| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,535,661 | T→C | 8.9% | intergenic (+188/‑627) | PP_4022 → / → PP_4024 | hypothetical protein/transposase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,535,661 | 0 | T | C | 8.9% | 152.9 / 4.7 | 56 | intergenic (+188/‑627) | PP_4022/PP_4024 | hypothetical protein/transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (27/24); new base C (2/3); total (29/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.64e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGGCATTACCATAGCCGCTAACTGTAGCGTTTGTGCTGCCGACCAACTGCCTGAAGCCTCCCATGCCCTTCGAACTCACCGTAGAACCCCTTACCCTCCTCATCCTGGCGCTGGTCGCCTTCGTCGCTGGATTCATCGACGCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCTGCTCACCACTCCGGCCCTGCTCACTGCCGGCATGCCGCCGCACCTGGTACTGGGCACCAACAAGCTCAGTTCCACCTTCGGCTCGGCCACTGCAGGTTTCACCTACTACAAACGCAAACTGTTCCATCC > NC_002947/4535517‑4535808 | tGGCATTACCATAGCCGCTAACTGTAGCGTTTGTGCTGCCGACCAACTGTCTGAAGCCTCCCATGCCCTTCGAACTCACCGTAGAACCCCTTACCCTCCTCATCCTGGCGCTGGTCGCCTTCGTCGCTGGATTCATCGCCGCCACCggc > 8:186180/1‑147 (MQ=255)tGGCATTACCATAGCCGCTAACTGTAGCGTTTGTGCTGCCGACCAACTGTCTGAAGCCTCCCATGCCCTTCGAACTCACCGTAGAACCCCTTACCCTCCTCATCCTGGCGCTGGTCGCCTTCGTCGCTGGATTCATCGCCGCCACCggc > 8:191403/1‑147 (MQ=255) ggCATTACCATAGCCGCTAACTGTAGCGTTTGTGCTGCCGACCAACTGCCTGAAGCCTCCCATGCCCTTCGAACTCACCGTAGAACCCCTTACCCTCCTCATCCTGGCGCTGGTCGCCTTCGTCGCTGGATTCATCGACGCCATCGCCg > 2:75334/1‑149 (MQ=255) aTTACCATAGCCGCTAACTGTAGCGTTTGTGCTGCCGACCAACTGCCTGAAGCCTCCCATGCCCTTCGAACTCACCGTAGAACCCCTTACCCTCCTCATCCTGGCGCTGGTCGCCTTCGTCGCTGGATTCATCGACGCCATCGCCGGTg < 5:288175/149‑1 (MQ=255) aTAGCCGCTAACTGTAGCGTTTGTGCTGCCGACCAACTGCCTGAAGCCTCCCATGCCCTTCGAACTCACCGTAGAACCCCTTACCCTCCTCATCCTGGCGCTGGTCGCCTTCGTCGCTGGATTCATCGACGCCATCGCCGGTggcggcg > 4:28849/1‑149 (MQ=255) tAGCCGCTAACTGTAGCGTTTGTGCTGCCGACCAACTGTCTGAAGCCTCCCATGCCCTTCGAACTCACCGTAGAACCCCTTACCCTCCTCATCCTGGCGCTGGTCGCCTTCGTCGCTGGATTCATCGCCGCCACCGGCGATggcgtcga < 7:191403/149‑2 (MQ=255) tAGCCGCTAACTGTAGCGTTTGTGCTGCCGACCAACTGTCTGAAGCCTCCCATGCCCTTCGAACTCACCGTAGAACCCCTTACCCTCCTCATCCTGGCGCTGGTCGCCTTCGTCGCTGGATTCATCGCCGCCACCGGCGATggcgtcga < 7:186180/149‑2 (MQ=255) tAGCCGCTAACTGTAGCGTTTGTGCTGCCGACCAACTGCCTGAAGCCTCCCATGCCCTTCGAACTCACCGTAGAACCCCTTACCCTCCTCATCCTGGCGCTGGTCGCCTTCGTCGCTGGATTCATCGACGCCATCGCCGGTggcggcgg > 5:11097/1‑149 (MQ=255) aGCCGCTAACTGTAGCGTTTGTGCTGCCGACCAACTGCCTGAAGCCTCCCATGCCCTTCGAACTCACCGTAGAACCCCTTACCCTCCTCATCCTGGCGCTGGTCGCCTTCGTCGCTGGATTCATCGACGCCACCGGCGATggcgtcgat < 7:136422/149‑3 (MQ=255) gCCGCTAACTGTAGCGTTTGTGCTGCCGACCAACTGCCTGAAGCCTCCCATGCCCTTCGAACTCACCGTAGAACCCCTTACCCTCCTCATCCTGGCGCTGGTCGCCTTCGTCGCTGGATTCATCGACGCCATCGCCGGTggcggcggc < 6:11097/148‑1 (MQ=255) tAGCGTTTGTGCTGCCGACCAACTGCCTGAAGCCTCCCATGCCCTTCGAACTCACCGTAGAACCCCTTACCCTCCTCATCCTGGCGCTGGTCGCCTTCGTCGCTGGATTCATCGACGCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCTGCTCACCACt > 3:156660/1‑149 (MQ=255) tttGTGCTGCCGACCAACTGCCTGAAGCCTCCCATGCCCTTCGAACTCACCGTAGAACCCCTTACCCTCCTCATCCTGGCGCTGGTCGCCTTCGTCGCTGGATTCATCGACGCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCTGCTCACCACTCCGGc > 5:16804/1‑149 (MQ=255) gtgCTGCCGACCAACTGCCTGAAGCCTCCCATGCCCTTCGAACTCACCGTAGAACCCCTTACCCTCCTCATCCTGGCGCTGGTCGCCTTCGTCGCTGGATTCATCGACGCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCTGCTc < 3:129109/135‑1 (MQ=255) gtgCTGCCGACCAACTGCCTGAAGCCTCCCATGCCCTTCGAACTCACCGTAGAACCCCTTACCCTCCTCATCCTGGCGCTGGTCGCCTTCGTCGCTGGATTCATCGACGCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCTGCTc > 4:129109/1‑135 (MQ=255) gtgCTGCCGACCAACTGCCTGAAGCCTCCCATGCCCTTCGAACTCACCGTAGAACCCCTTACCCTCCTCATCCTGGCGCTGGTCGCCTTCGTCGCTGGATTCATCGACGCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCTGCTCACCACTCCGGccc < 6:335373/148‑1 (MQ=255) tgctgcCGACCAACTGCCTGAAGCCTCCCATGCCCTTCGAACTCACCGTAGAACCCCTTACCCTCCTCATCCTGGCGCTGGTCGCCTTCGTCGCTGGATTCATCGACGCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCTGCTCACCACTCCGGCCCt < 4:156660/148‑1 (MQ=255) ctgcCGACCAACTGCCTGAAGCCTCCCATGCCCTTCGAACTCACCGTAGAACCCCTTACCCTCCTCATCCTGGCGCTGGTCGCCTTCGTCGCTGGATTCATCGACGCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCTGCTCACCACTCCGGCCCTGCt > 5:23560/1‑149 (MQ=255) ccTGAAGCCTCCCATGCCCTTCGAACTCACCGTAGAACCCCTTACCCTCCTCATCCTGGCGCTGGTCGCCTTCGTCGCTGGATTCATCGACGCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCTGCTCACCACTCCGGCCCTGCTCACTGCCGGCAt < 6:23560/147‑1 (MQ=255) ccTGAAGCCTCCCATGCCCTTCGAACTCACCGTAGAACCCCTTACCCTCCTCATCCTGGCGCTGGTCGCCTTCGTCGCTGGATTCATCGACGCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCTGCTCACCACTCCGGCCCTGCTCACTGCCGGCATgc < 1:75334/149‑1 (MQ=255) cTGAAGCCTCCCATGCCCTTCGAACTCACCGTAGAACCCCTTACCCTCCTCATCCTGGCGCTGGTCGCCTTCGTCGCTGGATTCATCGACGCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCTGCTCACCACTCCGGCCCTGCTCACTGCCGGCATgcc > 2:167507/1‑149 (MQ=255) tGAAGCCTCCCATGCCCTTCGAACTCACCGTAGAACCCCTTACCCTCCTCATCCTGGCGCTGGTCGCCTTCGTCGCTGGATTCATCGACGCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCt < 8:325782/112‑1 (MQ=255) tGAAGCCTCCCATGCCCTTCGAACTCACCGTAGAACCCCTTACCCTCCTCATCCTGGCGCTGGTCGCCTTCGTCGCTGGATTCATCGACGCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCt > 7:325782/1‑112 (MQ=255) cATGCCCTTCGAACTCACCGTAGAACCCCTTACCCTCCTCATCCTGGCGCTGGTCGCCTTCGTCGCTGGATTCATCGACGCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCTGCTCACCACTCCGGCCCTGCTCACTGCCGGCATGCCGCCGCACCTgg < 3:28849/149‑1 (MQ=255) cATGCCCTTCGAACTCACCGTAGAACCCCTTACCCTCCTCATCCTGGCGCTGGTCGCCTTCGTCGCTGGATTCATCGACGCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCTGCTCACCACTCCGGCCCTGCTCACTGCCGGCATGCCGCCGCACCTgg < 3:288025/149‑1 (MQ=255) cTTCGAACTCACCGTAGAACCCCTTACCCTCCTCATCCTGGCGCTGGTCGCCTTCGTCGCTGGATTCATCGACGCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCTGCTCACCACTCCGGCCCTGCTCACTGCCGGCATGCCGCCGCACCTGGTACTgg < 8:152286/149‑1 (MQ=255) ttCGAACTCACCGTAGAACCCCTTACCCTCCTCATCCTGGCGCTGGTCGCCTTCGTCGCTGGATTCATCGACGCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCTGCTCACCACTCCGGCCCTGCTCACTGCCGGCATGCCGCCGCACCTGGTACTggg > 5:14996/1‑149 (MQ=255) cGAACTCACCGTAGAACCCCTTACCCTCCTCATCCTGGCGCTGGTCGCCTTCGTCGCTGGATTCATCGACGCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCTGCTCACCACTCCGGCCCTGCTCACTGCCGGCATGCCGCCGCACCTGGTACTGGGc < 1:311101/148‑1 (MQ=255) cTCACCGTAGAACCCCTTACCCTCCTCATCCTGGCGCTGGTCGCCTTCGTCGCTGGATTCATCGACGCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCTGCTCACCACTCCGGCCCTGCTCACTGCCGGCATGCCGCCGCACCTGGTACTGGGCACcaa > 2:165913/1‑149 (MQ=255) cACCGTAGAACCCCTTACCCTCCTCATCCTGGCGCTGGTCGCCTTCGTCGCTGGATTCATCGACGCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCTGCTCACCACTCCGGCCCTGCTCACTGCCGGCATGCCGCCGCACCTGGTACTGGGCACcaac > 4:199473/1‑148 (MQ=255) aaCCCCTTACCCTCCTCATCCTGGCGCTGGTCGCCTTCGTCGCTGGATTCATCGACGCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCTGCTCACCACTCCGGCCCTGCTCACTGCCGGCATGCCGCCGCACCTGGTACTGGGCACCAACAAGCTCAGt > 3:45851/1‑149 (MQ=255) cccTTACCCTCCTCATCCTGGCGCTGGTCGCCTTCGTCGCTGGATTCATCGACGCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCTGCTCACCACTCCGGCCCTGCTCACTGCCg > 6:203019/1‑105 (MQ=255) aCCCTCCTCATCCTGGCGCTGGTCGCCTTCGTCGCTGGATTCATCGACGCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCTGCTCACCACTCCGGCCCTGCTCACTGCCGGCATGCCGCCGCACCTGGTACTGGGCACCAACAAGCTCAGTTCCAcc < 4:45851/147‑1 (MQ=255) ctcctcATCCTGGCGCTGGTCGCCTTCGTCGCTGGATTCATCGACGCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCTGCTCACCACTCCGGCCCTGCTCACTGCCGGCATGCCGCCGCACCTGGTACTGGGCACCAACAAGCTCAGTTCCACCTtcgg < 3:199473/149‑1 (MQ=255) tcATCCTGGCGCTGGTCGCCTTCGTCGCTGGATTCATCGACGCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCTGCTCACCACTCCGGCCCTGCTCACTGCCGGCATGCCGCCGCACCTGGTACTGGGCACCAACAAGCTCAGtt < 7:23960/135‑1 (MQ=255) tcATCCTGGCGCTGGTCGCCTTCGTCGCTGGATTCATCGACGCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCTGCTCACCACTCCGGCCCTGCTCACTGCCGGCATGCCGCCGCACCTGGTACTGGGCACCAACAAGCTCAGtt > 8:23960/1‑135 (MQ=255) tCCTGGCGCTGGTCGCCTTCGTCGCTGGATTCATCGACGCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCTGCTCACCACTCCGGCCCTGCTCACTGCCGGCATGCCGCCGCACCTGGTACTGGGCACcaacaa < 4:82126/124‑1 (MQ=255) tCCTGGCGCTGGTCGCCTTCGTCGCTGGATTCATCGACGCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCTGCTCACCACTCCGGCCCTGCTCACTGCCGGCATGCCGCCGCACCTGGTACTGGGCACcaacaa < 4:77230/124‑1 (MQ=255) tCCTGGCGCTGGTCGCCTTCGTCGCTGGATTCATCGACGCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCTGCTCACCACTCCGGCCCTGCTCACTGCCGGCATGCCGCCGCACCTGGTACTGGGCACcaacaa > 3:77230/1‑124 (MQ=255) tCCTGGCGCTGGTCGCCTTCGTCGCTGGATTCATCGACGCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCTGCTCACCACTCCGGCCCTGCTCACTGCCGGCATGCCGCCGCACCTGGTACTGGGCACcaacaa > 3:82126/1‑124 (MQ=255) tGGCGCTGGTCGCCTTCGTCGCTGGATTCATCGACGCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCTGCTCACCACTCCGGCCCTGCTCACTGCCGGCATGCCGCCGCACCTGGTACTGGGCACCAACAAGCTCAGTTCCACCTtcg < 2:274269/138‑1 (MQ=255) tGGCGCTGGTCGCCTTCGTCGCTGGATTCATCGACGCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCTGCTCACCACTCCGGCCCTGCTCACTGCCGGCATGCCGCCGCACCTGGTACTGGGCACCAACAAGCTCAGTTCCACCTtcg > 1:274269/1‑138 (MQ=255) gCCTTCGTCGCTGGATTCATCGACGCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCTGCTCACCACTCCGGCCCTGCTCACTGCCGGCATGCCGCCGCACCTGGTACTGGGCACCAACAAGCTCAGTTCCACCTTCGGCTCGGCCACTGCAGGTTTCAc < 1:165913/149‑1 (MQ=255) cTTCGTCGCTGGATTCATCGACGCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCTGCTCACCACTCCGGCCCTGCTCACTGCCGGCATGCCGCCGCACCTGGTACTGGGCACCAACAAGCTCAGTTCCACCTTCGGCTCGGCCACTg > 5:278695/1‑137 (MQ=255) cTTCGTCGCTGGATTCATCGACGCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCTGCTCACCACTCCGGCCCTGCTCACTGCCGGCATGCCGCCGCACCTGGTACTGGGCACCAACAAGCTCAGTTCCACCTTCGGCTCGGCCACTg < 6:278695/137‑1 (MQ=255) cTTCGTCGCTGGATTCATCGACGCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCTGCTCACCACTCCGGCCCTGCTCACTGCCGGCATGCCGCCGCACCTGGTACTGGGCACCAACAAGCTCAGTTCCACCTTCGGCTCGGCCACTGCAGGTTTCAcc > 1:219252/1‑148 (MQ=255) cgtcgATGAATCCAGCGACGCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCTGCTCACCACTCCGGCCCTGCTCACTGCCGGCATGCCGCCGCACCTGGTACTGGGCACCAACAAGCTCAGTTCCACCTTCGGCTCGGCCACTGCAGGttt > 8:1337/1‑141 (MQ=255) cgtcgATGAATCCAGCGACGCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCTGCTCACCACTCCGGCCCTGCTCACTGCCGGCATGCCGCCGCACCTGGTACTGGGCACCAACAAGCTCAGTTCCACCTTCGGCTCGGCCACTGCAGGttt < 7:1337/141‑1 (MQ=255) tGGATTCATCGACGCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCTGCTCACCACTCCGGCCCTGCTCACTGCCGGCATGCCGCCGCACCTGGTACTGGGCACCAACAAGCTCAGTTCCACCTTCGGCTCGGCCACTGCAGGTTTCACCTACTACAAAc > 5:267280/1‑149 (MQ=255) gATTCATCGACGCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCTGCTCACCACTCCGGCCCTGCTCACTGCCGGCATGCCGCCGCACCTGGTACTGGGCACCAACAAGCTCAGTTCCACCTTCGGCTCGGCCACTGCAGGTTTCACCTACTACAAACg > 4:341487/1‑148 (MQ=255) gATTCATCGACGCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCTGCTCACCACTCCGGCCCTGCTCACTGCCGGCATGCCGCCGCACCTGGTACTGGGCACCAACAAGCTCAGTTCCACCTTCGGCTCGGCCACTGCAGGTTTCACCTACTACAAACg > 3:324439/1‑148 (MQ=255) cATCGACGCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCTGCTCACCACTCCGGCCCTGCTCACTGCCGGCATGCCGCCGCACCTGGTACTGGGCACCAACAAGCTCAGTTCCACCTTCGGCTCGGCCACTGCAGGTTTCACCTACTACAAACGCaaa < 1:167507/148‑1 (MQ=255) gACGCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCTGCTCACCACTCCGGCCCTGCTCACTGCCGGCATGCCGCCGCACCTGGTACTGGGCACCAACAAGCTCAGTTCCACCTTCGGCTCGGCCACTGCAGGt > 4:102166/1‑123 (MQ=255) gACGCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCTGCTCACCACTCCGGCCCTGCTCACTGCCGGCATGCCGCCGCACCTGGTACTGGGCACCAACAAGCTCAGTTCCACCTTCGGCTCGGCCACTGCAGGt < 3:102166/123‑1 (MQ=255) gACGCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCTGCTCACCACTCCGGCCCTGCTCACTGCCGGCATGCCGCCGCACCTGGTACTGGGCACCAACAAGCTCAGTTCCACCTTCGGCTCGGCCACTGCAGGTTTCACCTACTACAAACGCAAACTGt < 2:219252/148‑1 (MQ=255) gCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCTGCTCACCACTCCGGCCCTGCTCACTGCCGGCATGCCGCCGCACCTGGTACTGGGCACCAACAAGCTCAGTTCCACCTTCGGCTCGGCCACTGCAGGTTTCACCTACTACAAACGCAAACTGTTcc > 2:223551/1‑148 (MQ=255) aTCGCCGGTGGCGGCGGCCTGCTCACCACTCCGGCCCTGCTCACTGCCGGCATGCCGCCGCACCTGGTACTGGGCACCAACAAGCTCAGTTCCACCTTCGGCTCGGCCACTGCAGGTTTCACCTACTACAAACGCAAACTGTTCCATcc > 2:348360/1‑149 (MQ=255) | TGGCATTACCATAGCCGCTAACTGTAGCGTTTGTGCTGCCGACCAACTGCCTGAAGCCTCCCATGCCCTTCGAACTCACCGTAGAACCCCTTACCCTCCTCATCCTGGCGCTGGTCGCCTTCGTCGCTGGATTCATCGACGCCATCGCCGGTGGCGGCGGCCTGCTCACCACTCCGGCCCTGCTCACTGCCGGCATGCCGCCGCACCTGGTACTGGGCACCAACAAGCTCAGTTCCACCTTCGGCTCGGCCACTGCAGGTTTCACCTACTACAAACGCAAACTGTTCCATCC > NC_002947/4535517‑4535808 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |