Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,958,602 | A→G | 8.6% | L33P (CTG→CCG) | fliG ← | flagellar motor switch protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,958,602 | 0 | A | G | 8.6% | 159.0 / 5.1 | 58 | L33P (CTG→CCG) | fliG | flagellar motor switch protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (27/26); new base G (2/3); total (29/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.12e-01 |
ATCAGAACCGACGCCCAGGCTGGTCTGGTCGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGAGCCACACGGCCCGGGTCTTC > NC_002947/4958457‑4958748 | aTCAGAACCGACGCCCAGGCTGGTCTGGTCGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCAGGTGCTgcggca > 7:103335/1‑149 (MQ=255) aGAACCGACGCCCAGGCTGGTCTGGTCGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCt > 4:304509/1‑149 (MQ=255) aCCGACGCCCAGGCTGGTCTGGTCGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCAGGTGCTGCGGCACATggg < 6:36177/149‑1 (MQ=255) aCGCCCAGGCTGGTCTGGTCGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCg > 3:296181/1‑148 (MQ=255) gCCCAGGCTGGTCTGGTCGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCAGGTGCTGCGGCACATGGGcccgaa < 8:103335/149‑5 (MQ=255) cAGGCTGGTCTGGTCGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCg > 4:25001/1‑148 (MQ=255) gtctggtcGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCgca < 1:189864/124‑1 (MQ=255) gtctggtcGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCgca > 2:189864/1‑124 (MQ=255) gtcGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGc > 7:120696/1‑148 (MQ=255) tGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCaggagg < 6:362230/149‑1 (MQ=255) gacgaACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCagga < 8:167834/143‑1 (MQ=255) gacgaACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCagga > 7:167834/1‑143 (MQ=255) acgaACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATcgc < 8:120696/149‑1 (MQ=255) acgaACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATcgc > 3:93162/1‑149 (MQ=255) cgaACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATcgcc < 3:304509/149‑1 (MQ=255) aaCTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATcgccgc > 5:177643/1‑149 (MQ=255) atcaCCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGa < 5:204150/148‑1 (MQ=255) tcaCCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGATCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGAcg > 7:323643/1‑149 (MQ=255) gACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCgg < 1:43824/142‑1 (MQ=255) gACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCgg > 2:43824/1‑142 (MQ=255) 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gTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCgg > 7:301070/1‑149 (MQ=255) gTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCgg > 4:169263/1‑149 (MQ=255) cGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAAc < 5:23169/149‑1 (MQ=255) ggTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACg > 2:205140/1‑149 (MQ=255) caTTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCgg < 2:119110/149‑1 (MQ=255) caTTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCgg < 8:104515/149‑1 (MQ=255) aTTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCGTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGt < 6:177643/149‑1 (MQ=255) ttGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGtt < 8:301070/149‑1 (MQ=255) gCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTgg < 6:84515/131‑1 (MQ=255) gCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTgg > 5:84515/1‑131 (MQ=255) ccATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCa > 8:176209/1‑149 (MQ=255) aTCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCgg < 6:307726/141‑1 (MQ=255) aTCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCgg > 5:307726/1‑141 (MQ=255) gcgcCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCCCCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTGGTCGGCGCGGCTCCGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATc > 4:128277/1‑149 (MQ=255) ccATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGc < 4:93162/149‑1 (MQ=255) cATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCg > 1:194853/1‑149 (MQ=255) cATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCg < 1:205140/149‑1 (MQ=255) cacaCCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATc < 7:176209/149‑1 (MQ=255) acccacccGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAg < 4:296181/149‑1 (MQ=255) ccacccGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTc > 7:280268/1‑149 (MQ=255) cccGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCttt < 3:322871/149‑1 (MQ=255) cccGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCttt < 3:67801/149‑1 (MQ=255) cTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCAc > 4:338984/1‑148 (MQ=255) ttccttcGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCAc > 3:209863/1‑142 (MQ=255) ttccttcGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCAc < 4:209863/142‑1 (MQ=255) tccttcGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGCGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGAg > 5:287482/1‑149 (MQ=255) ccttcGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGa < 3:49261/147‑1 (MQ=255) ccttcGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGa < 8:280268/147‑1 (MQ=255) gatgcggCCCAGGTGCTGCGGCACATGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCttt < 7:144439/131‑1 (MQ=255) gatgcggCCCAGGTGCTGCGGCACATGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCttt > 8:144439/6‑136 (MQ=255) ttcGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCAGCGTGTCGACGCGGCGCAGCTTGGCGGGAACGGCGCGGTTATCACACATAGGCGGTGATACACTCTTTAACGACCTGAGCca > 1:285631/1‑149 (MQ=255) cccAGGTGCTGCGGCACATGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGAGCCACACGGc > 6:64625/1‑149 (MQ=255) tgtgCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGATCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGAGCCACACGGCCCgg < 8:323643/149‑1 (MQ=255) tgtgCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCa < 5:19086/127‑1 (MQ=255) tgtgCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCa > 6:19086/1‑127 (MQ=255) tgtgCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGAGCCACACGGCCCgg < 3:169263/149‑1 (MQ=255) gcagcaCCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGAGCCACACGGCCCGGGTCTTc > 4:112158/1‑149 (MQ=255) gcagcaCCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGAGCCACACGGCCCGGGTCTTc < 3:159632/149‑1 (MQ=255) gcagcaCCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGAGCCACACGGCCCGGGTCTTc > 2:48472/1‑149 (MQ=255) | ATCAGAACCGACGCCCAGGCTGGTCTGGTCGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGAGCCACACGGCCCGGGTCTTC > NC_002947/4958457‑4958748 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |