Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 240,396 | G→A | 8.1% | D231N (GAC→AAC) | PP_0188 → | uroporphyrin‑III C‑methyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 240,396 | 0 | G | A | 8.1% | 139.4 / 2.1 | 49 | D231N (GAC→AAC) | PP_0188 | uroporphyrin‑III C‑methyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/20); new base A (2/2); total (27/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.42e-01 |
GGTGCCTTCGCCGCCCGCGAGCAACTGGCCCGCAGCCTGGCCACGCTCAACAGCACTCAGCAACCGGACCGTACTGGCCTGTTCTTGAAACTGGCTGCGCAGCGTGAGCTGGTACAGCAGCTGAGCGCCCAGTCCCCCGAGTTCGACAGTAACGCCGATGCGCTTGGCGCCCTGACCGCCGACGGTGATGGTGCCAGCAGGCTGTCGCAGTGGTGGGCAGAAATATCCAAGTACTTCCAGATCGACTTCAATGCCGATGAAAACGTGCGTCCGTTGCTGGCCGGGCAGCAAC > NC_002947/240252‑240543 | ggTGCCTTCGCCGCCCGCGAGCAACTGGCCCGCAGCCTGGCCACGCTCAACAGCACTCAGCAACCGGACCGTACTGGCCTGTTCTTGAAACTGGCTGCGCAGCGTGAGCTGGTACAGCAGCTGAGCGCCCAGTCCCCCGAGTTCGACAg > 7:337323/1‑149 (MQ=255) gccgccCGCGAGCAACTGGCCCGCAGCCTGGCCACGCTCAACAGCACTCAGCAACCGGACCGTACTGGCCTGTTCTTGAAACTGGCTGCGCAGCGTGAGCTGGTACAGCAGCTGAGCGCCCAGTCCCCCGAGTTCGACAGTAACGCCGa < 6:49722/149‑1 (MQ=255) cGCAGCCTGGCCACGCTCAACAGCACTCAGCAACCGGACCGTACTGGCCTGTTCTTGAAACTGGCTGCGCAGCGTGAGCTGGTACAGCAGCTGAGCGCCCAGTCCCCCGAGTTCGACAGTAACGCCGATGCGCTTGGCGCCCTGAccgc > 1:213535/1‑149 (MQ=255) tGGCCACGCTCAACAGCACTCAGCAACCGGACCGTACTGGCCTGTTCTTGAAACTGGCTGCGCAGCGTGAGCTGGTACAGCAGCTGAGCGCCCAGTCCCCCGAGTTCGACAGTAACGCCGATGCGCTTGGCGCCCTGACCGCCGACGGt > 4:78312/1‑149 (MQ=255) gCCACGCTCAACAGCACTCAGCAACCGGACCGTACTGGCCTGTTCTTGAAACTGGCTGCGCAGCGTGAGCTGGTACAGCAGCTGAGCGCCCAGTCCCCCGAGTTCGACAGTAACGCCGATGCGCTTGGCGCCCTGACCGCCGACGGTg < 8:337323/148‑1 (MQ=255) gCCACGCTCAACAGCACTCAGCAACCGGACCGTACTGGCCTGTTCTTGAAACTGGCTGCGCAGCGTGAGCTGGTACAGCAGCTGAGCGCCCAGTCCCCCGAGTTCGACAGTAACGCCGATGCGCTTGGCGCCCTGACCGCCGACGGTGa > 3:292220/1‑149 (MQ=255) cTCAACAGCACTCAGCAACCGGACCGTACTGGCCTGTTCTTGAAACTGGCTGCGCAGCGTGAGCTGGTACAGCAGCTGAGCGCCCAGTCCCCCGAGTTCGACAGTAACGCCGATGCGCTTGGCGCCCTGACCGCCGACGGTGATGGTGc < 2:263680/149‑1 (MQ=255) aaCAGCACTCAGCAACCGGACCGTACTGGCCTGTTCTTGAAACTGGCTGCGCAGCGTGAGCTGGTACAGCAGCTGAGCGCCCAGTCCCCCGAGTTCGACAGTAACGCCGATGCGCTTGGCGCCCTGACCGCCGACGGCGATGGTGCcag > 5:148229/1‑149 (MQ=255) aCAGCACTCAGCAACCGGACCGTACTGGCCTGTTCTTGAAACTGGCTGCGCAGCGTGAGCTGGTACAGCAGCTGAGCGCCCAGTCCCCCGAGTTCGACAGTAACGCCGATGCGCTTGGCGCCCTGACCGCCGACg > 8:64842/1‑135 (MQ=255) aCAGCACTCAGCAACCGGACCGTACTGGCCTGTTCTTGAAACTGGCTGCGCAGCGTGAGCTGGTACAGCAGCTGAGCGCCCAGTCCCCCGAGTTCGACAGTAACGCCGATGCGCTTGGCGCCCTGACCGCCGACg < 7:64842/135‑1 (MQ=255) aGCACTCAGCAACCGGACCGTTCTGGCCTGTTCTTGAAACTGGCTGCGCAGCGTGAGCTGGTACAGCAGCTGAGCGCCCAGTCCCCCGAGTTCGACAGt < 1:114188/99‑1 (MQ=255) aGCACTCAGCAACCGGACCGTACTGGCCTGTTCTTGAAACTGGCTGCGCAGCGTGAGCTGGTACAGCAGCTGAGCGCCCAGTCCCCCGAGTTCGACAGt > 2:114188/1‑99 (MQ=255) gCACTCAGCAACCGGACCGTACTGGCCTGTTCTTGAAACTGGCTGCGCAGCGTGAGCTGGTACAGCAGCTGAGCGCCCAGTCCCCCGAGTTCGACAGTAACGCCGATGCGCTTGGCGCCCTGACCGCCGACGGTGATGGTGCCAGCAgg < 1:165061/149‑1 (MQ=255) cACTCAGCAACCGGACCGTACTGGCCTGTTCTTGAAACTGGCTGCGCAGCGTGAGCTGGTACAGCAGCTGAGCGCCCAGTCCCCCGAGTTCGACAGTAACGCCGATGCGCTTGGCGCCCTGACCGCCGACGGTGATGGTGCCAGCAGGc > 7:70472/1‑149 (MQ=255) cTCAGCAACCGGACCGTACTGGCCTGTTCTTGAAACTGGCTGCGCAGCGTGAGCTGGTACAGCAGCTGAGCGCCCAGTCCCCCGAGTTCGACAGTAACGCCGATGCGCTTGGCGCCCTGACCGCCGACGGTGATGGTGCCAGCAGGCTg > 8:195039/1‑149 (MQ=255) tCAGCAACCGGACCGTACTGGCCTGTTCTTGAAACTGGCTGCGCAGCGTGAGCTGGTACAGCAGCTGAGCGCCCAGTCCCCCGAGTTCGACAGTAACGCCGATGCGCTTGGCGCCCTGACCGCCGACGGTGATGGTGCCAGCAGGCTGt > 3:190624/1‑149 (MQ=255) tCAGCAACCGGACCGTACTGGCCTGTTCTTGAAACTGGCTGCGCAGCGTGAGCTGGTACAGCAGCTGAGCGCCCAGTCCCCCGAGTTCGACAGTAACGCCGATGCGCTTGGCGCCCTGACCGCCGACGGTGATGGTGCCAGCAGGCTGt > 7:105196/1‑149 (MQ=255) aGCAACCGGACCGTACTGGCCTGTTCTTGAAACTGGCTGCGCAGCGTGAGCTGGTACAGCAGCTGAGCGCCCAGTCCCCCGAGTTCGACAGTAACGCCGATGCGCTTGGCGCCCTGACCGCCGACGGTGATGGTGCCAGCAGGCTGTCg > 8:127934/1‑149 (MQ=255) aCCGGACCGTACTGGCCTGTTCTTGAAACTGGCTGCGCAGCGTGAGCTGGTACAGCAGCTGAGCGCCCAGTCCCCCGAGTTCGACAGTAACGCCGATGCGCTTGGCGCCCt > 5:313927/1‑111 (MQ=255) aCCGGACCGTACTGGCCTGTTCTTGAAACTGGCTGCGCAGCGTGAGCTGGTACAGCAGCTGAGCGCCCAGTCCCCCGAGTTCGACAGTAACGCCGATGCGCTTGGCGCCCt < 6:313927/111‑1 (MQ=255) aCCGGACCGTACTGGCCTGTTCTTGAAACTGGCTGCGCAGCGTGAGCTGGTACAGCAGCTGAGCGCCCAGTCCCCCGAGTTCGACAGTAACGCCGATGCGCTTGGCGCCCTGACCGCCGACGGTGATGGTGCCAGCAGGCTGTCGCAgt < 4:190624/149‑1 (MQ=255) aCCGGACCGTACTGGCCTGTTCTTGAAACTGGCTGCGCAGCGTGAGCTGGTACAGCAGCTGAGCGCCCAGTCCCCCGAGTTCGACAGTAACGCCGATGCGCTTGGCGCCCTGACCGCCGACGGTGATGGTGCCAGCAGGCTGTCGCAgt < 4:98138/149‑1 (MQ=255) gACCGTACTGGCCTGTTCTTGAAACTGGCTGCGCAGCGTGAGCTGGTACAGCAGCTGAGCGCCCAGTCCCCCGAGTTCGACAGTAACGCCGATGCGCTTGGCGCCCTGACCGCCGACGGTGATGGTGCCAGCAGGCTGTCGCAgtggtg > 3:262290/1‑149 (MQ=255) aCCGTACTGGCCTGTTCTTGAAACTGGCTGCGCAGCGTGAGCTGGTACAGCAGCTGAGCGCCCAGTCCCCCGAGTTCGACAGTAACGCCGATGCGCTTGGCGCCCTGACCGCCGACGGTGATGGTGCCAGCAGGCTGTCGCAGtggtgg < 7:127934/149‑1 (MQ=255) gTACTGGCCTGTTCTTGAAACTGGCTGCGCAGCGTGAGCTGGTACAGCAGCTGAGCGCCCAGTCCCCCGAGTTCGACAGTAACGCCGATGCGCTTGGCGCCCTGACCGCCGACGGTGATGGTGCCAGCAGGCTGTCGCAGTGGTGGGCa < 8:70472/149‑1 (MQ=255) cTGGCCTGTTCTTGAAACTGGCTGCGCAGCGTGAGCTGGTACAGCAGCTGAGCGCCCAGTCCCCCGAGTTCGACAGTAACGCCGATGCGCTTGGCGCCCTGACCGCCGACGGTGATGGTGCCAGCAGGCTGTCGCAGTGGTGGGCAGaa < 2:213535/149‑1 (MQ=255) gCCTGTTCTTGAAACTGGCTGCGCAGCGTGAGCTGGTACAGCAGCTGAGCGCCCAGTCCCCCGAGTTCAACAGTAACGCCGATGCGCTTGGCGCCCTGACCGCCGACGGTGATGGTGCCAGCAGGCTGTCGCAGtggtgg < 7:256943/140‑1 (MQ=255) gCCTGTTCTTGAAACTGGCTGCGCAGCGTGAGCTGGTACAGCAGCTGAGCGCCCAGTCCCCCGAGTTCAACAGTAACGCCGATGCGCTTGGCGCCCTGACCGCCGACGGTGATGGTGCCAGCAGGCTGTCGCAGtggtgg > 8:256943/1‑140 (MQ=255) gCCTGTTCTTGAAACTGGCTGCGCAGCGTGAGCTGGTACAGCAGCTGAGCGCCCAGTCCCCCGAGTTCAACAGTAACGCCGATGCGCTTGGCGCCCTGACCGCCGACGGTGATGGTGCCAGCAGGCTGTCGCAGtggtgg < 3:178492/140‑1 (MQ=255) gCCTGTTCTTGAAACTGGCTGCGCAGCGTGAGCTGGTACAGCAGCTGAGCGCCCAGTCCCCCGAGTTCAACAGTAACGCCGATGCGCTTGGCGCCCTGACCGCCGACGGTGATGGTGCCAGCAGGCTGTCGCAGtggtgg > 4:178492/1‑140 (MQ=255) tGTTCTTGAAACTGGCTGCGCAGCGTGAGCTGGTACAGCAGCTGAGCGCCCAGTCCCCCGAGTTCGACAGTAACGCCGATGCGCTTGGCGCCCTGACCGCCGACGGTGATGGTGCCAGCAGGCTGTCGCAGTGGTGGGCAGAAATATc > 3:93166/1‑148 (MQ=255) ttCTTGAAACTGGCTGCGCAGCGTGAGCTGGTACAGCAGCTGAGCGCCCAGTCCCCCGAGTTCGACAGTAACGCCGATGCGCTTGGCGCCCTGACCGCCGACGGTGATGGTGCCAGCAGGCTGTCGCAGTGGTGGGCAGAAATATCCaa < 8:105196/149‑1 (MQ=255) cTTGAAACTGGCTGCGCAGCGTGAGCTGGTACAGCAGCTGAGCGCCCAGTCCCCCGAGTTCGACAGTAACGCCGATGCGCTTGGCGCCCTGACCGCCGACGGTGATGGTGCCAGCAGGCTGTCGCAGTGGTGGGCAGAAATATCCAAg > 4:231076/1‑148 (MQ=255) aCTGGCTGCGCAGCGTGAGCTGGTACAGCAGCTGAGCGCCCAGTCCCCCGAGTTCGACAGTAACGCCGATGCGCTTGGCGCCCTGACCGCCGACGGTGATGGTGCCAGCAGGCTGTCGCAGTGGTGGGCAGAAATATCCAAGTACTTcc < 7:195039/149‑1 (MQ=255) tGGCTGCGCAGCGTGAGCTGGTACAGCAGCTGAGCGCCCAGTCCCCCGAGTTCGACAGTAACGCCGATGCGCTTGGCGCCCTGACCGCCGACGGTGATGGTGCCAGCAGGCTGTCGCAGTGGTGGGCAGAAATATCCAAGTACTTc > 1:36125/1‑146 (MQ=255) gCTGCGCAGCGTGAGCTGGTACAGCAGCTGAGCGCCCAGTCCCCCGAGTTCGACAGTAACGCCGATGCGCTTGGCGCCCTGACCGCCGACGGTGATGGTGCCAGCAGGCTGTCGCAGTGGTGGGCAGAAATATCCAAGTACTTc > 5:99701/1‑144 (MQ=255) gCTGGTACAGCAGCTGAGCGCCCAGTCCCCCGAGTTCGACAGTAACGCCGATGCGCTTGGCGCCCTGACCGCCGACGGTGATGGTGCCAGCAGGCTGTCGCAGTGGTGGGCAGAAATATCCAAGTACTTCCAGATCTACTTCAATGCCg > 8:289116/1‑149 (MQ=255) tGGTACAGCAGCTGAGCGCCCAGTCCCCCGAGTTCGACAGTAACGCCGATGCGCTTGGCGCCCTGACCGCCGACGGTGATGGTGCCAGCAGGCTGTCGCAGTGGTGGGCAGAAATATCCAAGTACTTCCAGATCGACTTCAATGCCGAt > 2:193802/1‑149 (MQ=255) gTACAGCAGCTGAGCGCCCAGTCCCCCGAGTTCGACAGTAACGCCGATGCGCTTGGCGCCCTGACCGCCGACGGTGATGGTGCCAGCAGGCTGTCGCAGTGGTGGGCAGAAATATCCAAGTACTTCCAGATCGACTTCAATGCCGAt < 6:99701/147‑1 (MQ=255) gTACAGCAGCTGAGCGCCCAGTCCCCCGAGTTCGACAGTAACGCCGATGCGCTTGGCGCCCTGACCGCCGACGGTGATGGTGCCAGCAGGCTGTCGCAGTGGTGGGCAGAAATATCCAAGTACTTCCAGATCGACTTCAATGCCGAt < 4:262290/147‑1 (MQ=255) gTACAGAAGCTGAGCGCCCAGTCCCCCGAGTTCGACAGTAACGCCGATGCGCTTGGCGCCCTGACCGCCGACGTTGATGGTGCCAGCAGGCTGTCGCAGTGGTGGGCAGAAATATCCAAGTACTTCCAGATCGACTTCAATGCCGATg > 8:217172/1‑148 (MQ=255) aCAGCAGCTGAGCGCCCAGTCCCCCGAGTTCGACAGTAACGCCGATGCGCTTGGCGCCCTGACCGCCGACGGTGATGGTGCCAGCAGGCTGTCGCAGTGGTGGGCAGAAATATCCAAGTACTTCCAGATCGACTTCAATGCCGATGaa > 7:210829/1‑148 (MQ=255) agcagcTGAGCGCCCAGTCCCCCGAGTTCGACAGTAACGCCGATGCGCTTGGCGCCCTGACCGCCGACGGTGATGGTGCCAGCAGGCTGTCGCAGTGGTGGGCAGAAATATCCAAGTACTTCCAGATCGACTTCAATGCCGATGAAAAc < 2:36125/149‑1 (MQ=255) gcTGAGCGCCCAGTCCCCCGAGTTCGACAGTAACGCCGATGCGCTTGGCGCCCTGACCGCCGACGGCGATGGTGCCAGCAGGCTGTCGCAGTGGTGGGCAGAAATATCCAAGTACTTCCAGATCGACTTCAATGCCGATGAAAACGTGc < 6:148229/149‑1 (MQ=255) gAGCGCCCAGTCCCCCGAGTTCGACAGTAACGCCGATGCGCTTGGCGCCCTGACCGCCGACGGTGATGGTGCCAGCAGGCTGTCGCAGTGGTGGGCAGAAATATCCAAGTACTTCCAGATCGACTTCAATGCCGATGAAAACGTGCGTc > 8:199082/1‑149 (MQ=255) cgcCCAGTCCCCCGAGTTCGACAGTAACGCCGATGCGCTTGGCGCCCTGACCGCCGACGGTGATGGTGCCAGCAGGCTGTCGCAGTGGTGGGCAGAAATATCCAAGTACTTCCAGATCGACTTCAATGCCGATGAAAACGTGCGTCCGt < 7:217172/149‑1 (MQ=255) gcCCAGTCCCCCGAGTTCGACAGTAACGCCGATGCGCTTGGCGCCCTGACCGCCGACGGTGATGGTGCCAGCAGGCTGTCGCAGTGGTGGGCAGAAATATCCAAGTACTTCCAGATCGACTTCAATGCCGATGAAAACGTGCGTCCGtt > 8:116429/1‑149 (MQ=255) gcCCAGTCCCCCGAGTTCGACAGTAACGCCGATGCGCTTGGCGCCCTGACCGCCGACGGTGATGGTGCCAGCAGGCTGTCGCAGTGGTGGGCAGAAATATCCAAGTACTTCCAGATCGACTTCAATGCCGATGAAAACGTGCGTCCGtt < 4:292220/149‑1 (MQ=255) cccGAGTTCGACAGTAACGCCGATGCGCTTGGCGCCCTGACCGCCGACGGTGATGGTGCCAGCAGGCTGTCGCAGTGGTGGGCAGAAATATCCAAGTACTTCCAGATCGACTTCAATGCCGATGAAAACGTGCGTCCGTTGCTGGCCgg > 7:123090/1‑149 (MQ=255) gACAGTAACGCCGATGCGCTTGGCGCCCTGACCGCCGACGGTGATGGTGCCAGCAGGCTGTCGCAGTGGTGGGCAGAAATATCCAAGTACTTCCAGATCGACTTCAATGCCGATGAAAACGTGCGTCCGTTGCTGGCCGGGCAGCAAc < 7:199082/148‑1 (MQ=255) | GGTGCCTTCGCCGCCCGCGAGCAACTGGCCCGCAGCCTGGCCACGCTCAACAGCACTCAGCAACCGGACCGTACTGGCCTGTTCTTGAAACTGGCTGCGCAGCGTGAGCTGGTACAGCAGCTGAGCGCCCAGTCCCCCGAGTTCGACAGTAACGCCGATGCGCTTGGCGCCCTGACCGCCGACGGTGATGGTGCCAGCAGGCTGTCGCAGTGGTGGGCAGAAATATCCAAGTACTTCCAGATCGACTTCAATGCCGATGAAAACGTGCGTCCGTTGCTGGCCGGGCAGCAAC > NC_002947/240252‑240543 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |