| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,006,596 | G→C | 9.3% | A427G (GCC→GGC) | PP_3535 ← | gamma‑glutamyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,006,596 | 0 | G | C | 9.3% | 164.2 / 7.1 | 54 | A427G (GCC→GGC) | PP_3535 | gamma‑glutamyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (26/23); new base C (3/2); total (29/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.67e-01 | |||||||||||
TTTGCCCGGCTGCACCCGATTGGCCACAGGCTTGCCGTGCTCGTGGGGGATGAACGAGAAGTCGGTCAGCTGATTGTTGAGCAGGAAGCCCTTGACCATCAGGTGCGAGCCAAATGCGGCCTCCACCGAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGTTGTCATCCACCGCACTGAGGTGAGAGGTGGAGATGCGCAGTGGCGAGCGGTCGGGCGCAAGCGCCAGGTCCGCTCCTTGCGGCTGGCCCGGACGGGCGCGCTTCATGCTGTGCTCGCCGATCAGCGCCGCGC > NC_002947/4006451‑4006737 | tttGCCCGGCTGCACCCGATTGGCCACAGGCTTGCCGTGCTCGTGGGGGATGAACGAGAAGTCGGTCAGCTGATTGTTGAGCAGGAAGCCCTTGACCATCAGGTGCGAGCCAAATGCGGCCTCCACCGAGGTGGTCATGGCCAggg < 4:74761/146‑1 (MQ=255)tttGCCCGGCTGCACCCGATTGGCCACAGGCTTGCCGTGCTCGTGGGGGATGAACGAGAAGTCGGTCAGCTGATTGTTGAGCAGGAAGCCCTTGACCATCAGGTGCGAGCCAAATGCGGCCTCCACCGAGGTGGTCATGGCCAGGGcag > 3:74761/1‑147 (MQ=255) ccGGCTGCACCCGATTGGCCACAGGCTTGCCGTGCTCGTGGGGGATGAACGAGAAGTCGGTCAGCTGATTGTTGAGCAGGAAGCCCTTGACCATCAGGTGCGAGCCAAATGCGGCCTCCACCGAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCg > 3:235687/1‑149 (MQ=255) cACCCGATTGGCCACAGGCTTGCCGTGCTCGTGGGGGATGAACGAGAAGTCGGTCAGCTGATTGTTGAGCAGGAAGCCCTTGACCATCAGGTGCGAGCCAAATGCGGCCTCCACCGAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGTTGTc < 3:76867/147‑1 (MQ=255) cACCCGATTGGCCACAGGCTTGCCGTGCTCGTGGGGGATGAACGAGAAGTCGGTCAGCTGATTGTTGAGCAGGAAGCCCTTGACCATCAGGTGCGAGCCAAATGCGGCCTCCACCGAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGTTGTc < 3:192808/147‑1 (MQ=255) cGATTGGCCACAGGCTTGCCGTGCTCGTGGGGGATGAACGAGAAGTCGGTCAGCTGATTGTTGAGCAGGAAGCCCTTGACCATCAGGTGCGAGCCAAATGCGGCCTCCACCGAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGTTGTCATCCa < 8:314883/148‑1 (MQ=255) cGATTGGCCACAGGCTTGCCGTGCTCGTGGGGGATGAACGAGAAGTCGGTCAGCTGATTGTTGAGCAGGAAGCCCTTGACCATCAGGTGCGAGCCAAATGCGGCCTCCACCGAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGTTGTCATCCa > 7:314883/1‑148 (MQ=255) gATTGGCCACAGGCTTGCCGTGCTCGTGGGGGATGAACGAGAAGTCGGTCAGCTGATTGTTGAGCAGGAAGCCCTTGACCATCAGGTGCGAGCCAAATGCGGCCTCCACCGAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGTTGTCATCCAcc > 4:72076/1‑149 (MQ=255) cacaGGCTTGGCGAGCTAGTTGGGGATGAACGAGAAGTCGGTCAGCTGATTGTTGAGCAGGAAGCCCTTGACAATAAGGTGCGAGCCAAATGCGGCCTCAACAGAGGTGGTCATGGCCAGGGACTGGACATTGTCATGCAGCGCACt > 6:341621/1‑147 (MQ=255) 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3:48970/1‑136 (MQ=255) gATGAACGAGAAGTCGGTCAGCTGATTGTTGAGCAGGAAGCCCTTGACCATCAGGTGCGAGCCAAATGCGGCCTCCACCGAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGTTGTCATCCACCGCACTGAGGTGAGAGGTg < 4:48970/136‑1 (MQ=255) gAACGAGAAGTCGGTCAGCTGATTGTTGAGCAGGAAGCCCTTGACCATCAGGTGCGAGCCAAATGCGGCCTCCACCGAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGTTGTCATCCACCGCACTGAGGTGAGAGGTGGAGATGCGCAGTg < 6:171871/146‑1 (MQ=255) gAACGAGAAGTCGGTCAGCTGATTGTTGAGCAGGAAGCCCTTGACCATCAGGTGCGAGCCAAATGCGGCCTCCACCGAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGTTGTCATCCACCGCACTGAGGTGAGAGGTGGAGATGCGCAGTg > 5:171871/1‑146 (MQ=255) gAACGAGAAGTCGGTCAGCTGATTGTTGAGCAGGAAGCCCTTGACCATCAGGTGCGAGCCAAATGCGGCCTCCACCGAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGTTGTCATCCACCGCACTGAGGTGAGAGGTGGAGATGCGCAGTGGc > 4:81467/1‑148 (MQ=255) gAACGAGAAGTCGGTCAGCTGATTGTTGAGCAGGAAGCCCTTGACCATCAGGTGCGAGCCAAATGCGGCCTCCACCGAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGTTGTCATCCACCGCACTGAGGTGAGAGGTGGAGATGCGCAGTGGc > 4:76551/1‑148 (MQ=255) 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4:95964/128‑1 (MQ=255) aGCTGATTGTTGAGCAGGAAGCCCTTGACCATCAGGTGCGAGCCAAATGCGGCCTCCACCGAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGTTGTCATCCACCGCACTGAGGTGAGAGGTGGAGATGCGCAGTGGCGAGCGGTCGGGCGCAAg > 8:25022/1‑149 (MQ=255) aGGAAGCCCTTGACCATCAGGTGCGAGCCAAATGCGGCCTCCACCGAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGTTGTCATCCACCGCACTGAGGTGAGAGGTGGAGATGCGCAGTGGCGAGCGGTCGGGCGCAAGCGCCAgg < 8:280476/141‑1 (MQ=255) aGGAAGCCCTTGACCATCAGGTGCGAGCCAAATGCGGCCTCCACCGAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGTTGTCATCCACCGCACTGAGGTGAGAGGTGGAGATGCGCAGTGGCGAGCGGTCGGGCGCAAGCGCCAgg > 7:280476/1‑141 (MQ=255) cTTGACCATCAGGTGCGAGCCAAATGCGGCCTCCACCGAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGTTGTCATCCACCGCACTGAGGTGAGAGGTGGAGATGCGCAGTGGCGAGCGGTCGGGCGCAAgc > 8:147981/1‑127 (MQ=255) cTTGACCATCAGGTGCGAGCCAAATGCGGCCTCCACCGAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGTTGTCATCCACCGCACTGAGGTGAGAGGTGGAGATGCGCAGTGGCGAGCGGTCGGGCGCAAgc < 7:147981/127‑1 (MQ=255) gCGAGCCAAATGCGGCCTCCACCGAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGTTGTCATCCACCGCACTGAGGTGAGAGGTGGAGATGCGCAGTGGCGAGCGGTCGGGCGCAAGCGCCAGGTCCGCTCCTTGCGGCTGGCCCGGACGGgcg > 5:252389/1‑149 (MQ=255) cGAGCCAAATGCGGCCTCCACCGAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGTTGTCATCCACCGCACTGAGGTGAGAGGTGGAGATGCGCAGTGGCGAGCGGTCGGGCGCAATCGCCAGGTCCGCTCCTTGCGGCTGGCCCGGACGGgcgc < 7:25022/149‑1 (MQ=255) gAGCCAAATGCGGCCTCCACCGAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGTTGTCATCCACCGCACTGAGGTGAGAGGTGGAGATGCGCAGTGGCGAGCGGTCGGGCGCAAGCGCCAGGTCCGCTCCTTGCGGCTGGCCCGGACGGgcgcg < 3:103640/149‑1 (MQ=255) ccAAATGCGGCCTCCACCGAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGTTGTCATCCACCGCACTGAGGTGAGAGGTGGAGATGCGCAGCGGCGAGCGGTCGGGCGCAAGCGCCAGGTCCGCTc < 8:135830/121‑1 (MQ=255) ccAAATGCGGCCTCCACCGAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGTTGTCATCCACCGCACTGAGGTGAGAGGTGGAGATGCGCAGCGGCGAGCGGTCGGGCGCAAGCGCCAGGTCCGCTc > 7:135830/1‑121 (MQ=255) tCCACCGAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGTTGTCATCCACCGCACTGAGGTGAGAGGTGGAGATGCGCAGTGGCGAGCGGTCGGGCGCAAGCGCCAGGTCCGCTCCTTGCGGCTGGCCCGGACGGGCGCGCTTCATGCTGTGc < 7:63913/147‑1 (MQ=255) tCCACCGAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGTTGTCATCCACCGCACTGAGGTGAGAGGTGGAGATGCGCAGTGGCGAGCGGTCGGGCGCAAGCGCCAGGTCCGCTCCTTGCGGCTGGCCCGGACGGGCGCGCTTCATGCTGTGc > 8:63913/1‑147 (MQ=255) ccGAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGTTGTCATCCACCGCACTGAGGTGAGAGGTGGAGATGCGCAGTGGCGAGCGGTCGGGCGCAAGCGCCAGGTCCGCTCCTTGCGGCTGGCCCGGACGGGCGCGCTTCATGCTGTGCTCGCCg < 3:81467/149‑1 (MQ=255) ccGAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGTTGTCATCCACCGCACTGAGGTGAGAGGTGGAGATGCGCAGTGGCGAGCGGTCGGGCGCAAGCGCCAGGTCCGCTCCTTGCGGCTGGCCCGGACGGGCGCGCTTCATGCTGTGCTCGCCg < 3:76551/149‑1 (MQ=255) gAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGTTGTCATCCACCGCACTGAGGTGAGAGGTGGAGATGCGCAGTGGCGAGCGGTCGGGCGCAAGCGCCAGGTCCGCTCCTTGc > 5:57328/1‑108 (MQ=255) gAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGTTGTCATCCACCGCACTGAGGTGAGAGGTGGAGATGCGCAGTGGCGAGCGGTCGGGCGCAAGCGCCAGGTCCGCTCCTTGc < 6:57328/108‑1 (MQ=255) aGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGTTGTCATCCACCGCACTGAGGTGAGAGGTGGAGATGCGCAGTGGCGAGCGGTCGGGCGCAAGCGCCAGGTCCGCTCCTTGCGGCTGGCCCGGACGGGCGCGCTTCATGCTGTGCTCGCCGATc < 4:235687/149‑1 (MQ=255) gtggtCATGGCCAGGGCCTGGCCGTTGTCATCCACCGCACTGAGGTGAGAGGTGGAGATGCGCAGTGGCGAGCGGTCGGGCGCAAGCGCCAg > 3:168012/1‑92 (MQ=255) 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TTTGCCCGGCTGCACCCGATTGGCCACAGGCTTGCCGTGCTCGTGGGGGATGAACGAGAAGTCGGTCAGCTGATTGTTGAGCAGGAAGCCCTTGACCATCAGGTGCGAGCCAAATGCGGCCTCCACCGAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGTTGTCATCCACCGCACTGAGGTGAGAGGTGGAGATGCGCAGTGGCGAGCGGTCGGGCGCAAGCGCCAGGTCCGCTCCTTGCGGCTGGCCCGGACGGGCGCGCTTCATGCTGTGCTCGCCGATCAGCGCCGCGC > NC_002947/4006451‑4006737 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |