| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 29,918 | T→C | 7.0% | intergenic (‑371/+72) | PP_0024 ← / ← PP_0025 | membrane‑associated metal‑dependent hydrolase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 29,918 | 0 | T | C | 7.0% | 203.9 / 3.9 | 71 | intergenic (‑371/+72) | PP_0024/PP_0025 | membrane‑associated metal‑dependent hydrolase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (33/33); new base C (2/3); total (35/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.15e-01 | |||||||||||
ACCTCGGGATTACAATGCTGACAGAAATCCAATTACTGCTGTTTTGATTGTCATTGATCACGCTATGATCAAAATTA‑GGGGAATACTACCCAC‑CAAAAGCAATGCTCCGCTCAGCTAGATAAATTTAATTTCACAAACAAAACGGTTTCGTTTTGTCGTAGGCTAATTTTGAACTTTCAATTCAACTTACAAGTCTTTCTCGCGAGCAGAACATAATTTTCAACTTTTGCTCGTTAATATGTCACCCATCAATGAGGGGCGAATACCATGAGCTTTTTCAAAAACATCC > NC_002947/29771‑30059 | aCCTCGGGATTACAATGCTGACAGAAATCCAATTACTGCTGTTTTGATTGTCATTGATCACGCTATGATCAAAATTA‑GGGGAATACTACCCAC‑CAAAAGCAATGCTCCGCTCAGCTAGATAAATTTAATTTCACAAACAAAACGGTTTc < 8:178796/149‑1 (MQ=255) ccTCGGGATTACAATGCTGACAGAAATCCAATTACTGCTGTTTTGATTGTCATTGATCACGCTATGATCAAAATTA‑GGGGAATACTACCCAC‑CAAAAGCAATGCTCCGCTCAGCTAGATAAATTTAATTTCACAAACAAAACGGTTTc < 3:182264/148‑1 (MQ=255) cTCGGGATTACAATGCTGACAGAAATCCAATTACTGCTGTTTTGATTGTCATTGATCACGCTATGATCAAAATTA‑GGGGAATACTACCCAC‑CAAAAGCAATGCTCCGCTCAGCTAGATAAATTTAATTTCACAAACAAAACGGTTTCGt > 6:49264/1‑149 (MQ=255) 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8:203345/1‑126 (MQ=255) aTTACTGCTGTTTTGATTGTCATTGATCACGCTATGATCAAAATTA‑GGGGAATACTACCCAC‑CAAAAGCAATGCTCCGCTCAGCTAGATAAATTTAATTTCACAAACAAAACGGTTTCGTTTTGTCGTAGGCTAATTTTGAACTttcaa < 5:75061/149‑1 (MQ=255) tgctgTTTTGATTGTCATTGATCACGCTATGATCAAAATTA‑GGGGAATACTACCCAC‑CAAAAGCAATGCTCCGCTCAGCTAGATAAATTTAATTTCACAAACAAAACGAAACCGTTTTGttt > 7:191612/1‑120 (MQ=255) tgctgTTTTGATTGTCATTGATCACGCTATGATCAAAATTA‑GGGGAATACTACCCAC‑CAAAAGCAATGCTCCGCTCAGCTAGATAAATTTAATTTCACAAACAAAACGAAACCGTTTTGttt < 8:191612/122‑3 (MQ=255) ctgTTTTGATTGTCATTGATCACGCTATGATCAAAATTA‑GGGGAATACTACCCAC‑CAAAAGCAATGCTCCGCTCAGCTATATAAATTTAATTTCACAAACAAAACGGTTTCGTTTTGTCGTAGGCTAATTTTGAACTttcaattcaa < 5:269445/147‑1 (MQ=255) ctgTTTTGATTGTCATTGATCACGATATGATCAAAATTA‑GGGGAATACTACCCAC‑CAAAAGCAATGCTCCGCTCAGCTAGATAAATTTAATTTCACAAACAAAACGGTTTCGTTTTGTCGTAGGCTAATTTTGAACTTTCAATTCAAc < 8:196420/148‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aTTGATCACGCTATGATCAAAATTA‑GGGGAATACTACCCAC‑CAAAAGCAATGCTCCGCTCAGCTAGATAAATTTAATTTCACAAACAAAACGGTTTCGTTTTGTCGTAGGCTAATTTTGAACTTTCAATTCAACTTACAAGTCTTtctc > 8:9480/1‑149 (MQ=255) gATCACGCTATGATCAAAATTA‑GGGGAATACTACCCAC‑CAAAAGCAATGCTCCGCTCAGCTAGATAAATTTAATTTCACAAACAAAACGAAACCGTTTTGttt < 1:317644/103‑3 (MQ=255) gATCACGCTATGATCAAAATTA‑GGGGAATACTACCCAC‑CAAAAGCAATGCTCCGCTCAGCTAGATAAATTTAATTTCACAAACAAAACGAAACCGTTTTGttt > 2:317644/1‑101 (MQ=255) aTCACGCTATGATCAAAATTA‑GGGGAATACTACCCAC‑CAAAAGCAATGCTCCGCTCAGCTAGATAAATTTAATTTCACAAACAAAACGGTTTCGTTTTGTCGTAGGCTAATTTTGAACTTTCAATTCAACTTACAAGTCTTTCTcgc > 7:180165/1‑147 (MQ=255) tCACGCTATGATCAAAATTA‑GGGGAATACTACCCAC‑CAAAAGCAATGCTCCGCTCAGCTAGATAAATTTAATTTCACAAACAAAACGGTTTCGTTTTGTCGTAGGCTAATTTTGaa < 5:157496/116‑1 (MQ=255) tCACGCTATGATCAAAATTA‑GGGGAATACTACCCAC‑CAAAAGCAATGCTCCGCTCAGCTAGATAAATTTAATTTCACAAACAAAACGGTTTCGTTTTGTCGTAGGCTAATTTTGaa > 6:157496/1‑116 (MQ=255) 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tacCCAC‑CAAAAGCAATGCTCCGCTCAGCTAGATAAATTTAATTTCACAAACAAAACGGTTTCGTTTTGTCGTAGGCTAATTTTGAACTTTCAATTCAACTTACAAGTCTTTCTCGCGAGCAGAACATAATTTTCAACTTTTGCTCGt > 1:192551/1‑148 (MQ=255) acCCAC‑CAAAAGCAATGCTCCGCTCAGCTAGATAAATTTAATTTCACAAACAAAACGGTTTCGTTTTGTCGTAGGCTAATTTTGAACTTTCAATTCAACTTACAAGTCTTTCTCGCGAGCAGAACATAATTTTCAACTTTTGCTCGTTa > 6:182838/1‑149 (MQ=255) aaaaGCAATGCTCCGCTCAGCTAGATAAATTTAATTTCACAAACAAAACGGTTTCGTTTTGTCGTAGGCTAATTTTGAACTTTCAATTCAACTTACAAGTCTTTCTCGCGAGCAGAACATAATTTTCAACTTTTGCTCGTTAATATGt > 1:326778/1‑148 (MQ=255) aaaaGCAATGCTCCGCTCAGCTAGATAAATTTAATTTCACAAACAAAACGGTTTCGTTTTGTCGTAGGCTAATTTTGAACTTTCAATTCAACTTACAAGTCTTTCTCGCGAGCAGAACATAATTTTCAACTTTTGCTCGTTAATATGTc < 2:104682/149‑1 (MQ=255) aaGCAATGCTCCGCTCAGCTAGATAAATTTAATTTCACAAACAAAACGGTTTCGTTTTGTCGTAGGCTAATTTTGAACTTTCAATTCAACTTACAAGTCTTTCTCGCGAGCAGAACATAATTTTCAACTTTTg < 5:164167/133‑1 (MQ=255) aaGCAATGCTCCGCTCAGCTAGATAAATTTAATTTCACAAACAAAACGGTTTCGTTTTGTCGTAGGCTAATTTTGAACTTTCAATTCAACTTACAAGTCTTTCTCGCGAGCAGAACATAATTTTCAACTTTTg > 6:164167/1‑133 (MQ=255) gCAATGCTCCGCTCAGCTAGATAAATTTAATTTCACAAACAAAACGGTTTCGTTTTGTCGTAGGCTAATTTTGAACTTTCAATTCAACTTACAAGTCTTTCTCGCGAGCAGAACATAATTTTCAACTTTTGCTCGTTAATATGTCAccc < 2:326778/149‑1 (MQ=255) aaTGCTCCGCTCAGCTAGATAAATTTAATTTCACAAACAAAACGGTTTCGTTTTGTCGTAGGCTAATTTTGAACTTTCAATTCAACTTACAAGTCTTTCTCGCGAGCAGAACATAATTTTCAACTTTTGCTCGTTAATATGTCACCCa > 7:172822/1‑148 (MQ=255) aTGCTCCGCTCAGCTAGATAAATTTAATTTCACAAACAAAACGGTTTCGTTTTGTCGTAGGCTAATTTTGAACTTTCAATTCAACTTACAAGTCTTTCTCGCGAGCAGAACATAATTTTCAACTTTTGCTCGTTAATATGTCACCCATc < 8:172822/149‑1 (MQ=255) aTGCTCCGCTCAGCTAGATAAATTTAATTTCACAAACAAAACGGTTTCGTTTTGTCGTAGGCTAATTTTGAACTTTCAATTCAACTTACAAGTCTTTCTCGCGAGCAGAACATAATTTTCAACTTTTGCTCGTTAATATGTCACCCATc < 2:233009/149‑1 (MQ=255) cGCTCAGCTAGATAAATTTAATTTCACAAACAAAACGGTTTCGTTTTGTCGTAGGCTAATTTTGAACTTTCAATTCAACTTACAAGTCTTTCTCGCGAGCAGAACATAATTTTCAACTTTTGCTCGTTAATATGTCACCCATCAATGa < 5:49264/148‑1 (MQ=255) gCTCAGCTAGATAAATTTAATTTCACAAACAAAACGGTTTCGTTTTGTCGTAGGCTAATTTTGAACTTTCAATTCAACTTACAAGTCTTTCTCGCGAGCAGAACATAATTTTCAACTTTTGCTCGTTAATATGTCACCCATCAATGAgg < 2:192551/149‑1 (MQ=255) aGCTAGATAAATTTAATTTCACAACAAAAACGGTTTCGTTTTGTCGTAGGCTAATTTTGAACTTTCAATTCAACTTACAAGTCTTTCTCGCGAGCAGAACATAATTTTCAACTTTTGCTCGTTAATATGTCACCCATCAATGAgggg < 3:198419/147‑1 (MQ=255) cTAGATAAATTTAATTTCACAAACAAAACGGTTTCGTTTTGTCGTAGGCTAATTTTGAACTTTCAATTCAACTTACAAGTCTTTCTCGCGAGCAGAACATAATTTTCAACTTTTGCTCGTTAATATGTCACCCATCAATGAGGGGCGaa > 4:177181/1‑149 (MQ=255) cTAGATAAATTTAATTTCACAAACAAAACGGTTTCGTTTTGTCGTAGGCTAATTTTGAACTTTCAATTCAACTTACAAGTCTTTCTCGCGAGCAGAACATAATTTTCAACTTTTGCTCGTTAATATGTCACCCATCAATGAGGGGCGaa < 7:9480/149‑1 (MQ=255) aaaTTTAATTTCACAAACAAAACGGTTTCGTTTTGTCGTAGGCTAATTTTGAACTTTCAATTCAACTTACAAGTCTTTCTCGCGAGCAGAACATAATTTTCAACTTTTGCTCGTTAATATGTCACCCATCAATGAGGGGCGAATACCAt > 7:42228/1‑149 (MQ=255) 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acaaacaaAACGGTTTCGTTTTGTCGTAGGCTAATTTTGAACTTTCAATTCAACTTACAAGTCTTTCTCGCGAGCAGAACATAATTTTCAACTTTTGCTCGTTAATATGTCACCCATCAATGAGGGGCGAATACCATGAGCTTTTTCa > 1:265999/1‑148 (MQ=255) aaCGGTTTCGTTTTGTCGTAGGCTAATTTTGAACTTTCAATTCAACTTACAAGTCTTTCTCGCGAGCAGAACATAATTTTCAACTTTTGCTCGTTAATATGTCACCCATCAATTAGGGGAGAATACAATGAGCTTTTTAAAAAAAATca > 5:124018/1‑148 (MQ=255) aaCGGTTTCGTTTTGTCGTAGGCTAATTTTGAACTTTCAATTCAACTTACAAGTCTTTCTCGCGAGCAGAACATAATTTTCAACTTTTGCTCGTTAATATGTCACCCATCAATGAGGGGCGAATACCATGAGCTTTTTCAAAAACATcc > 2:178005/1‑149 (MQ=255) | ACCTCGGGATTACAATGCTGACAGAAATCCAATTACTGCTGTTTTGATTGTCATTGATCACGCTATGATCAAAATTA‑GGGGAATACTACCCAC‑CAAAAGCAATGCTCCGCTCAGCTAGATAAATTTAATTTCACAAACAAAACGGTTTCGTTTTGTCGTAGGCTAATTTTGAACTTTCAATTCAACTTACAAGTCTTTCTCGCGAGCAGAACATAATTTTCAACTTTTGCTCGTTAATATGTCACCCATCAATGAGGGGCGAATACCATGAGCTTTTTCAAAAACATCC > NC_002947/29771‑30059 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |