTGGCTGCCCTCGGCTGGCAAGGGCGGGAAGGGATCATCACGCCGCACTACACCATGGAGAGCCACCGc < 8:316061/149‑1 (MQ=255) cGCAGCTG‑GGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAACGCTGTCGACGCAGCAGTTGGCTGCCCTCGGCTGGCAAGGGCGGGAAGGGATCATCACGCCGCACTACACCATGGAGAGCCACCGc < 6:369288/149‑1 (MQ=255) cTG‑GGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAACGCTGTCGACGCAGCAGTTGGCTGCCCTCGGCTGGCAAGGGCGGGAAGGGATCATCACGCCGCACTACACCATGGAGAGCCACCGCCTGac > 8:222774/1‑149 (MQ=255) | CCATCGAGGCGGGGGTGAAGCTCTACGAACGCACGCCGTTGCTGAGCTTCAGCGAAGGGCCGGTCATTACCTGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTG‑GGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAACGCTGTCGACGCAGCAGTTGGCTGCCCTCGGCTGGCAAGGGCGGGAAGGGATCATCACGCCGCACTACACCATGGAGAGCCACCGCCTGAC > NC_002947/3201286‑3201574 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |