Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,082,653 | C→G | 8.1% | G538A (GGT→GCT) | alaS ← | alanine‑‑tRNA ligase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,082,653 | 0 | C | G | 8.1% | 192.2 / 6.2 | 62 | G538A (GGT→GCT) | alaS | alanine‑‑tRNA ligase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (30/27); new base G (2/3); total (32/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.67e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.84e-01 |
GCGAGCCCTTCTGCTGTACATGCTCGCCCAGTACCTGGCGCAATGCTTCGTGCAGCAGGTGGGTAGCGGAGTGATTCAACGAGGTGGCGTGCTGTACGTCGGCATCGACCTTGGCCTCGACGGGCGAACCGATCACCAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCACCGCCGGTCTTGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGACCACCGGACTCGGCGTAGAACGGCGTGCGGTCGAGCACCA > NC_002947/5082510‑5082800 | gCGAGCCCTTCTGCTGTACATGCTCGCCCAGTACCTGGCGCAATGCTTCGTGCAGCAGGTGGGTAGCGGAGTGATTCAACGAGGTGGCGTGCTGTACGTCGGCATCGACCTTGGCCTCGACGGGCGAACCGATCACCAGCGCACCGCTg > 4:55065/1‑149 (MQ=255) gAGCCCTTCTGCTGTACATGCTCGCCCAGTACCTGGCGCAATGCTTCGTGCAGCAGGTGGGTAGCGGAGTGATTCAACGAGGTGGCGTGCTGTACGTCGGCATCGACCTTGGCCTCGACGGGCGAACCGATCACCAGCGCACCGCTGGt < 5:189737/149‑1 (MQ=255) aGCCCTTCTGCTGTACATGCTCGCCCAGTACCTGGCGCAATGCTTCGTGCAGCAGGTGGGTAGCGGAGTGATTCAACGAGGTGGCGTGCTGTACGTCGGCATCGACCTTGGCCTCGACGGGCGAACCGATCACCAGCGGTGCGCTGGtg < 3:141988/149‑2 (MQ=255) cccTTCTGCTGTACATGCTCGCCCAGTACCTGGCGCAATGCTTCGTGCAGCAGGTGGGTAGCGGAGTGATTCAACGAGGTGGCGTGCTGTACGTCGGCATCGACCTTGGCCTCGACGGGCGAACCGATCACCAGCGGTGCGCTGGtgat < 3:263089/149‑4 (MQ=255) cTTCTGCTGTACATGCTCGCCCAGTACCTGGCGCAATGCTTCGTGCAGCAGGTGGGTAGCGGAGTGATTCAACGAGGTGGCGTGCTGTACGTCGGCATCGACCTTGGCCTCGACGGGCGAACCGATCACCAGCGCACCGCTGGTcacca > 7:51095/1‑149 (MQ=255) ttCTGCTGTACATGCTCGCCCAGTACCTGGCGCAATGCTTCGTGCAGCAGGTGGGTAGCGGAGTGATTCAACGAGGTGGCGTGCTGTACGTCGGCATCGACCTTGGCCTCGACGGGCGAACCGATCACCAGCGCACCGCTGGTcaccac > 6:22717/1‑149 (MQ=255) ctgTACATGCTCGCCCAGTACCTGGCGCAATGCTTCGTGCAGCAGGTGGGTAGCGGAGTGATTCAACGAGGTGGCGTGCTGTACGTCGGCATCGACCTTGGCCTCGACGGGCGAACCGATCACCAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCgt < 5:169813/149‑1 (MQ=255) ctgTACATGCTCGCCCAGTACCTGGCGCAATGCATCGTGCAGCAGGTTGGTAGCGGAGTGATTCAACGAGGTGGCGTGCTGTACGTCGGCCTCCACCTTGGCCTCGACGGGCGAACCGATCACCAGCCCACCGCTGTTCACCACGCCgt > 5:105251/1‑149 (MQ=255) tACATGCTCGCCCAGTACCTGGCGCAATGCTTCGTGCAGCAGGTGGGTAGCGGAGTGATTCAACGAGGTGGCGTGCTGTACGTCGGCATCGACCTTGGCCTCGACGGGCGAACCGATCACCAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCgtg < 7:250173/147‑1 (MQ=255) cATGCTCGCCCAGTACCTGGCGCAATGCTTCGTGCAGCATGTGGGTAGCGGAGTGATTCAACGAGGTGGCGTGCTGTACGTCGGCATCGACCTTGGCCTCGACGGGCGAACCGATCACCAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGc < 6:352255/149‑1 (MQ=255) gCTCGCCCAGTACCTGGCGCAATGCTTCGTGCAGCAGGTGGGTAGCGGAGTGATTCAACGAGGTGGCGTGCTGTACGTCGGCATCGACCTTGGCCTCGACGGGCGAACCGATCACCAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAg > 4:105947/1‑148 (MQ=255) cTCGCCCAGTACCTGGCGCAATGCTTCGTGCAGCAGGTGGGTAGCGGAGTGATTCAACGAGGTGGCGTGCTGTACGTCGGCATCGACCTTGGCCTCGACGGGCGAACCGATCACCAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAgg > 7:297307/1‑148 (MQ=255) gCCCAGTACCTGGCGCAATGCTTCGTGCAGCAGGTGGGTAGCGGAGTGATTCAACGAGGTGGCGTGCTGTACGTCGGCATCGACCTTGGCCTCGACGGGCGAACCGATCACCAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAgg < 5:22717/149‑1 (MQ=255) ccAGTACCTGGCGCAATGCTTCGTGCAGCAGGTGGGTAGCGGAGTGATTCAACGAGGTGGCGTGCTGTACGTCGGCATCGACCTTGGCCTCGACGGGCGAACCGATCACCAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCa > 3:281310/1‑149 (MQ=255) ccTGGCGCAATGCTTCGTGCAGCAGGTGGGTAGCGGAGTGATTCAACGAGGTGGCGTGCTGTACGTCGGCATCGACCTTGGCCTCGACGGGCGAACCGATCACCAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCAccgccg < 7:122223/149‑1 (MQ=255) tGGCGCAATGCTTCGTGCAGCAGGTGGGTAGCGGAGTGATTCAACGAGGTGGCGTGCTGTACGTCGGCATCGACCTTGGCCTCGACGGGCGAACCGATCACCAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGc > 1:293480/1‑132 (MQ=255) tGGCGCAATGCTTCGTGCAGCAGGTGGGTAGCGGAGTGATTCAACGAGGTGGCGTGCTGTACGTCGGCATCGACCTTGGCCTCGACGGGCGAACCGATCACCAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGc < 2:293480/132‑1 (MQ=255) gcgcAATGCTTCGTGCAGCAGGTGGGTAGCGGAGTGATTCAACGAGGTGGCGTGCTGTACGTCGGCATCGACCTTGGCCTCGACGGGCGAACCGATCACCAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCACCGCCGGTc < 3:55065/148‑1 (MQ=255) gcAATGCTTCGTGCAGCAGGTGGGTAGCGGAGTGATTCAACGAGGTGGCGTGCTGTACGTCGGCATCGACCTTGGCCTCGACGGGCGAACCGATCACCAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCACCGCCGGTCTtg > 6:198757/1‑149 (MQ=255) gcAATGCTTCGTGCAGCAGGTGGGTAGCGGAGTGATTCAACGAGGTGGCGTGCTGTACGTCGGCATCGACCTTGGCCTCGACGGGCGAACCGATCACCAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCACCGCCGGTCTtg > 4:1801/1‑149 (MQ=255) cTTCGTGCAGCAGGTGGGTAGCGGAGTGATTCAACGAGGTGGCGTGCTGTACGTCGGCATCGACCTTGGCCTCGACGGGCGAACCGATCACCAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCAc < 1:157806/132‑1 (MQ=255) cTTCGTGCAGCAGGTGGGTAGCGGAGTGATTCAACGAGGTGGCGTGCTGTACGTCGGCATCGACCTTGGCCTCGACGGGCGAACCGATCACCAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCAc > 2:157806/1‑132 (MQ=255) tGCAGCAGGTGGGTAGCGGAGTGATTCAACGAGGTGGCGTGCTGTACGTCGGCATCGACCTTGGCCTCGACGGGCGAACCGATCACCAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCACCGCCGGTCTTGGTGGTGTcgcg > 3:324004/1‑149 (MQ=255) tGCAGCAGGTGGGTAGCGGAGTGATTCAACGAGGTGGCGTGCTGTACGTCGGCATCGACCTTGGCCTCGACGGGCGAACCGATCACCAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCACCGCCGGTCTTGGTGGTGTcgcg < 5:198757/149‑1 (MQ=255) agcagGTGGGTAGCGGAGTGATTCAACGAGGTGGCGTGCTGTACGTCGGCATCGACCTTGGCCTCGACGGGCGAACCGATCACCAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCACCGCCGGTCTTGGTGGTGTCGCGCAc > 6:337794/1‑149 (MQ=255) agGTGGGTAGCGGAGTGATTCAACGAGGTGGCGTGCTGTACGTCGGCATCGACCTTGGCCTCGACGGGCGAACCGATCACCAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCACCGCCGGTCTTGGTGGTGTCGCGCACGTc < 1:2001/149‑1 (MQ=255) gTGGGTAGCGGAGTGATTCAACGAGGTGGCGTGCTGTACGTCGGCATCGACCTTGGCCTCGACGGGCGAACCGATCACCAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCACCGCCGGTCTTGGTGGTGTCGCGCACGTCa > 7:14245/1‑148 (MQ=255) ttCAACGAGGTGGCGAGCTGTACGTCGCCATCGACCTTCCCCTCCACGGGCGAACCGATCACCAGCGCACCGCTGGACAACACGACGTCGACCAGGAAGGCACCCCCGGTCTTGCTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAga > 4:343373/1‑148 (MQ=255) aaCGAGGTGGCGTGCTGTACGTCGGCATCGACCTTGGCCTCGACGGGCGAACCGATCACCAGCGCACCGCTGGTc > 2:320665/1‑75 (MQ=255) aaCGAGGTGGCGTGCTGTACGTCGGCATCGACCTTGGCCTCGACGGGCGAACCGATCACCAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCACCGCCGGTCTTGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCt < 8:297307/148‑1 (MQ=255) aaCGAGGTGGCGTGCTGTACGTCGGCATCGACCTTGGCCTCGACGGGCGAACCGATCACCAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCACCGCCGGTCTTGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCt < 4:281310/148‑1 (MQ=255) gAGGTGGCGTGCTGTACGTCGGCATCGACCTTGGCCTCGACGGGCGAACCGATCACCAGCGCACCGCTgg < 8:335534/70‑1 (MQ=255) gAGGTGGCGTGCTGTACGTCGGCATCGACCTTGGCCTCGACGGGCGAACCGATCACCAGCGCACCGCTgg > 7:335534/1‑70 (MQ=255) gAGGTGGCGTGCTGTACGTCGGCATCGACCTTGGCCTCGACGGGCGAACCGATCACCAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCAccgccg < 2:271298/102‑1 (MQ=255) gAGGTGGCGTGCTGTACGTCGGCATCGACCTTGGCCTCGACGGGCGAACCGATCACCAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCAccgccg > 1:271298/1‑102 (MQ=255) gAGGTGGCGTGCTGTACGTCGGCATCGACCTTGGCCTCGACGGGCGAACCGATCACCAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCACCGCCGGTCTTGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCaa < 3:1801/149‑1 (MQ=255) cGTGCTGTACGTCGGCATCGACCTTGGCCTCGACGGGCGAACCGATCACCAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCACCGCCGGTCTTGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCg < 8:51095/149‑1 (MQ=255) tACGTCGGCATCGACCTTGGCCTCGACGGGCGAACCGATCACCAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCACCGCCGGTCTTGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATc < 5:337794/147‑1 (MQ=255) gTCGGCATCGACCTTGGCCTCGACGGGCGAACCGATCACCAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCACCGCCGGTCTTGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATcaccca > 7:112334/1‑149 (MQ=255) gCATCGACCTTGGCCTCGACGGGCGAACCGATCACCAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCACCGCCGGTCTTGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTg < 6:197988/112‑1 (MQ=255) gCATCGACCTTGGCCTCGACGGGCGAACCGATCACCAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCACCGCCGGTCTTGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTg > 5:197988/1‑112 (MQ=255) gCATCGACCTTGGCCTCGACGGGCGAACCGATCACCAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCACCGCCGGTCTTGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTg < 8:14245/149‑1 (MQ=255) cATCGACCTTGGCCTCGACGGGCGAACCGATCACCAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCACCGCCGGTCTTGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATcaccca > 2:44993/1‑144 (MQ=255) cATCGACCTTGGCCTCGACGGGCGAACCGATCACCAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCACCGCCGGTCTTGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATcaccca < 1:44993/144‑1 (MQ=255) aTCGACCTTGGCCTCGACGGGCGAACCGATCACCAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCACCGCCGGTCTTGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGac > 8:158823/1‑149 (MQ=255) gCCTCGACGGGCGAACCGATCACCAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCACCGCCGGTCTTGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGACCACCGGACTc > 6:142677/1‑149 (MQ=255) tCGACGGGCGAACCGATCACCAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCACCGCCGGTCTTGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGACCACCGGACTCGGc > 5:332306/1‑149 (MQ=255) cGGGCGAACCGATCACCAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCACCGCCGGTCTTGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGACCACCGGACTCGGCGTAg < 4:324004/149‑1 (MQ=255) gAACCGATCACCAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCACCGCCGGTCTTGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGACCACCGGACTCGGCGTAGAACgg > 1:340770/1‑149 (MQ=255) cgtggtgaCCAGCGGTGCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCACCGCCGGTCTTGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGACCACCGGACTCGGCGTAGAACGGCg > 6:170914/8‑149 (MQ=255) ccGATCACCAGCGGACCGCTGGTCACCAGGCCGTGGTGCAGGAAGGCACCGCCGGTGTTGGTGGTGTCGAGCACGTCAAAGCGTGCTGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCTCCTGACCACCGGACTCGGCGTAGAACGGCGt < 3:343373/149‑1 (MQ=255) tgaCCAGCGGTGCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCACCGCCGGTCTTGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGACCACCGGACTCGGCGTAGAACg < 2:126276/139‑1 (MQ=255) tgaCCAGCGGTGCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCACCGCCGGTCTTGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGACCACCGGACTCGGCGTAGAACg > 1:126276/3‑141 (MQ=255) aCCAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCACCGCCGGTCTTGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGACCACCGGACTCGGCGTAGAACGGCGTGCGGTc > 5:313500/1‑149 (MQ=255) ccAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCACCGCCGGTCTTGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGaccac > 2:190617/1‑120 (MQ=255) ccAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCACCGCCGGTCTTGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGaccac < 1:190617/120‑1 (MQ=255) ccAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCACCGCCGGTCTTGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGACCACCGGACTCGGCGTAGAACGGCGTGCGGTc > 1:221791/1‑148 (MQ=255) cAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCACCGCCGGTCTTGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGACCACCGGACTCGGCGTAGAACGGCGTGCGGTc > 5:233391/1‑147 (MQ=255) cAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCACCGCCGGTCTTGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGACCACCGGACTCGGCGTAGAACGGCGTGCGGTCg < 4:137335/148‑1 (MQ=255) cAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCACCGCCGGTCTTGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGACCACCGGACTCGGCGTAGAACGGCGTGCGGTCg > 3:137335/1‑148 (MQ=255) cACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCACCGCCGGTCTTGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGACCACCGGACTCGGCGTAGAACGGCGTGCGGTCGAGcagc < 6:233391/149‑3 (MQ=255) aCCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCACCGCCGGTCTTGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGACCACCGGACTCGGCGTAGAACGGCGTGCGGTCGAGcacca < 3:105947/149‑1 (MQ=255) | GCGAGCCCTTCTGCTGTACATGCTCGCCCAGTACCTGGCGCAATGCTTCGTGCAGCAGGTGGGTAGCGGAGTGATTCAACGAGGTGGCGTGCTGTACGTCGGCATCGACCTTGGCCTCGACGGGCGAACCGATCACCAGCGCACCGCTGGTCACCACGCCGTGGTGCAGGAAGGCACCGCCGGTCTTGGTGGTGTCGCGCACGTCAAAGCGTGCAGCGCCAGCCTGCAAGAAGCCGGTATCACCCACCTGACCACCGGACTCGGCGTAGAACGGCGTGCGGTCGAGCACCA > NC_002947/5082510‑5082800 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |