Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,182,065 | T→G | 14.8% | intergenic (‑123/+31) | PP_4560 ← / ← csbD | ribonuclease BN/stress response protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,182,065 | 0 | T | G | 14.8% | 79.9 / 11.5 | 41 | intergenic (‑123/+31) | PP_4560/csbD | ribonuclease BN/stress response protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (20/15); new base G (4/2); total (24/17) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.64e-01 |
GTCGGGGAAAATCATAGCGTCTCCTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCGGTCACCTTGCCAACA > NC_002947/5181928‑5182210 | gTCGGGGAAAATCATAGCGTCTCCTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCgag > 6:211443/1‑146 (MQ=255) tCGGGGAAAATCATAGCGTCTCCTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCTCGGGTGAACCCGcgaaga < 1:170827/149‑1 (MQ=255) gggAAAATCATAGCGTCTCCTTTCGCCGCTTGATTGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCCGGTTCAACCGAGAAGAGGc > 3:220098/1‑149 (MQ=255) gAAAATCATAGCGTCTCCTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCg > 5:42485/1‑149 (MQ=255) aaaTCATAGCGTCTCCTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCgg > 7:215239/1‑148 (MQ=255) tctcCTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCtcaa < 6:353392/148‑1 (MQ=255) tctcCTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCtc > 5:353392/1‑146 (MQ=255) gccgcTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCTCGGGTGAACCCGcgaaga < 6:107578/122‑1 (MQ=255) gccgcTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCTCGGGTGAACCCGcgaaga > 5:107578/1‑122 (MQ=255) gattGATTGTTACACAGGCAAGTCTAATCGACCGTGCCGGAGGTGGGCTGCTCCCGGCCGGGGTGGAAGATTTTCATTACCAATACGTGCGGGCCTTTTCGCGGGTTCACCCGATAAGTGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGcttctt < 4:220098/147‑1 (MQ=255) gATCGTTAACCAGGCACGTCTAATAGACCGGGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTTAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGGGGGTTCACCCGTTAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCAc < 5:211443/148‑1 (MQ=255) cacaGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCtt > 5:219704/1‑149 (MQ=255) cccggCAAGTCTAATCGACCGTGCCCGAGCGGTGCTGCTCCCGGCCGGGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCCCCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTc < 4:208091/146‑1 (MQ=255) caGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTca < 3:38412/149‑1 (MQ=255) cAAGTCTAATCGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCAcc < 7:48470/135‑1 (MQ=255) 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8:34829/133‑1 (MQ=255) gaagaaTTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCgccttgcct > 4:101090/1‑148 (MQ=255) gaaTTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCgg > 5:355646/1‑149 (MQ=255) attttGCTTACTAATACGGGCCGGCCTCTTCGGGGGTTCCCCGGTTATGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCgg < 6:219704/146‑1 (MQ=255) aaTAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTc < 3:25690/149‑1 (MQ=255) aTAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCg > 6:213491/1‑149 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |