Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,731,126 | A→G | 8.5% | V106V (GTT→GTC) ‡ | lpdG ← | dihydrolipoyl dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,731,126 | 0 | A | G | 8.5% | 161.9 / 5.1 | 59 | V106V (GTT→GTC) ‡ | lpdG | dihydrolipoyl dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (30/24); new base G (2/3); total (32/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.52e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 |
GCGAGCCGGAAGCCAGGATCACGTTCTCGGCTTCGATGACTTCGGTGGTGCCGTCAGCCTTGGTGACTTCGACTTTCTTGCCGGCCAGCAGCTTGCCGTGGCCCTGGATCGAAGTGACGCCGTTGGCCTTGAACAGGGTGGCAACGCCACCGGTCAGGTTCTTGACGATGCCGGCCTTGCGGCCAACCATCGCGGCGACGTCCATCTTCACTTCGCCCGTGGAGATACCGTGGACGTTGAAGCTCTCTTTGGCTTCCTTGTACTTCCAGGAGCTGTCCAGCAGCGCCTT > NC_002947/4730984‑4731272 | gcgAGCCGGAAGCCAGGATCACGTTCTCGGCTTCGATGACTTCGGTGGTGCCGTCAGCCTTGGTGACTTCGACTTTCTTGCCGGCCAGCAGCTTGCCGTGGCCCTGGATCGAAGTGACGCCGTTGGCCTTGAACAGGGTGGCAACGCCa > 5:282599/1‑149 (MQ=255) cGGAAGCCAGGATCACGTTCTCGGCTTCGATGACTTCGGTGGTGCCGTCAGCCTTGGTGACTTCGACTTTCTTGCCGGCCAGCAGCTTGCCGTGGCCCTGGATCGAAGTGACGCCGTTGGCCTTGAACAGGGTGGCGTTGCCAccctgt < 1:176999/149‑5 (MQ=255) cGGAAGCCAGGATCACGTTCTCGGCTTCGATGACTTCGGTGGTGCCGTCAGCCTTGGTGACTTCGACTTTCTTGCCGGCCAGCAGCTTGCCGTGGCCCTGGATCGAAGTGACGCCGTTGGCCTTGAACAGGGTGGCAACGCCACCGGTc < 3:150061/149‑1 (MQ=255) ggAAGCCAGGATCACGTTCTCGGCTTCGATGACTTTGGTGGTGCCGTCAGCCTTGGTGACTTCGACTTTCTTGCCGGCCAGCAGCTTGCCGTGGCCCTGGATCGAAGTGACGCCGTTGGCCTTGAACAGGGTGGCAACGCCACCGGTCa < 1:57022/149‑1 (MQ=255) gAAGCCAGGATCACGTTCTCGGCTTCGATGACTTCGGTGGTGCCGTCAGCCTTGGTGACTTCGACTTTCTTGCCGGCCAGCAGCTTGCCGTGGCCCTGGATCGAAGTGACGCCGTTGGCCTTGAACAGGGTGGCAACGCCACCGGt > 3:52027/1‑146 (MQ=255) aGCCAGGATCACGTTCTCGGCTTCGATGACTTCGGTGGTGCCGTCAGCCTTGGTGACTTCGACTTTCTTGCCGGCCAGCAGCTTGCCGTGGCCCTGGATCGAAGTGACGCCGTTGGCCTTGAACAGGGTGGCAACGCCACCGGTCa < 4:52027/146‑1 (MQ=255) gATCACGTTCTCGGCTTCGATGACTTCGGTGGTGCCGTCAGCCTTGGTGACTTCGACTTTCTTGCCGGCCAGCAGCTTGCCGTGGCCCTGGATCGAAGTGACGCCGTTGGCCTTGAACAGGGTGGCGTTGCCAccctgt > 3:93395/1‑135 (MQ=255) gATCACGTTCTCGGCTTCGATGACTTCGGTGGTGCCGTCAGCCTTGGTGACTTCGACTTTCTTGCCGGCCAGCAGCTTGCCGTGGCCCTGGATCGAAGTGACGCCGTTGGCCTTGAACAGGGTGGCGTTGCCAccctgt < 4:93395/139‑5 (MQ=255) gATCACGTTCTCGGCTTCGATGACTTCGGTGGTGCCGTCAGCCTTGGTGACTTCGACTTTCTTGCCGGCCAGCAGCTTGCCGTGGCCCTGGATCGAAGTGACGCCGTTGGCCTTGAACAGGGTGGCAACGCCACCGGTCAGGTTCTTGa < 2:221335/149‑1 (MQ=255) gATCACGTTCTCGGCTTCGATGACTTCGGTGGTGCCGTCAGCCTTGGTGACTTCGACTTTCTTGCCGGCCAGCAGCTTGCCGTGGCCCTGGATCGAAGTGACGCCGTTGGCCATGAACAGGGTGGCAACGCCACCGGTCAGGTTCTTGa > 5:36727/1‑149 (MQ=255) gTTCTCGGCTTCGATGACTTCGGTGGTGCCGTCAGCCTTGGTGACTTCGACTTTCTTGCCGGCCAGCAGCTTGCCGTGGCCCTGGATCGAAGTGACGCCGTTGGCCTTGAACAGGGTGGCGTTGCCAccctgt > 4:121591/1‑129 (MQ=255) gTTCTCGGCTTCGATGACTTCGGTGGTGCCGTCAGCCTTGGTGACTTCGACTTTCTTGCCGGCCAGCAGCTTGCCGTGGCCCTGGATCGAAGTGACGCCGTTGGCCTTGAACAGGGTGGCGTTGCCAccctgt < 3:121591/133‑5 (MQ=255) gACTTCGGTGGTGCCGTCAGCCTTGGTGACTTCGACTTTCTTGCCGGCCAGCAGCTTGCCGTGGCCCTGGATCGAAGTGACGCCGTTGGCCTTGAACAGGGTGGCAACGCCACCGGTCAGGTTCTTGACGATGCCGGCCTTGCGGCCaa > 2:203058/1‑149 (MQ=255) cTTCGGTGGTGCCGTCAGCCTTGGTGACTTCGACTTTCTTGCCGGCCAGCAGCTTGCCGTGGCCCTGGATCGAAGTGACGCCGTTGGCCTTGAACAGGGTGGCAACGCCACCGGTCAGGTTCTTGACGATGCCGGCCTTGCGGCCAAc > 2:98818/1‑148 (MQ=255) ttCGGTGGTGCCGTCAGCCTTGGTGACTTCGACTTTCTTGCCGGCCAGCAGCTTGCCGTGGCCCTGGATCGAAGTGACGCCGTTGGCCTTGAACAGGGTGGCAACGCCCCCGGTCAGGTTCTTGACGATGCCGGCCTTGCGGCCAAcc > 8:72253/1‑148 (MQ=255) ttCGGTGGTGCCGTCAGCCTTGGTGACTTCGACTTTCTTGCCGGCCAGCAGCTTGCCGTGGCCCTGGATCGAAGTGACGCCGTTGGCCTTGAACAGGGTGGCAACGCCACCGGTCAGGTTCTTGACGAt > 7:219924/1‑129 (MQ=255) ttCGGTGGTGCCGTCAGCCTTGGTGACTTCGACTTTCTTGCCGGCCAGCAGCTTGCCGTGGCCCTGGATCGAAGTGACGCCGTTGGCCTTGAACAGGGTGGCAACGCCACCGGTCAGGTTCTTGACGAt < 8:219924/129‑1 (MQ=255) ttCGGTGGTGCCGTCAGCCTTGGTGACTTCGACTTTCTTGCCGGCCAGCAGCTTGCCGTGGCCCTGGATCGAAGTGACGCCGTTGGCCTTGAACAGGGTGGCAACGCCACCGGTCAGGTTCTTGACGATGCCGGCCTTGCGGCCAACCa > 2:175313/1‑149 (MQ=255) ttCGGTGGTGCCGTCAGCCTTGGTGACTTCGACTTTCTTGCCGGCCAGCAGCTTGCCGTGGCCCTGGATCGAAGTGACGCCGTTGGCCTTGAACAGGGTGGCAACGCCACCGGTCAGGTTCTTGACGATGCCGGCCTTGCGGCCAACCa > 4:300076/1‑149 (MQ=255) ttCGGTGGTGCCGTCAGCCTTGGTGACTTAGACTTTCTTGCCGGCCAGCAGCTTGCCGTGGCCCTGGATCGAAGTGACGCCGTTGGCCTTGAACAGGGTGGCAACGCCACCGGTCAGGTTCTTTACGATGCCGGCCTTGCGGCCAACCa > 8:58938/1‑149 (MQ=255) gtggtgCCGTCAGCCTTGGGGACTTCGACTTTCTTGCCGGCCAGCAGCTTGCCGTGGCCCTGGATCGAAGTGACGCCGTTGGCCTTGAACAGGGTGGCAACGCCACCGGTCAGGTTCTTGACGATGCCGGCCTTGCGGCCAACCATcgc < 3:300076/149‑1 (MQ=255) aGCCTTGGTGACTTCGACTTTCTTGCCGGCCAGCAGCTTGCCGTGGCCCTGGATCGAAGTGACGCCGTTGGCCTTGAACAGGGTGGCAACGCCACCGGTCAGGTTCTTGACGATGCCGGCCTTGCGGCCAACCATCGCGGCGACGTcc < 8:27653/148‑1 (MQ=255) ggTGACTTCGACTTTCTTGCCGGCCAGCAGCTTGCCGTGGCCCTGGATCGAAGTGACGCCGTTGGCCTTGAACAGGGTGGCAACGCCACCGGTCAGGTTCTTGACGATGCCGGCCTTGCGGCCAACCATCGCGGCGACGTCCATCtt < 6:282599/147‑1 (MQ=255) gTGACTTCGACTTTCTTGCCGGCCAGCAGCTTGCCGTGGCCCTGGATCGAAGTGACGCCGTTGGCCTTGAACAGGGTGGCAACGCCACCGGTCAGGTTCTTGACGATGCCGGCCTTGCGGCCAACCATCGCGGCGACGTCCATCTTCa < 4:21431/148‑1 (MQ=255) gTGACTTCGACTTTCTTGCCGGCCAGCAGCTTGCCGTGGCCCTGGATCGAAGTGACGCCGTTGGCCTTGAACAGGGTGGCAACGCCAACGGTCAGGTTCTTGACGATGCCGGCCTTGCGGCCAACCATCGCGGCGACGTCCATCTTCAc > 4:212637/1‑149 (MQ=255) gTGACTTCGACTTTCTTGCCGGCCAGCAGCTTGCCGTGGCCCTGGATCGAAGTGACGCCGTTGGCCTTGAACAGCGTGCCAACGCCACCGGTCAGGTTCTTGACGATGCCGGCCTTGCGGCCAACCATCGCGGCGACGTCCATCTTCa < 8:273303/148‑1 (MQ=255) tGACTTCGACTTTCTTGCCGGCCAGCAGCTTGCCGTGGCCCTGGATCGAAGTGACGCCGTTGGCCTTGAACAGGGTGGCAACGCCACCGGTCAGGTTCTTGACGATGCCGGCCTTGCGGCCAACCATCGCGGCGACGTCCATCTTCACt < 6:36727/149‑1 (MQ=255) gACTTCGACTTTCTTGCCGGCCAGCAGCTTGCCGTGGCCCTGGATCGAAGTGACGCCGTTGGCCTTGAACAGGGTGGCAACGCCACCGGTCAGGTTCTTGACGATGCCGGCCTTGCGGCCa > 1:38954/1‑121 (MQ=255) gACTTCGACTTTCTTGCCGGCCAGCAGCTTGCCGTGGCCCTGGATCGAAGTGACGCCGTTGGCCTTGAACAGGGTGGCAACGCCACCGGTCAGGTTCTTGACGATGCCGGCCTTGCGGCCa < 2:38954/121‑1 (MQ=255) gACTTCGACTTTCTTGCCGGCCAGCAGCTTGCCGTGGCCCTGGATCGAAGTGACGCCGTTGGCCTTGAACAGGGTGGCAACGCCACCGGTCAGGTTCTTGACGATGCCGGCCTTGCGGCCAACCATCGCGGCGACGTCCATCTTCACtt > 1:152188/1‑149 (MQ=255) ttCGACTTTCTTGCCGGCCAGCAGCTTGCCGTGGCCCTGGATCGAAGTGACGCCGTTGGCCTTGAACAGGGTGGCAACGCCACCGGTCAGGTTCTTGACGATGCCGGCCTTGCGGCCAACCATCGCGGCGACGTCCATCTTCACTTCGc > 1:133123/1‑149 (MQ=255) ttCGACTTTCTTGCCGGCCAGCAGCTTGCCGTGGCCCTGGATCGAAGTGACGCCGTTGGCCTTGAACAGGGTGGCAACGCCACCGGTCAGGTTCTTGACGATGCCGGCCTTGCGGCCAACCATCGCGGCGACGTCCATCTTCACTTCGc > 7:136572/1‑149 (MQ=255) cTTTCTTGCCGGCCAGCAGCTTGCCGTGGCCCTGGATCGAAGTGACGCCGTTGGCCTTGAACAGGGTGGCAACGCCACCGGTCAGGTTCTTGACGATGCCGGCCTTGCGGCCAACCATCGCGGCGACGTCCATCTTCACTTCGCCCGTg < 2:133123/149‑1 (MQ=255) cTTTCTTGCCGGCCAGCAGCTTGCCGTGGCCCTGGATCGAAGTGACGCCGTTGGCCTTGAACAGGGTGGCAACGCCACCGGTCAGGTTCTTGACGATGCCGGCCTTGCGGCCAACCATCGCGGCGACGTCCATCTTCACTTCGCCCGTg < 7:113037/149‑1 (MQ=255) tCTTGCCGGCCAGCAGCTTGCCGTGGCCCTGGATCGAAGTGACGCCGTTGGCCTTGAACAGGGTGGCAACGCCACCGGTCAGGTTCTTGACGATGCCGGCCTTGCGGCCAACCATCGCGGCGACGTCCATCTTCACTTCGCCCGTgg < 2:152188/147‑1 (MQ=255) tCTTGCCGGCCAGCAGCTTGCCGTGGCCCTGGATCGAAGTGACGCCGTTGGCCTTGAACAGGGTGGCAACGCCACCGGTCAGGTTCTTGACGATGCCGGCCTTGCGGCCAACCATCGCGGCGACGTCCATCTTCACTTCGCCCGTgg < 3:160244/147‑1 (MQ=255) gcTTGCCGTGGCCCTGGATCGAAGTGACGCCGTTGGCCTTGAACAGGGTGGCAACGCCACCGGTCAGGTTCTTGACGATTCCGGCCTTGCGGCCAACCATCGCGGCGACGTCCATCTTCACTTCGCCCGTGGAGATACCGTGGACGTTg < 7:58938/149‑1 (MQ=255) cTTGCCGTGGCCCTGGATCGAAGTGACGCCGTTGGCCTTGAACAGGGTGGCAACGCCACCGGTCAGGTTCTTGACGATGCCGGCCTTGCGGCCAACCATCgcggc > 2:110853/1‑105 (MQ=255) cTTGCCGTGGCCCTGGATCGAAGTGACGCCGTTGGCCTTGAACAGGGTGGCAACGCCACCGGTCAGGTTCTTGACGATGCCGGCCTTGCGGCCAACCATCgcggc < 1:110853/105‑1 (MQ=255) tGCCGTGGCCCTGGATCGAAGTGACGCCGTTGGCCTTGAACAGGGTGGCAACGCCACCGGTCAGGTTCTTGACGATGCCGGCCTTGCGGCCAACCATCGCGGCGACGTCCATCTTCACTTCGCCCGTGGAGATACCGTGGACGTTGAAg > 6:171261/1‑149 (MQ=255) gCCGTGGCCCTGGATCGAAGTGACGCCGTTGGCCTTGAACAGGGTGGCAACGCCACCGGTCAGGTTCTTGACGATGCCGGCCTTGCGGCCAACCATCGCGGCGa < 3:133123/104‑1 (MQ=255) gCCGTGGCCCTGGATCGAAGTGACGCCGTTGGCCTTGAACAGGGTGGCAACGCCACCGGTCAGGTTCTTGACGATGCCGGCCTTGCGGCCAACCATCGCGGCGa > 4:133123/1‑104 (MQ=255) ccGTGGCCCTGGATCGAAGTGACGCCGTTGGCCTTGAACAGGGTGGCAACGCCACCGGTCAGGTTCTTGACGATGCCGGCCTTGCGGCCAACCATCGCGGCGACGTCCATCTTCACTTCGCCCGTGGAGATACCGTGGACGTTGAAGct > 7:113677/1‑149 (MQ=255) ccTGGATCGAAGTGACGCCGTTGGCCTTGAACAGGGTGGCAACGCCACCGGTCAGGTTCTTGACGATGCCGGCCTTGCGGCCAACCATCGCGGCGACGTCCATCTTCACTTCGCCCGTGGAGATACCGTGGACGTTGAAGCTCTCTTTg > 1:216552/1‑149 (MQ=255) ccTGGATCGAAGTGACGCCGTTGGCCTTGAACAGGGTGGCAACGCCACCGGTCAGGTTCTTGACGATGCCGGCCTTGCGGCCAACCATCGCGGCGACGTCCATCTTCACTTCGCCCGTGGAGATACCGTGGACGTTGAAGCTCTCTTTg > 3:199683/1‑149 (MQ=255) cTGGATCGAAGTGACGCCGTTGGCCTTGAACAGGGTGGCAACGCCACCGGTCAGGTTCTTGACGATGCCGGCCTTGCGGCCAACCATCGCGGCGACGTCCATCTTCACTTCGCCCGTGGAGATACCGTGGACGTTGAAGCTCTCttggc > 6:219070/1‑146 (MQ=255) cTGGATCGAAGTGACGCCGTTGGCCTTGAACAGGGTGGCAACGCCACCGGTCAGGTTCTTGACGATGCCGGCCTTGCGGCCAACCATCGCGGCGACGTCCATCTTCACTTCGCCCGTGGAGATACCGTGGACGTTGAAGCTCTCttatg > 8:261534/1‑146 (MQ=255) aaGTGACGCCGTTGGCCTTGAACAGGGTGGCAACGCCACCGGTCAGGTTCTTGACGATGCCGGCCTTGCGGCCAACCATCGCGGCGACGTCCATCTTCACTTCGCCCGTGGAGATACCGTGGACGTTGAAGCTCTCTTTGGCTTCCTTg > 8:182288/1‑149 (MQ=255) gTGAAGCCGTTGGCCTTGAACAGGGTTGAAACGCCACCTGTCAGGTTCTTGACGATGCCGGGCTTGCGGGAATCCATCGCGGCGACGTCCATCTTAACTTCGCCCGTGGAGATACCGTGGACGTTGAATCTCTCTTTGGCTTCCTTGTa < 8:113677/149‑1 (MQ=255) ttGGCCTTGAACAGGGTGGCAACGCCACCGGTCAGGTTCTTGACGATGCCGGCCTTGCGGCCAACCATCGCGGCGACGTCCATCTTCACTTCGCCCGTGGAGATACCGTGGACGTTGAAGCTCTCTTTGGCTTCCTTGTACTTCCAGGa < 1:175313/149‑1 (MQ=255) ttGAACAGGGTGGCAACGCCACCGGTCAGGTTCTTGACGATGCCGGCCTTGCGGCCAACCATCGCGGCGACGTCCATCTTCACTTCGCCCGTGGAGATACCGTGGACGTTGAAGCTCTCTTTGGCTTCCTTGTACTTCCAGGAGCTGTc > 7:166506/1‑149 (MQ=255) gAACAGGGTGGCAACGCCACCGGTCAGGTTCTTGACGATGCCGGCCTTGCGGCCAACCATCGCGGCGACGTCCATCTTCACTTCGCCCGTGGAGATACCGTGGACGTTGAAGCTCTCTTTGGCTTCCTTGTACTTCCAGGAGCTGTc > 8:229188/1‑147 (MQ=255) aaCAGGGTGGCAACGCCACCGGTCAGGTTCTTGACGATGCCGGCCTTGCGGCCAACCATCGCGGCGACGTCCATCTTCACTTCGCCCGTGGAGATACCGTGGACGTTGAAGCTCTCTTTGGCTTCCTTGTACTTCCAGGAGCTGTCca < 3:212637/148‑1 (MQ=255) aCAGGGTGGCAACGCCACCGGTCAGGTTCTTGACGATGCCGGCCTTGCGGCCAACCATCGCGGCGACGTCCATCTTCACTTCGCCCGTGGAGATACCGTg > 7:208090/1‑100 (MQ=255) aCAGGGTGGCAACGCCACCGGTCAGGTTCTTGACGATGCCGGCCTTGCGGCCAACCATCGCGGCGACGTCCATCTTCACTTCGCCCGTGGAGATACCGTg < 8:208090/100‑1 (MQ=255) gggTGGCAACGCCACCGGTCAGGTTCTTGACGATGCCGGCCTTGCGGCCAACCATCGCGGCGACGTCCATCTTCACTTCGCCCGTGGAGATACCGTGGACGTTGAAGCTCTCTTTGGCTTCCTTGTACTTCCAGGAGCTGTCCagcagc > 7:242377/1‑149 (MQ=255) gTGGCAACGCCACCGGTCAGGTTCTTGACGATGCCGGCCTTGCGGCCAACCATCGCGGCGACGTCCATCTTCACTTCGCCCGTGGAGATACCGTGGACGTTGAAGCTCTCTTTGGCTTCCTTGTACTTCCAGGAGCTGTCCAGCAgcgc > 8:169259/1‑149 (MQ=255) gCAACGCCACCGGTCAGGTTCTTGACGATGCCGGCCTTGCGGCCAACCATCGCGGCGACGTCCTTCTTCACTTCGCCCGTGGAGATACCGTGGACGTTGAAGCTCTCTTTGGCTTCCTTGTACTTCCAGGAGCTGTCCAGCAGCGCCtt > 6:324967/1‑149 (MQ=255) gCAACGCCACCGGTCAGGTTCTTGACGATGCCGGCCTTGCGGCCAACCATCGCGGCGACGTCCATCTTCACTTCGCCCGTGGAGATACCGTGGACGTTGAAGCTCTCTTTGGCTTCCTTGTACTTCCAGGAGCTGTCCAGCAGCGCCtt < 4:199683/149‑1 (MQ=255) | GCGAGCCGGAAGCCAGGATCACGTTCTCGGCTTCGATGACTTCGGTGGTGCCGTCAGCCTTGGTGACTTCGACTTTCTTGCCGGCCAGCAGCTTGCCGTGGCCCTGGATCGAAGTGACGCCGTTGGCCTTGAACAGGGTGGCAACGCCACCGGTCAGGTTCTTGACGATGCCGGCCTTGCGGCCAACCATCGCGGCGACGTCCATCTTCACTTCGCCCGTGGAGATACCGTGGACGTTGAAGCTCTCTTTGGCTTCCTTGTACTTCCAGGAGCTGTCCAGCAGCGCCTT > NC_002947/4730984‑4731272 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |