| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,389,506 | C→T | 15.4% | intergenic (+205/‑115) | dld2 → / → PP_4738 | D‑lactate dehydrogenase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,389,506 | 0 | C | T | 15.4% | 58.1 / 3.8 | 26 | intergenic (+205/‑115) | dld2/PP_4738 | D‑lactate dehydrogenase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (10/12); new base T (2/2); total (12/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
GGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATGCGCGGTAAACCCGCGAACACCGGCAACGCCGGTGCCATCCCTACTTCAATATCGCCCCGCCACCATCCCGATGGAACCCCCGCCAATCCCCCGCAGTCCACCTTACAGGCCCACCTTCCAGAGGCCCCAGAGGAGACACCCATGAAAGGTACCGCA > NC_002947/5389358‑5389635 | ggTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATGCGCGGTAAACCCGCGAACACCGGCAAc > 5:36882/1‑149 (MQ=255) gctgGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATGCGCGGTAAACCCGCGAACACCGGCAACGCCGGt < 6:29301/149‑1 (MQ=255) aaTCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATGCGCGGTAAACCCGCGAACACCGGCGTTGCCGGTgttcgc > 6:200557/1‑143 (MQ=255) aaTCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATGCGCGGTAAACCCGCGAACACCGGCGTTGCCGGTgttcgc < 5:200557/148‑6 (MQ=255) ccccACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATGCGCGGTAAACCCGCGAACACCGGCGTTGCCGGTgttcgc < 1:82437/145‑6 (MQ=255) ccccACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATGCGCGGTAAACCCGCGAACACCGGCGTTGCCGGTgttcgc > 2:82437/1‑140 (MQ=255) cccacccaCTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATGCGCGGTAAACCCGCGAACACCGGCAACGCCGGTGCCATCCCTAc < 7:41590/149‑1 (MQ=255) cccccacTGTCCCCCGCAGCCACCACCGCAGTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATGCGCGGTAAACCCGCGAACACCGGCAACGCCgg < 6:365751/133‑1 (MQ=255) tCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATGCGCGGTAAACCCGCGAACACCGGCAACGCCGGTGCCATCCCTa > 6:299991/1‑137 (MQ=255) tCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATGCGCGGTAAACCCGCGAACACCGGCAACGCCGGTGCCATCCCTa < 5:299991/137‑1 (MQ=255) tCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATGCGCGGTAAACCCGCGAACACCGGCAACGCCGGTGCCATCCCTACTTCAATATCGc > 3:23163/1‑149 (MQ=255) ccACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATGCGCGGTAAACCCGCGAACACCGGCAACGCCGGTGCCATCCCTACTTCAATATCGcc > 4:178811/1‑149 (MQ=255) cACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATGCGCGGTAAACCCGCGAACACCGGCAACGCCGGTGCCATCCCTACTTCAATATCGccc > 4:345859/1‑149 (MQ=255) aCCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATGCGCGGTAAACCCGCGAACACCGGCAACGCCGGTGCCATCCCTACTTCAATATCGcccc > 1:48690/1‑149 (MQ=255) gCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATGCGCGGTAAACCCGCGAACACCGGCAACGCCGGTGCCATCCCTACTTCAATATCGCCCCGCCACCATCCCGATg > 5:169304/1‑149 (MQ=255) 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gtggtgCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATGCGCGGTAAACCCGCGAACACCGGCAACGCCGGTGCCATCCCTACTTCAATATCGCCCCGCCACCATCCCGATGGAACCCCCGCCAATCCCCCGCAGTCCACCTTAc < 2:48690/148‑1 (MQ=255) acacaTCGGTGGGTGTACACAGGCCGCCGTATGCGCGGGAAACCCGCGAACACCGGCAACGCCGGTGCCATCCCTACTTCAATATCGCCCCGCCACCATCCCGATGGAACCCCCGCCAATCCCCCGCAGTCCACCTTACAGGCCCACCt < 4:197404/149‑1 (MQ=255) acacaTCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATGCGCGGTAAACCCGCGAACACCGGCAACGCCGGTGCCATCCCTACTTCAATATCGCCCCGCCACCATCCCGATGGAACCCCCGCCAATGCCCCGCAGTCCACCTTACCGGCCCAccg > 2:150436/1‑148 (MQ=255) aTCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATGCGCGGTAAACCCGCGAACACCGGCAACGCCGGTGCCATCCCTACTTCAATATCGCCCCGCCACCATCCCGATGGAACCCCCGCCAATCCCCCGCAGTCCACCTTACAGGCCCACCTTCCa < 3:318224/149‑1 (MQ=255) caGCCCGCCGTATGCGCGGTAAACCCGCGAACACCGGCAACGCCGGTGCCATCCCTACTTCAATATCGCCCCGCCACCATCCCGATGGAACCCCCGCCAATCCCCCGCAGTCCACCTTACAGGCCCACCTTCCAGAGGCCCCAgaggag < 6:366848/149‑1 (MQ=255) aaCCCGCGAACACCGGCAACGCCGGTGCCATCCCTACTTCAATATCGCCCCGCCACCATCCCGATGGAACCCCCGCCAATCCCCCGCAGGCCCCCTTACCGGCCCCCCTTCCAGAGGCCCCCCAGGAGACACCCATTAAAGGTACCGCa > 2:126154/1‑149 (MQ=255) | GGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATGCGCGGTAAACCCGCGAACACCGGCAACGCCGGTGCCATCCCTACTTCAATATCGCCCCGCCACCATCCCGATGGAACCCCCGCCAATCCCCCGCAGTCCACCTTACAGGCCCACCTTCCAGAGGCCCCAGAGGAGACACCCATGAAAGGTACCGCA > NC_002947/5389358‑5389635 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |