Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,610,914 | T→C | 7.5% | T924A (ACC→GCC) | mcoA ← | Mn(II) copper oxidase A |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,610,914 | 0 | T | C | 7.5% | 147.3 / 2.6 | 53 | T924A (ACC→GCC) | mcoA | Mn(II) copper oxidase A |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/24); new base C (2/2); total (27/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.95e-01 |
ACCGTGAGCGGTACGTTGCCGTCCGGGTCGCTGTCGTTGGCCAGCACGTTCAGGGTGATCGGCTTGCCTGCAGTCGTTGCGGCACTGTCGTTGGCCACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGG‑TGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTGGCAGCGGGGTGGGCATTACCTGGAACTGCCCCGGGTGTTCAAGGTCCCAGCGCAGCAGCATCGAAGAGTCCTCGTGCTGGGTGTTGTGG > NC_002947/3610769‑3611056 | accgtgagcGGTACGTTGCCGTCCGGGTCGCTGTCGTTGGCCAGCACGTTCAGGGTGATCGGCTTGCCTGCAGTCGTTGCGGCACTGTCGTTGGCCACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGG‑TGc < 7:172646‑M2/139‑1 (MQ=255) agcGGTACGTTGCCGTCCGGGTCGCTGTCGTTGGCCAGCACGTTCAGGGTGATCGGCTTGCCTGCAGTCGTTGCGGCACTGTCGTTGGCCACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGG‑TGCGGAACGt < 2:37021‑M2/146‑1 (MQ=255) cGGTACGTTGCCGTCCGGGTCGCTGTCGTTGGCCAGCACGTTCAGGGTGATCGGCTTGCCTGCAGTCGTTGCGGCACTGTCGTTGGCCACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGG‑TGCGGAACGTTg < 1:186135‑M2/148‑1 (MQ=255) ggTACGTTGCCGTCCGGGTCGCTGTCGTTGGCCAGCACGTTCAGGGTGATCGGCTTGCCTGCAGTCGTTGCGGCACTGTCGTTGGCCACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGG‑TGCGGAACGTTgg > 4:108461/1‑149 (MQ=255) gTTGCCGTCCGGGTCGCTGTCGTTGGCCAGCACGTTCAGGGTGATCGGCTTGCCTGCAGTCGTTGCGGCACTGTCGTTGGCCACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGG‑TGCGGAACGTTGGCAGGc > 8:229019/1‑149 (MQ=255) gTCCGGGTCGCTGTCGTTGGCCAGCACGTTCAGGGTGATCGGCTTGCCTGCAGTCGTTGCGGCACTGTCGTTGGCCACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGG‑TGCGGAACGTTGGCAGGCCTAcc > 7:235014/1‑148 (MQ=255) gggTCGCTGTCGTTGGCCAGCACGTTCAGGGTGATCGGCTTGCCTGCAGTCGTTGCGGCACTGTCGTTGGCCACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGG‑TGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGc < 3:108461/149‑1 (MQ=255) tCGTTGGCCAGCACGTTCAGGGTGATCGGCTTGCCTGCAGTCGTTGCGGCACTGTCGTTGGCCACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGG‑TGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAacg > 5:44713/1‑149 (MQ=255) cGTTGGCCAGCACGTTCAGGGTGATCGGCTTGCCTGCAGTCGTTGCGGCACTGTCGTTGGCCACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGG‑TGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAacgc < 5:223697/149‑1 (MQ=255) cGTTGGCCAGCACGTTCAGGGTGATCGGCTTGCCTGCAGTCGTTGCGGCACTGTCGTTGGCCACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGG‑TGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAacg > 5:90384/1‑148 (MQ=255) cGTTCAGGGTGATCGGCTTGCCTGCAGTCGTTGCGGCACTGTCGTTGGCCACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGG‑TGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGccatcccat > 5:209592/1‑149 (MQ=255) gTTCAGGGTGATCGGCTTGCCTGCAGTCGTTGCGGCACTGTCGTTGGCCACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGG‑TGCGGAACGTTGGCAgg > 6:153225/1‑115 (MQ=255) gTTCAGGGTGATCGGCTTGCCTGCAGTCGTTGCGGCACTGTCGTTGGCCACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGG‑TGCGGAACGTTGGCAgg < 5:153225/115‑1 (MQ=255) aGGGTGATCGGCTTGCCTGCAGTCGTTGCGGCACTGTCGTTGGCCACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGG‑TGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTgg < 6:44713/149‑1 (MQ=255) tCGGCTTGCCTGCAGTCGTTGCGGCACTGTCGTTGGCCACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGG‑TGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTGGCAGCggg < 6:90384/149‑1 (MQ=255) cGGCTTGCCTGCAGTCGTTGCGGCACTGTCGTTGGCCACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGG‑TGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAgg > 1:187588/1‑113 (MQ=255) cGGCTTGCCTGCAGTCGTTGCGGCACTGTCGTTGGCCACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGG‑TGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAgg < 2:187588/113‑1 (MQ=255) gcatGCAGTCGTTGCGGAACCGTCGTTGGCCAAGACAGGTGGTTTGTTGTCCGGGGCGTCATCGTCGTCATCTGTTTTGG‑TGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTGGCAGCGGGGTGGGc < 6:46/145‑1 (MQ=255) cTGCAGTCGTTGCGGCACTGTCGTTGGCCACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGG‑TGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTGGCAGCGGGGTGGGCAt > 6:89250/1‑148 (MQ=255) gCAGTCGTTGCGGCACTGTCGTTGGCCACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGG‑TGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTGGCAGCGGGGTGGGCATTa > 6:367538/1‑148 (MQ=255) gCAGTCGTTGCGGCACTGTCGTTGGCCACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGG‑TGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTGGCAGCGGGGTGGGCATTAc > 1:189758/1‑149 (MQ=255) gCAGTCGTTGCGGCACTGTCGTTGGCCACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGG‑TGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTGGCAGCGGGGTGGGCATTAc > 4:168647/1‑149 (MQ=255) gTCGTTGCGGCACTGTCGTTGGCCACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGG‑TGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTGGCAGCGGGGTGGGCATTACCTg < 3:168647/149‑1 (MQ=255) tCGTTGCGGCACTGTCGTTGGCCACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTTATCGGTTTTGG‑TGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGccatc < 1:277282/118‑1 (MQ=255) gTTGCGGCACTGTCGTTGGCCACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGG‑TGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTGGCAGCGGGGTGGGCATTACCTGGaa < 2:189758/149‑1 (MQ=255) gTTGCGGCACTGTCGTTGGCCACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGG‑TGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTGGCAGCGGGGTGGGCATTACCTGGaa < 8:235014/149‑1 (MQ=255) ttGCGGCACTGTCGTTGGCCACGACAGGTGGTTT‑TTGGCCGGGTCGGGATGCTCGGGCTCGGTTTTGGTTGCGG‑ACGTTGGCCGGCCGACCGAGGCCATGTAACGGACCCCAACCCCTCCTGGCAGCGGGGGTGGCAATAACTGGAAcg > 8:71713/1‑148 (MQ=255) gCCACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGG‑TGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTGGCAGCGGGGTGGGCATTACCTGGAACTGCCCCGGGTGTTCAAg > 7:211589/1‑149 (MQ=255) ccACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGG‑TGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTGGCAGCGGGGTGGGCATTACCTGGAACTGCCCCGGGTGTTCAAgg > 3:85047/1‑149 (MQ=255) gtTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGG‑TGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTGGCAGCGGGGTGGGCATTAcc > 6:8287/1‑113 (MQ=255) gtTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGG‑TGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTGGCAGCGGGGTGGGCATTAcc < 5:8287/113‑1 (MQ=255) tttGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGG‑CGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTGGCAGCGGGGTGGGCATTACCTGGAACTGCCCCGGGTGTTCAAGGTCCCAGCgca > 2:66611/1‑146 (MQ=255) tttGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGG‑CGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTGGCAGCGGGGTGGGCATTACCTGGAACTGCCCCGGGTGTTCAAGGTCCCAGCgca > 6:188860/1‑146 (MQ=255) tttGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGG‑CGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTGGCAGCGGGGTGGGCATTACCTGGAACTGCCCCGGGTGTTCAAGGTCCCAGCgca < 1:66611/146‑1 (MQ=255) tttGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGG‑CGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTGGCAGCGGGGTGGGCATTACCTGGAACTGCCCCGGGTGTTCAAGGTCCCAGCgca < 5:188860/146‑1 (MQ=255) ggCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGG‑TGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTGGCAGCGGGGTGGGCATTACCTGGAACTGCCCCGGGTGTTCAAGGTCCCAGCGCAGCAGCATc < 6:209592/148‑1 (MQ=255) ccGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGG‑TGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTGGCAGCGGGGTGGGCATTAcc > 8:40854/1‑104 (MQ=255) ccGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGG‑TGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTGGCAGCGGGGTGGGCATTAcc < 7:40854/104‑1 (MQ=255) ccGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGG‑TGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTGGCAGCGGGGTGGGCATTACCTGGAACTGCCCCGGGTGTTCAAGGTCCCAGCGCAGCAGCATCGaa < 5:89250/149‑1 (MQ=255) gtcgtcatcgtcgtcatcGGTTTTGG‑TGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTGGCAGCGGGGTGGGCATTACCTGGAACTGCCCCGGGTGTTCAAGGTCCCAGCGCAGCTGCATCGAAGAGt > 1:123891/1‑149 (MQ=255) atcgtcgtcatcgGTTTTGG‑TGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTGGCAGCGGGGTGGGCATTACCTGGAACTGCCCCGGGTGTTCAAGGTCCCAGCGCAGCAGCATCGAAGAGTCCTCGt < 4:85047/149‑1 (MQ=255) tcgtcatcgGTTTTGG‑TGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTGGCAGCGGGGTGGGCATTACCTGGAACTGCCCCgg < 6:153029/104‑1 (MQ=255) tcgtcatcgGTTTTGG‑TGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTGGCAGCGGGGTGGGCATTACCTGGAACTGCCCCgg > 5:153029/1‑104 (MQ=255) cgtcatcgGTTTTGG‑TGCGGAACGTTGGCACGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCATGGCAGCGGGGTGGGCATTACCTGGAACTGCCCCGGGTGTTCAAGGTCCCAGCGCAGCAGCATCGAAGAGTCCTCGTGCTgg > 5:102035/1‑149 (MQ=255) gtcatcgGTTTTGG‑TGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCTTCCCATCCTGGCAGCGGGGTGGGCATTACCTGGAACTGCCCCGGGTGTTCAAGGTCCCAGCGCAGCAGCATCGAAGAGTCCTCGTGCTgg < 7:58534/148‑1 (MQ=255) gtcatcgGTTTTGG‑TGCGGAACGTTGGCAGGCCGACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTGGCAGCGGGGTGGGCATTACCTGGAACTGCCCCGGGTGTTCAAGGTCCCAGCGCAGCAGCATCGAaga > 8:101310/1‑135 (MQ=255) gtcatcgGTTTTGG‑TGCGGAACGTTGGCAGGCCCACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTGGCAGCGGGGTGGGCATTACCTGGAACTGCCCCGGGTGTTCAAGGTCCCAGCGCAGCAGCATCGAaga < 7:101310/135‑1 (MQ=255) tcgGTTTTGG‑TGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTGGCAGCGGGGTGGGCATTACCTGGAACTGCCCCGGGTGTTCAAGGTCCCAGCGCAGCAGCATCGAAGAGTCCTCGTGCTGGGtgtt > 8:318111/1‑149 (MQ=255) tcgGTTTTGG‑TGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTGGCAGCGGGGTGGGCATTACCTGGAACTGCCCCGGGTGTTCAAGGTCCCAGCGCAGCAGCATCGAAGAGTCCTCGTGCTGGGtgtt > 2:99171/1‑149 (MQ=255) cgGTTTTGG‑TGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTGGCAGCGGGGTGGGCATTACCTGGAACTGCCCCGGGTGTTCAAGGTCCCAGCGCAGCAGCATCGAAGAGTCCTCGTGCTGGGtgttg > 6:1928/1‑149 (MQ=255) ttttGG‑TGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTGGCAGCGGGGTGGGCATTACCTGGAACTGCCCCGGGTGTTCAAGGTCCCAGCGCAGCAGCATCGAAGAGTCCTCGTGCTGGGTGTTGTgg < 5:1928/149‑1 (MQ=255) g‑TGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTGGCAGCGGGGTGGGCATTACCTGGAACTGCCCCGGGTGTTCAAGGTCCCAg < 3:147096/105‑1 (MQ=255) g‑TGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTGGCAGCGGGGTGGGCATTACCTGGAACTGCCCCGGGTGTTCAAGGTCCCAg > 4:147096/1‑105 (MQ=255) | ACCGTGAGCGGTACGTTGCCGTCCGGGTCGCTGTCGTTGGCCAGCACGTTCAGGGTGATCGGCTTGCCTGCAGTCGTTGCGGCACTGTCGTTGGCCACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGG‑TGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTGGCAGCGGGGTGGGCATTACCTGGAACTGCCCCGGGTGTTCAAGGTCCCAGCGCAGCAGCATCGAAGAGTCCTCGTGCTGGGTGTTGTGG > NC_002947/3610769‑3611056 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |