| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,574,790 | G→C | 6.8% | F168L (TTC→TTG) ‡ | motB ← | flagellar motor rotation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,574,790 | 0 | G | C | 6.8% | 281.8 / 7.6 | 87 | F168L (TTC→TTG) ‡ | motB | flagellar motor rotation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (41/40); new base C (2/4); total (43/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 | |||||||||||
CCAGTTACCGTATTCGCCAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTT‑CTGCAGTTCCTGCAGCAACAGCTCCAGACGCTC > NC_002947/5574643‑5574936 | ccAGTTACCGTATTCGCCAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCg > 4:203036/1‑148 (MQ=255) aGTTACCGTATTCGCCAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAAc < 1:25117/149‑1 (MQ=255) aCCGTATTCGCCAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACAtcg > 4:263038/1‑149 (MQ=255) ccGTATTCGCCAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTTCGACAtcgg > 6:232154/1‑149 (MQ=255) gTATTCGCCAGTTCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGGTGATGCTGACCTTGTTCGGGAACGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGGAGGATATGTTAGAAGTAGCGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACAtcggt < 1:58639/149‑1 (MQ=255) gTATTCGCCAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTTCGACAtcggta < 8:4976/149‑2 (MQ=255) gTATTCGCCAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTTCGACAtcggta < 5:9404/149‑2 (MQ=255) gTATTCGCCAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTTCGACAtcggta < 5:232154/149‑2 (MQ=255) cGCCAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACAtcggtcg > 8:190692/1‑145 (MQ=255) cGCCAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACAtcggtcg < 7:190692/145‑1 (MQ=255) ccAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTtctc > 1:183408/1‑149 (MQ=255) ccGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATc > 6:155093/1‑149 (MQ=255) cGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATc > 7:86899/1‑148 (MQ=255) gCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCAt > 4:286544/1‑149 (MQ=255) aTACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGa > 5:3668/1‑149 (MQ=255) ggCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTg > 6:179513/1‑149 (MQ=255) ttGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGa > 3:166458/1‑148 (MQ=255) aTCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACg > 8:245526/1‑147 (MQ=255) tCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAg < 5:179513/149‑1 (MQ=255) ggTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAgg < 3:175964/148‑1 (MQ=255) gTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACAtcggtcgg < 4:87206/117‑1 (MQ=255) gTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGcc > 6:29124/1‑149 (MQ=255) gTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGcc < 3:214480/149‑1 (MQ=255) gTATGCCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACAtcggtcgg > 3:87206/1‑117 (MQ=255) tATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCg > 3:330830/1‑149 (MQ=255) tGGCCGCTGATCCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTc < 2:6253/149‑1 (MQ=255) gCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCt < 5:155093/149‑1 (MQ=255) cGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGa < 4:330830/149‑1 (MQ=255) cGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGa < 3:263038/149‑1 (MQ=255) cGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGa < 3:203036/149‑1 (MQ=255) cTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGt < 6:357167/149‑1 (MQ=255) cTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGAtct < 5:29124/148‑1 (MQ=255) tGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGAtctc > 7:326995/1‑148 (MQ=255) ccTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTc < 3:255249/133‑1 (MQ=255) ccTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTc > 4:255249/1‑133 (MQ=255) cTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGaa > 8:237553/1‑147 (MQ=255) cTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGaa < 1:351539/147‑1 (MQ=255) cTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGaa > 2:351539/1‑147 (MQ=255) tCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATc > 1:225316/1‑149 (MQ=255) cGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATc < 4:166458/148‑1 (MQ=255) cGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATc < 6:3668/148‑1 (MQ=255) ggCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCAAGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTg > 4:656/1‑149 (MQ=255) cACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCTGGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGt > 5:162569/1‑149 (MQ=255) aCCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGAt < 5:196527/110‑1 (MQ=255) aCCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGAt > 6:196527/1‑110 (MQ=255) aCCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTc < 2:183408/149‑1 (MQ=255) gCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCtt < 2:225316/149‑1 (MQ=255) gCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCtt > 4:208807/1‑149 (MQ=255) cTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCTGGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGa < 6:162569/149‑1 (MQ=255) gATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATGGTCGAACAACGGACGGTTCTCGGCATCCATGAACTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATATCGAAAAGGATCTGGTCATTGaaa > 1:107672/1‑148 (MQ=255) aTGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTc < 2:333600/140‑1 (MQ=255) aTGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTc > 1:333600/1‑140 (MQ=255) gtgtCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTg < 3:286544/149‑1 (MQ=255) aGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCt > 4:324515/1‑149 (MQ=255) cATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCg < 8:326995/149‑1 (MQ=255) tGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCggg > 2:197019/1‑149 (MQ=255) gCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGtt > 5:154786/1‑149 (MQ=255) cagcagGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCgg > 1:255390/1‑144 (MQ=255) cagcagGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCgg < 2:255390/144‑1 (MQ=255) cagcagGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTtct > 2:242629/1‑149 (MQ=255) agcagGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCt > 4:177086/1‑124 (MQ=255) agcagGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCt < 3:177086/124‑1 (MQ=255) gcagGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTctct < 2:107672/149‑1 (MQ=255) cagGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATATCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTctct > 7:127493/1‑148 (MQ=255) agGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGa > 1:320364/1‑96 (MQ=255) gATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCa > 6:82002/1‑149 (MQ=255) gATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCa < 1:242629/149‑1 (MQ=255) cTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTg > 3:300921/1‑149 (MQ=255) ttCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTg > 3:132792/1‑123 (MQ=255) ttCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTg < 4:132792/123‑1 (MQ=255) ttCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCggg > 5:119092/1‑133 (MQ=255) ttCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCggg < 6:119092/133‑1 (MQ=255) ttCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCtttt > 5:278491/1‑147 (MQ=255) ttCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGt > 6:279403/1‑149 (MQ=255) aaGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTT‑CTg < 5:82002/149‑1 (MQ=255) ggCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTT‑CTGCAGTTc > 7:332704/1‑149 (MQ=255) ggCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTT‑CTGCAGTTc < 7:245526/149‑1 (MQ=255) gCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTTGCTGCAggaa > 6:322637/1‑146 (MQ=255) cAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTT‑CTGCa < 2:67650/140‑1 (MQ=255) cAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTT‑CTGCa > 1:67650/1‑140 (MQ=255) cAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTT‑CTGCAGTTCCTgca < 8:332704/149‑1 (MQ=255) cAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTT‑CTGCAGTTCCTg < 5:279403/147‑1 (MQ=255) ggCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTT‑CTGCAGTTCCTgcagc < 8:86899/149‑1 (MQ=255) cgaCCGAT‑GTTCGACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTT‑CTGCAGTTcc < 6:307517/133‑1 (MQ=255) cgaCCGAT‑GTTCGACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTT‑CTGCAGTTcc > 5:307517/3‑135 (MQ=255) ccGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTT‑CTGCAGTTCCTGCAGCAACAGCTcc < 4:300921/147‑1 (MQ=255) ccGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTT‑CTGCAGTTCCTGCAGCAACAGCTCCa < 3:656/148‑1 (MQ=255) tCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTT‑CTGCAGTTCCTGCAGCAACAGCTCCAGAcgctc < 8:127493/149‑1 (MQ=255) | CCAGTTACCGTATTCGCCAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAG‑GGCTGCAGGCGCGCGCTACCGAT‑GTCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTT‑CTGCAGTTCCTGCAGCAACAGCTCCAGACGCTC > NC_002947/5574643‑5574936 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |