Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 465,442 | A→G | 11.9% | L124L (TTG→CTG) | PP_0384 ← | AsnC family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 465,442 | 0 | A | G | 11.9% | 146.1 / 10.9 | 59 | L124L (TTG→CTG) | PP_0384 | AsnC family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (28/24); new base G (4/3); total (32/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.91e-01 |
CCCGCTCCTACAACCGGCCTCATCGATAACCCCACCCGAGCGCCAGCCCGTTCAAAGCGGCTGTCCACGGTCCACCTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAG‑GCGACATAGTCGAATTCGCCGCTTACCGCACACAGCTGCTGCACCTGGCCCATGGCACTCAGGCGCCGCACCACGTCCTTGCCGGAGCGTGGCTGCACCTTGATCCC > NC_002947/465299‑465586 | cccGCTCCTACAACCGGCCTCATCGATACCCCCACCCGAGCGCCAGCCCGTTCAAAGCGGCTGTCCCCGGTCCACCTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGAt > 5:133213/1‑149 (MQ=255) cccGCTCCTACAACCGGCCTCATCGATAACCCCACCCGAGCGCCAGCCCGTTCAAAGCGGCTGTCCACGGTCCACCTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGCTTTTATCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGAt > 1:118904/1‑149 (MQ=255) cGCTCCTACAACCGGCCTCATCGATAACCCCACCCGAGCGCCAGCCCGTTCAAAGCGGCTGTCCACGGTCCACCTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATcc < 4:293000/149‑1 (MQ=255) aCCGGCCTCATCGATAACCCCACCCGAGCGCCAGCCCGTTCAAAGCGGCTGTCCACGGTCCACCTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCgg < 4:13274/149‑1 (MQ=255) cGGCCTCATCGATAACCCCACCCGAGCGCCAGCCCGTTCAAAGCGGCTGTCCACGGTCCACCTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGc < 4:273854/149‑1 (MQ=255) aTCGATAACCCCACCCGAGCGCCAGCCCGTTCAAAGCGGCTGTCCACGGTCCACCTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTcc < 4:147397/148‑1 (MQ=255) aTCGATAACCCCACCCGAGCGCCAGCCCGTTCAAAGCGGCTGTCCACGGTCCACCTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCg > 7:289782/1‑149 (MQ=255) aTAACCCCACCCGAGTGCCAGCCCGTTCAAAGCGGCTGTCCACGGTCCCCCTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGGGCAACTGCTCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGGACg > 2:119280/1‑149 (MQ=255) aTAACCCCACCCGAGCGCCAGCCCGTTCAAAGCGGCTGTCCACGGTCCACCTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAGCTGGATCAGTTGCTCgac < 7:41067/137‑3 (MQ=255) aTAACCCCACCCGAGCGCCAGCCCGTTCAAAGCGGCTGTCCACGGTCCACCTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAGCTGGATCAGTTGCTCgac > 8:46791/1‑135 (MQ=255) aTAACCCCACCCGAGCGCCAGCCCGTTCAAAGCGGCTGTCCACGGTCCACCTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAGCTGGATCAGTTGCTCgac > 8:41067/1‑135 (MQ=255) aTAACCCCACCCGAGCGCCAGCCCGTTCAAAGCGGCTGTCCACGGTCCACCTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAGCTGGATCAGTTGCTCgac < 7:46791/137‑3 (MQ=255) ccccACCCGAGCGCCAGCCCGTTCAAAGCGGCTGTCCACGGTCCACCTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGc > 8:40050/1‑149 (MQ=255) cccACCCGAGCGCCAGCCCGTTCAAAGCGGCTGTCCACGGTCCACCTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAGCTGGATCAGTTGCTCga > 7:30891/1‑130 (MQ=255) cccACCCGAGCGCCAGCCCGTTCAAAGCGGCTGTCCACGGTCCACCTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAGCTGGATCAGTTGCTCga < 8:30891/131‑2 (MQ=255) cccACCCGAGCGCCAGCCCGTTCAAAGCGGCTGTCCACGGTCCACCTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGc > 2:278356/1‑148 (MQ=255) gAGCGCCAGCCCGTTCAAAGCGGCTGTCCACGGTCCACCTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAG‑GCGAc < 8:289782/149‑1 (MQ=255) ccAGCCCGTTCAAAGCGGCTGTCCACGGTCCACCTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAG‑GCGACATAGt > 1:322081/1‑149 (MQ=255) cAGCCCGTTCAAAGCGGCTGTCCACGGTCCACCTTGCTGATGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAG‑GCGACATAGTc < 4:193919/149‑1 (MQ=255) gCCCGTTCAAAGCGGCTGTCCACGGTCCACCTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAG‑GCGACATAGTCg > 3:319403/1‑148 (MQ=255) ccGTTCAAAGCGGCTGTCCACGGTCCACCTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAG‑GCGACATAGTCGAAt < 7:40050/149‑1 (MQ=255) gTTCAAAGCGGCTGTCCACGGTCCACCTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAG‑GCGACa > 7:64938/1‑138 (MQ=255) gTTCAAAGCGGCTGTCCACGGTCCACCTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAG‑GCGACa < 8:64938/138‑1 (MQ=255) gTTCAAAGCGGCTGTCCACGGTCCACCTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAG‑GCGACATAGTCGAATTc < 1:278356/149‑1 (MQ=255) gTTCAAAGCGGCTGTCCACGGTCCACCTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAG‑GCGACATAGTCGAATTc > 1:250189/1‑149 (MQ=255) tGTCCACGGTCCACCTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAG‑GCGACATAGTCGAATTCGCCGCTTACCg > 5:123176/1‑148 (MQ=255) cACGGTCCACCTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAG‑GCGACATAGTCGAATTCGCCGCTTACCGcaca > 6:275526/1‑148 (MQ=255) cACGGTCCACCTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAG‑GCGACATAGTCGAATTCGCCGCTTACCGcaca > 6:79566/1‑148 (MQ=255) cGGTCCACCTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAG‑GCGACATAGTCGAATTCGCCGCTTACCGCACACAg > 1:131622/1‑149 (MQ=255) cACCTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAG‑GCGACa < 5:12574/115‑1 (MQ=255) cACCTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAG‑GCGACa > 6:12574/1‑115 (MQ=255) ccTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAGAGCGACATAGTCGAATTCGCCGCTTACCGca < 1:213776/138‑1 (MQ=255) ccTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAG‑GCGACATAGTCGAATTCGCCGCTTACCGca > 2:213776/1‑137 (MQ=255) ctgctgATCATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAG‑GCGACATAGTCGACTTCGCCGCTTCCCGCACACAGCTGCTGCACCt < 6:301967/148‑1 (MQ=255) gctgAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAG‑GCGACATAGTCGAATTCGCCGCTTACCGCACACAGCTGCTGCACCTGGc > 6:182098/1‑149 (MQ=255) ctgAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAG‑GCGACATAGTCGAATTCGCCGCTTACCGCACACAGCTGCTGCACCTGGc < 5:275526/148‑1 (MQ=255) agaATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAG‑GCGACATAGTCGAATTCGCCGCTTACCGCACACAGCTGCTGCACCTGGccc < 5:182098/147‑1 (MQ=255) aTCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAG‑GCGACATAGTCGAATTCGCCGCTTACCGCACACAGCTGCTGCACCTGGCCCATGGCACt > 1:72847/1‑149 (MQ=255) aCGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAG‑GCGACATAGTCGAATTCGCCGCTTACCGCACACAg > 4:313149/1‑121 (MQ=255) aCGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAG‑GCGACATAGTCGAATTCGCCGCTTACCGCACACAg < 3:313149/121‑1 (MQ=255) ctcCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAG‑GCGACATAGTCGAATTCGCCGCTTACCGCACACAGCTGCTGCACCTGGCCCATGGCACTCAGGCGCCGCACCACGt > 2:12990/1‑149 (MQ=255) cACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAG‑GCGACATAGTCGAATTCGCCGCTTACCGCACACAGCTGCTGCACCTGGCCCATGGCACTCAGGCGCCGCACCACGTcc < 2:322081/148‑1 (MQ=255) cACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAG‑GCGACATAGTCGAATTCGCCGCTTACCGCACACAGCTGCTGCACCTGGCCCATGGCACTCAGGCGCCGCACCACGTCCt > 2:24978/1‑149 (MQ=255) cACCCCGTCGACACTGCCAATCGGGTCGAGCAACTGATACAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAG‑GCGACATAGTCGAATTCGCCGCTTACCGcaca > 7:54587/1‑102 (MQ=255) cACCCCCTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAG‑GCGACATAGTCGAATTCGCCGCTTACCGcaca < 8:54587/102‑1 (MQ=255) aCCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAG‑GCGACATAGTCGAATTCGCCGCTTACCGCACACAGCTGCTGCACCTGGCCCATGGCACTCAGGCGCCGcaccac > 7:332043/1‑143 (MQ=255) aCCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAG‑GCGACATAGTCGAATTCGCCGCTTACCGCACACAGCTGCTGCACCTGGCCCATGGCACTCAGGCGCCGcaccac < 8:332043/143‑1 (MQ=255) cccGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAG‑GCGACATAGTCGAATTCGCCGCTTACCGCACACAGCTGCTGCACCTGGCCCATGGCACTCAGGCGCCGCACCACGTCCTTGc < 8:221012/149‑1 (MQ=255) ccGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAG‑GCGACATAGTCGAATTCGCCGCTTACCGCACACAGCTGCTGCACCTGGCCCATGGCACTCAGGCGCCGCACCACGTCCTTGcc > 6:285782/1‑149 (MQ=255) acacTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAG‑GCGACATAGTCGAATTCGCCGCTTACCGCACACAGCTGCTGCACCTGGCCCATGGCACTCAGGCGCCGCACCACGTCCTTGCCGGAGCg > 2:77010/1‑149 (MQ=255) acTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAG‑GCGACATAGTCGAATTCGCCGCTTACCGCACACAGCTGCTGCACCTGGCCCATGGCACTCAGGCGCCGCACCACGTCCTTGCCGGAGCGTg < 4:343666/149‑1 (MQ=255) tcataaTCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAG‑GCGACATAGTCGAATTCGCCGCTTACCGCACACAGCTGCTGCACCTGGCCCATGGCACTCAGGCGCCGCACCACGTCCTTGCCGGAGCGTGGc < 8:165389/145‑1 (MQ=255) tGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAG‑GCGACATAGTCGAATTCGCCGCTTACCGCACACAGCTGCTGCACCTGGCCCATGGCACTCAGGCGCCGCACCACGTCCTTGCCGGAGCGTGGc > 8:85781/1‑149 (MQ=255) aaTCTGGTCGAGCAACTGATCGAGCTGCTCGGGGGAGTCCGTACGCAGCCAG‑GCGACATAGTCGAATTCGCCGCTTACCGCACACAGCTGCTGCACCTGGCCCATGGCACTCAGGCGCCGCACCACGTCCTTGCCGGAGCGTGGCTGc < 6:85232/148‑1 (MQ=255) aaTCAGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAG‑GCGACATAGTCGAAATCGCCGCTTACCGCACACAGCTGCAGCACCTGGCCCATGGCACTCAGGCGCCGCACCACGTCCTTGCCGGAGCGAGGCTGc > 5:85232/1‑148 (MQ=255) gcccGAGCAGCTGGATCAGTTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAG‑GCGACATAGTCGAATTCGCCGCTTACCGCACACAGCTGCTGCACCTGGCCCATGGCACTCAGGCGCCGCACCACGTCCTTGCCGGAGCGTGGCTGCACCtt > 6:255207/4‑148 (MQ=255) gTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAG‑GCGACATAGTCGAATTCGCCGCTTACCGCACACAGCTGCTGCACCTGGCCCATGGCACTCAGGCGCCGCACCACGTCCTTGCCGGAGCGTGGCTGCACCtt < 2:118904/147‑1 (MQ=255) gTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAG‑GCGACATAGTCGAATTCGCCGCTTACCGCACACAGCTGCTGCACCTGGCCCATGGCACTCAGGCGCCGCACCACGTCCTTGCCGGAGCGTGGCTGCACCtt < 1:12990/147‑1 (MQ=255) aGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAG‑GCGACATAGTCGAATTCGCCGCTTACCGCACACAGCTGCTGCACCTGGCCCATGGCACTCAGGCGCCGCACCACGTCCTTGCCGGAGCGTGGCTGCACCTTGATccc > 1:108318/1‑149 (MQ=255) | CCCGCTCCTACAACCGGCCTCATCGATAACCCCACCCGAGCGCCAGCCCGTTCAAAGCGGCTGTCCACGGTCCACCTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAG‑GCGACATAGTCGAATTCGCCGCTTACCGCACACAGCTGCTGCACCTGGCCCATGGCACTCAGGCGCCGCACCACGTCCTTGCCGGAGCGTGGCTGCACCTTGATCCC > NC_002947/465299‑465586 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |