Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 287,067 | G→C | 17.2% | P19R (CCG→CGG) ‡ | tauB‑II ← | taurine ABC transporter ATP‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 287,067 | 0 | G | C | 17.2% | 89.4 / 12.4 | 40 | P19R (CCG→CGG) ‡ | tauB‑II | taurine ABC transporter ATP‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (15/18); new base C (4/3); total (19/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.89e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.92e-01 |
CGGCACACCATCGAGGGTGATGTGACCGCCACTGGGGGCGACGAAGCCGGCGATGAGGTTGAGCAGTGAGGTCTTGCCGCTGCCGGAAGGCCCCAGGGCCACCAGCAGTTGGCGTGGTCCCAGGCTCAGGTTGATATCGGCCAGCACCGGGGTGCTGGCGCCTGGGTACTGTGCGCTGATGCGCTCCAGCTCGAGCAAGGCCATGACGGGCTCCGGATCAGTTTGGAAGGAACTTGGCGCTGACGTACGGCGAGTAGTCCGGCAGCACTGCTTCGACTTTGCCTTGCTGCTTGAGG > NC_002947/286919‑287214 | cGGCACACCATCGAGGGTGATGTGACCGCCACTGGGGGCGACGAAGCCGGCGATGAGGTTGAGCAGTGAGGTCTTGCCGCTGCCGGAAGGCCCCAGGGCCACCAGCAGTTGGCGTGGTCCCAGGCTCAGGTTGATATCGGCCAGCACCg < 1:195376/149‑1 (MQ=255) acCATCGAGGGTGATGTGACCGCCACTGGGGGCGACGAAGCCGGCGATGAGGTTGAGCAGTGAGGTCTTGCCGCTGCCGGAAGGCCCCAGGGCCACCAGCAGTTGGCGTGGTCCCAGGCTCAGGTTGATATCGGCCAGCACCGGGGTGc > 3:202937/1‑149 (MQ=255) acCATCGAGGGTGATGTGACCGCCACTGGGGGCGACGAAGCCGGCGATGAGGTTGAGCAGTGAGGTCTTGCCGCTGCCGGAAGGCCCCAGGGCCACCAGCAGTTGGCGTGGTCCCAGGCTCAGGTTGATATCGGCCAGCACCGGGGTGc < 4:206932/149‑1 (MQ=255) aTCGAGGGTGATGTGACCGCCACTGGGGGCGACGAAGCCGGCGATGAGGTTGAGCAGTGAGGTCTTGCCGCTGCCGGAAGGCCCCAGGGCCACCAGCAGTTGGCGTGGTCCCAGGCTCAGGTTGATATCGGCCAGCACCCCGGTGCTgg < 6:307947/149‑1 (MQ=255) aTCGAGGGTGATGTGACCGCCACTGGGGGCGACGAAGCCGGCGATGAGGTTGAGCAGTGAGGTCTTGCCGCTGCCGGAAGGCCCCAGGGCCACCAGCAGTTGGCGTGGTCCCAGGCTCAGGTTGATATCGGCCAGCACCCCGGTGCTgg > 5:307947/1‑149 (MQ=255) gTGATGTGACCGCCACTGGGGGCGACGAAGCCGGCGATGAGGTTGAGCAGTGAGGTCTTGCCGCTGCCGGAAGGCCCCAGGGCCACCAGCAGTTGGCGTGGTCCCAGGCTCAGGTTGATATCGGCCAGCACCGGGGTGCTGGCGCCTgg < 2:164892/149‑1 (MQ=255) gacgaAGCCGGCGATGAGGTTGAGCAGTGAGGTCTTGCCGCTGCCGGAAGGCCCCAGGGCCACCAGCAGTTGGCGTGGTCCCAGGCTCAGGTTGATATCGGCCAGCACCGGGGTGCTGGCGCCTGGGTACTGTGCGCTGATGCGCTc > 1:154620/1‑147 (MQ=255) gaAGCCGGCGATGAGGTTGAGCAGTGAGGTCTTGCCGCTGCCGGAAGGCCCCAGGGCCACCAGCAGTTGGCGTGGTCCCAGGCTCAGGTTGATATCGGCCAGCACCGGGGTGCTGGCGCCTGGGTACTGTGCGCTGATGCGCTCCAGCt > 4:20985/1‑149 (MQ=255) ccGGCGATGAGGTTGAGCAGTGAGGTCTTGCCGCTGCCGGAAGGCCCCAGGGCCACCAGCAGTTGGCGTGGTCCCAGGCTCAGGTTGATATCGGCCAGCACCGGGGTGCTGGCGCCTGGGTACTGTGCGCTGATGCGCTCCAGCTCGAg < 7:194837/149‑1 (MQ=255) cGGCGATGAGGTTGAGCAGTGAGGTCTTGCCGCTGCCGGAAGGCCCCAGGGCCACCAGCAGTTGGCGTGGTCCCAGGCTCAGGTTGATATCGGCCAGCACCGGGGTGCTGGCGCCTGGGTACTGTGCGCTGATGCGCTCCAGCTCGAGc < 3:20985/149‑1 (MQ=255) cGATGAGGTTGAGCTGTTTGGTCTTGCCGCTGCCGTAAGGCCCCTGGGCCACCAGCAGTTGGCGTGGTCCCTGGCTCTGGTTGATATCGGCCAGCACCGGGGTGCTGGCGCCTGGGTACTGTGCGCTGAt < 2:353139/130‑1 (MQ=255) cGATGAGGTTGAGCAGTGAGGTCTTGCCGCTGCCGGAAGGCCCCAGGGCCACCAGCAGTTGGCGTGGTCCCAGGCTCAGGTTGATATCGGCCAGCACCGGGGTGCTGGCGCCTGGGTACTGTGCGCTGAt > 1:353139/1‑130 (MQ=255) gTTGAGCAGTGAGGTCTTGCCGCTGCCGGAAGACCCCAGGGCCACCAGCAGTTGGCGTGGTCCCAGGCTCAGGTTGATATCGGCCAGCACCGGGGTGCTGGCGCCTGGGTACTGTGCGCTGATGCGCTCCAGCTCGAGCAAGGCCATGa > 1:219486/1‑149 (MQ=255) tGAGGTCTTGCCGCTGCCGGAAGGCCCCAGGGCCACCAGCAGTTGGCGTGGTCCCAGGCTCAGGTTGATATCGGCCAGCACCggg < 1:200240/85‑1 (MQ=255) tGAGGTCTTGCCGCTGCCGGAAGGCCCCAGGGCCACCAGCAGTTGGCGTGGTCCCAGGCTCAGGTTGATATCGGCCAGCACCggg > 2:200240/1‑85 (MQ=255) gTCTTGCCGCTGCCGGAAGGCCCCAGGGCCACCAGCAGTTGGCGTGGTCCCAGGCTCAGGTTGATATCGGCCAGCACCGGGGTGCTGGCGCCTGGGTACTGTGCGCTGATGCGCTCCAGCTCGAGCAAGGCCATGACGGGCTCCGGAt > 1:5749/1‑148 (MQ=255) gCCGCTGCCGGAAGGCCCCAGGGCCACCAGCAGTTGGCGTGGTCCCAGGCTCAGGTTGATATCGGCCAGCACCGGGGTGCTGGCGCCTggg > 8:331569/1‑91 (MQ=255) gCCGCTGCCGGAAGGCCCCAGGGCCACCAGCAGTTGGCGTGGTCCCAGGCTCAGGTTGATATCGGCCAGCACCGGGGTGCTGGCGCCTggg < 7:331569/91‑1 (MQ=255) ccccAGGGCCACCAGCAGTTGGCGTGGTCCCAGGCTCAGGTTGATATCGGCCAGCACCGGGGTGCTGGCGCCTGGGTACTGTGCGCTGATGCGCTCCAGCTCGAGCAAGGCCATGACGGGCTCCGGATCAGTTTGGAAGGAACTTGgcg < 2:219486/149‑1 (MQ=255) ccAGGCCCACCAGCAGATGGCGTGGTCCCAGGCTCAGGTTGATATCGGCCAGCACCCGGGTCCTGGCGCCTGGGTACTGTGCGCTGAAGCGATCCAGCTCGAGCAAGGCCATGACGGGCTCAGGAACACTTAGGAAGCAACTAGGCGCt > 2:343071/1‑149 (MQ=255) 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gTGGTCCCAGGCTCAGGTTGATATCGGCCAGCACCGGGGTGCTGGCGCCTGGGTACTGTGCGCTGATGCGCTc > 8:12037/1‑73 (MQ=255) gTGGTCCCAGGCTCAGGTTGATATCGGCCAGCACCGGGGTGCTGGCGCCTGGGTACTGTGCGCTGATGCGCTc < 7:12037/73‑1 (MQ=255) ggTCCCAGGCTCAGGTTGATATCGGCCAGCACCGGGGTGCTGGCGCCTGGGTACTGTGCGCTGATGCGCTCCAGCTCGAGCAAGGCCATGACGGGCTCCGGATCAGTTTGGAAGGAACTTGGCGCTGACGTACGGCGAGTAGTCCGgca < 1:146913/149‑1 (MQ=255) gCTCAGGTTGATATCGGCCAGCACCGGGGTGCTGGCGCCTGGGTACTGTGCGCTGATGCGCTCCAGCTCGAGCAAGGCCATGACGGGCTCCGGATCAGTATGGAAGGAACTTGGCGCTGACGTACGGAGAGTAGTCCGGCAGCAGTGCt > 4:261542/1‑149 (MQ=255) tCAGGTTGATATCGGCCAGCACCGGGGTGCTGGCGCCTGGGTACTGTGCGCTGATGCGCTCCAGATCGAGCAAGGCCATGACGGGATCCGGATCAGTTTGGAAGGAACTTGGCGCTGACGTACGGCGAGTAGTCCGGCAGCACTGCTTc > 3:167553/1‑149 (MQ=255) aGGTTGATATCGGCCAGCACCGGGGTGCTGGCGCCTGGGTACTGTGCGCTGATGCGCTCCAGCTCGAGCAAGGCCATGACGGGCTCCGGATCAGTTTGGAAGGAACTTGGCGCTGACGTACGGCGAGTAGTCCGGCAGCACTGCTTc < 2:174666/147‑1 (MQ=255) tgttgttATCGGCCAGCACCGGGGGGCTGGCGCCTGGGTACTGTGCGCTGATGCGCTCCAGCTCGAGCAAGGCCATGACGGGCTCCGGATCAGTTTGGAAGGAACTTGGCGCTGACGTACGGCGAGTAGTCCGGCAGCACTGCTTCGAc < 4:167553/148‑1 (MQ=255) ccaggcgCCAGCACCCCGGTGCTGGCGCCTGGGTACTGTGCGCTGATGCGCTCCAGCTCGAGCAAGGCCATGACGGGCTCCGGATCAGTTTGGAAGGAACTTGGCGCTGACGTACGGCGAGTAGTCCGGCAGCACTGCTTCGa > 8:290960/7‑143 (MQ=255) ccaggcgCCAGCACCCCGGTGCTGGCGCCTGGGTACTGTGCGCTGATGCGCTCCAGCTCGAGCAAGGCCATGACGGGCTCCGGATCAGTTTGGAAGGAACTTGGCGCTGACGTACGGCGAGTAGTCCGGCAGCACTGCTTCGa < 7:290960/137‑1 (MQ=255) tCGGCCAGCACCGGGGTGCTGGCGCCTGGGTACTGTGCGCTGATGCGCTCCAGCTCGAGCAAGGCCATGACGGGCTCCGGATCAGTTTGGAAGGAACTTGGCGCTGACGTACGGCGAGTAGTCCGGCAGCACTGCTTCGACTTTGCCtt > 3:152673/1‑149 (MQ=255) ggcgCCAGCACCCCGGTGCTGGCGCCTGGGTACTGTGCGCTGATGCGCTCCAGCTCGAGCAAGGCCATGACGGGCTCCGGATCAGTTTggaa < 6:259377/89‑1 (MQ=255) ggcgCCAGCACCCCGGTGCTGGCGCCTGGGTACTGTGCGCTGATGCGCTCCAGCTCGAGCAAGGCCATGACGGGCTCCGGATCAGTTTggaa > 5:259377/4‑92 (MQ=255) cGGCCAGCACCGGGGTGCTGGCGCCTGGGTACTGTGCGCTGATGCGCTCCAGCTCGAGCAAGGCCATGACGGGCTCCGGATCAGTTTGGAAGGAACTTGGCGCTGACGTACGGCGAGTAGTCCGGCAGCACTGCTTCGACTTTGCCTtg > 5:231721/1‑149 (MQ=255) gCCAGCACCGGGGTGCTGGCGCCTGGGTACTGTGCGCTGATGCGCTCCAGCTCGAGCAAGGCCATGACGGGCTCCGGATCAGTTTGGAAGGAACTTGGCGCTGACGTACGGCGAGTAGTCCGGCAGCACTGCTTCGACTTTGCCTtgct > 4:323953/1‑149 (MQ=255) gCACCGGGGTGCTGGCGCCTGGGTACTGTGCGCTGATGCGCTCCAGCTCGAGCAAGGCCATGACGGGCTCCGGATCAGTTTGGAAGGAACTTGGCGCTGACGTACGGCGAGTAGTCCGGCAGCACTGCTTCGACTTTGCCTTGCTGCtt < 1:343071/149‑1 (MQ=255) aCCGGGGTGCTGGCGCCTGGGTACTGTGCGCTGATGCGCTCCAGCTCGAGCAAGGCCATGACGGGCTCCGGATCAGTTTGGAAGGAACTTGGCGCTGACGTACGGCGAGTAGTCCGGCAGCACTGCTTCGACTTTGCCTTGCTGCTTGa < 4:152673/149‑1 (MQ=255) cGGGGTGCTGGCGCCTGGGTACTGTGCGCTGATGCGCTCCAGCTCGAGCAAGGCCATGACGGGCTCCGGATCAGTTTGGAAGGAACTTGGCGCTGACGTACGGCGAGTAGTCCGGCAGCACTGCTTCGACTTTGCCTTGCTGCTTGAgg < 2:5749/149‑1 (MQ=255) | CGGCACACCATCGAGGGTGATGTGACCGCCACTGGGGGCGACGAAGCCGGCGATGAGGTTGAGCAGTGAGGTCTTGCCGCTGCCGGAAGGCCCCAGGGCCACCAGCAGTTGGCGTGGTCCCAGGCTCAGGTTGATATCGGCCAGCACCGGGGTGCTGGCGCCTGGGTACTGTGCGCTGATGCGCTCCAGCTCGAGCAAGGCCATGACGGGCTCCGGATCAGTTTGGAAGGAACTTGGCGCTGACGTACGGCGAGTAGTCCGGCAGCACTGCTTCGACTTTGCCTTGCTGCTTGAGG > NC_002947/286919‑287214 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |