| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,562,268 | T→C | 6.7% | Q206R (CAG→CGG) | hflK ← | integral membrane ATP‑dependent zinc metallopeptidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,562,268 | 0 | T | C | 6.7% | 170.4 / 2.7 | 60 | Q206R (CAG→CGG) | hflK | integral membrane ATP‑dependent zinc metallopeptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (29/26); new base C (2/2); total (32/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.08e-01 | |||||||||||
TCGAAGGCTTCCTGCACTTCACGCGGGGCCGCCGCGCTCTGTACGTTGACCTGGGTAACGGTGATACCGGTGCGGTAGTTGTCGAGGAAGCGCTGCAGGCGTTCGCGGATATCCACGGCCATCTGCTCACGACCCTCGGTCAACACCTGGTCCATCGAAGTGGAACCCACCACGTGGCGCAGGGCGCTGTCGGTCGCGTGCTGCAAGCTCACCTCAGGCTGGTCGACGTTGAGCACGAAGTCCTGCAGGTTGCTGATCTTGTACTGGACGGTCAGCGGCACCTCGACGATGTTCT > NC_002947/5562121‑5562415 | tcgAAGGCTTCCTGCACTTCACGCGGGGCCGCCGCGCTCTGTACGTTGACCTGGGTAACGGTGATACCGGTGCGGTAGTTGTCGAGGAAGCGCTGCAGGCGTTCGCGGATATCCACGGCCATCTGCTCACGACCCTCGGTCAACACCTg < 4:6353/149‑1 (MQ=255)tcgAAGGCTTCCTGCACTTCACGCGGGGCCGCCGCGCTCTGTACGTTGACCTGGGTAACGGTGATACCGGTGCGGTAGTTGTCGAGGAAGCGCTGCAGGCGTTCGCGGATATCCACGGCCATCTGCTCACGACCCTCGGTCAACACCTg < 4:1350/149‑1 (MQ=255) gAAGGCTTCCTGCACTTCACGCGGGGCCGCCGCGCTCTGTACGTTGACCTGGGTAACGGTGATACCGGTGCGGTAGTTGTCGAGGAAGCGCTGCAGGCGTTCGCGGATATCCACGGCCATCTGCTCACGACCCTCGGTCAACACCTGGt < 5:5012/149‑1 (MQ=255) ttCCTGCACTTCACGCGGGGCCGCCGCGCTCTGTACGTTGACCTGGGTAACGGTGATACCGGTGCGGTAGTTGTCGAGGAAGCGCTGCAGGCGTTCGCGGATATCCACGGCCATCTGCTCACGACCCTCGGTCAACACCTGGTCCATc > 6:76034/1‑148 (MQ=255) ttCCTGCACTTCACGCGGGGCCGCCGCGCTCTGTACGTTGACCTGGGTAACGGTGATACCGGTGCGGTAGTTGTCGAGGAAGCGCTGCAGGCGTTCGCGGATATCCACGGCCATCTGCTCACGACCCTCGGTCAACACCTGGTCCATc > 5:229947/1‑148 (MQ=255) ttCCAGCACTTCACGCGGGGGCGCCGCGCTCTGTACGTTGACCTGGGTAACGGTGATACCGGTGCGGTAGTTGTCGAGGAAGCGCTGCAGGCGTTCGCGGATATCCACGGCCATCTGCTCACGACCCTCGGTCAACACCTGGTc > 1:260390/1‑144 (MQ=255) ttCCAGCACTTCACGCGGGGGCGCCGCGCTCTGTACGTTGACCTGGGTAACGGTGATACCGGTGCGGTAGTTGTCGAGGAAGCGCTGCAGGCGTTCGCGGATATCCACGGCCATCTGCTCACGACCCTCGGTCAACACCTGGTc < 2:260390/144‑1 (MQ=255) gCACTTCACGCGGGGCCGCCGCGCTCTGTACGTTGACCTGGGTAACGGTGATACCGGTGCGGTAGTTGTCGAGGAAGCGCTGCAGGCGTTCGCGGATATCCACGGCCATCTGCTCATGACCCTCGGTCAACACCTGGTCCATCGAAGTg > 3:13423/1‑149 (MQ=255) cACTTCACGCGGGGCCGCCGCGCTCTGTACGTTGACCTGGGTAACGGTGATACCGGTGCGGTAGTTGTCGAGGAAGCGCTGCAGGCGTTCGCGGATATCCACGGCCATCTGCTCACGACCCTCGGTCAACACCTGGTCCATCGAAGt < 8:10169/147‑1 (MQ=255) aCTTCACGCGGGGCCGCCGCGCTCTGTACGTTGACCTGGGTAACGGTGATACCGGTGCGGTAGTTGTCGAGGAAGCGCTGCAGGCGTTCGCGGATATCCACGGCCATCTGCTCACGACCCTCGGTCAACACCTGGTCCATCGAAGTgg < 6:229947/148‑1 (MQ=255) aCTTCACGCGGGGCCGCCGCGCTCTGTACGTTGACCTGGGTAACGGTGATACCGGTGCGGTAGTTGTCGAGGAAGCGCTGCAGGCGTTCGCGGATATCCACGGCCATCTGCTCACGACCCTCGGTCAACACCTCGTCCATCGAAGTGGa > 4:206015/1‑149 (MQ=255) cTTCACGCGGGGCCGCGGCGCTCTGTACGTTGACCTGGGTAACGGTGATTCCGGTGCGGTAGTTGTCGAGGAAGCGCTGCAGGCGTTCGCGGATATCCACGGCCATCTGCTCACGACCCTCGGTCAACACCTGGTCCATCGAAGTGGaa < 7:70593/149‑1 (MQ=255) ttCACGCGGGGCCGCCGCGCTCTGTACGTTGACCTGGGTAACGGTGATACCGGTGCGGTAGTTGTCGAGGAAGCGCTGCAGGCGTTCGCGGATATCCACGGCCATCTGCTCACGACCCTCGGTCAACACCTGGTCCATCGAAGTg > 7:257024/1‑145 (MQ=255) ttCACGCGGGGCCGCCGCGCTCTGTACGTTGACCTGGGTAACGGTGATACCGGTGCGGTAGTTGTCGAGGAAGCGCTGCAGGCGTTCGCGGATATCCACGGCCATCTGCTCACGACCCTCGGTCAACACCTGGTCCATCGAAGTg < 8:257024/145‑1 (MQ=255) ttCACGCGGGGCCGCCGCGCTCTGAACGTTGACCTGGGTAACGGTGATACCGGTGCGGTAGTTGTCGGGGAAGCGCTGCAGGCGTTCGCCGATATCCACGGCCATCTGCTCACGACCCTCGGTCAACACCTGGTCCATCGAAGTGTAAc > 6:227368/1‑149 (MQ=255) cgcTCTGTACGTTGACCTGGGTAACGGTGATACCGGTGCGGTAGTTGTCGAGGAAGCGCTGCAGGCGTTCGCGGATATCCACGGCCATCTGCTCATGACCCTCGGTCAACACCTGGTCCATCGAAGTGGAACCCACCACGTGGCGCAgg < 4:13423/149‑1 (MQ=255) tctGTACGTTGACCTGGGTAACGGTGATACCGGTGCGGTAGTTGTCGAGGAAGCGCTGCAGGCGTTCGCGGATATCCACGGCCATCTGCTCACGACCCTCGGTCAACACCTGGTCCATCGAAGTGGAACCCACCACGTGGCGCAGGgcg > 7:77130/1‑149 (MQ=255) gTTGACCTGGGTAACGGTGATACCGGTGCGGTAGTTGTCGAGGAAGCGCTGCAGGCGTTCGCGGATATCCACGGCCATCTGCTCACGACCCTCGGTCAACACCTGGTCCATCGAAGTGGAACCCACCACGTGGCGCAGGGCGCTgtcgg > 1:346839/1‑149 (MQ=255) gACCTGGGTAACGGTGATACCGGTGCGGTAGTTGTCGAGGAAGCGCTGCAGGCGTTCGCGGATATCCACGGCCATCTGCTCACGACCCTCGGTCAACACCTGGTCCATCGAAGTGGAACCCACCACGTGGCGCAGGGCGCTgtcggtcg > 8:157502/1‑149 (MQ=255) cTGGGTAACGGGGATACCGGGGCGGTAGTTGTCGAGGACGCGCTGCAGGCGTTCGCGGCTCTCCACGGCCATCTGCTCACGCCCCGCGGTCAACCCCGGGTCCATCGAAGTGGCACCCACCACGTGGCGCAGGGCGCTGGCGGTCGCGt > 3:95638/1‑149 (MQ=255) aaCGGTGATACCGGTGCGGTAGTTGTCGAGGAAGCGCTGCAGGCGTTCGCGGATATCCACGGCCATCTGCTCACGACCCTCGGTCAACACCTGGTCCATc > 7:186891/1‑100 (MQ=255) aaCGGTGATACCGGTGCGGTAGTTGTCGAGGAAGCGCTGCAGGCGTTCGCGGATATCCACGGCCATCTGCTCACGACCCTCGGTCAACACCTGGTCCATc < 8:186891/100‑1 (MQ=255) ggTGATACCGGTGCGGTAGTTGTCGAGGAAGCGCTGCAGGCGTTCGCGGATATCCACGGCCATCTGCTCACGACCCTCGGTCAACACCTGGTCCATCGAAGTGGAACCCACCACGTGGCGCAGGGCGCTGTCGGTCGCGTGCTGCAAGc > 6:245417/1‑149 (MQ=255) gATACCGGTGCGGTAGTTGTCGAGGAAGCGCTGCAGGCGTTCGCGGATATCCACGGCCATCTGCTCACGACCCTCGGTCAACACCTGGTCCATCGAAGTGGAACCCACCACGTGGCGCAGGGCGCTGTCGGTCGCGTGCTGCAAGCTCa > 6:101536/1‑149 (MQ=255) ccGGTGCGGTAGTTGTCGAGGAAGCGCTGCAGGCGTTCGCGGATATCCACGGCCATCTGCTCACGACCCTCGGTCAACACCTGGTCCATCGAAGTGGAACCCACCACGTGGCGCAGGGCGCTGTCGGTCGCGTGCTGCAAGCTCACCt < 7:157502/148‑1 (MQ=255) ccGGTGCGGTAGTTGTCGAGGAAGCGCTGCAGGCGTTCGCGGATATCCACGGCCATCTGCTCACGACCCTCGGTCAACACCTGGTCCATCGAAGTCGAACCCACCACGTGGCGCAGGGCGCTGTCGGTCGCGTGCTGCAAGCTCACCt < 3:206015/148‑1 (MQ=255) gTGCGGTAGTTGTCGAGGAAGCGCTGCAGGCGTTCGCGGATATCCACGGCCATCTGCTCACGACCCTCGGTCAACACCTGGTCCATCGAAGTGGAACCCACCACGTGGCGCAGGGCGCTGTCGGTCGCGTGCTGCAAGCTCACCTCAgg > 4:97689/1‑149 (MQ=255) ggTAGTTGTCGAGGAAGCGCTGCAGGCGTTCGCGGATATCCACGGCCATCTGCTCACGACCCTCGGTCAACACCTGGTCCATCGAAGTGGAACCCACCACGTGGCGCAGGGCGCTGTCGGTCGCGTGCTGCAAGCTCACCTCAGGCTgg < 8:77130/149‑1 (MQ=255) gTCGAGGAAGCGCTGCAGGCGTTCGCGGATATCCACGGCCATCTGCTCACGACCCTCGGTCAACACCTGGTCCATCGAAGTGGAACCCACCACGTGGCGCAGGGCGCTGTCGGTcgcg < 4:102321/118‑1 (MQ=255) gTCGAGGAAGCGCTGCAGGCGTTCGCGGATATCCACGGCCATCTGCTCACGACCCTCGGTCAACACCTGGTCCATCGAAGTGGAACCCACCACGTGGCGCAGGGCGCTGTCGGTcgcg > 3:102321/1‑118 (MQ=255) tCGAGGAAGCGCTGCAGGCGTTCGCGGATATCCACGGCCATCTGCTCACGACCCTCGGTCAACACCTGGTCCATCGAAGTGGAACCCACCACGTGGCGCAGGGCGCTGTCGGTCGCGTGCTGCAAGCTCACCTCAGGCTGGTCGACGtt > 7:65324/1‑149 (MQ=255) tCGAGGAAGCGCTGCAGGCGTTCGCGGATATCCACGGCCATCTGCTCACGACCCTCGGTCAACACCTGGTCCATCGAAGTGGAACCCACCACGTGGCGCAGGGCGCTGTCGGTCGCGTGCTGCAAGCTCACCTCAGGCTGGTCGACGtt < 3:97689/149‑1 (MQ=255) aGGAAGCGCTGCAGGCGTTCGCGGATATCCACGGCCATCTGCTCACGACCCTCGGTCAACACCTGGTCCATCGAAGTGGAACCCACCACGTGGCGCAGGGCGCTGTCGGTCGCGTGCTGCAAGCTCACCTCAGGCTGGTCGACGTTGAg > 8:331929/1‑149 (MQ=255) gcTGCAGGCGTTCGCTGATATCCACGGCCATCTGCTCACGACCCTCGGTCAACACCTGGTCCATCGAAGTGGAACCCACCACGTGGCTCAGGGCGCTGTCGGTCGCGTGCTGCAAGCTCACCTCAGGCTGGTCGACGTTGAGCACGAAg < 5:227368/149‑1 (MQ=255) gCAGGCGTTCGCGGATATCCACGGCCATCTGCTCACGACCCTCGGTCAACACCTGGTCCATCGAAGTGGAACCCACCACGTGGCGCAGGGCGCTGTCGGTCGCGTGCTGCAAGCTCACCTCAGGCTGGTCGACGTTGAGCACGAAGTcc > 1:205835/1‑149 (MQ=255) cAGGCGTTCGCGGATATCCACGGCCATCTGCTCACGACCCTCGGTCAACACCTGGTCCATCGAAGTGGAACCCACCACGTGGCGCAGGGCGCTGTAGGTCGCGTGCTGCAAGATAACATCAGGCAGGTCGACGTTGAGCACCaatacct > 2:22063/1‑144 (MQ=255) cggtCGCGGAGATGCACGGCCAGCTGCTCACGACCCTCGGTCAACACCTGGTCCATCGAAGTGGAACCCACCTCGTGGCGCAGGGCGCTGTCGGTCGCGTGCTTCAAGCTCACCTCAGGCTGGTCGACGTTGAGCACGAAGTCCTGCAg < 4:95638/146‑1 (MQ=255) gcgGATATCCACGGCCATCTGCTCACGACCCTCGGTCAACACCTGGTCCATCGAAGTGGAACCCACCACGTGGCGCAGGGCGCTGTCGGTCGCGTGCTGCAAGCTCACCTCAGGCTGGTCGACGTTGAGCACGAAGTCCTGCAGGTTGc < 5:76034/149‑1 (MQ=255) gcgGATATCCACGGCCATCTGCTCACGACCCTCGGTCAACACCTGGTCCATCGAAGTGGAACCCACCACGTGGCGCAGGGCGCTGTCGGTCGCGTGCTGCAAGCTCACCTCAGGCTGGTCGACGTTGAGCACGAAGTCCTGCAGGTTGc > 5:75217/1‑149 (MQ=255) ggATATCCACGGCCATCTGCTCACGACCCTCGGTCAACACCCGGTCCATCGAAGTGGAACCCACCACGTGGCGCAGGGCGCTGTCGGTCGCGTGCTGCAAGCt > 1:233814/1‑103 (MQ=255) ggATATCCACGGCCATCTGCTCACGACCCTCGGTCAACACCCGGTCCATCGAAGTGGAACCCACCACGTGGCGCAGGGCGCTGTCGGTCGCGTGCTGCAAGCt < 2:233814/103‑1 (MQ=255) gATATCCACGGCCATCTGCTCACGACCCTCGGTCAACACCTGGTCCATCGAAGTGGAACCCACCACGTGGCGCAGGGCGCTGTCGGTCGCGTGCTGCAAGCTCACCTCAGGCTGGTCGACGTTGAGCACGAAGTCCTGCAGGTTGCTGa < 6:75217/149‑1 (MQ=255) atatCCACGGCCATCTGCTCACGACCCTCGGTCAACACCTGGTCCATCGAAGTGGAACCCACCACGTGGCGCAGGGCGCTGTCGGTCGCGTGCTGCAAGCTCACCTCAGGCTGGTCGACGTTGAGCACGAAGTCCTGCAGGTTGCTGAt > 6:307287/1‑149 (MQ=255) tatCCACGGCCATCTGCTCACGACCCTCGGTCAACACCTGGTCCATCGAAGTGGAACCCACCACGTGGCGCAGGGCGCTGTCGGTCGCGTGCTGCAAGCTCACCTCAGGCTGGTCGACGTTGAGCACGAAGTCCTGCAGGTTGCTGATc < 7:331929/149‑1 (MQ=255) cACGGCCATCTGCTCACGACCCTCGGTCAACACCCGGTCCATCGAAGTGGAACCCACCACGTGGCGCAGGGCGCTGTCGGTCGCGTGCTGCAAGCTCACCTCAGGCTGGTCGACGTTGAGCACGAAGTCCTGCAGGTTg < 6:150324/139‑1 (MQ=255) cACGGCCATCTGCTCACGACCCTCGGTCAACACCCGGTCCATCGAAGTGGAACCCACCACGTGGCGCAGGGCGCTGTCGGTCGCGTGCTGCAAGCTCACCTCAGGCTGGTCGACGTTGAGCACGAAGTCCTGCAGGTTg > 5:150324/1‑139 (MQ=255) cACGGCCATCTGCTCACGACCCTCGGTAAACACCTGGTCCATCGAAGTGGAACCCACCACGTGGCGCAGGGCGCTGTCGGTCGCGTGCTGCAAGCTCACCTCAGGCTGGTCGACGTTGAGCACGAAGTCCTGCAGGTTGCTGATCTTg < 7:130053/148‑1 (MQ=255) aCGGCCATCTGCTCACGACCCTCGGTCAACACCTGGTCCATCGAAGTGGAACCCACCACGTGGCGCAGGGCGCTGTCGGTCGCGTGCTGCAAGCTCACCTCAGGCTGGTCGACGTTGAGCACGAAGTCCTGCAGGTTGCTGATCTTGTa < 5:101536/149‑1 (MQ=255) cTCACGACCCTCGGTCAACACCTGGTCCATCGAAGTGGAACCCACCACGTGGCGCAGGGCGCTGTCGGTCGCGTGCTGCAAg < 4:283208/82‑1 (MQ=255) cTCACGACCCTCGGTCAACACCTGGTCCATCGAAGTGGAACCCACCACGTGGCGCAGGGCGCTGTCGGTCGCGTGCTGCAAg > 3:283208/1‑82 (MQ=255) cTCACGACCCTCGGTCAACACCTGGTCCATCGAAGTGGAACCCACCACGTGGCGCAGGGCGCTGTCGGTCGCGTGCTGCAAGCTCACCTCAGGCTGGTCGACGTTGAGCACGAAGTCCTGCAGGTTGCTGATCTTGTACTGGACg < 2:346839/145‑1 (MQ=255) tCACGACCCTCGGTCAACACCTGGTCCATCGAAGTGGAACCCACCACGTGGCGCAGGGCGCTGTCGGTCGCGTGCTGCAAGCTCACCTCAGGCTGGTCGACGTTGAGCACGAAGTCCTGCAGGTTGCTGATCTTGTACTGGACGGTCAg > 6:165507/1‑149 (MQ=255) tCACGACCCTCGGTCAACACCTGGTCCATCGAAGTGGAACCCACCACGTGGCGCAGGGCGCTGTCGGTCGCGTGCTGCAAGCTCACCTCAGGCTGGTCGACGTTGAGCACGAAGTCCTGCAGGTTGCTGATCTTGTACTGGACGGTCAg > 4:162009/1‑149 (MQ=255) tCACGACCCTCGGTCAACACCTGGTCCATCGAAGTGGAACCCACCACGTGGCGCAGGGCGCTGTCGGTCGCGTGCTGCAAGCTCACCTCAGGCTGGTCGACGTTGAGCACGAAGTCCTGCAGGTTGCTGATCTTGTACTGGACGGTCAg > 7:203112/1‑149 (MQ=255) cACGACCCTCGGTCAACACCTGGTCCATCGAAGTGGAACCCACCACGTGGCGCAGGGCGCTGTCGGTCGCGTGCTGCAAGCTCACCTCAGGCTGGTCGACGTTGAGCACGAAGTCCTGCAGGTTGCTGATCTTGTACTGGACGGTCAGc > 4:182294/1‑149 (MQ=255) aCGACCCTCGGTCAACACCTGGTCCATCGAAGTGGAACCCACCACGTGGCGCAGGGCGCTGTCGGTCGCGTGCTGCAAGCTCACCTCAGGCTGGTCGACGTTGAGCACGAAGTCCTGCAGGTTGCTGATCTTGTACTGGACGGTCAGc < 5:307287/148‑1 (MQ=255) ccTCGGTCAACACCTGGTCCATCGAAGTGGAACCCACCACGTGGCGCAGGGCGCTGTCGGTCGCGTGCTGCAAGCTCACCTCAGGCTGGTCGACGTTGAGCACGAAGTCCTGCAGGTTGCTGATCTTGTACTGGACGGTCAGCGGCAc > 7:35924/1‑148 (MQ=255) acCTGGTCCATCGAAGTGGAACCCACCACGTGGCGCAGGGCGCTGTCGGTCGCGTGCTGCAAGCTCACCTCAGGCTGGTCGACGTTGAGCACGAAGTCCTGCAGGTTGCTGATCTTGTACTGGACGGTCAGCGGCACCTCGACGATGtt < 3:182294/149‑1 (MQ=255) acCTGGTCCATCGAAGTGGAACCCACCACGTGGCCCAGGGCGCTGTCGGACGCGTGCTGCAAGCTCACCTCAGGCTGGTCGACGTTGAGCACGAAGTCCTGCAGGTTGCTGATCTTGTACTGGACGGTCAGCGGCACCTCGACGATGtt > 7:143334/1‑149 (MQ=255) cTGGTCCATCGAAGTGGAACCCACCACGTGGCGCAGGGCGCTGTCGGTCGCGTGCTGCAAGCTCACCTCAGGCTGGTCGACGTTGAGCACGAAGTCCTGCAGGTTGCTGATCTTGTACTGGACGGTCAGCGGCACCTCGACGATGTtct > 1:160401/1‑149 (MQ=255) | TCGAAGGCTTCCTGCACTTCACGCGGGGCCGCCGCGCTCTGTACGTTGACCTGGGTAACGGTGATACCGGTGCGGTAGTTGTCGAGGAAGCGCTGCAGGCGTTCGCGGATATCCACGGCCATCTGCTCACGACCCTCGGTCAACACCTGGTCCATCGAAGTGGAACCCACCACGTGGCGCAGGGCGCTGTCGGTCGCGTGCTGCAAGCTCACCTCAGGCTGGTCGACGTTGAGCACGAAGTCCTGCAGGTTGCTGATCTTGTACTGGACGGTCAGCGGCACCTCGACGATGTTCT > NC_002947/5562121‑5562415 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |