| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 6,076,099 | A→C | 5.9% | S155A (TCC→GCC) | PP_5328 ← | phosphate ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,076,099 | 0 | A | C | 5.9% | 214.4 / 4.0 | 68 | S155A (TCC→GCC) | PP_5328 | phosphate ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (32/32); new base C (2/2); total (34/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 | |||||||||||
ACGCTGACGTGGTCCAGCGCACGCCCCTGCTCGTCGAGCACGAACGATTG‑CTCGCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTG‑GAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAGTTCGTTACCGGTCTTGGTATCGAAGAACAATGCCTGGCCCTTGTCCGAAACACG > NC_002947/6075951‑6076246 | acgCTGACGTGGTCCAGCGCACGCCCCTGCTCGTCGAGCACGAACGATTG‑CTCGCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTG‑GAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGa < 2:206359/149‑1 (MQ=255) cgCTGACGTGGTCCAGCGCACGCCCCTGCTCGTCGAGCACGAACGATTG‑CTCGCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTG‑GAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGAc < 4:311557/149‑1 (MQ=255) gCTGACGTGGTCCAGCGCACGCCCCTGCTCGTCGAGCACGAACGATTG‑CTCGCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTG‑GAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACa < 7:291071/149‑1 (MQ=255) cTGACGTGGTCCAGCGCACGCCCCTGCTCGTCGAGCACGAACGATTG‑CTCGCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGCGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACa < 1:3938/149‑1 (MQ=255) gTGGTCCAGCGCACGCCCCTGCTAGTCGAGCACGAACGATTG‑ATCGCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGAAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTG‑GAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACATGccaa > 8:83322/1‑147 (MQ=255) cAGCGCACGCCCCTGCTCGTCGAGCACGAACGATTG‑CTCGCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTG‑GAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGcacc < 1:3993/148‑1 (MQ=255) gCCCCTGCTCGTCGAGCACGAACGATTG‑CTCGCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTG‑GAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGcaccac < 8:216496/142‑1 (MQ=255) gCCCCTGCTCGTCGAGCACGAACGATTG‑CTCGCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTG‑GAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGcaccac > 7:216496/1‑142 (MQ=255) gCCCCTGCTCGTCGAGCACGAACGATTG‑CTCGCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTG‑GAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAgcgcg > 8:147950/1‑149 (MQ=255) gCCCCTGCTCGTCGAGCACGAACGATTG‑CTCGCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTG‑GAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAgcgcg < 8:60108/149‑1 (MQ=255) cccTGCTCGTCGAGCACGAACGATTGACTCGCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTG‑GAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAgcgcgc > 1:4286/1‑149 (MQ=255) cccTGCTCGTCGAGCACGAACGATTG‑CTCGCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTG‑GAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCt > 2:280501/1‑149 (MQ=255) tcgtcgAGCACGAACGATTG‑CTCGCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTG‑GAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCggg > 4:285892/1‑149 (MQ=255) 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4:345519/131‑1 (MQ=255) gATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTG‑GAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGa > 7:217027/1‑125 (MQ=255) gATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTG‑GAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGa < 8:217027/125‑1 (MQ=255) gCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTG‑GAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCa > 8:167149/1‑149 (MQ=255) gggCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTG‑GAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACggg < 5:37785/149‑1 (MQ=255) gggCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTG‑GAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACggg < 1:280501/149‑1 (MQ=255) gCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTG‑GAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCCGGGTGTCTGCCGGCACGGGTa < 1:11531/149‑1 (MQ=255) tGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTG‑GAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGt > 8:59484/1‑149 (MQ=255) aTGGTTTTCTTGTTGTCCGTGTAGGTGATCTTGTAGGGGTGCTG‑GAAAATCAGCGACGGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCGGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGtt < 8:331220/148‑1 (MQ=255) tGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTG‑GAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTc > 2:144708/1‑148 (MQ=255) gTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTG‑GAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGt < 5:47708/116‑1 (MQ=255) gTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTG‑GAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGt > 6:47708/1‑116 (MQ=255) tttCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTG‑GAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGacac > 8:301309/1‑149 (MQ=255) gttgtCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTG‑GAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCtt > 6:246790/1‑147 (MQ=255) gttgtCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTG‑GAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGa > 3:95989/1‑149 (MQ=255) ttgtCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTG‑GAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACgg < 7:337489/130‑1 (MQ=255) ttgtCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTG‑GAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACgg > 8:337489/1‑130 (MQ=255) gtCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTG‑GAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAGtt > 7:43139/1‑149 (MQ=255) tCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTG‑GAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAGTTc < 7:59484/149‑1 (MQ=255) ggTGATCTTGTAGGTGTGCTG‑GAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAGTTCGTTACCg < 7:301309/148‑1 (MQ=255) gTGATCTTGTAGGTGTGCTG‑GAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGca > 7:109537/1‑55 (MQ=255) gTGATCTTGTAGGTGTGCTG‑GAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGca < 8:109537/55‑1 (MQ=255) gTAGGTGTGCTG‑GAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCCGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTGTGCCGGGACGGGTAGTTCGACACGCGTGAGTTCGTTACCGGTCTTGGTag > 4:41903/1‑148 (MQ=255) gTAGGTGTGCTG‑GAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAGTTCGTTACCGGTCTTg < 2:4286/145‑1 (MQ=255) aGGTGTGCTG‑GAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGATGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTATGCAGGCACTGGTAGTTCGAAACGCTTGAGTTCGTTAACGGTCGTGATATc > 8:331437/1‑148 (MQ=255) ggTGTGCTG‑GAAAAGCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCAGCAGCGCGCTGCCCGGGTGGTCAGTACTTATGGACGTGACCTGTGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAGTTCGTTACCGGTCTTGGTATCg < 4:58559/148‑1 (MQ=255) ggTGTGCTG‑GAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAGTTCGTTACCGGTCTTGGTATCg < 1:144708/148‑1 (MQ=255) gtgtGCTG‑GAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAGTTCGTTACCGGTCTTGGTATCgaa < 8:43139/149‑1 (MQ=255) tG‑GAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAGTTCGTTACCGGTCTTGGTATCGAAGAACaa > 4:301755/1‑149 (MQ=255) g‑gAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTc > 3:192221/1‑106 (MQ=255) g‑gAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTc < 4:192221/106‑1 (MQ=255) gAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAGTTCGTTACCGGTCTTGGTATCGAAGAACAATg > 8:202713/1‑149 (MQ=255) aaaaCCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAGTTCGTTAcc < 3:59081/125‑1 (MQ=255) aaaaCCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAGTTCGTTAcc > 4:59081/1‑125 (MQ=255) aaaaCCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAGTTCGTTACCGGTCTTGGTATCGAAGAACAATGc < 5:246790/149‑1 (MQ=255) aaCCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAGTTCGTTACCTGTCTTGGTATCGAAGAACAATGCCt < 3:286512/149‑1 (MQ=255) ccAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAGTTCGTTACCGGTCTTGGTATCgaag > 3:105879/1‑137 (MQ=255) ccAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAGTTCGTTACCGGTCTTGGTATCgaag < 4:105879/137‑1 (MQ=255) cAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAGTTCGTTACCGGTCTTGGTATCGAAGAACAATGCCTGGc > 5:301412/1‑149 (MQ=255) cAGCGCCTGGACATTTGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAGTTCGTTACCGGTCTTGGTATCGAAGAACAATGCCTGGc < 7:331437/149‑1 (MQ=255) gggcCTGTCCAATGGCCAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAGTTCGTTACCGGTCTTGGTa > 4:315014/3‑128 (MQ=255) gggcCTGTCCAATGGCCAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAGTTCGTTACCGGTCTTGGTa < 3:315014/126‑1 (MQ=255) cTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAGTTCGTTACCGGTCTTGGTATCGAAGAACAATGCCTGGCCCTTGt < 7:167149/149‑1 (MQ=255) ggACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAGTTCGTTACCGGTCTTGGTATCGAAGAACAATGCCTGGCCCTTGTCCGAAaca < 4:95989/148‑1 (MQ=255) gACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAGTTCGTTACCGGTCTTGGTATCGAAGAACAATGCCTGGCCCTTGTCCGAAACACg > 6:136580/1‑149 (MQ=255) | ACGCTGACGTGGTCCAGCGCACGCCCCTGCTCGTCGAGCACGAACGATTG‑CTCGCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTG‑GAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAGTTCGTTACCGGTCTTGGTATCGAAGAACAATGCCTGGCCCTTGTCCGAAACACG > NC_002947/6075951‑6076246 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |