New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 5520633 = | 53 (0.960) | 4 (0.080) | 4/244 | NT | 7.2% | coding (679/882 nt) | PP_4853 | DMT superfamily permease |
? | NC_002947 | 5520679 = | 53 (1.000) | coding (725/882 nt) | PP_4853 | DMT superfamily permease |
CTGCTGTCAGACAAGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGG‑T‑CACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGCTCGACGAACAACTGGCCAGTTACCACCTGGTCGGCGGCTTGCTGACCTTGGCCGGCGTAGTGCTGGCCGAACGCTGGACCA > NC_002947/5520546‑5520810 | ctgctgTCAGACAAGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTtgct > 8:220281/1‑149 (MQ=255) ctgctgTCAGACAAGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTtgct < 5:271523/149‑1 (MQ=255) gctgTCAGACAAGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTtgctgc > 8:8922/1‑149 (MQ=255) tgTCAGACAAGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCg > 6:132482/1‑149 (MQ=255) tCAGACAAGACCGGCCTGAACCGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCt > 5:271624/1‑149 (MQ=255) tCAGACAAGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGtt < 6:169333/131‑1 (MQ=255) tCAGACAAGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGtt > 5:169333/1‑131 (MQ=255) cAGACAAGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGGCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTg > 1:83897/1‑149 (MQ=255) aGACAAGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTgg > 2:354943/1‑149 (MQ=255) aCAAGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTCCCGCTGG‑t > 2:111244/1‑148 (MQ=255) gACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGG‑T‑CACcg > 3:337159/1‑149 (MQ=255) aCCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGG‑T‑CACcgc > 4:195905/1‑149 (MQ=255) cGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGG‑T‑CACCgcgc > 3:162829/1‑149 (MQ=255) gCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGG‑T‑CACCGCGCt > 6:184563/1‑148 (MQ=255) ccTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGG‑T‑CACCGCGCTGa < 7:220281/149‑1 (MQ=255) ccTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGG‑T‑CACCGCGCTGa > 8:210290/1‑149 (MQ=255) tGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGG‑T‑CACCGCGCTGATc > 4:167295/1‑149 (MQ=255) aaCAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGG‑T‑CACCGCGCTGATc < 4:162829/147‑1 (MQ=255) aGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGG‑T‑CACCGCGCTGATcgccgc < 5:184563/149‑1 (MQ=255) ccACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGt > 5:63433/1‑107 (MQ=255) ccACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGt < 6:63433/107‑1 (MQ=255) ccACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGG‑T‑CACCGCGCTGATCGccgccg > 1:27119/1‑149 (MQ=255) cacaACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGG‑T‑CACCGCGCTGATCGCCGCCgt > 3:241005/1‑149 (MQ=255) acaacaTCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGG‑T‑CACCGCGCTGATCGCCGCCgtg < 4:241005/149‑1 (MQ=255) caacaTCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCa < 6:249443/110‑1 (MQ=255) caacaTCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCa > 5:249443/1‑110 (MQ=255) tcgagcaccacggcggcgatcagcgcggtgaccagcggcagcaagttgaagaacaGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGt < 7:268088‑M1/49‑1 (MQ=255) tcgagcaccacggcggcgatcagcgcggtgaccagcggcagcaagttgaagaacaGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGt > 8:268088‑M1/56‑104 (MQ=255) tCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGG‑T‑CACCGCGCTGATcgccg > 3:164852/1‑129 (MQ=255) tCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGG‑T‑CACCGCGCTGATcgccg < 4:164852/129‑1 (MQ=255) tCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTAAACTTGCTGACGCTGG‑T‑CACCTCGCTGATCGACGCCGTGGTGATCGACTaaca > 4:9523/1‑148 (MQ=255) cTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGG‑T‑CACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGCTCGACGAACAACt < 2:83897/149‑1 (MQ=255) tATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGG‑T‑CACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGCTCGACGAACAACTGGc < 3:167295/149‑1 (MQ=255) cGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGG‑T‑CACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGCTCGACGAACAACTGGCCAGTTac < 6:271624/148‑1 (MQ=255) tACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCGTGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGG‑T‑CACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGCTCGACGaac > 7:49827/1‑133 (MQ=255) tACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGG‑T‑CACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGCTCGACGaac < 8:49827/132‑1 (MQ=255) gCTTCGATGATCGCGCCGC‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGG‑T‑CACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGCTCGACGAACAACTGGCCAGTTACCACCTGGt < 6:128846/149‑1 (MQ=255) gCTTCGATGATCGCGCCGC‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGG‑T‑CACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGCTCGACGAACAACTGGCCAGTTACCACCTGGt > 3:101476/1‑149 (MQ=255) ttCGATGATCGCGCCGC‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGG‑T‑CACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGCTCGACGAACAACTgg > 5:297355/1‑131 (MQ=255) ttCGATGATCGCGCCGC‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGG‑T‑CACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGCTCGACGAACAACTgg < 6:297355/131‑1 (MQ=255) cGATGATCGCGCCGC‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGG‑T‑CACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGCTCGACGAACAACTGGCCAGTTACCACCTGGTcgg < 2:27119/148‑1 (MQ=255) gatgatCGCGCCGC‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGG‑T‑CACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGCTCGACGAACAACTGGCCAGTTACCACCTGGTcggc < 4:101476/148‑1 (MQ=255) gccgc‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGG‑T‑CACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGCTCGACGAACAACTGGCCAGTTACCACCTGGTCGGCGGCTTGCTGa < 5:132482/149‑1 (MQ=255) cgc‑TGGGGTGGATGCAGGCGGTGCTGCGGCTGGGGCGCAGCCGCACCACTGTGTTCTTCATCTTGCTGCCGCTGGCTACACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGCTCGACGAACAACTGGCCAGTTACCACCTGGTCGGCGGCTTGCTGa < 1:111244/149‑1 (MQ=255) gc‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCCGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGG‑T‑CACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGCTCGACGAACAACTGGCCAGTTACCACCTGGTCGGCGGCTTGCTGACCt > 3:121762/1‑149 (MQ=255) acagtgtggtgcggctgggccccaggcggtgcacggcctgcatccacacTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGG‑T‑CACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGCTcga > 8:268088‑M2/50‑104 (MQ=255) acagtgtggtgcggctgggccccaggcggtgcacggcctgcatccacacTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGG‑T‑CACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGCTcga < 7:268088‑M2/55‑1 (MQ=255) tgtggtgcggctgggccccaggcggtgcacggcctgcatccacacTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGG‑T‑CACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGCTCGACGAACAACTGGCCAGTTACCACCTGGTc > 4:183813‑M2/46‑128 (MQ=255) tgtggtgcggctgggccccaggcggtgcacggcctgcatccacacTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGG‑T‑CACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGCTCGACGAACAACTGGCCAGTTACCACCTGGTc < 3:183813‑M2/83‑1 (MQ=255) tGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGG‑T‑CACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGCTCGACGAACAACTGGCCAGTTACCACCTGGTCGGCGGCTTGCTGa < 4:103382/135‑1 (MQ=255) tGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGG‑T‑CACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGCTCGACGAACAACTGGCCAGTTACCACCTGGTCGGCGGCTTGCTGa > 3:103382/1‑135 (MQ=255) gCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGG‑T‑CACCGCGCTGATCGCCGCCgtggt > 4:87593/1‑87 (MQ=255) gCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGG‑T‑CACCGCGCTGATCGCCGCCgtggt < 3:87593/87‑1 (MQ=255) cAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGG‑T‑CACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGCTCGACGAACAACTGGCCAGTTACCACCTGGTCGGCGGCTTGCTGACCTTGGCCGGCGTAGt < 7:112364/149‑1 (MQ=255) aGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGG‑T‑CACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGCTCGACGAACAACTGGCCAGTTACCACCTGGTCggcggc > 6:85836/1‑125 (MQ=255) aGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGG‑T‑CACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGCTCGACGAACAACTGGCCAGTTACCACCTGGTCggcggc < 5:85836/125‑1 (MQ=255) ggCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGG‑T‑CACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGCTCGACGAACAACTGGCCAGTTACCACCTGGTCGGCGGCTTGCTGACCTTGGCCGGCGTAGTGc > 1:310386/1‑149 (MQ=255) tGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGG‑T‑CCCCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGCTCGACGAACAACTGGCCAGTTACCACCTGGTCGGCGGCTTGCTGACCTTGGCCGGCGTAGTGCTGGcc > 5:267798/1‑149 (MQ=255) aCCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGG‑T‑CACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGCTCGACGAACAACTGGCCAGTTACCACCTGGTCGGCGGCTTGCTGACCTTGGCCGGCGTAGTGCTGGCCGaa > 7:193770/1‑149 (MQ=255) gCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGG‑T‑CACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTACTCGACGAACAACTGGCCAGTTACCACCTGGTCGGCGGCTTGCTGACCTTGGCCGGCGTAGTGCTGGCCGAACGc < 7:8922/149‑1 (MQ=255) gCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGG‑T‑CACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGCTCGACGAACAACTGGCCAGTTACCACCTGGTCGGCGGCTTGCTGACCTTGGCCGGCGTAGTGCTGGCCGAACGCTGGACCa < 3:195905/149‑1 (MQ=255) ccAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGG‑T‑CACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGCTCGACGAACAACTGGCCAGTTACCACCTGGTCGGCGGCTTGCTGACCTTGGCCGGCGTAGTg > 5:225673/1‑128 (MQ=255) ccAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGG‑T‑CACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGCTCGACGAACAACTGGCCAGTTACCACCTGGTCGGCGGCTTGCTGACCTTGGCCGGCGTAGTg < 6:225673/128‑1 (MQ=255) | CTGCTGTCAGACAAGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGG‑T‑CACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGCTCGACGAACAACTGGCCAGTTACCACCTGGTCGGCGGCTTGCTGACCTTGGCCGGCGTAGTGCTGGCCGAACGCTGGACCA > NC_002947/5520546‑5520810 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |