| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,958,594 | T→G | 9.5% | M36L (ATG→CTG) | fliG ← | flagellar motor switch protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,958,594 | 0 | T | G | 9.5% | 187.6 / 9.5 | 63 | M36L (ATG→CTG) | fliG | flagellar motor switch protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (31/26); new base G (3/3); total (34/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.70e-01 | |||||||||||
ACGCATCAGAACCGACGCCCAGGCTGGTCTGGTCGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGAGCCACACGGCCCGG > NC_002947/4958453‑4958742 | aCGCATCAGAACCGACGCCCAGGCTGGTCTGGTCGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCg > 7:104515/1‑148 (MQ=255) cGCATCAGAACCGACGCCCAGGCTGGTCTGGTCGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCg > 2:294773/1‑147 (MQ=255) aTCAGAACCGACGCCCAGGCTGGTCTGGTCGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCAGGTGCTgcggca > 7:103335/1‑149 (MQ=255) tCAGAACCGACGCCCAGGCTGGTCTGGTCGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCg < 5:93949/143‑1 (MQ=255) tCAGAACCGACGCCCAGGCTGGTCTGGTCGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCg > 6:93949/1‑143 (MQ=255) aGAACCGACGCCCAGGCTGGTCTGGTCGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCt > 4:304509/1‑149 (MQ=255) aCCGACGCCCAGGCTGGTCTGGTCGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCAGGTGCTGCGGCACATggg < 6:36177/149‑1 (MQ=255) aCGCCCAGGCTGGTCTGGTCGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCg > 3:296181/1‑148 (MQ=255) gCCCAGGCTGGTCTGGTCGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCAGGTGCTGCGGCACATGGGcccgaa < 8:103335/149‑5 (MQ=255) cAGGCTGGTCTGGTCGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCg > 4:25001/1‑148 (MQ=255) gtctggtcGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGc > 4:206177/1‑120 (MQ=255) gtctggtcGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGc < 3:206177/120‑1 (MQ=255) gtctggtcGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCgca < 1:189864/124‑1 (MQ=255) gtctggtcGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCgca > 2:189864/1‑124 (MQ=255) gtcGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGc > 7:120696/1‑148 (MQ=255) 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gTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCgg > 4:169263/1‑149 (MQ=255) gTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCgg > 4:49261/1‑149 (MQ=255) gTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCgg > 7:301070/1‑149 (MQ=255) cGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAAc < 5:23169/149‑1 (MQ=255) ggTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACg > 2:205140/1‑149 (MQ=255) 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5:84515/1‑131 (MQ=255) ccATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCa > 8:176209/1‑149 (MQ=255) aTCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCgg < 6:307726/141‑1 (MQ=255) aTCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCgg > 5:307726/1‑141 (MQ=255) gcgcCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCCCCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTGGTCGGCGCGGCTCCGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATc > 4:128277/1‑149 (MQ=255) ccATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGc < 4:93162/149‑1 (MQ=255) cATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCg > 1:194853/1‑149 (MQ=255) cATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCg < 1:205140/149‑1 (MQ=255) cacaCCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATc < 7:176209/149‑1 (MQ=255) acccacccGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAg < 4:296181/149‑1 (MQ=255) ccacccGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTc > 7:280268/1‑149 (MQ=255) cccGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCttt < 3:67801/149‑1 (MQ=255) cccGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCttt < 3:322871/149‑1 (MQ=255) cTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCAc > 4:338984/1‑148 (MQ=255) ttccttcGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCAc < 4:209863/142‑1 (MQ=255) ttccttcGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCAc > 3:209863/1‑142 (MQ=255) 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1:285631/1‑149 (MQ=255) cccAGGTGCTGCGGCACATGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGAGCCACACGGc > 6:64625/1‑149 (MQ=255) tgtgCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGATCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGAGCCACACGGCCCgg < 8:323643/149‑1 (MQ=255) tgtgCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCa > 6:19086/1‑127 (MQ=255) tgtgCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCa < 5:19086/127‑1 (MQ=255) tgtgCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGAGCCACACGGCCCgg < 3:169263/149‑1 (MQ=255) | ACGCATCAGAACCGACGCCCAGGCTGGTCTGGTCGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGAGCCACACGGCCCGG > NC_002947/4958453‑4958742 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |