Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 6,172,004 | T→G | 6.7% | N100H (AAC→CAC) | glmS ← | L‑glutamine/D‑fructose‑6‑phosphate aminotransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 6,172,004 | 0 | T | G | 6.7% | 182.4 / 2.9 | 60 | N100H (AAC→CAC) | glmS | L‑glutamine/D‑fructose‑6‑phosphate aminotransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/31); new base G (2/2); total (27/33) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.42e-01 |
CCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTGTGGTGGATCAGGTGGACGATGACTTCGGTATCGGTCTGCGAAGTGAAGACATAGCCCAGGCCCTTCAGCTCTTCGCGCAGCTCCTCATGGTTCTCGATGATGCCGTTGTGCACCACGGCCACATCATTGCCCGAGAAGTGCGGGTGGGCGTTGCCTTCAGTCGGCGCGCCGTGAGTAGCCCAGCGGGTGTGGGCAATACCCAGCTGGCCTGCCAATGGGTCATCAGCAACAGCAACCTCCAGCTCGCTGAC > NC_002947/6171857‑6172148 | ccTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTGTGGTGGATCAGGTGGACGATGACTTCGGTATCGGTCTGCGAAGTGAAGACATAGCCCAGGCCCTTCAGCTCTTCGCGCAGCTCCTCATGGTTCTCGATGATGCCGTtg > 2:89968/1‑149 (MQ=255) aGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTGTGGTGGATCAGGTGGACGATGACTTCGGTATCGGTCTGCGAAGTGAAGACATAGCCCAGGCCCTTCAGCTCTTCGCGCAGCTCCTCATGGTTCTCGATGATGCCGTTGTGca < 5:305433/148‑1 (MQ=255) gggCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTGTGGTGGATCAGGTGGACGATGACTTCGGTATCGGTCTGCGAAGTGAAGACATAGGCCAGGCCCTTCAGCTCTTCGCGCAGCTCCTCATGGTTCTCGATGATGCCGTTGTGcac > 2:237688/1‑148 (MQ=255) ggCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTGTGGTGGATCAGGTGGACGATGACTTCGGTATCGGTCTGCGAAGTGAAGACATAGCCCAGGCCCTTCAGCTCTTCGCGCAGCTCCTCATGGTTCTCGATGATGCCGTTGTGcacca < 2:243614/149‑1 (MQ=255) gTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTGTGGTGGATCAGGTGGACGATGACTTCGGTATCGGTCTGCGAAGTGAAGACATAGCCCAGGCCCTTCAGCTCTTCGCGCAGCTCCTCATGGTTCTCGATGATGCCGTTGTGc > 1:5574/1‑142 (MQ=255) gTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTGTGGTGGATCAGGTGGACGATGACTTCGGTATCGGTCTGCGAAGTGAAGACATAGCCCAGGCCCTTCAGCTCTTCGCGCAGCTCCTCATGGTTCTCGATGATGCCGTTGTGc < 2:5574/142‑1 (MQ=255) ctatctaaTGCTCTTCAGGGTGTGGTGGATCAGGTGGACGATGACTTCGGTATCGGTCTGCGAAGTGAAGACATAGCCCAGGCCCTTCAGCTCTTCGCGCAGATCCTCATGGTTCTCGATGATGCCGTTGTGCACCACGGCCAcatca < 1:171169/142‑1 (MQ=255) tCTGGAATGCTCTTCAGGCTGTGGTGGATCAGGTGGACGATGACTTCGGTATCGGTCTGCGAAGTGAAGACATAGCCCAGGCCCTTCAGCTCTTCGCGCAGCTCCTAAAGGTTCTCGAAGATGCCGTTGTGCACCACGGCCACATCAtt > 5:354247/1‑149 (MQ=255) aTGCTCTTCAGGGTGTGGTGGATCAGGTGGACGATGACTTCGGTATCGGTCTGCGAAGTGAAGACATAGCCCAGGCCCTTCAGCTCTTCGCGCAGCTCGTCATGGTTCTCGATGATGCCGTTGTGCACCACGGCCACATCATTGCCCga < 1:89968/149‑1 (MQ=255) aTGCTCTTCAGGGTGTGGTCGATCAGGTGGACGATGAATTCGGTATAGGTCTGCGAAGTGAAGACATAGCCCAGGCCCTTCAGCTCTTAGCGCAGCTCCTCATGGTTCTCGATCATTCAGTTGTTCACCACGGCCAcatca > 2:171169/1‑141 (MQ=255) tGCTCTTCAGGGTGTGGTGGATCAGGTGGACGATGACTTCGGTATCGGTCTGCGAAGTGAAGACATAGCCCAGGCCCTTCAGCTCTTCGCGCAGCTCCTCATGGTTCTCGATGATGCCGTTGTGCACCACGGCCACATCATTGCCCgag < 6:136275/149‑1 (MQ=255) ctctTCAGGGTGTGGTGGATCAGGTGGACGATGACTTCGGTATCGGTCTGCGAAGTGAAGACATAGCCCAGGCCCTTCAGCTCTTCGCGCAGCTCCTCATGGTTCTCGATGATGCCGTTGTGCACCACGGCCACATCATTGCCCgaga < 4:239573/148‑1 (MQ=255) tctTCAGGGTGTGGTGGATCAGGTGGACGATGACTTCGGTATCGGTCTGCGAAGTGAAGACATAGCCCAGGCCCTTCAGCTCTTCGCGCAGCTCCTCATGGTTCTCGATGATGACGTTGTGCACCACGGCCACATCATTGCCCGAGAAg > 2:93787/1‑149 (MQ=255) ttCAGGGTGTGGTGGATCAGGTGGACGATGACTTCGGTATCGGTCTGCGAAGTGAAGACATAGCCCAGGCCCTTCAGCTCTTCGCGCAGCTCCTCATGGTTCTCGATGATGCCGtt > 6:29717/1‑116 (MQ=255) ttCAGGGTGTGGTGGATCAGGTGGACGATGACTTCGGTATCGGTCTGCGAAGTGAAGACATAGCCCAGGCCCTTCAGCTCTTCGCGCAGCTCCTCATGGTTCTCGATGATGCCGtt < 5:29717/116‑1 (MQ=255) gggTGTGGTGGATCAGGTGGACGATGACTTCGGTATCGGTCTGCGAAGTGAAGACATAGGCCAGGCCCTTCAGCTCTTCGCGCAGCTCCTCATGGTTCTCGATGATGCCGTTGTGCACCACGGCCACATCATTGCCCGAGAAGTGCggg < 1:237688/149‑1 (MQ=255) ggTGTGGTGGATCAGGTGGACGATGACTTCGGTATCGGTCTGCGAAGTGAAGACATAGCCCAGGCCCTTCAGCTCTTCGCGCAGCTCCTCATGGTTCTCGATGATGCCGTTGTGCACCACGGCCACATCATTGCCCGAGAAGTGCGGGt > 5:288470/1‑149 (MQ=255) tggtggATCAGGTGGACGATGACTTCGGTATCGGTCTGCGAAGTGAAGACATAGCCCAGGCCCTTCAGCTCTTCGCGCAGCTCCTCATGGTTCTCGATGATGCCGTTGTGCACCACGGCCAcatc < 8:160941/125‑1 (MQ=255) aGGTGGACGATGACTTCGGTATCGGTCTGCGAAGTGAAGACATAGCCCAGGCCCTTCAGCTCTTCGCGCAGCTCCTCATGGTTCTCGATGATGCCGTTGTGCACCACGGCCACATCATTGCCCGAGAAGTGCGGGTGGGCGTTGCCtt < 6:22077/148‑1 (MQ=255) ggTGGACGATGACTTCGGTATCGGTCTGCGAAGTGAAGACATAGCCCAGGCCCTTCAGCTCTTCGCGCAGCTCCTCATGGTTCTCGATGATGCCGTTGTGTACCACGGCCACATCATTGCCCGAGAAGTGCGGGTGGGCGTTGCCtt > 5:268661/1‑147 (MQ=255) 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aCTTCGGTATCGGTCTGCGAAGTGAAGACATAGCCCAGGCCCTTCAGCTCTTCGCGCAGCTCCTCATGGTTCTCGATGATGCCGTTGTGCACCACGGCCACATCATTGCCCGAGAAGTGCGGGTGGGCGTTGc < 5:193948/133‑1 (MQ=255) aCTTCGGTATCGGTCTGCGAAGTGAAGACATAGCCCAGGCCCTTCAGCTCTTCGCGCAGCTCCTCATGGTTCTCGATGATGCCGTTGTGCACCACGGCCACATCATTGCCCGAGAAGTGCGGGTGGGCGTTGc > 6:193948/1‑133 (MQ=255) ttCGGTATCGGTCTGCGAAGTGAAGACATAGCCCAGGCCCTTCAGCTCTTCGCGCAGCTCCTCATGGTTCTCGATGATGCCGTTGTGCACCACGGCCACATCATTGCCCGAGAAGTGCGGGTGGGCGTTGCCTTCAGTCGGCGCGCCGt > 3:148556/1‑149 (MQ=255) cGGTAGCGGGCTGCGAAGTGAAGACATCGCCCAGGCCCTTCAGCTCTGCGCGCAGCTCCTCATGGTTCTCGTGGATGCCGTTGTGCACCACGGACACATCATTGCCCGAGAAGTGCGGGTGGGCGTTGCCTTCAGTCGGCGCGCCGt < 1:93787/147‑1 (MQ=255) ggTCTGCGAAGTGAAGACATAGCCCAGGCCCTTCAGCTCTTCGCGCAGCTCCTCATGGTTCTCGATGATGCCGTTGTGCACCACGGCCACATCATTGCCCGAGAAGTGCGGGTGGGCGTTGCCTTCAGTCGGCGCGCCGTGAGTAGcc > 6:64245/1‑148 (MQ=255) gTCTGCGAAGTGAAGACATAGCCCAGGCCCTTCAGCTCTTCGCGCAGCTCCTCATGGTTCTCGATGATGCCGTTGTGCACCACGGCCACATCATTGCCCGAGAAGTGCGGGTGGGCGTTGCCTTCAGTCGGCGCGCCGTGAGTAGcc > 2:165927/1‑147 (MQ=255) tCTGAGAAGTGAAGACATATCCCAGGCCCTTCAGCTCTTCGGGCAGCTCCTCATGGTTCTCGATGATGCCGTTGTGCACCACGGCCACATCATTGCCCGAGAAGTGCGGGTGGGCGTTGCCTTCAGTCGGCGCGCCGTGAGTAGCGCAg < 6:354247/149‑1 (MQ=255) cGAAGTGAAGACATAGCCCAGGCCCTTCAGCTCTTCGCGCAGCTCCTCATGGTTCTCGATGATGCCGTTGTGCACCACGGCCACATCATTGCCCGAGAAGTGCGGGTGGGCGTTGCCTTCAGTCGGCGCGCCGTGAGTAGCCCAGCggg > 3:202378/1‑149 (MQ=255) tGAAGACATAGCCCAGGCCCTTCAGCTCTTCGCGCAGCTCCTCATGGTTCTCGATGATGCCGTTGTGCACCACGGCCACATCATTGCCCGAGAAGTGCGGGTGGGCGTTGCCTTCAGTCGGCGCGCCGTGAGTAGCCCAGCGGGTGTgg > 2:252065/1‑149 (MQ=255) gAAGACATAGCCCAGGCCCTTCAGCTCTTCGCGCAGCTCCTCATGGTTCTCGATGATGCCGTTGTGCACCACGGCCACATCATTGCCCGAGAAGTGCGGGTGGGCGTTGCCTTCAGTCGGCGCGCCGTGAGTAGCCCAGCGGGTGTggg > 8:48950/1‑149 (MQ=255) aaGCCATATCCCAGGCCCTTCAGCTCTTCGCGCAGCTCCTCATGGTTCTCGATGATGCCGTTGTGCACCACGGCCACATCATTGCCCGAGAAGTGCCGGTGGGCGTTGCCTTCAGTCGGCGCGACGTGAGTAGCCCAGCGCGTGAggg > 4:175455/1‑148 (MQ=255) aaGACATAGCCCAGGCCCTTCAGCTCTTCGCGCAGCTCCTCATGGTTCTCGATGATGCCGTTGTGCACCACGGCCACATCATTGCCCGAGAAGTGCGGGTGGGCGTTGCCTTCAGTCGGCGCGCCGTGAGTAGcc > 8:221092/1‑135 (MQ=255) aaGACATAGCCCAGGCCCTTCAGCTCTTCGCGCAGCTCCTCATGGTTCTCGATGATGCCGTTGTGCACCACGGCCACATCATTGCCCGAGAAGTGCGGGTGGGCGTTGCCTTCAGTCGGCGCGCCGTGAGTAGcc < 7:221092/135‑1 (MQ=255) aaGACATAGCCCAGGCCCTTCAGCTCTTCGCGCAGCTCCTCATGGTTCTCGATGATGCCGTTGTGCACCACGGCCACATCATTGCCCGAGAAGTGCGGGTGGGCGTTGCCTTCAGTCGGCGCGCCGTGAGTAGCCCAGCGGGTGTggg < 4:65110/148‑1 (MQ=255) aTAGCCCAGGCCCTTCAGCTCTTCGCGCAGCTCCTCATGGTTCTCGATGATGCCGTTGTGCACCACGGCCACATCATTGCCCGAGAAGTGCGGGTGGGCGTTGCCTTCAGTCGGCGCGCCGTGAGTAGCCCAGCGGGTGTGGGCAATAc > 7:33891/1‑149 (MQ=255) aGGCCCTTCAGCTCTTCGCGCAGCTCCTCATGGTTCTCGATGATGCCGTTGTGCACCACGGCCACATCATTGCCCGAGAAGTGCGGGTGGGCGTTGCCTTCAGTCGGCGCGCCGTGAGTAGCCCAGCGGGTGTGGGCAATACCCAGCTg < 1:252065/149‑1 (MQ=255) gCCCTTCAGCTCTTCGCGCAGCTCCTCATGGTTCTCGATGATGCCGTTGTGCACCACGGCCACATCATTGCCCGAGAAGTGCGGGTGGGCGTTGCCTTCAGTCGGCGCGCCGTGAGTAGCCCAGCGGGTGTGGGCAATACCCAGCTGGc > 8:149791/1‑149 (MQ=255) ccTTCAGCTCTTCGCGCAGCTCCTCATGGTTCTCGATGATGCCGTTGTGCACCACGGCCACATCATTGCCCGAGAAGTGCGGGTGGGCGTTGCCTTCAGTCGGCGCGCCGTGAGTAGCCCAGCGGGTGTGGGCAATACCCAGCTGGCCt > 4:82865/1‑149 (MQ=255) ccTTCAGCTCTTCGCGCAGCTCCTCATGGTTCTCGATGATGCCGTTGTGCACCACGGCCACATCATTGCCCGAGAAGTGCGGGTGGGCGTTGCCTTCAGTCGGCGCGCCGTGAGTAGCCCAGCGGGTGTGGGCAATACCCAGCTGGCCt < 4:202378/149‑1 (MQ=255) ccTTCAGCTCTTCGCGCAGCTCCTCATGGTTCTCGATGATGCCGTTGTGCACCACGGCCACATCATTGCCCGAGAAGTGCGGGTGGGCGTTGCCTTCAGTCGGCGCGCCGTGAGTAGCCCAGCGGGTGTGGGCAATACCCAGCTGGCCt < 4:148556/149‑1 (MQ=255) cAGCTCTTCGCGCAGCTCCTCATGGTTCTCGATGATGCCGTTGTGCACCACGGCCACATCATTGCCCGAGAAGTGCGGGTGGGCGTTGCCTTCAGTCGGCGCGCCGTGAGTAGCCCAGCGGGTGTGGGCAATACCCAGCTGGCCTGc < 5:10416/147‑1 (MQ=255) ttCGCGCAGCTCCTCATGGTTCTCGATGATGCCGTTGTGCACCACGGCCACATCATTGCCCGAGAAGTGCGGGTGGGCGTTGCCTTCAGTCGGCGCGCCGTGAGTAGCCCAGCGGGTGTGGGTAATACCCAGCTGGCCTGCCAATgg < 7:48950/147‑1 (MQ=255) ttCGCGCAGCTCCTCATGGTTCTCGATGATGCCGTTGTGCACCACGGCCACATCATTGCCCGAGAAGTGCGGGTGGGCGTTGCCTTCAGTCGGCGCGCCGTGAGTAGCCCAGCGGGTGTGGGCAATACCCAGCTGGCCTGCCAATgg < 1:165927/147‑1 (MQ=255) gcgcAGCTCCTCATGGTTCTCGATGATGCCGTTGTGCACCACGGCCACATCATTGCCCGAGAAGTGCGGGTGGGCGTTGCCTTCAGTCGGCGCGCCGTGAGTAGCCCAGCGGGTGTGGGCAATACCCAGCTGGCCTGCCAATGGGtcat < 6:288470/149‑1 (MQ=255) gcgcAGCTCCTCATGGTTCTCGATGATGCCGTTGTGCACCACGGCCACATCATTGCCCGAGAAGTGCGGGTGGGCGTTGCCTTCAGTCGGCGCGCCGTGAGTAGCCCAGCGGGTGTGGGCAATACCCAGCTGGCCTGCCAATGGGtcat < 5:64245/149‑1 (MQ=255) gcAGCTCCTCATGGTTCTCGATGATGCCGTTGTGCACCACGGCCACATCATTGCCCGAGAAGTGCGGGTGGGCGTTGCCTTCAGTCGGCGCGCCGTGAGTAGCCCAGCGGGTGTGGGCAGTACCCAGCTGGCCTGCCAATGGGtcat > 5:321849/1‑147 (MQ=255) ctcATGGTTCTCGATGATGCCGTTGTGCACCACGGCCACATCATTGCCCGAGAAGTGCGGGTGGGCGTTGCCTTCAGTCGGCGCGCCGTGAGTAGCCCAGCGGGTGTGGGCAATACCCAGCTGGCCTGCCAATGGGTCATcagcaacag > 1:191285/1‑149 (MQ=255) ctcATGGTTCTCGATGATGCCGTTGTGCACCACGGCCACATCATTGCCCGAGAAGTGCGGGTGGGCGTTGCCTTCAGTCGGCGCGCCGTGAGTAGCCCAGCGGGTGTGGGCAATACCCAGCTGGCCTGCCAATGGGTCATcagc > 6:42399/1‑144 (MQ=255) ctcATGGTTCTCGATGATGCCGTTGTGCACCACGGCCACATCATTGCCCGAGAAGTGCGGGTGGGCGTTGCCTTCAGTCGGCGCGCCGTGAGTAGCCCAGCGGGTGTGGGCAATACCCAGCTGGCCTGCCAATGGGTCATcagc < 5:42399/144‑1 (MQ=255) cATGGTTCTCGATGATGCCGTTGTGCACCACGGCCACATCATTGCCCGAGAAGTGCGGGTGGGCGTTGCCTTCAGTCGGCGCGCCGTGAGTAGCCCAGCGGGTGTGGGCAATACCCAGCTGGCCTGCCAATGGGTCTTcagcaacagc > 3:7540/1‑148 (MQ=255) tGGTTCTCGATGATGCCGTTGTGCACCACGGCCACATCATTGCCCGATAAGTGCGGGTGGGGGTTGCCTTCAGTCGGCGCGCCGTGAGTAGCCCAGCGTGTGTGGGCAATACCCAGCTGGCCTGCCAATGGGTCATCagcaacagcaac < 3:175455/149‑1 (MQ=255) ttCTCGATGATGCCGTTGTGCACCACGGCCACATCATTGCCCGAGAAGTGCGGGTGGGCGTTGCCTTCAGTCGGCGCGCCGTGAGTAGCCCAGCGGGTGTGGGCAATACCCAGCTGGCCTGCCAATGGGTCATCAGCAACAGCAACCTc < 8:33891/149‑1 (MQ=255) atgtggCCGTGGTGCACAACGGCCACATCATTGCCCGAGAAGTGCGGGTGGGCGTTGCCTTCAGTCGGCGCGCCGTGAGTAGCCCAGCGGGTGTGGGCAATACCCAGCTGGCCTGCCAATGGGTCATCAGCAACAGCAACCTc < 2:304266/138‑1 (MQ=255) atgtggCCGTGGTGCACAACGGCCACATCATTGCCCGAGAAGTGCGGGTGGGCGTTGCCTTCAGTCGGCGCGCCGTGAGTAGCCCAGCGGGTGTGGGCAATACCCAGCTGGCCTGCCAATGGGTCATCAGCAACAGCAACCTc > 1:330763/6‑143 (MQ=255) atgtggCCGTGGTGCACAACGGCCACATCATTGCCCGAGAAGTGCGGGTGGGCGTTGCCTTCAGTCGGCGCGCCGTGAGTAGCCCAGCGGGTGTGGGCAATACCCAGCTGGCCTGCCAATGGGTCATCAGCAACAGCAACCTc > 1:304266/6‑143 (MQ=255) atgtggCCGTGGTGCACAACGGCCACATCATTGCCCGAGAAGTGCGGGTGGGCGTTGCCTTCAGTCGGCGCGCCGTGAGTAGCCCAGCGGGTGTGGGCAATACCCAGCTGGCCTGCCAATGGGTCATCAGCAACAGCAACCTc < 2:330763/138‑1 (MQ=255) tgCCGTTGTGCACCACGGCCACATCATTGCCCGAGAAGTGCGGGTGGGCGTTGCCTTCAGTCGGCGCGCCGTGAGTAGCCCAGCGGGTGTGGGCAATACCCAGCTGGCCTGCCAATGGGTCATCAGCAACAGCAACCTCCAGCTCGCTg < 7:149791/149‑1 (MQ=255) ccGTTGTGCACCACGGCCACATCATTGCCCGAGAAGTGCGGGTGGGCGTTGCCTTCAGTCGGCGCGCCGTGAGTAGCCCAGCGGGTGTGGGCAATACCCAGCTGGCCTGCCAATGGGTCATCAGCAACAGCAACCTCCAGCTCGCTGAc < 6:321849/149‑1 (MQ=255) | CCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTGTGGTGGATCAGGTGGACGATGACTTCGGTATCGGTCTGCGAAGTGAAGACATAGCCCAGGCCCTTCAGCTCTTCGCGCAGCTCCTCATGGTTCTCGATGATGCCGTTGTGCACCACGGCCACATCATTGCCCGAGAAGTGCGGGTGGGCGTTGCCTTCAGTCGGCGCGCCGTGAGTAGCCCAGCGGGTGTGGGCAATACCCAGCTGGCCTGCCAATGGGTCATCAGCAACAGCAACCTCCAGCTCGCTGAC > NC_002947/6171857‑6172148 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |