| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 1419549 = | 31 (0.560) | 6 (0.140) | 6/198 | NT | 27.3% | intergenic (‑38/+98) | PP_1242/PP_1244 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | NC_002947 | 1419637 = | 8 (0.190) | intergenic (‑126/+10) | PP_1242/PP_1244 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
CTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGC‑TGG‑CTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGC > NC_002947/1419401‑1419622 | cTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGT‑TGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGggc‑tgg‑c < 3:277150/149‑1 (MQ=255) tGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGggc‑tgg‑cc > 8:38622/1‑148 (MQ=255) aGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGggc‑tgg‑cctctt < 1:325850/149‑6 (MQ=255) cgcccacagctcgatcgtgatgcaggccgtgatccatgaaatggaagcggtacaggggctggtcgagtcggcgttgatgcagttgcagatgcggtcgcatttacccacagagcctcacaccttgcattagcaggtcaggcCTCTTcgcg < 4:161263‑M1/9‑1 (MQ=255) gcccacagctcgatcgtgatgcaggccgtgatccatgaaatggaagcggtacaggggctggtcgagtcggcgttgatgcagttgcagatgcggtcgcatttacccacagagcctcacaccttgcattagcaggtcaggcCTCTTCGCgg < 3:65954‑M1/10‑1 (MQ=255) gcccacagctcgatcgtgatgcaggccgtgatccatgaaatggaagcggtacaggggctggtcgagtcggcgttgatgcagttgcagatgcggtcgcatttacccacagagcctcacaccttgcattagcaggtcaggcCTCTTCGCgg > 3:161263‑M1/140‑149 (MQ=255) ccGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGC‑TGGCCTCTTCGCGGGCa < 1:100474/149‑1 (MQ=255) ggTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGC‑TGGCCTCTTCGCGGGCACGc < 7:58510/149‑1 (MQ=255) acagctcgatcgtgatgcaggccgtgatccatgaaatggaagcggtacaggggctggtcgagtcggcgttgatgcagttgcagatgcggtcgcatttacccacagagcctcacaccttgcattagcaggtcaggcCTCTTCGCGGGCAc < 3:93091‑M1/14‑1 (MQ=255) ctcgatcgtgatgcaggccgtgatccatgaaatggaagcggtacaggggctggtcgagtcggcgttgatgcagttgcagatgcggtcgcatttacccacagagcctcacaccttgcattagcaggtcaggcCTCTTCGCGGGCACGcc < 5:129021‑M1/17‑1 (MQ=255) ctcgatcgtgatgcaggccgtgatccatgaaatggaagcggtacaggggctggtcgagtcggcgttgatgcagttgcagatgcggtcgcatttacccacagagcctcacaccttgcattagcaggtcaggcCTCTTCGCGGGCACGcc > 6:129021‑M1/132‑148 (MQ=255) gATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGC‑TGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGc < 7:38622/148‑1 (MQ=255) gATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGC‑TGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCt < 3:115513/149‑1 (MQ=255) cGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGC‑TGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTccc < 1:343397/148‑1 (MQ=255) tgatgcaggccgtgatccatgaaatggaagcggtacaggggctggtcgagtcggcgttgatgcagttgcagatgcgggcgcatttacccacagagcctcacaccttgcattagcaggtcaggcCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCcac > 6:171353‑M1/124‑149 (MQ=255) tgcaggccgtgatccatgaaatggaagcggtacaggggctggtcgagtcggcgttgatgcagttgcagatgcggtcgcatttacccacagagcctcacaccttgcattagcaggtcaggcCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAgg > 4:65954‑M1/121‑149 (MQ=255) cGGGGGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTTGC‑CTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACt < 8:107896/149‑1 (MQ=255) gggTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGC‑TGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAg < 2:239242/143‑1 (MQ=255) gggTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGC‑TGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAg > 1:239242/1‑143 (MQ=255) ggTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGC‑TGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACtgt > 5:14830/1‑149 (MQ=255) gTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGC‑TGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTcc < 1:172484/136‑1 (MQ=255) gTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTATGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTTTTTACCTTGATTCTGGGTTTCCTGGGC‑TGGCCACTTACCCGGCACGCCCGCTcc > 2:172484/1‑136 (MQ=255) tGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGggc‑tgg‑cctc > 3:232792/1‑112 (MQ=255) tGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGggc‑tgg‑cctc < 4:232792/115‑4 (MQ=255) tgttgtTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGC‑TGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTg > 3:342050/1‑149 (MQ=255) gCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGC‑TGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAgg > 7:89329/1‑127 (MQ=255) gCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGC‑TGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAgg < 8:89329/127‑1 (MQ=255) ggTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGC‑TGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCtgtg < 7:46269/147‑1 (MQ=255) ggTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGC‑TGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCtgtg < 6:14830/147‑1 (MQ=255) ggTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGAATCTGGGTTGCCTGGGC‑TGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCtgtg < 5:24243/147‑1 (MQ=255) gAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGC‑TGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGAcc < 4:342050/149‑1 (MQ=255) aGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGC‑TGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCt < 7:36274/149‑1 (MQ=255) tgaGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTATGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGC‑TGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCtg < 2:124247/147‑1 (MQ=255) aggggctggtcgagtcggcgttgatgcagttgcagatgcggtcgcatttacccacagagcctcacaccttgcattagcaggtcaggcCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCt > 2:242419‑M1/88‑149 (MQ=255) aGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGC‑TGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCtgtg > 7:137774/1‑149 (MQ=255) ggTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGC‑TGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTgg < 8:137774/149‑1 (MQ=255) gACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGC‑TGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTgtggtg > 6:356248/1‑131 (MQ=255) gACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGC‑TGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTgtggtg < 5:356248/131‑1 (MQ=255) agtcggcgttgatgcagttgcagatgcggtcgcatttacccacagagcctcacaccttgcattagcaggtcaggcCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGc > 2:105929‑M1/76‑149 (MQ=255) tgtgGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGC‑TGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCtgtg > 1:208245/1‑137 (MQ=255) tgtgGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGC‑TGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCtgtg < 2:208245/136‑1 (MQ=255) gtggGTTCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGC‑TGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGc > 4:37024/1‑87 (MQ=255) ttCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGC‑TGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGc > 7:237297/1‑82 (MQ=255) ttCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGC‑TGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGc < 8:237297/82‑1 (MQ=255) ttgtgttgtCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGC‑TGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGc > 6:313461/1‑131 (MQ=255) ttgtgttgtCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGC‑TGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGc < 5:313461/131‑1 (MQ=255) tcacaccttgcattagcaggtcaggcCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCATGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAg > 5:57217‑M1/27‑95 (MQ=255) tcacaccttgcattagcaggtcaggcCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCATGACGGCTGTGGTGACACTGTGGGAg < 6:57217‑M1/69‑1 (MQ=255) acaccttgcattagcaggtcaggcCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGc < 2:113644‑M1/70‑1 (MQ=255) acaccttgcattagcacgtcaggcCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGc > 1:113644‑M1/25‑94 (MQ=255) | CTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGT‑GGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGC‑TGG‑CTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGC > NC_002947/1419401‑1419622 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |