Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,477,000 | G→A | 79.1% | W410* (TGG→TGA) | PP_4813 → | PAP2 family protein/DedA family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,477,000 | 0 | G | A | 79.1% | 78.3 / 18.1 | 43 | W410* (TGG→TGA) | PP_4813 | PAP2 family protein/DedA family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/6); new base A (16/18); total (19/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.08e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.52e-01 |
ATTGCCCTGTCGCGGGTGTACCTGGGGGCGCACTGGCCAACCGATATCCTGGCCGGGGCCCTGCTGGCCTGTTGCGTGTGCGCACTCAGCCTGACATTGGTGCAACGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTG‑CCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCACGGGATCGCGC > NC_002947/5476857‑5477143 | aTTGCCCTGTCGCGGGTGTACCTGGGGGCGCACTGGCCAACCGATATCCTGGCCGGGGCCCTGCTGGCCTGTTGCGTGTGCGCACTCAGCCTGACATTGGTGCAACGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCt < 5:52120/149‑1 (MQ=255) ttGCCCTGTCGCGGGTGTACCTGGGGGCGCACTGGCCAACCGATATCCTGGCCGGGGCCCTGCTGGCCTGTTGCGTGTGCGCACTCAGCCTGACATTGGTGCAACGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTg < 5:304565/149‑1 (MQ=255) ttGCCCTGTCGCGGGTGTACCTGGGGGCGCACTGGCCAACCGATATCCTGGCCGGGGCCCTGCTGGCCTGTTGCGTGTGCGCACTCAGCCTGACATTGGTGCAACGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGATGGCTg < 4:350347/149‑1 (MQ=255) cccTGTCGCGGGTGTACCTGGGGGCGCACTGGCCAACCGATATCCTGGCCGGGGCCCTGCTGGCCTGTTGCGTGTGCGCACTCAGCCTGACATTGGTGCAACGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGATGGCTGgtg < 5:282282/149‑1 (MQ=255) cTGTCGCGGGTGTACCTGGGGGCGCACTGGCCAACCGATATCCTGGCCGGGGCCCTGCTGGCCTGTTGCGTGTGCGCACTCAGCCTGACATTGGTGCAACGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGtt < 1:37590/149‑1 (MQ=255) gcgGGTGTACCTGGGGGCGCACTGGCCAACCGATATCCTGGCCGGGGCCCTGCTGGCCTGTTGCGTGTGCGCACTCAGCCTGACATTGGTGCAACGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGATGGCTGGTGTTG‑CCgg < 2:146685/149‑1 (MQ=255) gtACCTGGGGGCGCACTGGCCAACCGATATCCTGGCCGGGGCCCTGCTGGCCTGTTGCGTGTGCGCACTCAGCCTGACATTGGTGCAACGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGATGGCTGGTGTTG‑CCGGCATGCg > 8:51946/1‑149 (MQ=255) ccTGGGGGCGCACTGGCCAACCGATATCCTGGCCGGGGCCCTGCTGGCCTGTTGCGTGTGCGCACTCAGCCTGACATTGGTGCAACGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGATGGCTGGTGTTG‑CCGGCATGCGTgg > 8:163928/1‑149 (MQ=255) cTGGCCAACCGATATCCTGGCCGGGGCCCTGCTGGCCTGTTGCGTGTGCGCACTCAGCCTGACATTGGTGCAACGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGATGGCTGGTGTTGTCCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCg < 7:51946/149‑1 (MQ=255) gCCAACCGATATCCTGGCCGGGGCCCTGCTGGCCTGTTGCGTGTGCGCACTCAGCCTGACATTGGTGCAACGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGATGGCTGGTGTTG‑CCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGttct < 1:151010/149‑1 (MQ=255) cAACCGATATCCTGGCCGGGGCCCTGCTGGCCTGTTGCGTGTGCGCACTCAGCCTGACATTGGTGCAACGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTG‑CCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGttcttc < 3:178129/149‑1 (MQ=255) cAACCGATATCCTGGCCGGGGCCCTGCTGGCCTGTTGCGTGTGCGCACTCAGCCTGACATTGGTGCAACGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGATGGCTGGTGTTG‑CCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGttcttc > 3:235170/1‑149 (MQ=255) aaCCGATATCCTGGCCGGGGCCCTGCTGGCCTGTTGCGTGTGCGCACTCAGCCTGACATTGGTGCAACGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTG‑CCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCg > 5:194903/1‑149 (MQ=255) ctCCTGGCCGGGGCCCTGCTGGCCTGTTGCGTGTGCGCACTCAGCCTGACATTGGTGCAACGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGATGGCTGGTGTTG‑CCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCcatgc < 8:230952/147‑1 (MQ=255) ccTGGCCGGGGCCCTGCTGGCCTGTTGCGTGTGCGCACTCAGCCTGACATTGGTGCAACGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTG‑CCGGCATGCGTGgcg > 3:58989/1‑124 (MQ=255) ccTGGCCGGGGCCCTGCTGGCCTGTTGCGTGTGCGCACTCAGCCTGACATTGGTGCAACGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTG‑CCGGCATGCGTGgcg < 4:58989/124‑1 (MQ=255) ggggCCCTGCTGGCCTGTTGCGTGTGCGCACTCAGCCTGACATTGGTGCAACGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGATGGCTGGTGTTG‑CCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGcc < 3:230610/149‑1 (MQ=255) tgctgGCCTGTTGCGTGTGCGCACTCAGCCTGACATTGGTGCAACGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTG‑CCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGAGTTGCAGCAGGCg > 4:225770/1‑149 (MQ=255) tgGCCTGTTGCGTGTGCGCACTCAGCCTGACATTGGTGCAACGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGATGGCTGGTGTTG‑CCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTg > 1:67542/1‑149 (MQ=255) cTGTTGCGTGTGCGCACTCAGCCTGACATTGGTGCAACGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGtggtgg > 6:34742/1‑79 (MQ=255) cTGTTGCGTGTGCGCACTCAGCCTGACATTGGTGCAACGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGtggtgg < 5:34742/79‑1 (MQ=255) cTGTTGCGTGTGCGCACTCAGCCTGACATTGGTGCAACGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGATGGCTGGTGTTG‑CCAGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGt > 7:56528/1‑147 (MQ=255) gTTGCGTGTGCGCACTCAGCCTGACATTGGTGCAACGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGATGGCTg > 4:226957/1‑80 (MQ=255) gTTGCGTGTGCGCACTCAGCCTGACATTGGTGCAACGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGATGGCTg < 3:226957/80‑1 (MQ=255) gTTGCGTGTGCGCACTCAGCCTGACATTGGTGCAACGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGATGGCTGGTGTTG‑CCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGcc > 7:2965/1‑119 (MQ=255) gTTGCGTGTGCGCACTCAGCCTGACATTGGTGCAACGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGATGGCTGGTGTTG‑CCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGcc < 8:2965/119‑1 (MQ=255) tgtgCGCACTCAGCCTGACATTGGTGCAACGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGATGGCTGGTGTTG‑CCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCaa > 7:289910/1‑149 (MQ=255) cgcACTCAGCCTGACATTGGTGCAACGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGATGGCTGGTGTTG‑CCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGc < 4:281991/99‑1 (MQ=255) cgcACTCAGCCTGACATTGGTGCAACGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGATGGCTGGTGTTG‑CCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGc > 3:281991/1‑99 (MQ=255) aGCCTGACATTGGTGCAACGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGATGGCTGGTGTTG‑CCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTa > 5:74749/1‑134 (MQ=255) aGCCTGACATTGGTGCAACGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGATGGCTGGTGTTG‑CCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTa < 6:74749/134‑1 (MQ=255) aGCCTGACATTGGTGCAACGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGATGGCTGGTGTTG‑CCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTg > 7:188006/1‑149 (MQ=255) aTTGGTGCAACGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGATGGCTGGTGTTG‑CCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGc < 7:163928/148‑1 (MQ=255) aTTGGTGCAACGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGATGGCTGGTGTTG‑CCGGCATGCGTGGCGATGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCtgtg > 8:330146/1‑147 (MQ=255) ggTGCAACGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGATGGCTGGTGTTG‑CCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGc > 6:279834/1‑149 (MQ=255) gTGCAACGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGATGGCTGGTGTTG‑CCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGc < 8:188006/148‑1 (MQ=255) aCGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTG‑CCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTc < 6:194903/149‑1 (MQ=255) ccAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGATGGCTGGTGTTG‑CCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTcgcg > 6:92665/1‑149 (MQ=255) ccAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGATGGCTGGTGTTG‑CCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTc < 5:279834/149‑1 (MQ=255) cTGCCGCTGCGGGTGTGATGGCTGGTGTTG‑CCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTaaa < 3:191423/136‑1 (MQ=255) cTGCCGCTGCGGGTGTGATGGCTGGTGTTG‑CCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTaaa > 4:191423/1‑136 (MQ=255) tGCCGCTGCGGGTGTGATGGCTGGTGTTG‑CCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCgg > 1:70802/1‑130 (MQ=255) tGCCGCTGCGGGTGTGATGGCTGGTGTTG‑CCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCgg < 2:70802/130‑1 (MQ=255) ggTGTGATGGCTGGTGTTG‑CCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCACGGGATcgcg < 8:289910/149‑1 (MQ=255) gtgtGATGGCTGGTGTTG‑CCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGGAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCACGGGATCgcgc < 7:330146/149‑1 (MQ=255) | ATTGCCCTGTCGCGGGTGTACCTGGGGGCGCACTGGCCAACCGATATCCTGGCCGGGGCCCTGCTGGCCTGTTGCGTGTGCGCACTCAGCCTGACATTGGTGCAACGCCAGCAGACCCTGCCAGCCCTGCCGCTGCGGGTGTGGTGGCTGGTGTTG‑CCGGCATGCGTGGCGCTGCTGGCGTTCTTCGCCATGCATGCGTTGCCGCAGGCGTTGGTCAGGTATCAATATTGATGTTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCACGGGATCGCGC > NC_002947/5476857‑5477143 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |