Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,723,686 | A→C | 10.0% | intergenic (+16/+14) | PP_3288 → / ← PP_3289 | universal stress protein family protein/acetyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,723,686 | 0 | A | C | 10.0% | 167.9 / 10.6 | 60 | intergenic (+16/+14) | PP_3288/PP_3289 | universal stress protein family protein/acetyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (27/27); new base C (3/3); total (30/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.34e-01 |
ATCGACGTACTGGTCATGGGCAGTTATCACCACCGTGGCATCGGCTGGTTCATCGGCAGTACTGCCGAGCGCGTTATGCATCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCAGGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGGGGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCGGTGCATCGCGTAGTTGCTGGCCAGGTCCCTGGAGACCATGCACTGAAA > NC_002947/3723539‑3723834 | atCGACGTACTGGTCATGGGCAGTTATCACCACCGTGGCATCGGCTGGTTCATCGGCAGTACTGCCGAGCGCGTTATGCATCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAg > 1:8128/1‑149 (MQ=255) gACGTACTGGTCATGGGCAGTTATCACCACCGTGGCATCGGCTGGTTCATCGGCAGTACTGCCGAGCGCGTTATGCATCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGc < 1:188883/149‑1 (MQ=255) gACGTACTGGTCATGGGCAGTTATCACCACCGTGGCATCGGCTGGTTCATCGGCAGTACTGCCGAGCGCGTTATGCATCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGc < 7:198857/149‑1 (MQ=255) gTACTGGTCATGGGCAGTTATCACCACCGTGGCATCGGCTGGTTCATCGGCAGTACTGCCGAGCGCGTTATGCATCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCATGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCtt < 4:63930/149‑1 (MQ=255) cTGGTCATGGGCAGTTATCACCACCGTGGCATCGGCTGGTTCATCGGCAGTACTGCCGAGCGCGTTATGCATCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTc < 6:297417/149‑1 (MQ=255) tCATGGGCAGTTATCACCACCGTGGCATCGGCTGGTTCATCGGCAGTACTGCCGAGCGCGTTATGCATCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCtttt < 8:83992/149‑1 (MQ=255) tCATGGGCAGTTATCACCACCGTGGCATCGGCTGGTTCATCGGCAGTACTGCCGAGCGCGTTATGCATCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCtttt > 7:19791/1‑149 (MQ=255) cATGGGCAGTTATCACCACCGTGGCATCGGCTGGTTCATCGGCAGTACTGCCGAGCGCGTTATGCATCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTc < 5:237712/149‑1 (MQ=255) aTGGGCAGTTATCACCACCGTGGCATCGGCTGGTTCATCGGCAGTACTGCCGAGCGCGTTATGCATCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCTTGCGGGCCTTGtgcttcag < 8:300716/149‑8 (MQ=255) aTGGGCAGTTATCACCACCGTGGCATCGGCTGGTTCATCGGCAGTACTGCCGAGCGCGTTATGCATCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCTTGCGGGCCTTGt > 2:47973/1‑142 (MQ=255) aTGGGCAGTTATCACCACCGTGGCATCGGCTGGTTCATCGGCAGTACTGCCGAGCGCGTTATGCATCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCTTGCGGGCCTTGt < 1:47973/142‑1 (MQ=255) gCAGTTATCACCACCGTGGCATCGGCTGGTTCATCGGCAGTACTGCCGAGCGCGTTATGCATCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGc > 7:307472/1‑149 (MQ=255) ccaccGTGGCATCGGCTGGTTCATCGGCAGTACTGCCGAGCGCGTTATGCATCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCAGGTCaa < 6:218185/149‑1 (MQ=255) 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aTCGGCAGTACTGCCGAGCGCGTTATGCATCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCAGGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCg < 2:8527/144‑1 (MQ=255) aTCGGCAGTACTGCCGAGCGCGTTATGCATCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCAGGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCg > 1:8527/1‑144 (MQ=255) ggCAGTACTGCCGAGCGCGTTATGCATCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCAGGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATc > 6:137981/1‑149 (MQ=255) ggCAGTACTGCCGAGCGCGTTATGCATCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCAGGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATc > 1:247551/1‑149 (MQ=255) ccGAGCGCGTTATGCATCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCAGGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCgg < 3:300242/147‑1 (MQ=255) ccGAGCGCGTTATGCATCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCAGGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCgg < 7:132140/147‑1 (MQ=255) gAGCGCGTTATGCATCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGAGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCAGGTCAAGTTCGTGAAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCgggg > 2:288055/1‑147 (MQ=255) gTTATGCATCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCAGGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGGGGTAGCgg > 6:5411/1‑147 (MQ=255) ttATGCATCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCAGGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGGGGTAGCGGGAg < 2:247551/149‑1 (MQ=255) ttACGCATCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCAGGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGGGGTAGCGGGAg > 8:209568/1‑149 (MQ=255) aTCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCAGGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGGGGTAGCGGGAGGTGAAg > 7:287630/1‑149 (MQ=255) aTCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCAGGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGGGGTAGCGGGAGGTGAAg > 2:127209/1‑149 (MQ=255) aTCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCAGGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGGGGTAGCGGGAGGTGAAg > 4:101173/1‑149 (MQ=255) tCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCAGGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGGGGTAGCGGGAGGTGAAGc > 8:185297/1‑149 (MQ=255) ggTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCAGGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGGGGTAGCGGGAGGTGAAGcc < 4:242623/148‑1 (MQ=255) 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5:5411/149‑1 (MQ=255) agcagTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCAGGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGGGGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCtt < 7:185297/149‑1 (MQ=255) agcagTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCAGGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGGGGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCtt < 5:137981/149‑1 (MQ=255) agcagTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAACGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCAGGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGGGGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCtt < 7:193683/149‑1 (MQ=255) tgCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCAGGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGGGGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGc > 6:25562/1‑149 (MQ=255) tGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCAGGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGGGGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCgg > 7:181418/1‑149 (MQ=255) gTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCAGGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGGGGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCGGt < 3:101173/148‑1 (MQ=255) aTTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCAGGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGGGGTAGCGGGAGGTGAAGCCCTGTGCCTTGACCAGCCGGTGcct > 8:321372/1‑147 (MQ=255) aTTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCAGGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGGGGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCGGTGCAt > 1:69198/1‑149 (MQ=255) ctcCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCAGGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGGGGTAGCGGGTGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCGGTGCATcgc < 5:25562/148‑1 (MQ=255) agagCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCAGGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGGGGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCGGTGCATCGCGTAGt > 1:54709/1‑149 (MQ=255) agCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCAGGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGGGGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCGGTGCATCGCGTAGTTg < 8:307472/149‑1 (MQ=255) gcTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCAGGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGGGGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCGGTGCATCGCGTAGTTGCTg < 7:209568/149‑1 (MQ=255) gcTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCAGGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGGGGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCGGTGCATCGCGTAGTTGCTg < 5:209178/149‑1 (MQ=255) tCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCAGGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGGGGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCGGTGCATCGCGTAGTTGCTGGc > 4:303380/1‑149 (MQ=255) ccAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCAGGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGGGGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCGGTGCATCGCGTAGTTGCTGGc > 5:35851/1‑147 (MQ=255) aGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCAGGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGGGGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCGGTGCATCGCGTAGTTGCTGGCCAGGTCCCTGga < 2:54709/149‑1 (MQ=255) gacaAGGCCCTTGCGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCAGGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGGGGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCGGTGCATCGCGTAGTTGCTg > 3:113130/2‑133 (MQ=255) gacaAGGCCCTTGCGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCAGGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGGGGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCGGTGCATCGCGTAGTTGCTg < 4:113130/132‑1 (MQ=255) gacaAGGCCCTTGCGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCAGGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGGGGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCGGTGCATCGCGTAGTTGCTGGCCAGGTACCTGgaga > 8:75788/2‑149 (MQ=255) caAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCAGGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGGGGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCGGTGCATCGCGTAGTTGCTGGCCAGGTCCCTGGAGAc > 6:290644/1‑148 (MQ=255) aGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCAGGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGGGGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCGGTGCATCGCGTAGTTGCTGGCCAGGTCCCTGGAGACCATGCACTGaaa < 8:181418/149‑1 (MQ=255) aGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCAGGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGGGGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCGGTGCATCGCGTAGTTGCTGGCCAGGTCCCTGGAGACCATGCACTGaaa < 8:19791/149‑1 (MQ=255) | ATCGACGTACTGGTCATGGGCAGTTATCACCACCGTGGCATCGGCTGGTTCATCGGCAGTACTGCCGAGCGCGTTATGCATCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCAGGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGGGGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCGGTGCATCGCGTAGTTGCTGGCCAGGTCCCTGGAGACCATGCACTGAAA > NC_002947/3723539‑3723834 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |