Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,976,577 | A→G | 7.4% | A126A (GCA→GCG) | yifB → | ATP‑dependent chelatase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,976,577 | 0 | A | G | 7.4% | 151.5 / 2.7 | 54 | A126A (GCA→GCG) | yifB | ATP‑dependent chelatase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (23/27); new base G (2/2); total (25/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.27e-01 |
TGGCGGCCGATATGACCTGGCCATCGCCCTGGGCATCCTCGCCGCCGACGGCCAGGTGCCGATTGCCACCCTGACCGATATGGAATGCCTGGGCGAACTGGCCCTGTCGGGGAAATTGCGCCCGGTGCAGGGCGTGCTACCTGCGGCACTGGCGGCACGCGAAGCAGGCCGGGCGCTGGTGGTACCACGGGAAAATGCCGAGGAAGCCAGCCTGGCCGGCGGGTTGGTGGTGTATGCGGTGGGCCACCTGCTGGAGTTGGTCGCCCACCTGAACGGCCAGGTGCCGCTACCGCC > NC_002947/5976430‑5976723 | tGGCGGCCGATATGACCTGGCCATCGCCCTGGGCATCCTCGCCGCCGACGGCCAGGTGCCGATTGCCACCCTGACCGATATGGAATGCCTGGGCGAACTGGCCCTGTCGGGGAAATTGCGCCCGGTGCAGGGCGTGCTACCTGCGGCAc > 1:240763/1‑149 (MQ=255) GCCATCGCCCTGGGCATCCTCGCCGCCGACGGCCAGGTGCCGATTGCCACCCTGACCGATATCGAATGCCTGGGCGAACTGGCCCTGTCGGGGAAATTGCGCCCGGTGCAGGGCGTGCTACCTGCGGCACTGGCGGCACGCGAAGCa > 4:102849‑M1/1‑147 (MQ=255) CATCGCCCTGGGCATCCTCGCCGCCGACGGCCAGGTGCCGATTGCCACCCTGACCGATATGGAATGCCTGGGCGAACTGGCCCTGTCGGGGAAATTGCGCCCGGTGCAGGGCGTGCTACCTGCGGCACTGGCGGCACGCGAAGCAGGcc < 1:11736‑M1/149‑1 (MQ=255) aTCGCCCTGGGCATCCTCGCCGCCGACGGCCAGGTGCCGATTGCCACCCTGACCGATATGGAATGCCTGGGCGAACTGGCCCTGTCGGGGAAATTGCGCCCGGTGCAGGGCGTGCTACCTGCGGCACTGGCGGCACGCGAAGCAGGCCg < 6:119498/149‑1 (MQ=255) ggCATCCTCGCCGCCGACGGCCAGGTGCCGATTGCCACCCTGACCGATATGGAATGCCTGGGCGAACTGGCCCTGTCGGGGAAATTGCGCCCGGTGCAGGGCGTGCTACCTGCGGCACTGGCGGCACGCGAAGCAGGCCGGGCGCtg < 6:269998/147‑1 (MQ=255) gCATCCTCGCCGCCGACGGCCAGGTGCCGATTGCCACCCTGACCGATATGGAATGCCTGGGCGAACTGGCCCTGTCGGGGAAATTGCGCCCGGTGCAGGGCGTGCTACCTGCGGCACTGGCGGCACGCGAAGCAGGCCGGGCGCtggtg < 1:326979/149‑1 (MQ=255) cATCCTCGCCGCCGACGGCCAGGTGCCGATTGCCACCCTGACCGATATGGAATGCCTGGGCGAACTGGCCCTGTCGGGGAAATTGCGCCCGGTGCAGGGCGTGCTACCTGCGGCACTGGCGGCACGCGAAGCAGGCCGGGCGCtggtgg < 2:238579/149‑1 (MQ=255) tCGCCGCCGACGGCCAGGTGCCGATTGCCACCCTGACCGATATGGAATGCCTGGGCGAACTGGCCCTGTCGGGGAAATTGCGCCCGGTGCAGGGCGTGCTACCTGCGGCACTGGCGGCACGCGAAGCAGGCCGGGCGCTGGTGGTACCa > 5:181713/1‑149 (MQ=255) 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cGGCCAGGTGCCGATTGCCACCCTGACCGATATGGAATGCCTGGGCGAACTGGCCCTGTCGGGGAAATTGCGCCCGGTGCAGGGCGTGCTACCTGCGGCACTGGCGGCACGCGAAGCAGGCCGGGCGCTGGTGGTACCACGGGAAAATg < 2:240763/149‑1 (MQ=255) cGGCCAGGTGCCGATTGCCACCCTGACCGATATGGAATGCCTGGGCGAACTGGCCCTGTCGGGGAAATTGCGCCCGGTGCAGGGCGTGCTACCTGCGGCACTGGCGGCACGCGAAGCAGGCCGGGCGCTGGTGGTACCACGGGAAAATg < 1:358443/149‑1 (MQ=255) cGGCCAGGTGCCGATTGCCACCCTGACCGATATGGAATGCCTGGGCGAACTGGCCCTGTCGGGGAAATTGCGCCCGGGGCAGGGCGGGCTACCTGCGGCACTGGCGGCACGCGAAGCAGGCCGGGCGCTGGTGGTACCACGGGAAAATg < 2:290871/149‑1 (MQ=255) gccaggtGCCGATTGCCACCCTGACCGATATGGAATGCCTGGGCGAACTGGCCCTGTCGGGGAAATTGCGCCCGGTGCAGGGCGTGCTACCTGCGGCACTGGCGGCACGCGAAGCAGGCCGGGCGCTGGTGGTACCACGGGAAAATGcc < 4:294703‑M2/142‑1 (MQ=255) ccaggtGCCGATTGCCACCCTGACCGATATGGAATGCCTGGGCGAACTGGCCCTGTCGGGGAAATTGCGCCCGGTGCAGGGCGTGCTACCTGCGGCACTGGCGGCACGCGAAGCAGGCCGGGCGCTGGTGGTACCACGGGAAAATGcc > 1:319005‑M2/7‑148 (MQ=255) 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8:117835/149‑1 (MQ=255) tGGAATGCCTGGGCGAACTGGCCCTGTCGGGGAAATTGCGCCCGGTGCAGGGCGTGCTACCTGCGGCACTGGCGGCACGCGAAGCAGGCCGGGCGCTGGTGGTACCACGGGAAAATGCCGAGGAAGCCAGCCTGGCCGGCGGGTtggtg < 2:319005/149‑1 (MQ=255) gAATGCCTGGGCGAACTGGCCCTGTCGGGGAAATTGCGCCCGGTGCAGGGCGTGCTACCTGCGGCACTGGCGGCACGCGAAGCAGGCCGGGCGCTGGTGGTACCACGGGAAAATGCCGAGGAAGCCAGCCTGGCCGGCGGGTTggtggt < 8:216859/149‑1 (MQ=255) gAATGCCTGGGCGAACTGGCCCTGTCGGGGAAATTGCGCCCGGTGCAGGGCGTGCTACCTGCGGCACTGGCGGCACGCGAAGCAGGCCGGGCGCTGGTGGTACCACGGGAAAATGCCGAGGAAGCCAGCCTGGCCGGCGGGTTggtggt > 7:251141/1‑149 (MQ=255) gAATGCCTGGGCGAACTGGCCCTGTCGGGGAAATTGCGCCCGGTGCAGGGCGTGCTACCTGCGGCACTGGCGGCACGCGAAGCAGGCCGGGCGCTGGTGGTACCACGGGAAAATGCCGAGGAAGCCAGCCTGGCCGGCGGGTTggtggt > 1:135722/1‑149 (MQ=255) cTGGGCGAACTGGCCCTGTCGGGGAAATTGCGCCCGGTGCAGGGCGTGCTACCTGCGGCACTGGCGGCACGCGAAGCAGGCCGGGCGCTGGTGGTACCCCGGGAAAATGCCGAGGAAGCCAGCCTGGCCGGCGGGTGGGTGGTGTATGc > 4:244067/1‑149 (MQ=255) cTGGGCGAACTGGCCCTGTCGGGGAAATTGCGCCCGGTGCAGGGCGTGCTACCTGCGGCACTGGCGGCACGCGAAGCAGGCCGGGCGCTGGTGGTACCACGGGAAAATGCCGAGGAAGCCAGCCTGGCcggcg < 8:102371/133‑1 (MQ=255) cTGGGCGAACTGGCCCTGTCGGGGAAATTGCGCCCGGTGCAGGGCGTGCTACCTGCGGCACTGGCGGCACGCGAAGCAGGCCGGGCGCTGGTGGTACCACGGGAAAATGCCGAGGAAGCCAGCCTGGCCGGCGGGTTGGTGGTGTATGc > 3:259526/1‑149 (MQ=255) cTGGGCGAACTGGCCCTGTCGGGGAAATAGCGCCCGGTGCAGGGCGTGCTACATGCGGCACTGGCGGCACGCGAAGCAGGCCGGGCGCTGGTGGTACCACCGGAAAATGCCGAGGAAGCCAGCCTGGCcggcg > 7:102371/1‑133 (MQ=255) ggCGAACTGGCCCTGTCGGGGAAATTGCGCCCGGTGCAGGGGGTGCTACCTGCGGCACTGGCGGCACGCGAAGCAGGCCGGGCGCTGGTGGTACCACGGGAAAATGCCGAGGAAGCCAGCCTGGCCGGCGGGTTGGTGGTGTATGCGGt < 5:311239/149‑1 (MQ=255) aaCTGGCCCTGTCGGGGAAATTGCGCCCGGTGCAGGGCGTGCTACCTGCGGCACTGGCGGCACGCGAAGCAGGCCGGGCGCTGGTGGTACCACGGGAAAATGCCGAGGAAGCCAGCCTGGCCGGCGGGTTGGTGGTGTATGCGGTGGGc < 2:135722/149‑1 (MQ=255) ccTGTCGGGGAAATTGCGCCCGGTGCAGGGCGTGCTACCTGCGGCGCTGGCGGCACGCGAAGCAGGCCGGGCGCTGGTGGTACCACGGGAAAATGCCGAGGAAGCCAGCCTGGCCGGCGGGTTGGTGGTGTATGCGGTGGGCCACctgc < 6:26925/149‑1 (MQ=255) ccTGTCGGGGAAATTGCGCCCGGTGCAGGGCGTGCTACCTGCGGCGCTGGCGGCACGCGAAGCAGGCCGGGCGCTGGTGGTACCACGGGAAAATGCCGAGGAAGCCAGCCTGGCCGGCGGGTTGGTGGTGTATGCGGTGGGCCACctgc < 4:190832/149‑1 (MQ=255) ccTGTCGGGGAAATTGCGCCCGGTGCAGGGCGTGCTACCTGCGGCACTGGCGGCACGCGAAGCAGGCCGGGCGCTGGTGGTACCACGGGAAAATGCCGAGGAAGCCAGCCTGGCCGGCGGGTTGGTGGTGTATGCGGTGGGCCACctgc > 5:31834/1‑149 (MQ=255) tCGGGGAAATTGCGCCCGGTGCAGGGCGTGCTACCTGCGGCACTGGCGGCACGCGAAGCAGGCCGGGCGCTGGTGGTACCACGGGAAAATGCCGAGGAAGCCAGCCTGGCCGGCGGGTTGGTGGTGTATGCGGTGGGCCACctgctg < 1:57196/147‑1 (MQ=255) tCGGGGAAATTGCGCCCGGTGCAGGGCGTGCTACCTGCGGCACTGGCGGCACGCGAAGCAGGCCGGGCGCTGGTGGTACCACGGGAAAATGCCGAGGAAGCCAGCCTGGCCGGCGGGTTGGTGGTGTATGCGGTGGGCCACCTGCTgg < 5:295697/148‑1 (MQ=255) gggAAATTGCGCCCGGTGCAGGGCGTGCTACCTGCGGCACTGGCGGCACGCGAAGCAGGCCGGGCGCTGGTGGTACCACGGGAAAATGCCGAGGAAGCCAGCCTGGCCGGCGGGTTGGTGGTGTATGCGGTGGGCCACCTGCTGGAGtt > 7:187644/1‑149 (MQ=255) ggAAATTGCGCCCGGTGCAGGGCGTGCTACCTGCGGCACTGGCGGCACGCGAAGCAGGCCGGGCGCTGGTGGTACCACGGGAAAATGCCGAGGAAGCCAGCCTGGCCGGCGGGTTGGTGGTGTATGCGGTGGGCCACCTGCTGGAGTTg > 5:279019/1‑149 (MQ=255) aaTTGCGCCCGGTGCAGGGCGTGCTACCTGCGGCACTGGCGGCACGCGAAGCAGGCCGGGCGCTGGTGGTACCACGGGAAAATGCCGAGGAAGCCAGCCTGGCCGGCGGGTTGGTGGTGTATGCGGTGGGCCACCTGCTGGAGTTGGTc < 8:251141/149‑1 (MQ=255) gTGCAGGGCGTGCTACCTGCGGCACTGGCGGCACGCGAAGCAGGCCGGGCGCTGGTGGTACCACGGGAAAATGCCGAGGAAGCCAGCCTGGCCGGCGGGTTGGTGGTGTATGCGGTGGGCCACCTGCTGGAGTTGGTCGCCCACCTGaa > 8:222103/1‑149 (MQ=255) tGCAGGGCGTGCTACCTGCGGCACTGGCGGCACGCGAAGCAGGCCGGGCGCTGGTGGTACCACGGGAAAATGCCGa > 6:292357/1‑76 (MQ=255) tGCAGGGCGTGCTACCTGCGGCACTGGCGGCACGCGAAGCAGGCCGGGCGCTGGTGGTACCACGGGAAAATGCCGa < 5:292357/76‑1 (MQ=255) cAGGGCGTGCTACCTGCGGCACTGGCGGCACGCGAAGCAGGCCGGGCGCTGGTGGTACCACGGGAAAATGCCGAGGAAGCCAGCCTGGCCGGCGGGTTGGTGGTGTATGCGGTGGGCCACCTGCTGGAGTTGGTCGCCCACCTGAACgg > 6:329347/1‑149 (MQ=255) gggCGTGCTACCTGCGGCACTGGCGGCACGCGAAGCAGGCCGGGCGCTGGTGGTACCACGGGAAAATGCCGAGGAAGCCAGCCTGGCCGGCGGGTTGGTGGTGTATGCGGTGGGCCACCTGCTGGAGTTGGTCGCCCACCTGAACGGcc < 8:187644/149‑1 (MQ=255) gCGTGCTACCTGCGGCACTGGCGGCACGCGAAGCAGGCCGGGCGCTGGTGGTACCACGGGAAAATGCCGAGGAAGCCAGCCTGGCCGGCGGGTTGGTGGTGTATGCGGTGGGCCACCTGCTGGAGTTGGTCGCCCACCTGAACGGCCAg < 6:279019/149‑1 (MQ=255) tGCTACCTGCGGCACTGGCGGCACGCGAAGCCGGCCGGGCGCTGGTGGTACCACGGGAAAATGCCGAGGAAGCCAGCCTGGCCGGCGGGTTGGTGGTGTATGCGGTGGGCCACCTGCTGGAGTTGGTCGCCCACCTGAACGGCCAGGTg > 7:244336/1‑149 (MQ=255) cTGCGGCACTGGCGGCACGCGAAGCAGGCCGGGCGCTGGTGGTACCACGGGAAAATGCCGAGGAAGCCAGCCTGGCCGGCGGGTTGGTGGTGTATGCGGTGGGCCACCTGCTGGa < 7:58772/115‑1 (MQ=255) cTGCGGCACTGGCGGCACGCGAAGCAGGCCGGGCGCTGGTGGTACCACGGGAAAATGCCGAGGAAGCCAGCCTGGCCGGCGGGTTGGTGGTGTATGCGGTGGGCCACCTGCTGGa > 8:58772/1‑115 (MQ=255) tGCGGCACTGGCGGCACGCGAAGCAGGCCGGGCGCTGGTGGTACCACGGGAAAATGCCGTGGAAGCCAGCCTGGCCGGCGGGTtggtg < 1:204227/88‑1 (MQ=255) tGCGGCACTGGCGGCACGCGAAGCAGGCCGGGCGCTGGTGGTACCACGGGAAAATGCCGAGGAAGCCAGCCTGGCCGGCGGGTtggtg > 2:204227/1‑88 (MQ=255) gCACTGGCGGCACGCGAAGCAGGCCGGGCGCTGGTGGTACCACGGGAAAATGCCGAGGAAGCCAGCCTGGCCGGCGGGTTGGTGGTGTATGCGGTGGGCCACCTGCTGGAGTTGGTCGCCCACCTGAACGGCCAGGTGCCGCTACCGcc < 7:222103/149‑1 (MQ=255) aCTGGCGGCACGCGAAGCAGGCCGGGCGCTGGTGGTACCAc < 2:266285/41‑1 (MQ=255) aCTGGCGGCACGCGAAGCAGGCCGGGCGCTGGTGGTACCAc > 1:266285/1‑41 (MQ=255) | TGGCGGCCGATATGACCTGGCCATCGCCCTGGGCATCCTCGCCGCCGACGGCCAGGTGCCGATTGCCACCCTGACCGATATGGAATGCCTGGGCGAACTGGCCCTGTCGGGGAAATTGCGCCCGGTGCAGGGCGTGCTACCTGCGGCACTGGCGGCACGCGAAGCAGGCCGGGCGCTGGTGGTACCACGGGAAAATGCCGAGGAAGCCAGCCTGGCCGGCGGGTTGGTGGTGTATGCGGTGGGCCACCTGCTGGAGTTGGTCGCCCACCTGAACGGCCAGGTGCCGCTACCGCC > NC_002947/5976430‑5976723 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |