Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,923,389 | C→T | 8.5% | A475A (GCG→GCA) | peaB ← | quinohemoprotein amine dehydrogenase modification protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,923,389 | 0 | C | T | 8.5% | 130.1 / 2.8 | 47 | A475A (GCG→GCA) | peaB | quinohemoprotein amine dehydrogenase modification protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (19/24); new base T (2/2); total (21/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.24e-01 |
CGTCCACCTCCCAGCCTGGGTCGGTAGTGGCCGTGCAGCCTGCCACCGCGCTCATTGCCATCACTTCTTCGACACGGTCTTCGGCGGCGGCCTGCTCCAGGATGCGCGCCTTGTTGTTCAGGGGCTTCAAGTGCTTCATGTCAATGCGCCTTCCGCGGGGTGATGTAGCGATCGATGAAGGCCGGGTTGACGGCCATGATGCGGCTGTAGACTTCAATGCCGAAGTCCACCCAGTCGCGCATCAGTTCGCAGTAGTGGTAAGTCGGGTGCTGCGGGTCGCCGTAGCGCGCA > NC_002947/3923243‑3923533 | cGTCCACCTCCCAGCCTGGGTCGGTAGTGGCCGTGCAGCCTGCCACCGCGCTCATTGCCATCACTTCTTCGACACGGTCTTCGGCGGCGGCCTGCTCCAGTATGCGCGCCTTGTTGTTCAGGGGCTTCAAGTGCTTCATGTCAATgcgc < 2:80393/149‑1 (MQ=255) ccAGCCTGGGTCGGTAGTGGCCGTGCAGCCTGCCACCGCGCTCATTGCCATCACTTCTTCGACACGGTCTTCGGCGGCGGCCTGCTCCAGGATGCGCGCCTTGTTGTTCAGGGGCTTCAAGTGCTTCATGTCAATGCGCCTTCcgcg < 1:57991/147‑1 (MQ=255) ccAGCCTGGGTCGGTAGTGGCCGTGCAGCCTGCCACCGCGCTCATTGCCATCACTTCTTCGACACGGTCTTCGGCGGCGGCCTGCTCCAGGATGCGCGCCTTGTTGTTCAGGGGCTTCAAGTGCTTCATGTCAATGCGCCTTCCGCggg < 2:16442/149‑1 (MQ=255) aGCCTGGGTCGGTAGTGGCCGTGCAGCCTGCCACCGCGCTCATTGCCATCACTTCTTCGACACGGTCTTCGGCGGCGGCCTGCTCCAGGATGCGCGCCTTGTTGTTCAGGGGCTTCAAGTGCTTCATGTCAATGCGCCTTCCGCGGGGt < 1:29187/149‑1 (MQ=255) gCCTGGGTCGGTAGTGGCCGTGCAGCCTGCCACCGCGCTCATTGCCATCACTTCTTCGACACGGTCTTCGGCGGCGGCCTGCTCCAGGATGCGCGCCTTGTTGTTCAGGGGCTTCAAGTGCTTCATGTCAATGCGCCTTCCGCGGGGTg < 2:98981/149‑1 (MQ=255) gTCGGTAGTGGCCGTGCAGCCTGCCACCGCGCTCATTGCCATCACTTCTTCGACACGGTCTTCGGCGGCGGCCTGCTCCAGGATGCGCGCCTTGTTGTTCAGGGGCTTCAAGTGCTTCATGTCAATGCGCCTTCCGCggg < 8:181161/140‑1 (MQ=255) gTCGGTAGTGGCCGTGCAGCCTGCCACCGCGCTCATTGCCATCACTTCTTCGACACGGTCTTCGGCGGCGGCCTGCTCCAGGATGCGCGCCTTGTTGTTCAGGGGCTTCAAGTGCTTCATGTCAATGCGCCTTCCGCggg > 7:181161/1‑140 (MQ=255) tCGGTAGTGGCCGTGCAGCCTGCCACCGCGCTCATTGCCATCACTTCTTCGACACGGTCTTCGGCGGCGGCCTGCTCCAGGATGCGCGCCTTGTTGTTCAGGGGCTTCAAGTGCTTCATGTCAATGTGCCTTCCGCGGGGTGATGTAGc > 7:101787/1‑149 (MQ=255) tCGGTAGTGGCCGTGCAGCCTGCCACCGCGCTCATTGCCATCACTTCTTCGACACGGTCTTCGGCGGCGGCCTGCTCCAGGATGCGCGCCTTGTTGTTCAGGGGCTTCAAGTGCTTCATGTCAATGTGCCTTCCGCGGGGTGATGTAGc > 7:106845/1‑149 (MQ=255) tCGGTAGTGGCCGTGCAGCCTGCCACCGCGCTCATTGCCATCACTTCTTCGACACGGTCTTCGGCGGCGGCCTGCTCCAGGATGCGCGCCTTGTTGTTCAGGGGCTTCAAGTGCTTCATGTCAATGCGCCTTCCGCGGGGTGATGTAGc < 1:8194/149‑1 (MQ=255) gTAGTGGCCGTGCAGCCTGCCACCGCGCTCATTTCCATCACTTCTTCGACACGGTCTTCGGCGGCGGCCTGCTCCAGGATGCGCGCCTTGTTGTTCAGGGGCTTCAAGTGCTTCATGTCAATGCGCCTTCCGCGGGGTGATGTAGcgat < 8:176036/149‑1 (MQ=255) gTAGTGGCCGTGCAGCCTGCCACCGCGCTCATTGCCATCACTTCTTCGACACGGTCTTCGGCGGCGGCCTGCTCCAGGATCCGCGCCTGGTTCTTCAGGGGCTTCAAGTGCTTCATCTCAATCCGCCTTCCGCGGGGTGATGTAGcgat < 6:1321/149‑1 (MQ=255) gCCGTGCAGCCTGCCACCGCGCTCATTGCCATCACTTCTTCGACACGGTCTTCTGCGGCGGCCTGCTCCAGGATGCGCGCCTTGTTGTTCAGGGGCTTCAAGTGCTTCATGTCAATGTGCCTTCCGCGGGGTGATGTAGCGATCGATGa < 8:106845/149‑1 (MQ=255) gCCGTGCAGCCTGCCACCGCGCTCATTGCCATCACTTCTTCGACACGGTCTTCCGCGGCGGCCTGCTCCAGGATGCGCGCCTTGTTGTTCAGGGGCTTCAAGTGCTTCATGTCAATGTGCCTTCCGCGGGGTGATGTAGCGATCGATGa < 8:101787/149‑1 (MQ=255) ccGTGCAGCCTGCCACCGCGCTCATTGCCATCACTTCTTCGACACGGTCTTCGGCGGCGGCCTGCTCCAGGATGCGCGCCTTGTTGTTCAGGGGCTTCAAGTGCTTCATGTCAATGCGCCTTCCGCGGGGTGATGTAGCGATCGATGaa < 1:100093/149‑1 (MQ=255) ccGTGCAGCCTGCCACCGCGCTCATTGCCATCACTTCTTCGACACGGTCTTCGGCGGCGGCCTGCTCCAGGATGCGCGCCTTGTTGTTCAGGGGCTTCAAGTGCTTCATGTCAATGCGCCTTCCGCGGGGTGATGTAGCGATCGATGaa < 1:104363/149‑1 (MQ=255) cAGCCTGCCACCGCGCTCATTGCCATCACTTCTTCGACACGGTCTTCGGCGGCGGCCTGCTCCAGGATGCGCGCCTTGTTGTTCAGGGGCTTCAAGTGCTTCATGTCAATGCGCCTTCCGCggg > 7:330615/1‑124 (MQ=255) cAGCCTGCCACCGCGCTCATTGCCATCACTTCTTCGACACGGTCTTCGGCGGCGGCCTGCTCCAGGATGCGCGCCTTGTTGTTCAGGGGCTTCAAGTGCTTCATGTCAATGCGCCTTCCGCggg < 8:330615/124‑1 (MQ=255) gCCTGCCACCGCGCGCATTGCCATCACTTCTTCGACACGGTCTTCGGCGGCGGCCTGCTCCAGGATGCGCGCCTTGTTGTTCAGGGGCTTCAAGTGCTTCATGGCAATGCGCCTTCCGCGGGGTGATGTAGCGATCGATGAAGGCCggg < 3:41127/149‑1 (MQ=255) ccTGCCACCGCGCTCATTGCCATCACTTCTTCGACACGGTCTTCGGCGGCGGCCTGCTCCAGGATGCGCGCCTTGTTGTTCAGGGGCTTCAAGTGCTTCATGTCAATGCGCCTTCCGCGGGGTGATGTAGCGATCGATGAAGGCCGGGt > 3:3339/1‑149 (MQ=255) tGCCACCGCGCTCATTGCCATCACTTCTTCGACACGGTCTTCGGCGGCGGCCTGCTCCAGGATGCGCGCCTTGTTGTTCAGGGGCTTCAAGTGCTTCATGTCAATGCGCCTTCCGCGGGGTGATGTAGCGATCGATGAAGGCCGGGtt > 5:301593/1‑148 (MQ=255) ccACCGCGCTCATTGCCATCACTTCTTCGACACGGTCTTCGGCGGCGGCCTGCTCCAGGATGCGCGCCTTGTTGTTCAGGGGCTTCAAGTGCTTCATGTCAATGCGCCTTCCGCGGGGTGATGTAGCGATCGATGAAGGCCGGGTTGAc > 1:21469/1‑149 (MQ=255) ccACCGCGCTCATTGCCATCACTTCTTCGACACGGTCTTCGGCGGCGGCCTGCTCCAGGATGCGCGCCTTGTTGTTCAGGGGCTTCAAGTGCTTCATGTCAATGCGCCTTCCGCGGGGTGATGTAGCGATCGATGAAGGCCGGGTTGAc < 4:210998/149‑1 (MQ=255) cACCGCGCTCATTGCCATCACTTCTTCGACACGGTCTTCGGCGGCGGCCTGCTCCAGGATGCGCGCCTTGTTGTTCAGGGGCTTCAAGTGCTTCATGTCAATGCGCCTTCCGCGGGGTGATGTAGCGATCGATGAAGGCCGGGTTGACg > 2:152149/1‑149 (MQ=255) aTTGCCATCACTTCTTCGACACGGTCTTCGGCGGCGGCCTGCTCCAGGATGCGCGCCTTGTTGTTCAGGGGCTTCAAGTGCTTCATGTCAATGCGCCTTCCGCGGGGTGATGTAGCGATCGATGAAGGCCGGGTTGCCGGc > 1:233263/1‑141 (MQ=255) aTTGCCATCACTTCTTCGACACGGTCTTCGGCGGCGGCCTGCTCCAGGATGCGCGCCTTGTTGTTCAGGGGCTTCAAGTGCTTCATGTCAATGCGCCTTCCGCGGGGTGATGTAGCGATCGATGAAGGCCGGGTTGACGGc < 2:233263/141‑1 (MQ=255) aTTGCCATCACTTCTTCGACACGGTCTTCGGCGGCGGCCTGCTCCAGGATGCGCGCCTTGTTGTTCAGGGGCTTCAAGTGCTTCATGTCAATGCGCCTTCCGCGGGGTGATGTAGCGATCGATGAAGGCCGGGTTGACGGCCATGATGc < 1:152149/149‑1 (MQ=255) gCCATCACTTCTTCGACACGGTCTTCGGCGGCGGCCTGCTCCAGGATGCGCGCCTTGTTGTTCAGGGGCTTCAAGTGCTACATGTCAATGCGCCTTCCGCGGGGTGATGTAGCGATCGATGAAGGCCGGGTTGACGGCCATGATGCgg < 4:173518/148‑1 (MQ=255) ccATCACTTCTTCGACACGGTCTTCGGCGGCGGCCTGCTCAAGGATGCGCGCCTTGTTGTTCAGGGGCTTCAAGTGATTCATGTCAATGCGCCTTCAGAGGGGTGATGTAGCGATCGATGaa > 2:306464/1‑122 (MQ=255) aTCACTTCTTCGACACGGTCTTCGGCGGCGGCCTGCTCCAGGATGCGCGCCTTGTTGTTCAGGGGCTTCAAGTGCTTCATGTCAATGCGCCTTCCGCGGGGTGATGTAGCGATCGATGAAGGCCGGGTTGACGGCCATGATGCGGCTg > 5:140494/1‑148 (MQ=255) tCACTTCTTCGACACGGTCTTCGGCGGCGGCCTGCTCCAGGATGCGCGCCTTGTTGTTCAGGGGCTTCAAGTGCTTCATGTCAATGCGCCTTCCGCGGGGTGATGTAGCGATCGATGAAGGCCGGGTTGACGGCCa > 2:65508/1‑136 (MQ=255) tCACTTCTTCGACACGGTCTTCGGCGGCGGCCTGCTCCAGGATGCGCGCCTTGTTGTTCAGGGGCTTCAAGTGCTTCATGTCAATGCGCCTTCCGCGGGGTGATGTAGCGATCGATGAAGGCCGGGTTGACGGCCa < 1:65508/136‑1 (MQ=255) ggTCTTCGGCGGCGGCCTGCTCCAGGATGCGCGCCTTGTTGTTCAGGGGCTTCAAGTGCTTCATGTCAATGCGCCTTCCGCGGGGTGATGTAGCGATCGATGAAGGCCGGGt < 4:139613/112‑1 (MQ=255) ggTCTTCGGCGGCGGCCTGCTCCAGGATGCGCGCCTTGTTGTTCAGGGGCTTCAAGTGCTTCATGTCAATGCGCCTTCCGCGGGGTGATGTAGCGATCGATGAAGGCCGGGt > 3:139613/1‑112 (MQ=255) ggTCTTCGGCGGCGGCCTGCTCCAGGATGCGCGCCTTGTTGTTCAGGGGCTTCAAGTGCTTCATGTCAATGCGCCTTCCGCGGGGTGATGTAGCGATCGATGAAGGCCGGGTTGACGGCCATGATGCGGCTGTAGACTTCAATGCCGaa < 6:301593/149‑1 (MQ=255) ggTCTTCGGCGGCGGCCTGCTCCAGGATGCGCGCCTTGTTGTTCAGGGGCTTCAAGTGCTTCATGTCAATGCGCCTTCCGCGGGGTGATGTAGCGATCGATGAAGGCCGGGTTGACGGCCATGATGCGGCTGTAGACTTCAATGCCGaa < 2:21469/149‑1 (MQ=255) gcggcggcCTGCTCCAGGATGCGCGCCTTGTTGTTCAGGGGCTTCAAGTGCTTCATGTCAATGCGCCTTCCGCGGGGTGATGTAGCGATCGATGAAGGCCGGGTTGACGGCCATGATGCGGCTGTAGACTTCAATGCCGAAGTCCAcc > 6:150390/1‑148 (MQ=255) cggcCTGCTCCAGGATGCGCGCCTTGTTGTTCAGGGGCTTCAAGTGCTTCATGTCAATGCGCCTTCCGCGGGGTGATGTAGCGATCGATGAAGGCCGGGTTGACGGCCATGATGCGGCTGTAGACTTCAATGCCGAAGTCCACCCAGTc < 5:150390/149‑1 (MQ=255) gcCTGCTCCAGGATGCGCGCCTTGTTGTTCAGGGGCTTCAAGTGCTTCATGTCAATGCGCCTTCCGCGGGGTGATGTAGCGATCGATGAAGGCCGGGTTGACGGCCATGATGCGGCTGTAGACTTCAATGCCGAAGTCCACCCAGTcgc > 3:313847/1‑149 (MQ=255) gATGCGCGCCTTGTTGTTCAGGGGCTTCAAGTGCTTCATGTCAATGCGCCTTCCGCGGGGTGATGTAGCGATCGATGAAGGCCGGGTTGACGGCCATGATGCGGCTGTAGACTTCAATGCCGAAGTCCACCCAGTCGCGCATCAGTTCg > 8:11556/1‑149 (MQ=255) gcgcCTTGTTGTTCAGGGGCTTCAAGTGCTTCATGTCAATGCGCCTTCCGCGGGGTGATGTAGCGATCGATGAAGGCCGGGTTGACGGCCATGATGCGGCTGTAGACTTCAATGCCGAAGTCCACCCAGTCGCGCATCAGTTCGCag > 4:281960/1‑147 (MQ=255) ccTTGTTGTTCAGGGGCTTCAAGTGCTTCATGTCAATGCGCCTTCCGCGGGGTGATGTAGCGATCGATGAAGGCCGGGTTGACGGCCATGATGCGGCTGTAGACTTCAATGCCGAAGTCCACCCAGTCGCGCATCAGTTCGCAGTAGTg < 7:11556/149‑1 (MQ=255) cTTGTTGTTCAGGGGCTTCAAGTGCTTCATGTCAATGCGCCTTCCGCGGGGTGATGTAGCGATCGATGAAGGCCGGGTTGACGGCCATGATGCGGCTGTAGACTTCAATGCCGAAGTCCACCCAGTCGCGCATCAGTTCGCAGTAGTgg > 1:93578/1‑149 (MQ=255) tCAGGGGCTTCAAGTGCTTCATGTCAATGCGCCTTCCGCGGGGTGATGTAGCGATCGATGAAGGCCGGGTTGACGGCCATGATGCGGCTGTAGACTTCAATGCCGAAGTCCACCCAGTCGCGCATCAGTTCGCAGTAGTGGTAAGTCgg > 4:126306/1‑149 (MQ=255) cAGGGGCTTCAAGTGCTTCATGTCAATGCGCCTTCCGCGGGGTGATGTAGCGATCGATGAAGGCCGGGTTGACGGCCATGATGCGGCTGTAGACTTCAATGCCGAAGTCCACCCAGTCGCGCATCAGTTCGCAGTAGTGGTAAGTCggg > 5:186651/1‑149 (MQ=255) aGGGGCTTCAAGTGCTTCATGTCAATGCGCCTTCCGCGGGGTGATGTAGCGATCGATGAAGGCCGGGTTGACGGCCATGATGCGGCTGTAGACTTCAATGCCGAAGTCCACCCAGTCGCGCATCAGTTCGCAGTAGTGGTAAGTCGGGt < 3:126306/149‑1 (MQ=255) cTTCAAGTGCTTCATGTCAATGCGCCTTCCGCGGGGTGATGTAGCGATCGATGAAGGCCGGGTTGACGGCCATGATGCGGCTGTAGACTTCAATGCCGAAGTCCACCCAGTCGCGCATCAGTTCGCAGTAGTGGTAAGTCGGGtgctgc < 4:3339/149‑1 (MQ=255) aaTGCGCCTTCCGCGGGGTGATGTAGCGATCGATGAAGGCCGGGTTGACGGCCATGATGCGGCTGTAGACTTCAATGCCGAAGTCCACCCAGTCGCGCATCAGTTCGCAGTAGTGGTAAGTCGGGTGCTGCGGGTCGCCGTAGCGCGCa > 6:316716/1‑149 (MQ=255) | CGTCCACCTCCCAGCCTGGGTCGGTAGTGGCCGTGCAGCCTGCCACCGCGCTCATTGCCATCACTTCTTCGACACGGTCTTCGGCGGCGGCCTGCTCCAGGATGCGCGCCTTGTTGTTCAGGGGCTTCAAGTGCTTCATGTCAATGCGCCTTCCGCGGGGTGATGTAGCGATCGATGAAGGCCGGGTTGACGGCCATGATGCGGCTGTAGACTTCAATGCCGAAGTCCACCCAGTCGCGCATCAGTTCGCAGTAGTGGTAAGTCGGGTGCTGCGGGTCGCCGTAGCGCGCA > NC_002947/3923243‑3923533 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |