Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,651,374 | T→G | 14.8% | intergenic (‑182/+31) | PP_4959 ← / ← fba | diguanylate cyclase/fructose‑bisphosphate aldolase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,651,374 | 0 | T | G | 14.8% | 143.1 / 16.9 | 60 | intergenic (‑182/+31) | PP_4959/fba | diguanylate cyclase/fructose‑bisphosphate aldolase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/28); new base G (4/5); total (27/33) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 |
CGGTTGGATCCATTAGTACTCTAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTCGTAACGC > NC_002947/5651227‑5651516 | cGGTTGGATCCATTAGTACTCTAGACATGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCATAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCTACTAACGGTCTGTCTGACGGAATTATGTACTGTTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCAt < 1:75666/148‑1 (MQ=255) ttGGATACATTAGTACTCTAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGACGACTAACGGTAGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACACGCATCGCt > 5:208556/1‑149 (MQ=255) aTTAGTACTCTAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTTACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGttt > 6:176440/1‑149 (MQ=255) aTTAGTACTCTAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGttt > 4:61172/1‑149 (MQ=255) aTTAGTACTCTAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGttt > 3:17465/1‑149 (MQ=255) aTTAGTACTCTAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGttt < 1:30007/149‑1 (MQ=255) gTACTCTAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGttttt > 6:284689/1‑147 (MQ=255) tACTCTAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAg > 2:94637/1‑149 (MQ=255) aCTCTAGACCTGATGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGGCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAg < 6:236337/148‑1 (MQ=255) ctctAGACCTGAGTCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCAGCGATGCGGGtttttttatg < 5:43797/149‑6 (MQ=255) ctctAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAgg < 6:218850/148‑1 (MQ=255) ctctAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCAGCGATGCGGGtttttttatg < 5:57936/149‑6 (MQ=255) ctctAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCAGCGATGCGGGttttttta < 5:303541/147‑4 (MQ=255) tctAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGt > 7:314417/1‑149 (MQ=255) tAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTa > 5:145372/1‑149 (MQ=255) tAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTa > 3:254333/1‑149 (MQ=255) tAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCAGCGATGCGGGtttttttatg > 7:5115/1‑141 (MQ=255) tAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCAGCGATGCGGGtttttttatg < 8:5115/146‑6 (MQ=255) gACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCAGCGATGCGGGtttttttatgg < 2:186990/145‑7 (MQ=255) gACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCAGCGATGCGGGtttttttatgg > 1:186990/1‑139 (MQ=255) cTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGt > 1:239000/1‑149 (MQ=255) cTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGt < 2:336666/149‑1 (MQ=255) cAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGtt < 4:310358/149‑1 (MQ=255) cAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGtt < 2:222083/149‑1 (MQ=255) cAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGt < 2:239000/148‑1 (MQ=255) acacGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTc > 7:83430/1‑126 (MQ=255) acacGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTc < 8:83430/126‑1 (MQ=255) atgcaatCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTggc < 6:145372/149‑1 (MQ=255) atCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCa < 2:182895/149‑1 (MQ=255) taataaCGCTATCAATGATCATACTGTACGTTAGACTAGTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTTTGTACAGGTTTCCATCTCACATAAAAAAACCCGCATCGCTGAGGGTTTTTCAGTGTTACCTGTCGATCAGTTTACCTTGGCGGCCAg < 6:208556/145‑1 (MQ=255) aTCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCa < 2:247525/131‑1 (MQ=255) aTCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCa > 1:247525/1‑131 (MQ=255) aTCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAg < 4:326948/148‑1 (MQ=255) aaCTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAg < 5:11565/140‑1 (MQ=255) aaCTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAg > 6:11565/1‑140 (MQ=255) aaCTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTg < 3:61172/149‑1 (MQ=255) cTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCAAAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGt < 4:17465/149‑1 (MQ=255) tAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTg < 2:278711/102‑1 (MQ=255) tAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTg > 1:278711/1‑102 (MQ=255) ggtcggtcTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGAAGCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCGGTCAGGTCGCGCTGGTACATGCCTGCCAGAGAGCTc > 8:258830/1‑149 (MQ=255) ggtcggtcTGCAGGAATTATGTACAAGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACGTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCaga > 8:53126/1‑143 (MQ=255) ggtcTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGACCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCt > 4:311906/1‑149 (MQ=255) ccGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATc < 5:284689/148‑1 (MQ=255) ccGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCt > 8:67413/1‑149 (MQ=255) gAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTc > 1:276503/1‑126 (MQ=255) gAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTc < 2:276503/126‑1 (MQ=255) aaTTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGa < 2:241715/149‑1 (MQ=255) aTTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAg > 4:154733/1‑149 (MQ=255) aTTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAg < 8:314417/149‑1 (MQ=255) aCAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTg < 7:67413/148‑1 (MQ=255) gTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCcgc > 4:58481/1‑149 (MQ=255) aTCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTggcg < 8:104155/69‑1 (MQ=255) aTCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTggcg > 7:104155/1‑69 (MQ=255) ccATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCTGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGaa < 7:53126/147‑1 (MQ=255) ccATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGaa < 5:176440/147‑1 (MQ=255) ccATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGACCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGaa < 3:311906/147‑1 (MQ=255) cATAAAACCACCCGCATCGCTGCGGTTTTTTCAGGGTGACCTGTCGATCAGGTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGGACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGc < 7:258830/149‑1 (MQ=255) aaaCCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCTGAGAGATCGGCTTTATATTCGAGGCATTGCACGCGGTGACGAAGGCTTAGTa > 8:322269/1‑148 (MQ=255) cccGCAGCGATGCGGGTTTTTCAGGGTTACATGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTACAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCAGCGGTGCCGAAGGCTTCGTAAcgc > 7:147036/1‑149 (MQ=255) ccGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTCGTAAcg < 3:297739/147‑1 (MQ=255) ccGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTCGTAAcg > 4:297739/1‑147 (MQ=255) | CGGTTGGATCCATTAGTACTCTAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGGTTTTTCAGGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTCGTAACGC > NC_002947/5651227‑5651516 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |