Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,951,325 | C→T | 6.9% | P544P (CCG→CCA) | ppk ← | polyphosphate kinase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,951,325 | 0 | C | T | 6.9% | 171.1 / 2.3 | 58 | P544P (CCG→CCA) | ppk | polyphosphate kinase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (27/27); new base T (2/2); total (29/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
CGACTGGCTGGCCTTGTACAACGCCTTGATGACTTTGGCGTCGGTCAGCGAGTTGAACTTGGCGATGATGTGCGCCGGCTTGCCTTCAAGGGCAAACTGGGTTTCCCGCGCGATCATGTCGAGCATGCCCTTTTTAAGGGTGAACGGCGCATGCAGCAGCTTCTTCATGCGCAGGGTCTTGCCCATGCCGA‑TCAGCTGGCTGAACAGCTTGCCGACGTCTTCGGTGAGCGCATCGTCAGAAGTCAGCAGGCTGTAGTCGGTGTACAGGCGGGCGTTGCCGGCGTGGTAGTTGC > NC_002947/5951181‑5951473 | cGACTGGCTGGCCTTGTACAACGCCTTGATGACTTTGGCGTCGGTCAGCGAGTTGAACTTGGCGATGATGTGCGCCGGCTTGCCTTCAAGGGCAAACTGGGTTTCCCGCGCGATCATGTCGAGCATGCCCTTTTTAAGGGTGAACGgcg < 2:348855/149‑1 (MQ=255) gctggcCTTGTACAACGCCTTGATGACTTTGGCGTCGGTCAGCGAGTTGAACTTGGCGATGATGTGCGCCGGCTTGCCTTCAAGGGCAAACTGGGTTTCCCGCGCGATCATGTCGAGCATGCCCTTTTTAAGGGTGAACGGCGCATg < 8:236472/147‑1 (MQ=255) ccgtGTACAACGCCTAGATGACGTTGGCGTCGGTCAGCGAGTTGAACTTGGCGATGATGTGCGCCGGCTTGCCTTCAAGGGCAAACTGGGTTTCCCGCGCGATCATGTCGAGCATGCCCTTTTTAAGGGTGAACGGCGCATGCagcagc < 8:118897/146‑1 (MQ=255) cTTGTACAACGCCTTGATGACTTTGGCGTCGGTCAGCGAGTTGAACTTGGCGATGATGTGCGCCGGCTTGCCTTCAAGGGCAAACTGGGTTTCCCGCGCGATCATGTCGAGCATGCCCTTTTTAAGGGTGAATGGCGCATGCAGCAGct > 1:267249/1‑149 (MQ=255) cTTGTACAACGCCTTGATGACTTTGGCGTCGGTCAGCGAGTTGAACTTGGCGATGATGTGCGCCGGCTTGCCTTCAAGGGCAAACTGGGTTTCCCGCGCGATCATGTCGAGCATGCCCTTTTTAAGGGTGAACGGCGCATGCAGCAGct > 2:11677/1‑149 (MQ=255) cTTGTACAACCCCTTGATGACTTTGCCGTCGGTCAGCGAGTTGAACTTGGCGATGATGTGCGCCGGCTTGCCTTCAAGGGCAAACTGGGTTTCCCGCGCGATCATGTCGAGCATGCCCTTTTTAAGGGTGAATGGCGCATGCAGCAGct > 1:267254/1‑149 (MQ=255) ttGTACAACGCCTTGATGACTTTGGCGTCGGTCAGCGAGTTGAACTTGGCGATGATGTGCGCCGGCTTGCCTTCAAGGGCAAACTGGGTTTCCCGCGCGATCATGTCGAGCATGCCCTTTTTAAGGGTGAACGGCGCATg > 7:76428/1‑140 (MQ=255) ttGTACAACGCCTTGATGACTTTGGCGTCGGTCAGCGAGTTGAACTTGGCGATGATGTGCGCCGGCTTGCCTTCAAGGGCAAACTGGGTTTCCCGCGCGATCATGTCGAGCATGCCCTTTTTAAGGGTGAACGGCGCATg < 8:76428/140‑1 (MQ=255) aCGCCTTGATGACTTTGGCGTCGGTCAGCGAGTTGAACTTGGCGATGATGTGCGCCGGCTTGCCTTCAAGGGCAAACTGGGTTTCCCGCGCGATCATGTCGAGCATGCCCTTTTTAAGGGTGAACGGCGCATGCAGCAGCTTCTTCATg < 8:23283/149‑1 (MQ=255) cTTGATGACTTTGGCGTCGGTCAGCGAGTTGAACTTGGCGATGATGTGCGCCGGCTTGCCTTCAAGGGCAAACTGGGTTTCCCGCGCGATCATGTCGAGCATGCCCTTTTTAAGGGTGAACGGCGCATGCAGCAGCTTCTTCATgcg > 3:188536/1‑147 (MQ=255) tgaCTTTGGCGTCGGTCACCGAGTTGAACTTGGCGATGATGTGCGCCGGCTTGCCTTCAAGGGCAAACTGGGTTTCCCGCGCGATCATGTCGAGCATGCCCTTTTTAAGGGTGAACGGCGCATGCAGCAGCTTCTTCATGCGCAGGGTc > 4:149186/1‑149 (MQ=255) cTTTGGCGTCGGTCAGCGAGTTGAACTTGGCGATGATGTGCGCCGGCTTGCCTTCAAGGGCAAACTGGGTTTCCCGCGCGATCATGTCGAGCATGCCCTTTTTAAGGGTGAACGGCGCATGCAGCAGCTTCTTCATGCGCAGGGTCTTg < 1:11677/149‑1 (MQ=255) tttGGCGTCGGTCAGCGAGTTGAACTTGGCGATGATGTGCGCCGGCTTGCCTTCAAGGGCAAACTGGGTTTCCCGCGCGATCATGTCGAGCATGCCCTTTTTAAGGGTGAACGGCGCATGCAGCAGCTTCTTCa < 8:317089/134‑1 (MQ=255) cGAGTTGAACTTGGCGATGATGTGCGCCGGCTTGCCTTCAAGGGCAAACTGGGTTTCCCGCGCGATCATGTCGAGCATGCCCTTTTTAAGGGTGAATGGCGCATGCAGCAGCTTCTTCATGCGCAGGGTCTTGGCCATGCCTA‑TCAgct < 2:267254/149‑1 (MQ=255) cGAGTTGAACTTGGCGATGATGTGCGCCGGCTTGCCTTCAAGGGCAAACTGGGTTTCCCGCGCGATCATGTCGAGCATGCCCTTTTTAAGGGTGAATGGCGCATGCAGCAGCTTCTTCATGCGCAGGGTCTTGCCCATGCCGA‑TCAgct < 2:267249/149‑1 (MQ=255) gTTGAACTTGGCGATGATGTGCGCCGGCTTGCCTTCAAGGGCAAACTGGGTTTCCCGCGCGATCATGTCGAGCATGCCCTTTTTAAGGGTGAACGGCGCATGCAGCAGCTTCTTCATGCGCAGGGt > 3:105564/1‑126 (MQ=255) gTTGAACTTGGCGATGATGTGCGCCGGCTTGCCTTCAAGGGCAAACTGGGTTTCCCGCGCGATCATGTCGAGCATGCCCTTTTTAAGGGTGAACGGCGCATGCAGCAGCTTCTTCATGCGCAGGGt < 4:105564/126‑1 (MQ=255) ttGAACTTGGCGATGATGTGCGCCGGCTTGCCTTCAAGGGCAAACTGGGTTTCCCGCGCGATCATGTCGAGCATGCCCTTTTTAAGGGTGAACGGCGCATgcagca > 8:229470/1‑106 (MQ=255) ttGAACTTGGCGATGATGTGCGCCGGCTTGCCTTCAAGGGCAAACTGGGTTTCCCGCGCGATCATGTCGAGCATGCCCTTTTTAAGGGTGAACGGCGCATgcagca < 7:229470/106‑1 (MQ=255) ttGAACTTGGCGATGATGTGCGCCGGCTTGCCTTCAAGGGCAAACTGGGTTTCCCGCGCGATCATGTCGAGCATGCCCTTTTTAAGGGTGAACGGCGCATGCAGCAGCTTCTTCATGCGCAGGGTCTTGCCCATGCCGA‑TCAgctggct < 5:184324/149‑1 (MQ=255) aaCTTGGCGATGATGTGCGCCGGCTTGCCTTCAAGGGCAAACTGGGTTTCCCGCGCGATCATGTCGAGCATGCCCTTTTTAAGGGTGAACGGCGCATGCAGCAGCTTCTTCATGCGCAGGGTCTTGCCCATGCCGA‑TCAGCTGGCTGaa < 4:12852/149‑1 (MQ=255) ggCGATGATGTGCGCCGGCTTGCCTTCAAGGGCAAACTGGGTTTCCCGCGCGATCATGTCGAGCATGCCCTTTGTAAGGGTGAACGGCGCATGCAGCAGCTTCTTCATGCGCAGGGTCTTGCCCATGCCGA‑TCAGCTGGCTGAACAGc < 8:87606/148‑1 (MQ=255) tgCGCCGGCTTGCCTTCAAGGGCAAACTGGGTTTCCCGCGCGATCATGTCGAGCATGCCCTTTTTAAGGGTGAACGGCGCATGCAGCAGCTTCTTCATGCGCAGGGTCTTGCCCATGCCGA‑TCAGCTGGCTGAACAGCTTGCCGACGt < 4:285008/148‑1 (MQ=255) gcCGGCTTGCCTTCAAGGGCAAACTGGGTTTCCCGCGCGATCATGTCGAGCATGCCCTTTTTAAGGGTGAACGGCGCATGCAGCAGCTTCTTCATGCGCAGGGTCTTGCCCATGCCGA‑TCAGCTGGCTGAACAGCTTGCCGACGTCTTc > 3:279741/1‑149 (MQ=255) gcCGGCTTGCCTTCAAGGGCAAACTGGGTTTCCCGCGCGATCATGTCGAGCATGCCCTTTTTAAGGGTGAACGGCGCATGCAGCAGCTTCTTCATGCGCAGGGTCTTGCCCATGCCGA‑TCAGCTGGCTGAACAGCTTGCCGACGTCTTc > 2:254810/1‑149 (MQ=255) ggCTTGCCTTCAAGGGCAAACTGGGTTTCCCGCGCGATCATGTCGAGCATGCCCTTTTTAAGGGTGAACTGCGCATGCAGCAGCTTCTTCATGCGCAGGGTCTTGCCCATGCCGA‑TCACCTGGCTGAACAGCTTGCCGACGTCTTCGGt < 1:29380/149‑1 (MQ=255) gCCTTCAAGGGCAAACTGGGTTTCCCGCGCGATCATGTCGAGCATGCCCTTTTTAAGGGTGAACGGCGCATGCAGCAGCTTCTTCATGCGCAGGGTCTTGCCCATGCCGA‑TCAGCTGGCTGAACAGCTTGCCGACGTCTTCGGTGAgc < 3:149186/148‑1 (MQ=255) ccTTCAAGGGCAAACTGGGTTTCCCGCGCGATCATGTCGAGCATGCCCTTTTTAAGGGTGAACGGCGCATGCAGCAGCATCTTCATGCGCAGGGTCTTGCCCATGCCGA‑TCAGCTGGCTGAACAGCTTGCAGACGTCTTCGGTGAgcg > 7:148563/1‑148 (MQ=255) gggCAAACTGGGTTTCCCGCGCGATCATGTCGAGCATGCCCTTTTTAAGGGTGAACGGCGCATGCAGCAGCTTCTTCATGCGCAGGGTCTTGCCCATGCCGA‑TCAGCTGGCTGAACAGCTTGCCGACGTCTTCGGTGAGCGCATCGt > 2:308427/1‑147 (MQ=255) ggCAAACTGGGTTTCCCGCGCGATCATGTCGAGCATGCCCTTTTTAAGGGTGAACGGCGCATGCAGCAGCTTCTTCATGCGCAGGGTCTTGCCCATGc < 3:280419/98‑1 (MQ=255) ggCAAACTGGGTTTCCCGCGCGATCATGTCGAGCATGCCCTTTTTAAGGGTGAACGGCGCATGCAGCAGCTTCTTCATGCGCAGGGTCTTGCCCATGc > 4:280419/1‑98 (MQ=255) cAAACTGGGTTTCCCGCGCGATCATGTCGAGCATGCCCTTTTTAAGGGTGAACGGCGCATGCAGCAGCTTCTTCATGCGCAGGGTCTTGCCCATGCCGA‑TCAGCTGGCTGAACAGCTTGCCGACGTCTTCGGTGAGCGCATCGTCAGaa < 5:187894/149‑1 (MQ=255) aCTGGGTTTCCCGCGCGATCATGTCGAGCATGCCCTTTTTAAGGGTGAACGGCGCATGCAGCAGCTTCTTCATGCGCAGGGTCTTGCCCATGCCGA‑TCAGCTGGCTGAACAGCTTGCCGACGTCTTCGGTGAGCGCATCGTCAGAAGTc < 4:188536/149‑1 (MQ=255) cTGGGTTTCCCGCGCGATCATGTCGAGCATGCCCTTTTTAAGGGTGAACGGCGCATGCAGCAGCTTCTTCATGCGCAGGGTCTTGCCCATGCCGA‑TCAGCTGGCTGAACAGCTTGCCGACGTCTTCGGTGAGCGCATCGTCAGAAGt > 2:251291/1‑147 (MQ=255) cgATCATGTCGAGCATGCCCTTTTTAAGGGTGAACGGCGCATGCAGCAGCTTCTTCATGCGCAGGGTCTTGCCCATGCCGA‑TCAGCTGGCTGAACAGCTTGCCCACGTCTTCGGTGAGCGCATCGTCAGAAGTCAGCAGGCTGTAGTCg < 1:251291/149‑1 (MQ=255) aTCCTGGCGAGCATGCCCTTTTTCAGGGTGAACGGCGCATGCAGCAGCTTCTTCATGCGCAGGGTCTTGCCCATGCCGA‑TCAGCTGGCTGAACAGCTTGCCGACGTCTTCGGTGAGCGCATCGTCAGAAGTCAGCAGGCTGTAGTCGgt < 4:279741/149‑1 (MQ=255) tCATGTCGAGCATGCCCTTTTTAAGGGTGAACGGCGCATGCAGCAGCTTCTTCATGCGCAGGGTCTTGCCCATGCCGA‑TCAGCTGGCTGAACAGCTTGCCGACGTCTTCGGTGAGCGCATCGTCAGAAGTCAGCAGGCTGTAGTCGgtg > 5:184924/1‑149 (MQ=255) tGTCGAGCATGCCCTTTTTAAGGGTGAACGGCGCATGCAGCAGCTTCTTCATGCGCAGGGTCTTGCCCATGCCGA‑TCAGCTGGCTGAACAGCTTGCCGACGTCTTCGGTGAGCGCATCGTCAGaa > 3:190986/1‑125 (MQ=255) tGTCGAGCATGCCCTTTTTAAGGGTGAACGGCGCATGCAGCAGCTTCTTCATGCGCAGGGTCTTGCCCATGCCGA‑TCAGCTGGCTGAACAGCTTGCCGACGTCTTCGGTGAGCGCATCGTCAGaa < 4:190986/125‑1 (MQ=255) tGTCGAGCATGCCCTTTTTAAGGGTGAACGGCGCATGCAGCAGCTTCTTCATGCGCAGGGTCTTGCCCATGCCGA‑TCAGCTGACTGAACAGCTTGCCGACGTCTTCGGTGAGCGCAt < 6:260785/117‑1 (MQ=255) tGTCGAGCATGCCCTTTTTAAGGGTGAACGGCGCATGCAGCAGCTTCTTCATGCGCAGGGTCTTGCCCATGCCGA‑TCAGCTGACTGAACAGCTTGCCGACGTCTTCGGTGAGCGCAt > 5:260785/1‑117 (MQ=255) gTCGAGCATGCCCTTTTTAAGGGTGAACGGCGCATGCAGCAGCTTCTTCATGCGCAGGGTCTTGCCCATGCCGA‑TCAGCTGGCTGAACAGCTTGCCGACGTCTTCGGTGAGCGCATCGTCAGAAGTCAGCAGGCTGTAGTCGGTGTa > 4:96532/1‑147 (MQ=255) gAGCATGCCCTTTTTAAGGGTGAACGGCGCATGCAGCAGCTTCTTCATGCGCAGGGTCTTGCCCATGCCGA‑TCAGCTGGCTGAACAGCTTGCCGACGTCTTCGGTGAGCGCATCGTCAGAAGTCAGCAGGCTGTAGTCGGTGTACAggc > 8:334068/1‑149 (MQ=255) gCATGCCCTTTTTAAGGGTGAACGGCGCATGCAGCAGCTTCTTCATGCGCAGGGTCTTGCCCATGCCGA‑TCAGCTGGCTGAACAGCTTGCCGACGTCTTCGGTGAGCGCATCGTCAGAAGTCAGCAGGCTGTAGTCGGTGTACAggcgg > 6:113673/1‑149 (MQ=255) cccTTTTTAAGGGTGAACGGCGCATGCAGCAGCTTCTTCATGCGCAGGGTCTTGCCCATGCCGA‑TCAGCTGGCTGAACAGCTTGCCGACGTCTTCGGTGAGCGCATCGTCAGAAGTCAGCAGGCTGTAGTCGGTGTACAGGCGGGCGtt > 6:16224/1‑149 (MQ=255) cccTTTTTAAGGGTGAACGGCGCATGCAGCAGCTTCTTCATGCGCAGGGTCTTGCCCATGCCGA‑TCAGCTGGCTGAACAGCTTGCCGACGTCTTCGGTGAGCGCATCGTCAGAAGTCAGCAGGCTGTAGTCGGTGTACAGGCGGGCGtt > 7:271200/1‑149 (MQ=255) accTTTTTAAGGGTGAACGGCGCATGCAGCAGCTTCTTGATGCTCTGTGTCTTGCCCATGCCGA‑TCAGCTGGCTGAACAGCTTGCCGACGTCTTCGGTGAGCGCATCGTCAGAAGTCAGCAGGCTGTAGTCGGTGTACAGGCGGGCGtt < 8:148563/148‑1 (MQ=255) cTTTTTAAGGGTGAACGGCGCATGCAGCAGCTTCTTCATGCGCAGGGTCTTGCCCATGCCGA‑TCAGCTGGCTGAACAGCTGGCCGACGTCTTCGGTGAGCGCATCGTCAGAAGTCAGCAGGCTGTAGTCGGTGTACAGGCGGGCGTTGc > 6:68355/1‑149 (MQ=255) tttttAAGGGTGAACGGCGCATGCAGCAGCTTCTTCATGCGCAGGGTCTTGCCCATGCCGA‑TCAGCTGGCTGAACAGCTTGCCGACGTCTTCGGTGAGCGCATCGTCAGAAGTCAGCAGGCTGTAGTCGGTGTACAGGCGGGCGTTGcc > 7:330223/1‑149 (MQ=255) tttAAGGGTGAACGGCGCATGCAGCAGCTTCTTCATGCGCAGGGTCTTGCCCATGCCGA‑TCAGCTGGCTGAACAGCTTGCCGACGTCTTCGGTGAGCGCATCGTCAGAAGTCAGCAGGCTGTAGTCGGTGTACAGGCGGGCGTTGCCg < 7:334068/148‑1 (MQ=255) tttAAGGGTGAACGGCGCATGCAGCAGCTTCTTCATGCGCAGGGTCTTGCCCATGCCGA‑TCAGCTGGCTGAACAGCTTGCCGACGTCTTCGGTGAGCGCATCGTCAGAAGTCAGCAGGCTGTAGTCGGTGTACAGGCGGGCGTTGCCg < 8:271200/148‑1 (MQ=255) aaGGGTGAACGGCGCATGCAGCAGCTTCTTCATGCGCAGGGTCTTGCCCATGCCGA‑TCAGCTGGCTGAACAGCTTGCCGACGTCTTCGGTGAGCGCATCGTc < 5:336077/102‑1 (MQ=255) aaGGGTGAACGGCGCATGCAGCAGCTTCTTCATGCGCAGGGTCTTGCCCATGCCGA‑TCAGCTGGCTGAACAGCTTGCCGACGTCTTCGGTGAGCGCATCGTc > 6:336077/1‑102 (MQ=255) tggTGAACGGCGCATGCAGCAGCTTCTTCATGCGCAGGGTCTTGCCCATGCCGA‑TCAGCTGGCTGAACAGCTTGCCGACGTCTTCGGTGAGCGCATCGTCAGAAGTCAGCAGGCTGTAGTCGGTGTACAGGCGGGCGTTGCCGGCGt < 3:57679/146‑1 (MQ=255) ggTGAACGGCGCATGCAGCAGCTTCTTCATGCGCAGGGTCTTGCCCATGCCGA‑TCAGCTGGCTGAACAGCTTGCCGACGTCTTCGGTGAGCGCATCGTCAGAAGTCAGCAGGCTGTAGTCGGTGTACAGGCGGGCGTTGCCGGCGTgg > 6:193875/1‑148 (MQ=255) gTGAACGGCGCATGCAGCAGCTTCTTCATGCGCAGGGTCTTGCCCATGCCGAGTCAGCTGGCTGAACAGATTGCCGCCGTCTTCGGTGAGCGCATCGTCAGAAGTCAGCAGGCTGTAGTCGGTGTACAGGCGGGCGTTGCCGGCGTgg > 1:93307/1‑148 (MQ=255) gTGAACGGCGCATGCAGCAGCTTCTTCATGCGCAGGGTCTTGCCCATGCCGA‑TCAGCTGGCTGAACAGCTTGCCGACGTCTTCGGTGAGCGCATCGTCAGAAGTCAGCAGGCTGTAGTCGGTGTACAGGCGGGCGTTGCCGGCGt > 4:57679/1‑145 (MQ=255) aCGGCGCATGCAGCAGCTTCTTCATGCGCAGGGTCTTGCCCATGCCGA‑TCAGCTGGCTGAACAGCTTGCCGACGTCTTCGGTGAGCGCATCGTCAGAAGTCAGCAGGCTGTAGTCGGTGTACAGGCGGGCGTTGCCGGCGTGGTAGTTg > 6:226178/1‑149 (MQ=255) cGGCGCAGGCAGCAGCTTCTTCATGCGCAGGGTCTTGCCCATGCCGA‑TCAGCTGGCTGAACAGCTTGCCGACGTCTTCGGTGAGCGCATCGTCAGAAGTCAGCAGGCTGTAGTCGGTGTACAGGCGCGCGTTGCCGGCGTGGTAGTTGc < 7:226340/149‑1 (MQ=255) | CGACTGGCTGGCCTTGTACAACGCCTTGATGACTTTGGCGTCGGTCAGCGAGTTGAACTTGGCGATGATGTGCGCCGGCTTGCCTTCAAGGGCAAACTGGGTTTCCCGCGCGATCATGTCGAGCATGCCCTTTTTAAGGGTGAACGGCGCATGCAGCAGCTTCTTCATGCGCAGGGTCTTGCCCATGCCGA‑TCAGCTGGCTGAACAGCTTGCCGACGTCTTCGGTGAGCGCATCGTCAGAAGTCAGCAGGCTGTAGTCGGTGTACAGGCGGGCGTTGCCGGCGTGGTAGTTGC > NC_002947/5951181‑5951473 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |