| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 5538697 | 49 (0.880) | 3 (0.060) | 3/242 | NT | 5.8% | coding (2289/2355 nt) | PP_4872 | hypothetical protein |
| ? | NC_002947 | = 5538719 | 52 (0.990) | coding (2267/2355 nt) | PP_4872 | hypothetical protein | |||||
AGGCCGCTCCCACAAAGGCAATGGGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGCTGCAAAGCAGCCCCAATAGTCGATCAGTTAACGCGGAATGACAGGCTGACGCGGCTTCTTGTTGCCCTTGCCACCCTTGCTCGCCTCTTTGCGCTCCTTGGCAGCCTGCTGGTTACGCGCAAACGCCTCGGCCTTGGCCTTTTCGCGCTTGTCCCACGGCTTGCTGCCATCGCTGCCACGCGGCGGCAGGCCGGTGTGCTGGGTCAGGATCTTCTGGTCCTTGCCCACCTTGTGGCTCCCC > NC_002947/5538554‑5538844 | aGGCCGCTCCCACAAAGGCAATGGGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGCTGCAAAGCAGCCCCAATAGTCGATCAGTTAACGCGGAATGACAGGCTGACGCGGCTTCTTGTTGTCCTTGCCACCCTTGCTCGCCTCTTTGCGCTCCtt < 1:242731/149‑1 (MQ=255) ccGCTCCCACAAAGGCAATGGGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGCTGCAAAGCAGCCCCAATAGTCGATCAGTTAACGCGGAATGACAGGCTGACGCGGCTTCTTGTTGCCCTTGCCACCCTTGCTCGCCTCTTTGCGCTCCTTgg > 1:139525/1‑148 (MQ=255) acaACGCCAAGGGGGGCGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGCTGCAAAGCAGCCCCAATAGTCGATCAGTTAACGCGGAATGACAGGCTGACGCGGCTTCTTGTTGCCCTTGCCACCCTTGCTCGCCTCTTTGCGCTCCTTGGCAGCctgct < 2:189348/149‑1 (MQ=255) acaAAGGCAATGGGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGCTGCAAAGCAGCCCCAATAGTCGATCAGTTAACGCGGAATGACAGGCTGACGCGGCTTCTTGTTGCCCTTGCCACCCTTGCTCGCCTCTTTGCGCTCCTTGGCAGCctgct > 4:62440/1‑149 (MQ=255) aaaGGCAATGGGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGCTGCAAAGCAGCCCCAATAGTCGATCAGTTAACGCGGAATGACAGGCTGACGCGGCTTCTTGTTGCCCTTGCCACCCTTGCTCGCCTCTTTGCGCTCCTTGGCAGCCTGCTgg < 1:284976/149‑1 (MQ=255) aaTGGGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGCTGCAAAGCAGCCCCAATAGTCGATCAGTTAACGCGGAATGACAGGCTGACGCGGCTTCTTGTTGCCCTTGCCACCCTTGCTCGCCTCTTTGCGCTCCTTGGCAGCCTGCTGGTTACgc > 4:152764‑M2/1‑147 (MQ=255) ggAGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGCTGCAAAGCAGCCCCAATAGTCGATCAGTTAATGCGGAATGACAGGCTGACGCGGCTTCTTGTTGCCCTTGCCACCCTTGCTCGCCTCTTTGCGCTCCTTGGCAGCCTGCTGGTTACGCGCAAAc < 3:202670/149‑1 (MQ=255) gCCTTGTGTCGCGATGGGCTGCAAAGCAGCCCCAATAGTCGATCAGTTAACGCGGAATGACAGGCTGACGCGGCTTCTTGTTGCCCTTGCCACCCTTGCTCGCCTCTTTGCGCgtaaccagcaggctgccaaggagcgcaaagaggcga < 3:332155‑M1/149‑37 (MQ=255) gCCTTGTGTCGCGATGGGCTGCAAAGCAGCCCCAATAGTCGATCAGTTAACGCGGAATGACAGGCTGACGCGGCTTCTTGTTGCCCTTGCCACCCTTGCTCGCCTCTTTGCGCTCCTTGGCAGCCTGCTGGTTAc > 6:340180/1‑135 (MQ=255) gCCTTGTGTCGCGATGGGCTGCAAAGCAGCCCCAATAGTCGATCAGTTAACGCGGAATGACAGGCTGACGCGGCTTCTTGTTGCCCTTGCCACCCTTGCTCGCCTCTTTGCGCTCCTTGGCAGCCTGCTGGTTAc < 5:340180/135‑1 (MQ=255) gtgtCGCGATGGGCTGCAAAGCAGCCCCAATAGTCGATCAGTTAAGGCGGAATGACAGGCTGACGCGGCTTCTTGTTGCCCTTGCCACCCTTGCTCGCCTCTTTGCGCgtaaccagcaggctgccaaggagcgcaaagag > 4:25562‑M1/1‑108 (MQ=255) gtgtCGCGATGGGCTGCAAAGCAGCCCCAATAGTCGATCAGTTAACGCGGAATGACAGGCTGACGCGGCTTCTTGTTGCCCTTGCCACCCTTGCTCGCCTCTTTGCGCgtaaccagcaggctgccaaggagcgcaaagag < 3:25562‑M1/140‑33 (MQ=255) gtCGCGATGGGCTGCAAAGCAGCCCCAATAGTCGATCAGTTAACGCGGAATGACAGGCTGACGCGGCTTCTTGTTGCCCTTGCCACCCTTGCTCGCCTCTTTCCGCTCCTTGGCAGCCTGCTGGTTACGCGCAAACGCCTCggccttgg < 1:353208/149‑1 (MQ=255) tcgATGGGCTGCAAAGCAGCCCCAATAGTCGATCAGTTACCGCGGAATGACAGGCTGACGCGGCTTCTTGTTGCCCTTGCCACCCTTGCTCGCCTCTTTGCGCTCCTTGGCa < 8:308864/111‑1 (MQ=255) ggggCTGCTTTGCAGCCCCAATAGTCGATCAGTTAACGCGGAATGACAGGCTGACGCGGCTTCTTGTTGCCCTTGCCACCCTTGCTCGCCTCTTTGCGCTCCTTGGCAGCCTGCTGGTTACGCGCAAACGCCTCGGCCTTGGCCTTTTc > 5:74089/2‑149 (MQ=255) gggCTGCAAAGCAGCCCCAATAGTCGATCAGTTAACGCGGAATGACAGGCTGACGCGGCTTCTTGTTGCCCTTGCCACCCTTGCTCGCCTCTTTGCGCTCCTTCGCAGCCTGCTGGTTACGCGCAAACGCCTCGGCCTTGGCCTTTTcg > 2:180373/1‑149 (MQ=255) cTGCAAAGCAGCCCCAATAGTCGATCAGTTAACGCGGAATGACAGGCTGACGCGGCTTCTTGTTGCCCTTGCCACCCTTGCTCGCCTCTTTGCGCTCCTTGGCAGCCTGCTGGTTACGCGCAAACGCCTCggccttg < 2:153792/137‑1 (MQ=255) cTGCAAAGCAGCCCCAATAGTCGATCAGTTAACGCGGAATGACAGGCTGACGCGGCTTCTTGTTGCCCTTGCCACCCTTGCTCGCCTCTTTGCGCTCCTTGGCAGCCTGCTGGTTACGCGCAAACGCCTCggccttg > 1:153792/1‑137 (MQ=255) cTGCAAAGCAGCCCCAATAGTCGATCAGTTAACGCGGAATGACAGGCTGACGCGGCTTCTTGTTGCCCTTGCCACCCTTGCTCGCCTCTTTGCGCTCCTTGGCAGCCTGCTGGTTACGCGCAAACGCCTCGGCCTTGGCCTTTTCgcgc > 1:155463/1‑149 (MQ=255) tGCAAAGCAGCCCCAATAGTCGATCAGTTAACGCGGAATGACAGGCTGACGCGGCTTCTTGTTGCCCTTGCCCCCCTTGCTCGCCTCTTTGCGCTCCTTGGCAGCCTGCTGGTTACGCGCAAACGCCTCGGCCTTGGCCTTTTCGCGCt > 8:69867/1‑149 (MQ=255) cAAAGCAGCCCCAATAGTCGATCAGTTAACGCGGAATGACAGGCTGACGCGGCTTCTTGTTGCCCTTGCCACCCTTGCTCACCTCTTTGCGCTCCTTGGCAGCCTGCTGGTTACGCGCAAACGCCTCGGCCTTGGCCTTTTCGCGCTTg > 7:218467/1‑149 (MQ=255) agcagcCCCAATAGTCGATCAGTTAACGCGGAATGACAGGCTGACGCGGCTTCTTGTTGCCCTTGCCACCCTTGCTCGCCTCTTTGCGCTCCTTGGCAGCCTGCTGGTTACGCGCAAACGCCTCGGCCTTGGCCTTTTCGCGCTTGTcc > 3:124732/1‑149 (MQ=255) agcCCCAATAGTCGATCAGTTAACGCGGAATGACAGGCTGACGCGGCTTCTTGTTGCCCTTGCCACCCTTGCTCGCCTCTTTGCGCTCCTTGGCAGCCTGCTGGTTACGCGCAAACGCCTCGGCCTTGGCCtttt > 8:58908/1‑135 (MQ=255) agcCCCAATAGTCGATCAGTTAACGCGGAATGACAGGCTGACGCGGCTTCTTGTTGCCCTTGCCACCCTTGCTCGCCTCTTTGCGCTCCTTGGCAGCCTGCTGGTTACGCGCAAACGCCTCGGCCTTGGCCtttt < 7:58908/135‑1 (MQ=255) tCGATCAGTTAACGCGGAATGACAGGCTGACGCGGCTTCTTGTTGCCCTTGCCACCCTTGCTCGCCTCTTTGCGCTCCTTGGCAGCCTGCTGGTTACGCGCAAACGCCTCGGCCTTGGCCTTTTCGCGCTTGTCCCACGGCTtgc < 4:255972/145‑1 (MQ=255) tCGATCAGTTAACGCGGAATGACAGGCTGACGCGGCTTCTTGTTGCCCTTGCCACCCTTGCTCGCCTCTTTGCGCTCCTTGGCAGCCTGCTGGTTACGCGCAAACGCCTCGGCCTTGGCCTTTTCGCGCTTGTCCCACGGCTtgc > 3:255972/1‑145 (MQ=255) aCGCGGAATGACAGGCTGACGCGGCTTCTTGTTGCCCTTGCCACCCTTGCTCGCCTCTTTGCGCTCCTTCGCAGCCTGCTGGTTACGCGCAAACGCCTCGGCCTTGGCCTTTTCGCGCTTGTCCCACGGCTTGCTGCCATCGCTGCCAc < 1:180373/149‑1 (MQ=255) gAATGACAGGCTGACGCGGCTTCTTGTTGCCCTTGCCCCCCTTGCTCGCCTCTTTGCGCTCCTTGGCAGCCTGCTGGTTACGCGCAAACGCCTCGGCCTTGGCCTTTTCGCGCTTGTCCCACGGCTTGCTGCCATCGCTGCCACgcggc > 2:63219/1‑149 (MQ=255) aaTGACAGGCTGACGCGGCTTCTTGTTGCCCTTGCCACCCTTGCTCGCCTCTTTGCGCTCCTTGGCAGCCTGCTGGTTACGCGCAAACGCCTCGGCCTTGGCCTTTTCGCGCTTGTCCCACGGCTTGCTGCCATCGCTGCCACgcggcg > 7:333666/1‑149 (MQ=255) gACAGACTGACGCGGCTTCTTGTTGCCCTTGCCACCCTTGCTCGCCTCTTTGCGCTCCTTGGCAGCCTGCTGGTTACGCGCAAACGCCTCggccttg < 6:242587/97‑1 (MQ=255) gACAGACTGACGCGGCTTCTTGTTGCCCTTGCCACCCTTGCTCGCCTCTTTGCGCTCCTTGGCAGCCTGCTGGTTACGCGCAAACGCCTCggccttg > 5:242587/1‑97 (MQ=255) gCTGACGCGGCTTCTTGTTGCCCTTGCCACCCTTGCTCGCCTCTTTGCGCTCCTTGGCAGCCTGCTGGTTACGCGCAAACGCCTCggcc > 6:244251/1‑89 (MQ=255) gCTGACGCGGCTTCTTGTTGCCCTTGCCACCCTTGCTCGCCTCTTTGCGCTCCTTGGCAGCCTGCTGGTTACGCGCAAACGCCTCggcc < 5:244251/89‑1 (MQ=255) tGACGCGGCTTCTTGTTGCCCTTGCCACCCTTGCTCGCCTCTTTGCGCTCCTTGGCAGCCTGCTGGTTACGCGCAAACGCCTCGGCCTTGGCCTTTTCGCGCTTGTCCCACGGCTTGCTGCCATCGCTGCCACGCGGCGGCAGGCCGgt > 1:96432/1‑149 (MQ=255) aCGCGGCTTCTTGTTGCCCTTGCCACCCTTGCTCGCCTCTTTGCGCTCCTTGGCAGCCTGCTGGTTACGCGCAAACGCCTCGGCCTTGGCCTTTTCGCGCTTGTCCCACGGCTTGCTGCCATCGCTGCCACGCGGCGGCAGGCCCgtgt < 5:342650/149‑1 (MQ=255) gcgGCTTCTTGTTGCCCTTGCCACCCTTGCTCGCCTCTTTGCGCTCCTTGGCAGCCTGCTGGTTACGCGCAAACGCCTCGGCCTTGGCCTTTTCGCGCTTGTCCCACGGCTTGCTGCCATCGCTGCCACGCGGCGGCAGGCCGGTGTGc > 2:311455/1‑149 (MQ=255) cgGCTTCTTGTTGCCCTTGCCACCCTTGCTCGCCTCTTTGCGCTCCTTGGCAGCCTGCTGGTTACGCGCAAACGCCTCGGCCTTGGCCGTTTCGCGCTTGTCCCACGGCTTGCTGCCATCGCTGCCACGCGGCGGCAGGCCGGTGTGCt < 7:69867/149‑1 (MQ=255) ggCTTCTTGTTGCCCTTGCCACCCTTGCTCGCCTCTTTGCGCTCCTTGGCAGCCTGCTGGTTACGCGCAAACGCCTCGGCCTTGGCCTTTTCGCGCTTGTc > 8:240671/1‑101 (MQ=255) ggCTTCTTGTTGCCCTTGCCACCCTTGCTCGCCTCTTTGCGCTCCTTGGCAGCCTGCTGGTTACGCGCAAACGCCTCGGCCTTGGCCTTTTCGCGCTTGTc < 7:240671/101‑1 (MQ=255) gttgCCCTTGCCACCCTTGCTCGCCTCTTTGCGCTCCTTGGCAGCCTGCTGGTTACGCGCAAACGCCTCGGCCTTGGCCTTTTCGCGCTTGTCCCACGGCTTGCTGCCATCGCTGCCACGCGGCGGCAGGCCGGTGTGCTGGGTCa < 8:333666/146‑1 (MQ=255) ttgCCCTTGCCACCCTTGCTCGCCTCTTTGCGCTCCTTGGCAGCCTGCTGGTTACGCGCAAACGCCTCGGCCTTGGCCTTTTCGCGCTTGTCCCACGGCTTGCTGCCATCGCTGCCACGCGGCGGCAGGCCGGTGTGCTGGGTCAGGAt > 5:357288/1‑149 (MQ=255) ttgCCCTTGCCACCCTTGCTCGCCTCTTTGCGCTCCTTGGCAGCCTGCTGGTTACGCGCAAACGCCTCGGCCTTAGCCTTTTCGCGCTTGTCCCACGGCTTGCTGCCATCGCTg > 4:215012/1‑114 (MQ=255) gCCCTTGCCACCCTTGCTCGCCTCTTTGCGCTCCTTGGCAGCCTGCTGGTTACGCGCAAACGCCTCGGCCTTGGCCTTTTCGCGCTTGTCCCACGGCTTGCTGCCATCGCTGCCACGCGGCGGCAGGCCGGTGTGCTGGGTCAGGAtc < 1:311455/148‑1 (MQ=255) ccTTGCCACCCTTGCTCGCCTCTTTGCGCTCCTTGGCAGCCTGCTGGTTACGCGCAAACGCCTCGGCCTTGGCCTTTTCGCGCTTGTCCCACGGCTTGCTGCCATCGCTGCCACGCGGCGGCAGGCCGGTGTGCTGGGTCAGGAtcttc > 5:130131/1‑149 (MQ=255) cTTGCCACCCTTGCTCGCCTCTTTGCACTCCTTGGCAGCCTGCTGGTTACGCGCAAACGCCTCGGCCTTGGCCTTTTCGCGCTTGTCCCACGGCTTGCTGCCATCGCTGCCACGCGGCGGCAGGCCGGTGTGCTGGGTCAGGAtcttct > 2:78744/1‑149 (MQ=255) cccTTGCTCGCCTCTTTGCGCTCCTTGGCAGCCTGCTGGTTACGCGCAAACGCCTCggccttg < 6:52269/63‑1 (MQ=255) cccTTGCTCGCCTCTTTGCGCTCCTTGGCAGCCTGCTGGTTACGCGCAAACGCCTCggccttg > 5:52269/1‑63 (MQ=255) cccTTGCTCGCCTCTTTGCGCTCCTTGGCAGCCTGCTGGTTACGCGCAAACGCCTCGGCCTTGGCCTTTTCGCGCTTGTCCCACGGCTTGCTGCCATCGCTGCCACGCGGCGGCAGGCCGGTGTGCTGGGTCAGGATCTTCTGGTCCtt < 6:357288/149‑1 (MQ=255) cccTTGCTCGCCTCTTTGCGCTCCTTGGCAGCCTGCTGGTTACGCGCAAACGCCTCGGCCTTGGCCTTTTCGCGCTTGTCCCACGGCTTGCTGCCATCGCTGCCACGCGGCGGCAGGCCGGTGTGCTGGGTCAGGATCTTCTGGTCCtt < 6:130131/149‑1 (MQ=255) ccTTGCTCGCCTCTTTGCGCTCCTTGGCAGCCTGCTGGTTACGCGCAAACGCCTCGGCCTTGGCCTTTTCGCGCTTGTCCCACGGCTTGCTGCCATCGCTGCCACGCGGCGGCAGGCCGGTGTGCTGGGTCAGGATCTTCTGGTCCTTg > 8:6824/1‑149 (MQ=255) ttGCTCGCCTCTTTGCGCTCCTTGGCAGCCTGCTGGTTACGCGCAAACGCCTCGGCCTTGGCCTTTTCGCGCTTGTCCCACGGCTTGCTGCCATCGCTGCCACGCGGCGGCAGGCCGGTGTGCTGGGTCAGGATCTTCTGGTCCTTGcc > 6:352307/1‑149 (MQ=255) tCGCCTCTTTGCGCTCCTTGGCAGCCTGCTGGTTACgcgcaaagaggcgagcaagggtggcaagggcaacaagaagccgcgtcagcctgtcattccgcgttaactgatcgactattggggctgctttgcagcccatcgcgacacaaggc < 3:332155‑M2/149‑114 (MQ=255) tCGCCTCTTTGCGCTCCTTGGCAGCCTGCTGGTTACGCGCAAACGCCTCGGCCTTGGCCTTTTCGCGCTTGTCCCACGGCTTGCTGCCATCGCTGCCACGCGGCGGCAGGCCGGTGTGCt > 3:78336/1‑120 (MQ=255) tCGCCTCTTTGCGCTCCTTGGCAGCCTGCTGGTTACGCGCAAACGCCTCGGCCTTGGCCTTTTCGCGCTTGTCCCACGGCTTGCTGCCATCGCTGCCACGCGGCGGCAGGCCGGTGTGCt < 4:78336/120‑1 (MQ=255) ctctTTGCGCTCCTTGGCAGCCTGCTGGTTACgcgcaaagaggcgagcaagggtggcaagggcaacaagaagccgcgtcagcctgtcattccgcgttaactgatcgactattggggctgctttgcagcccatcgcgacac < 3:25562‑M2/140‑109 (MQ=255) ctctTTGCGCTCCTTGGCAGCCTGCTGGTTACgcgcaaagaggcgagcaagggtggcaagggcaacaagaagccgcgtcagcctgtcattccgccttaactgatcgactattggggctgctttgcagcccatcgcgacac > 4:25562‑M2/1‑32 (MQ=255) ctctTTGCACTCCTTGGCAGCCTGCTGGTTACGCGCAAACGCCTCGGCCTTGGCCTTTTCGCGCTTGTCCCACGGCTTGCTGCCATCGCTGCCACGCGGCGGCAGGCCGGTGTGCTGGGTCAGGATCTTCTGGTCCTTGCCCACCTtgt < 1:78744/149‑1 (MQ=255) gcgtaaccagcaggctgccaaggagcgcaaagaggcgagcaagggtggcaagggcaacaagaagccgcgtcagcctgtcattccgcgttaactgatcgactattggggctgctttgcagcccatcgcgacacaaggccgctcccccatt > 4:152764‑M1/1‑2 (MQ=255) | AGGCCGCTCCCACAAAGGCAATGGGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGCTGCAAAGCAGCCCCAATAGTCGATCAGTTAACGCGGAATGACAGGCTGACGCGGCTTCTTGTTGCCCTTGCCACCCTTGCTCGCCTCTTTGCGCTCCTTGGCAGCCTGCTGGTTACGCGCAAACGCCTCGGCCTTGGCCTTTTCGCGCTTGTCCCACGGCTTGCTGCCATCGCTGCCACGCGGCGGCAGGCCGGTGTGCTGGGTCAGGATCTTCTGGTCCTTGCCCACCTTGTGGCTCCCC > NC_002947/5538554‑5538844 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |