Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,895,712 | T→A | 7.0% | L56Q (CTG→CAG) | PP_4304 → | VIC family cation transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,895,712 | 0 | T | A | 7.0% | 169.2 / 3.2 | 57 | L56Q (CTG→CAG) | PP_4304 | VIC family cation transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (22/31); new base A (2/2); total (24/33) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.59e-01 |
GAGCGGCTCTTCGTCATCGTCTTCCAGACCGACACCGTAGCCGGTCGCCGCTTCGACAAGATCCTGTTGCTGATCATCCTGGCCAGCCTGGTCACGGTGATCCTCGACAGCATCGATGAGGTGCACCAGGGCTACGCCGGCCTGCTGGCCGGTATCGAGTGGGGCTTTACCGCGATCTTCCTGGCCGAATACATCACCCGCCTGTACTGTTCGCCCAAGCCGCTGCGCTATGCCTTCAGTTTCTACGGCCTGGTCGATTTACTGGCGATCGTGCCGGGGATCCTCGCG > NC_002947/4895570‑4895857 | gAGCGGCTCTTCGTCATCGTCTTCCAGACCGACACCGTAGCCGGTCGCCGCTTCGACAAGATCCTGTTGCTGATCATCCTGGCCAGCCTGGTCACGGTGATCCTCGACAGCATCGATGAGGTGCACCAGGGCTACGCCGGCCTGCTGGc < 2:215807/149‑1 (MQ=255) gAGCGGCTCTTCGTCATCGTCTTCCAGACCGACACCGTAGCCGGTCGCCGCTTCGACAAGATCCTGTTGCTGATCATCCTGGCCAGCCTGGTCACGGTGATCCTCGACAGCATCGATGAGGTGCACCAGGGCTACGCCGGCCAGCAGGc > 3:264493/1‑149 (MQ=255) ggCTCTTCGTCATCGTCTTCCAGACCGACACCGTAGCCGGTCGCCGCTTCGACAAGATCCTGTTGCTGATCATCCTGGCCAGCCTGGTCACGGTGATCCTCGACAGCATCGATGAGGTGCACCAGGGCTACGCCGGCCAGCAGGCCggc < 4:264493/149‑2 (MQ=255) cgcgctTCGGCACCGTCTGCCACACCGACACCCTAGCCGGTCGCCGCTTCGACAAGAGCCTGTTGCTGATCATCCTGCCCAGCCTGGTCACGGTGATCCTCGACAGCATCGATGAGGTGCACCAGGGCTACGCCGGCCAGCAGGCCggc < 4:203433/145‑2 (MQ=255) ttCGTCATCGTCTTCCAGACCGACACCGTAGCCGGTCGCCGCTTCGACAAGATCCTGTTGCTGATCATCCTGGCCAGCCTGGTCACGGTGATCCTCGACAGCATCGATGAGGTGCACCAGGGCTACGCCGGCCTGCTGGCCGGTATc > 4:21719/1‑147 (MQ=255) ttCGTCATCGTCTTCCAGACCGACACCGTAGCCGGTCGCCGCTTCGACAAGATCCTGTTGCTGATCATCCTGGCCAGCCTGGTCACGGTGATCCTCGACAGCATCGATGAGGTGCACCAGGGCTACGCCGGCCTGCTGGCCGGTATc < 2:132715/147‑1 (MQ=255) gTCATCGTCTTCCAGACCGACACCGTAGCCGGTCGCCGCTTCGACAAGATCCTGTTGCTGATCATCCTGGCCAGCCTGGTCACGGTGATCCTCGACAGCATCGATGAGGTGCACCAGGGCTACGCCGGCCTGCTGGCCGGTATCGAGTg < 3:21719/149‑1 (MQ=255) cATCGTCTTCCAGACCGACACCGTAGCCGGTCGCCGCTTCGACAAGATCCTGTTGCTGATCATCCTGGCCAGCCTGGTCACGGTGATCCTCGACAGCATCGATGAGGTGCACCAGGGCTACGCCGGCCTGCTGGCCGGTATCGAGTggg > 5:13275/1‑149 (MQ=255) aTCGTCTTCCAGACCGACACCGTAGCCGGTCGCCGCTTCGACAAGATCCTGTTGCTGATCATCCTGGCCAGCCTGGTCACGGTGATCCTCGACAGCATCGATGAGGTGCACCAGGGCTACGCCGGCCTGCTGGCCGGTATCGAGTgggg > 5:130084/1‑149 (MQ=255) tCGTCTTCCAGACCGACACCGTCGCCGGTCGCCGCTTCGACAAGATCCTGTTGCTGATCATCCTGGCCAGCCTGGGCACGGTGATCCTCGACAGCATCGATGAGGTGCACCAGGGCTACGCCGGCCTGCTGGCCGGTATCGAGTGGGGc < 1:304621/149‑1 (MQ=255) gTCTTCCAGACCGACACCGTAGCCGGTCGCCGCTTCGACAAGATCCTGTTGCTGATCATCCTGGCCAGCCTGGTCACGGTGATCCTCGACAGCATCGATGAGGTGCACCAGGGCTACGCCGGCCTGCTGGCCGGTATCGAGTGGGGCt < 6:13275/148‑1 (MQ=255) tCTTCCAGACCGACACCGTAGCCGGTCGCCGCTTCGACAAGATCCTGTTGCTGATCATCCTGGCCAGCCTGGTCACGGTGATCCTCGACAGCATCGATGAGGTGCACCAGGGCTACGCCGGCCTGCTGGCCGGTATCGAGTGGGGCttt < 6:130084/149‑1 (MQ=255) tCTTCCAGACCGACACCGTAGCCGGTCGCCGCTTCGACAAGATCCTGTTGCTGATCATCCTGGCCAGCCTGGTCACGGTGATCCTCGACAGCATCGATGAGGTGCACCAGGGCTACGCCGGCCTGCTGGCCGGTATCGAGTGGGGCtt > 2:344193/1‑148 (MQ=255) cAGACCGACACCGTAGCCGGTCGCCGCTTCGACAAGATCCTGTTGCTGATCATCCTGGCCAGCCTGGTCACGGTGATCCTCGACAGCATCGATGAGGTGCACCAGGGCTACGCCGGCCTGCTGGCCGGTATCGAGTGGGGCTTTACcg < 7:203059/148‑1 (MQ=255) gACCGACACCGTAGCCGGTCGCCGCTTCGACAAGATCCTGTTGCTGATCATCCTGGCCAGCCTGGTCACGGTGATCCTCGACAGCATCGATGAGGTGCACCAGGGCTACGCCGGCCTGCTGGCCGGTATCGAGTGGGGCTTTACCGCGa < 5:145371/149‑1 (MQ=255) aCCGACACCGTAGCCGGTCGCCGCTTCGACAAGATCCTGTTGCTGATCATCCTGGCCAGCCTGGTCACGGTGATCCTCGACAGCATCGATGAGGTGCACCAGGGCTACGCCGGCCTGCTGGCCGGTATCGAGTGGGGCTTTACCGCGAt < 5:116241/149‑1 (MQ=255) cGACACCGTAGCCGGTCGCCGCTTCGACAAGATCCTGTTGCTGATCATCCTGGCCAGCCTGGTCACGGTGATCCTCGACAGCATCGATGAGGTGCACCAGGGCTACGCCGGCCTGCTGGCCGGTATCGAGTGGGGCTTTACCGCGATCt > 3:98186/1‑149 (MQ=255) cGACACCGTAGCCGGTCGCCGCTTCGACAAGATCCTGTTGCTGATCATCCTGGCCAGCCTGGTCACGGTGATCCTCGACAGCATCGATGAGGTGCACCAGGGCTACGCCGGCCTGCTGGCCGGTATCGAGTGGGGCTTTACCGCGATCt > 7:179549/1‑149 (MQ=255) gACACCGTAGCCGGTCGCCGCTTCGACAAGATCCTGTTGCTGATCATCCTGGCCAGCCTGGTCACGGTGATCCTCGACAGCATCGATGAGGTGCACCAGGGCTACGCCGGCCTGCTGGCCGGTATCGAGTGGGGCTTTACCGCGATCtt > 2:311596/1‑149 (MQ=255) acacCGTAGCCGGTCGCCGCTTCGACAAGATCCTGTTGCTGATCATCCTGGCCAGCCTGGTCACGGTGATCCTCGACAGCATCGATGAGGTGCACCAGGGCTACGCCGGCCTGCTGGc < 2:26256/118‑1 (MQ=255) acacCGTAGCCGGTCGCCGCTTCGACAAGATCCTGTTGCTGATCATCCTGGCCAGCCTGGTCACGGTGATCCTCGACAGCATCGATGAGGTGCACCAGGGCTACGCCGGCCTGCTGGc > 1:26256/1‑118 (MQ=255) acacCGTAGCCGGTCGCCGCTTCGACAAGATCCTGTTGCTGATCATCCTGGCCAGCCTGGTCACGGTGATCCTCGACAGCATCGATGAGGTGCACCAGGGCTACGCCGGCCTGCTGGCCGGTATCGAGTGGGGCTTTACCGCGATCTTc < 7:288422/149‑1 (MQ=255) acacCGTAGCCGGTCGCCGCTTCGACAAGATCCTGTTGCTGATCATCCTGGCCAGCCTGGTCACGGTGATCCTCGACAGCATCGATGAGGTGCACCAGGGCTACGCCGGCCTGCTGGCCGGTATCGAGTGGGGCTTTACCGCGATCTTc < 1:194835/149‑1 (MQ=255) acCGTAGCCGGTCGCCGCTTCGACAAGATCCTGTTGCTGATCATCCTGGCCAGCCTGGTCACGGTGATCCTCGACAGCATCGATGAGGTGCACCAGGGCTACGCCGGCCTGCTGGCCGGTATCGAGTGGGGCTTTACCGCGATCTTCCt > 2:188212/1‑149 (MQ=255) tAGCCGGTCGCCGCTTCGACAAGATCCTGTTGCTGATCATCCTGGCCAGCCTGGTCACGGTGATCCTCGACAGCATCGATGAGGTGCACCAGGGCTACGCCGGCCTGCTGGCCGGTATCGAGTGGGGCTTTACCGCGATCTTCCTGGcc > 1:275555/1‑149 (MQ=255) tAGCCGGTCGCCGCTTCGACAAGATCCTGTTGCTGATCATCCTGGCCAGCCTGGTCACGGTGATCCTCGACAGCATCGATGAGGTGCACCAGGGCTACGCCGGCCTGCTGGCCGGTATCGAGTGGGGCTTTACCGCGATCTTCCTGGcc < 2:42208/149‑1 (MQ=255) cGGTCGCCGCTTCGACAAGATCCTGTTGCTGATCATCCTGGCCAGCCTGGTCACGGTGATCCTCGACAGCATCGATGAGGTGCACCAGGGCTACGCCGGCCTGCTGGCCGGTATCGAGTGGGGCTTTACCGCGATCTTCCTGGCCGAAt < 1:344193/149‑1 (MQ=255) agcctgttCTACATGATCCTGTTTCTGATCATCCTGGCCAGCCTGGTCACGGTGATGCTCGACAGCATCGATGAGTTGCACCAGGGCTACTCCGGCCTGCTGGCCGGTATCGAGTGGTGCTTTACCGCGATCTTCCTGTCCGAATACAt < 8:95227/143‑1 (MQ=255) gACAAGATCCTGTTGCTGATCATCCTGGCCAGCCTGGTCACGGTGATCCTCGACAGCATCGATGAGATGCACCAGGGCTACGCCGGCCTGCTGGCCGGTATCGAGTGGGGCTTTACCGCGATCTTCCTGGCCGAATACATCACCCGCCt > 1:286877/1‑149 (MQ=255) aaGATCCTGTTGCTGATCATCCTGGCCAGCCTGGTCACGGTGATCCTCGACAGCATCGATGAGGTGCACCAGGGCTACGCCGGCCTGCTGGCCGGTATCGAGTGGGGCTTTACCGCGATCTTCCTGGCCGAATACATCACCCGCCTGt > 5:702/1‑148 (MQ=255) ttGCTGATCATCCTGGCCAGCCTGGTCACGGTGATCCTCGACAGCATCGATGAGGTGCACCAGGGCTACGCCGGCCTGCTGGCCGGTATCGAGTGGGGCTTTACCGCGATCTTCCTGGCCGAATACATCACCCGCCTGTACTGTTCGc < 1:311596/148‑1 (MQ=255) cTGATCATCCTGGCCAGCCTGGTCACGGTGATCCTCGACAGCATCGATGAGGTGCACCAGGGCTACGCCGGCCTGCTGGCCGGTATCGAGTGGGGCTTTACCGCGATCTTCCTGGCCGAATACATCACCCGCCTGTACTGTTCGccc > 2:200158/1‑147 (MQ=255) gATCATCCTGGCCAGCCTGGTCACGGTGATCCTCGACAGCATCGATGAGGTGCACCAGGGCTACGCCGGCCTGCTGGCCGGTATCGAGTGGGGCTTTACCGCGATCTTCCTGGCCGaa < 4:276323/118‑1 (MQ=255) gATCATCCTGGCCAGCCTGGTCACGGTGATCCTCGACAGCATCGATGAGGTGCACCAGGGCTACGCCGGCCTGCTGGCCGGTATCGAGTGGGGCTTTACCGCGATCTTCCTGGCCGaa > 3:276323/1‑118 (MQ=255) atcatcCTGGCCAGCCTGGTCACGGTTATCCTCGACAGCATCGATGAGGTGCACCAGGGCTACGCCGGCCTGCTGGCCGGTATCGAGTGGGGCTTTACCGCGATCTTCCTGGCCGAATACATCACCCGCCTGTACTGTTCGCCCAAg < 6:2713/147‑1 (MQ=255) aGCCTGGTCACGGTGATCCTCGACAGCATCGATGAGGTGCACCAGGGCTACGCCGGCCTGCTGGCCGGTATCGAGTGGGGCTTTACCGCGATCTTCCTGGCCGAATACATCACCCGCCTGTACTGTTCGccc < 8:57645/132‑1 (MQ=255) aGCCTGGTCACGGTGATCCTCGACAGCATCGATGAGGTGCACCAGGGCTACGCCGGCCTGCTGGCCGGTATCGAGTGGGGCTTTACCGCGATCTTCCTGGCCGAATACATCACCCGCCTGTACTGTTCGccc > 7:57645/1‑132 (MQ=255) aGCCTGGTCACGGTGATCCTCGACAGCATCGATGAGGTGCACCAGGGCTACGCCGGCCTGCTGGCCGGTATCGAGTGGGGCTTTACCGCGATCTTCCTGGCCGAATACATCACCCGCCTGTACTGTTCGCCCAAGCCGCTGCGCTATGc < 5:178367/149‑1 (MQ=255) cTGGTCACGGTGATCCTCGACAGCATCGATGAGGTGCACCAGGGCTACGCCGGCCTGCTGGCCGGTATCGAGTGGGGCTTTACCGCGATCTTCCTGGCCGAATACATCACCCGCCTGTACTGTTCGCCCAAGCCGCTGCGCTATGCCtt < 2:286877/149‑1 (MQ=255) gTCACGGTGATCCTCGACAGCATCGATGAGGTGCACCAGGGCTACGCCGGCCTGCTGGCCGGTATCGAGTGGGGCTTTACCGCGATCTTCCTGGCCGAATACATCACCCGCCTGTACTGTTCGCCCAAGCCGCTGCGCTATGCCTTCa < 1:188212/148‑1 (MQ=255) aCGGTGATCCTCGACAGCATCGATGAGGTGCACCAGGGCTACGCCGGCCTGCTGGCCGGTATCGAGTGGGGCTTTACCGCGATCTTCCTGGCCGAATACATCACCCGCCTGTACTGTTCGCCCAAGCCGCTGCGCTATGCCTTCAGttt > 2:155997/1‑149 (MQ=255) gACAGCATCGATGAGGTGCACCAGGGCTACGCCGGCCTGCTGGCCGGTATCGAGTGGGGCTTTACCGCGATCTTCCTGGCCGAATACATCACCCGCCTGTACTGTTCGCCCAAGCCGCTGCGCTATGCCTTCAGTTTCTACGGCCTgg < 6:702/148‑1 (MQ=255) gCATCGATGAGGTGCACCAGGGCTACGCCGGCCTGCTGGCCGGTATCGAGTGGGGCTTTACCGCGATCTTCCTGGCCGAATACATCACCCGCCTGTACTGTTCGCCCAAGCCGCTGCGCTATGCCTTCAGTTTCTACGGCCTGGTCGAt < 1:200158/149‑1 (MQ=255) tCGATGAGGTGCACCAGGGCTACGCCGGCCTGCTGGCCGGTATCGAGTGGGGCTTTACCGCGATCTTCCTGGCCGAATACATCACCCGCCTGTACTGTTCGCCCAAGCCGCTGCGCTATGCCTTCAGTTTCTACGGCCTgg < 1:117460/141‑1 (MQ=255) tCGATGAGGTGCACCAGGGCTACGCCGGCCTGCTGGCCGGTATCGAGTGGGGCTTTACCGCGATCTTCCTGGCCGAATACATCACCCGCCTGTACTGTTCGCCCAAGCCGCTGCGCTATGCCTTCAGTTTCTACGGCCTgg > 2:117460/1‑141 (MQ=255) cGATGAGGTGCACCAGGGCTACGCCGGCCTGCTGGCCGGTATCGAATGGGGCTTTACCGCGATCTTCCTGGCCGAATACATCACCCGCCTGTACTGTTCGCCCAAGCCGCCGCGCTATGCCTTCAGTTTCTACGGCCTGGTCGATTTAc > 1:239506/1‑149 (MQ=255) aTGAGGTGCACCAGGGCTACGCCGGCCTGCTGGCCGGTATCGAGTGGGGCTTTACCGCGATCTTCCTGGCCGAATACATCACCCGCCTGTACTGTTCGCCCAAGCCGCTGCGCTATGCCTTCAGTTTCTACGGCCTGGTCGATTTACTg > 7:290429/1‑149 (MQ=255) aGGTGCACCAGGGCTACGCCGGCCTGCTGGCCGGTATCGAGTGGGGCTTTACCGCGATCTTCCTGGCCGAATACATCACCCGCCTGTACTGTTCGCCCAAGCCGCTGCGCTATGCCTTCAGTTTCTACGGCCTGGTCGATTTACTGGc < 6:286487/148‑1 (MQ=255) ggTGCACCAGGGCTACGCCGGCCTGCTGGCCGGTATCGAGTGGGGCTTTACCGCGATCTTCCTGGCCGAATACATCACCCGCCTGTACTGTTCGCCCAAGCCGCTGCGCTATGCCTTCAGTTTCTACGGCCTGGTCGATTTACTGGCGa < 4:98186/149‑1 (MQ=255) cAGGGCTACGCCGGCCTGCTGGCCGGTATCGAGTGGGGCTTTACCGCGATCTTCCTGGCCGAATACATCACCCGCCTGTACTGTTCGCCCAAGCCGCTGCGCTATGCCTTCAGTTTCTACGGCCTGGt < 1:138802/128‑1 (MQ=255) cAGGGCTACGCCGGCCTGCTGGCCGGTATCGAGTGGGGCTTTACCGCGATCTTCCTGGCCGAATACATCACCCGCCTGTACTGTTCGCCCAAGCCGCTGCGCTATGCCTTCAGTTTCTACGGCCTGGt > 2:138802/1‑128 (MQ=255) aGGGCTACGCCGGCCTGCTGGCCGGTATCGAGTGGGGCTTTACCGCGATCTTCCTGGCCGAATACATCACCCGCCTGTACTGTTCGCCCAAGCCGCTGCGCTATGCCTTCAGTTTCTACGGCCTGGTCGATTTACTGGCGATCGTGCCg > 4:2535/1‑149 (MQ=255) gggCTACGCCGGCCTGCTGGCCGGTATCGAGTGGGGCTTTACCGCGATCTTCCTGGCCGAATACATCACCCGCCTGTACTGTTCGCCCAAGCCGCTGCGCTATGCCTTCAGTTTCTACGGCCTGGTCGATTTACTGGCGATCGTGCCgg < 8:179549/149‑1 (MQ=255) tcgataccGGCCAGCAGGCCGGTATCGAGTGGGGCTTTACCGCGATCTTCCTGGCCGAATACATCACCCGCCTGTACTGTTCGCCCAAGCCGCTGCGCTATGCCTTCAGTTTCTACGGCCTGGTCGATTTACTGGCGATCGTGCCggg > 2:351987/7‑148 (MQ=255) gCCGGCCTGCTGGCCGGTATCGAGTGGGGCTTTACCGCGATCTTCCTGGCCGAATACATCACCCGCCTGTACTGTTCGCCCAAGCCGCTGCGCTATGCCTTCAGTTTCTACGGCCTGGTCGATTTACTGGCGATCGTGc > 3:119872/1‑139 (MQ=255) gCCGGCCTGCTGGCCGGTATCGAGTGGGGCTTTACCGCGATCTTCCTGGCCGAATACATCACCCGCCTGTACTGTTCGCCCAAGCCGCTGCGCTATGCCTTCAGTTTCTACGGCCTGGTCGATTTACTGGCGATCGTGc < 4:119872/139‑1 (MQ=255) gCCTGCTGGCCGGTATCGAGTGGGGCTTTACCGCGATCTTCCTGGCCGAATACATCACCCGCCTGTACTGTTCGCCCAAGCCGCTGCGCTATGCCTTCAGTTTCTACGGCCTGGTCGATTTACTGGCGATCGTGCCGGGGATCCTcgcg < 8:204935/149‑1 (MQ=255) | GAGCGGCTCTTCGTCATCGTCTTCCAGACCGACACCGTAGCCGGTCGCCGCTTCGACAAGATCCTGTTGCTGATCATCCTGGCCAGCCTGGTCACGGTGATCCTCGACAGCATCGATGAGGTGCACCAGGGCTACGCCGGCCTGCTGGCCGGTATCGAGTGGGGCTTTACCGCGATCTTCCTGGCCGAATACATCACCCGCCTGTACTGTTCGCCCAAGCCGCTGCGCTATGCCTTCAGTTTCTACGGCCTGGTCGATTTACTGGCGATCGTGCCGGGGATCCTCGCG > NC_002947/4895570‑4895857 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |