Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 505,105 | T→C | 7.5% | L163L (TTG→CTG) | PP_0416 → | phosphoglycolate phosphatase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 505,105 | 0 | T | C | 7.5% | 146.4 / 2.8 | 53 | L163L (TTG→CTG) | PP_0416 | phosphoglycolate phosphatase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (22/27); new base C (2/2); total (24/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.00e-01 |
CGCAAGCAGGGCGTGGAGATGGCGCTGATCACCAACAAGCCTGAGCGCTTTGTTGGCCCGCTGCTGGACCAGATGAAGATCGGTAATTTCTTCCGCTGGATCATTGGTGGCGACACCTTGCCGCAGAAAAAGCCCGACCCGGCGGCGTTGCTGTTCGTCATGCAGATGGCCGGTGTCACCCCGCAGCAGTCCCTGTTTGTCGGTGATTCGCGCAGTGACGTGCAGGCGGCCAAGGCGGCTGGCGTGCAATGCGTGGGCCTGACCTACGGCTATAACCAT > NC_002947/504958‑505236 | cgcAAGCAGGGCGTGGAGATGGCGCTGATCACCAACAAGCCTGAGCTCTTTGTTGGCCCGCTGCTTGACCAGATGAAGATCGGTAATTTCTTCCGCTGGATCATTGGTTGCGACACCTTGCAGCAGAAAAAGCCCGACCCGGCGGCGtt < 3:119172/149‑1 (MQ=255) cgcAAGCAGGGCGTGGAGATGGCGCTGATCACCAACAAGCCTGAGCGCTTTGTTGGCCCGCTGCTGGACCAGATGAAGATCGGTAATTTCTTCCGCTGGATCATTGGTGGCGACACCTTGCCGCAGAAAAAGCCCGACCCGGCGGCGtt < 5:6302/149‑1 (MQ=255) cgcAAGCAGGGCGTGGAGATGGCGCTGATCACCAACAAGCCTGAGCGCTTTGTTGGCCCGCTGCTGGACCAGATGAAGATCGGTAATTTCTTCCGCTGGATCATTGGTGGCGACACCTTGCCGCAGAAAAAGCCCGACCCGGCGGCGt > 5:34456/1‑148 (MQ=255) cgcAAGCAGGGCGTGGAGATGGCGCTGATCACCAACAAGCCTGAGCGCTTTGTTGGCCCGCTGCTGGACCAGATGAAGATCGGTAATTTCTTCCGCTGGATCATTGGTGGCGACACCTTGCCGCAGAAAAAGCCCGACCCGGCGGCGt < 6:34456/148‑1 (MQ=255) aaGCAGGGCGTGGAGATGGCGCTGATCACCAACAAGCCTGAGCGCTTTGTTGGCCCGCTGCTGGACCAGATGAAGATCGGTAATTTCTTCCGCTGGATCATTGGTGGCGACACCTTGCCGCAGAAAAAGCCCGACCCGGCGGCGTTGCt > 5:212095/1‑149 (MQ=255) aGGGCGTGGAGATGGCGCTGATCACCAACAAGCCTGAGCGCTTTGTTGGCCCGCTGCTGGACCAGATGAAGATCGGTAATTTCTTCCGCTGGATCATTGGTGGCGACACCTTGCCGCAGAAAAAGCCCGACCCGGCGGCGTTGCTGTTc > 7:164556/1‑149 (MQ=255) gagaTGGCGCTGATCACCAACAAGCCTGAGCGCTTTGTTGGCCCGCTGCTGGACCAGATGAAGATCGGTAATTTCTTCCGCTGGATCATTGGTGGCGACACCTTGCCGCAGAAAAAGCCCGACCCGGCGGCGTTGCTGTTCGTCATGc < 3:351366/148‑1 (MQ=255) gcTGATCACCAACAAGCCTGAGCGCTTTGTTGGCCCGCTGCTGGACCAGATGAAGATCGGTAATTTCTTCCGCTGGATCATTGGTGGCGACACCTTGCCGCAGAAAAAGCCCGACCCGGCGGCGTTGCTGTTCGTCATGCAGATGGCCg < 7:290259/149‑1 (MQ=255) ccAACAAGCCTGAGCGCTTTGTTTGACCGCTGCTGGAGCTTTTGAAGATCGGTAATTTCTTCCGCTGGATCATTGGTGGCGACACCTTGCCGCAGAAAAAGCCCGACCCGGAGGCGTTGCTGTTCGTCATGCAGATGGCCGGTGTCAcc < 1:297899/149‑1 (MQ=255) caacaaGCCTGAGCGCTTTGTTGGCCCGCTGCTGGACCAGATGAAGATCGGTAATTTCTTCCGCTGGATCATTGGTGGCGACACCTTGCCGCAGAAAAAGCCCGACCCGGCGGCGTTGTTGTTCGTCATGCAGATGGCCGGTGTCAccc > 6:202847/1‑149 (MQ=255) caaGCCTGAGCGCTTTGTTGGCCCGCTGCTGGACCAGATGAAGATCGGTAATTTCTTCCGCTGGATCATTGGTGGCGACACCTTGCCGCAGAAAAAGCCCGACCCGGCGGCGTTGTTGTTCGTCATGCAGATGGCCGGTGTCACCCCgc < 5:202847/149‑1 (MQ=255) ccTGAGCGCTTTGTTGGCCCGCTGCTGGACCAGATGAAGATCGGTAATTTCTTCCGCTGGATCATTGGTGGCGACACCTTGCCGCAGAAAAAGCCCGACCCGGCGGCGTTGCTGTTCGTCATGCAGATGGCCGGTGTCACCCCgcag > 6:169412/1‑147 (MQ=255) ccTGAGCGCTTTGTTGGCCCGCTGCTGGACCAGATGAAGATCGGTAATTTCTTCCGCTGGATCATTGGTGGCGACACCTTGCCGCAGAAAAAGCCCGACCCGGCGGCGTTGCTGTTCGTCATGCAGATGGCCGGTGTCACCCCgcag > 3:120482/1‑147 (MQ=255) gAGCGCTTTGTTGGCCCGCTGCTGGACCAGATGAAGATCGGTAATTTCTACCGCTGGATCATTGGTGGCGACACCTTGCCGCAGAAAAAGCCCGACCCGGCGGCGTTGCTGTTCGTCATGCAGATGGCCGGTGTCACCCCGCAGCAGTc > 3:191061/1‑149 (MQ=255) gcgcTTTGTTGGCCCGCTGCTGGACCAGATGAAGATCGGTAATTTCTTCCGCTGGATCATTGGTGGCGACACCTTGCCGCAGAAAAAGCCCGACCCGGCGGCGTTGCTGTTCGTCATGCAGATGGCCGGTGTCACCCCGCAGCAGTccc > 3:180963/1‑149 (MQ=255) ccGCTGCTGGACCAGATGAAGATCGGTAATTTCTTCCGCTGGATCATTGGTGGCGACACCTTGCCGCAGAAAAAGCCCGACCCGGCGGCGTTGCTGTTCGTCATGCAGATGGCCGGTGTCACCCCGCAGCAGTCCCTGTTTGTc > 2:283151/1‑144 (MQ=255) ccGCTGCTGGACCAGATGAAGATCGGTAATTTCTTCCGCTGGATCATTGGTGGCGACACCTTGCCGCAGAAAAAGCCCGACCCGGCGGCGTTGCTGTTCGTCATGCAGATGGCCGGTGTCACCCCGCAGCAGTCCCTGTTTGTc < 1:283151/144‑1 (MQ=255) ctgGACCAGATGAAGATCGGTAAATTCTTCCGCTGGATCATTGGTGGCGACACCTTGCCGCAGAAAAAGCCCGACCCGGCGGCGTTGCTGTTCGTCATGCAGATGGCCGGTGTCACCCCGCAGCAGTCCCTGTTTGTCGGTGATTcgc < 6:212095/148‑1 (MQ=255) ggACCAGATGAAGATCGGTAATTTCTTCCGCTGGATCATTGGTGGCGACACCTTGCCGCAGAAAAAGCCCGACCCGGCGGCGTTGCTGTTCGTCATGCAGATGGCCGGTGTCACCCCGCAGCAGTCCCTGTTTGTCGGTGATTcgcg > 6:186460/1‑147 (MQ=255) gACCAGATGAAGATCGGTAATTTCTTCCGCTGGATCTTTGGTGGCGACACCTTGCCGCAGAAAAAGCCCGACCCGGCGGCGTTGCTGTTCGTCATGCAGATGGCCGGTGTCACCCCGCAGCAGTcc < 2:262837/126‑1 (MQ=255) gACCAGATGAAGATCGGTAATTTCTTCCGCTGGATCTTTGGTGGCGACACCTTGCCGCAGAAAAAGCCCGACCCGGCGGCGTTGCTGTTCGTCATGCAGATGGCCGGTGTCACCCCGCAGCAGTcc > 1:262837/1‑126 (MQ=255) ccAGATGAAGATCGGTAATTTCTTCCGCTGGATCATTGGTGGCGACACCTTGCCGCAGAAAAAGCCCGACCCGGCGGCGTTGCTGTTCGTCATGCAGATGGCCGGTGTCACCCCGCAGCAGTCCCTGTTTGTCGGTGATTCGCGCAGTg < 8:164556/149‑1 (MQ=255) gATGAAGATCGGTAATTTCTTCCGCTGGATCATTGGTGGCGACACCTTGCCGCAGAAAAAGCCCGACCCGGCGGCGTTGCTGTTCGTCATGCAGATGGCCGgt > 2:313260/1‑103 (MQ=255) gATGAAGATCGGTAATTTCTTCCGCTGGATCATTGGTGGCGACACCTTGCCGCAGAAAAAGCCCGACCCGGCGGCGTTGCTGTTCGTCATGCAGATGGCCGgt < 1:313260/103‑1 (MQ=255) tGAAGATCGGTAATTTCTTCCGCTGGATCATTGGTGGCGACACCTTGCCGCAGAAAAAGCCCGACCCGGCGGCGTTGCTGTTCGTCATGCAGATGGCCGGTGTCACCCCGCAGCAGTCCCTGTTTGTCGGTGATTCGCGCAGTGACGTg < 7:294565/149‑1 (MQ=255) tGAAGATCGGTAATTTCTTCCGCTGGATCATTGGTGGCGACACCTTGCCGCAGAAAAAGCCCGACCCGGCGGCGTTGCTGTTCGTCATGCAGATGGCCGGTGTCACCCCGCAGCAGTCCCTGTTTGTCGGTGATTCGCGCAGTGACGTg < 4:253456/149‑1 (MQ=255) gAAGATCGGTAATTTCTTCCGCTGGATCATTGGTGGCGACACCTTGCCGCAGAAAAAGCCCGACCCGGCGGCGTTGCTGTTCGTCATGCGGATGGCCGGTGTCACCCCGCAGCAGTCCCTGTTTGTCGGTGATTCGCGCAGTGACGTGc > 7:84916/1‑149 (MQ=255) aaGATCGGTAATTTCTTCCGCTGGATCATTGGTGGCGACACCTTGCCGCAGAAAAAGCCCGACCCGGCGGCGTTGCTGTTCGTCATGCAGATGGCCGGTGTCACCCCGCAGCAGTCCCTGTTTGTCGGTGATTCGCGCAGTGACGTGc < 3:289752/148‑1 (MQ=255) aGATCGGTAATTTCTTCCGCTGGATCATTGGTGGCGACACCTTGCCGCAGAAAAAGCCCGACCCGGCGGCGCTGCTGTTCGTCATGCAGATGGCCGGTGTCACCCCGCAGCAGTccc < 3:331351/117‑1 (MQ=255) aGATCGGTAATTTCTTCCGCTGGATCATTGGTGGCGACACCTTGCCGCAGAAAAAGCCCGACCCGGCGGCGCTGCTGTTCGTCATGCAGATGGCCGGTGTCACCCCGCAGCAGTccc > 4:331351/1‑117 (MQ=255) aGATCGGTAATTTCTTCCGCTGGATCATTGGTGGCGACACCTTGCCGCAGAAAAAGCCCGACCCGGCGGCGCTGCTGTTCGTCATGCAGATGGCCGGTGTCACCCCGCAGCAGTccc > 4:326106/1‑117 (MQ=255) aGATCGGTAATTTCTTCCGCTGGATCATTGGTGGCGACACCTTGCCGCAGAAAAAGCCCGACCCGGCGGCGCTGCTGTTCGTCATGCAGATGGCCGGTGTCACCCCGCAGCAGTccc < 3:326106/117‑1 (MQ=255) tCGGTAATTTCTTCCGCTGGATCATTGGTGGCGACACCTTGCCGCAGAAAAAGCCCGACCCGGCGGCGTTGCTGTTCGTCATGCAGATGGCCGGTGTCACCCCGCAGCAGTCCCTGTTTGTCGGTGATTCGCGCAGTGACGTGCAggcg < 4:120482/149‑1 (MQ=255) aTTTCTTCCGCTGGATGATTGGTGGCGACTCCTTGCCGCAGAATATGGCCGACCCGGCGGCGTTGCTGTTCGTCATGCAGATGGCCGGTGTCACCCCGCAGCAGTCCCTGTTTGTCGGTGATTCGCGCAGTGACGTGCAGGCGGCCTAg < 4:191061/149‑1 (MQ=255) cGCTGGATCATTGGTGGCGACACCTTGCCGCAGAAAAAGCCCGACCCGGCGGCGTTGCTGTTCGTCATGCAGATGGCCGGTGTCACCCCGCAGCAGTCCCTGTTTGTCGGTGATTCGCGCAGTGACGTGCAGGCGGCCAAGGCGGCTg < 5:186460/148‑1 (MQ=255) gATCATTGGTGGCGACACCTTGCCGCAGAAAAAGCCCGACCCGGCGGCGTTGCTGTTCGTCATGCAGATGGCCGGTGTCACCCCGCAGCAGTCCCTGTTTGTCGGTGATTCGCGCAGTGACGTGCAGGCGGCCAAGGCGTCTGGCGTGc < 5:169412/149‑1 (MQ=255) gATCATTGGTGGCGACACCTTGCCGCAGAAAAAGCCCGACCCGGCGGCGTTGCTGTTCGTCATGCAGATGGCCGGTGTCACCCCGCAGCAGTCCCTGTTTGTCGGTGATTCGCGCAGTGACGTGCAGGCGGCCAAGGCGGCTGGCGt < 6:61600/147‑1 (MQ=255) aTTGGTGGCGACACCTTGCCGCAGAAAAAGCCCGACCCGGCGGCGTTGCTGTTCGTCATGCAGATGGCCGGTGTCACCCCGCAGCAGTCCCTGTTTGTCGGTGATTCGCGCAGTGACGTGCAGGCGGCCAAGGCGGCTGGCGTGCAATg > 7:38835/1‑149 (MQ=255) gtggCGACACCTTGCCGCAGAAAAAGCCCGACCCGGCGGCGTTGCTGTTCGTCATGCAGATGGCCGGTGTCACCCCGCAGCAGTCCCTGTTTGTCGGTGATTCGCGCAGTGACGTGCAGGCGGCCaa < 1:253783/127‑1 (MQ=255) gtggCGACACCTTGCCGCAGAAAAAGCCCGACCCGGCGGCGTTGCTGTTCGTCATGCAGATGGCCGGTGTCACCCCGCAGCAGTCCCTGTTTGTCGGTGATTCGCGCAGTGACGTGCAGGCGGCCaa > 2:253783/1‑127 (MQ=255) gCGACACCTTGCCGCAGAAAAAGCCCGACCCGGCGGCGTTGCTGTTc > 1:49846/1‑47 (MQ=255) gCGACACCTTGCCGCAGAAAAAGCCCGACCCGGCGGCGTTGCTGTTc < 2:49846/47‑1 (MQ=255) acCTTGCCGCAGAAAAAGCCCGACCCGGCGGCGTTGCTGTTCGTCATGCAGATGGCCGGTGTCACCCCGCAGCAGTCCCTGTTTGTCGGTGATTCGCGCAGTGACGTGCAGGCGGCCAAGGCGGCTGGCGTGCAATGCGTGGGCCTGAc > 1:77365/1‑149 (MQ=255) cTTGCCGCAGAAAAAGCCCGACCCGGCGGCGTTGCTGTTCGTCATGCAGATGGCCGGTGTCACCCCgcagca > 5:353641/1‑72 (MQ=255) cTTGCCGCAGAAAAAGCCCGACCCGGCGGCGTTGCTGTTCGTCATGCAGATGGCCGGTGTCACCCCgcagca < 6:353641/72‑1 (MQ=255) cTTGCCGCAGAAAAAGCCCGACCCGGCGGCGTTGCTGTTCGTCATGCAGATGGCCGGTGTCACCCCGCAGCAGTCCCTGTTTGTCGGTGATTCGCGCAGTGACGTGCAGGCGGCCAAGGCGGCTGGCGTGCAATGCGTGGGCCTGAcc > 2:190974/1‑148 (MQ=255) gCAGAAAAAGCCCGACCCGGCGGCGTTGCTGTTCGTCATGCAGATGGCCGGTGTCACCCCGCAGCAGTCCCTGTTTGTCGGTGATTCGCGCAGTGACGTGCAGGCGGCCAAGGCGGCTGGCGTGCAATGCGTGGGCCTGACCTACGGCt < 8:38835/149‑1 (MQ=255) cAGAAAAGGCCCGACCCGGCGGCGTTGCTGTTCGTCATGCAGATGGCCGGTGTCACCCCGCAGCAGTCCCTGTTTGTCGGTGATTCGCGCAGTGACGTGCAGGCGGCCAAGGCGGCTGGCGTGCAATGCGTGGGCCTGACCTACGGCt < 8:160712/148‑1 (MQ=255) cAGAAAAGGCCCGACCCGGCGGCGTTGCTGTTCGTCATGCAGATGGCAGGTGTCACCCCGCAGCAGTCCCTGTTTGTCGGTGATTCGCGCAGTGACGTGCAGGCGGCCAAGGCGGCTGGCGTGCAATGCGTGGGCCTGACCTACGGCt > 7:160712/1‑148 (MQ=255) gAAAAAGCCCGACCCGGCGGCGTTGCTGTTCGTCATGCAGATGGCCGGTGTCACCCCGCAGCAGTCCCTGTTTGTCGGTGATTCGCGCAGTGAc < 6:76076/94‑1 (MQ=255) gAAAAAGCCCGACCCGGCGGCGTTGCTGTTCGTCATGCAGATGGCCGGTGTCACCCCGCAGCAGTCCCTGTTTGTCGGTGATTCGCGCAGTGAc > 5:76076/1‑94 (MQ=255) aaaGCCCGACCCGGCGGCGTTGCTGTTCGTCCTGCAGCTGGCCGGTGTCCCCCCGCAGCAGTCCCTGTTTGTCGGTGATTCGCGCAGTGACGTGCAGGCGGCCACGGCGGCTGGCGTGCAATGCGTGGGCCTGACCTACGGc > 5:165354/1‑142 (MQ=255) aaaGCCCGACCCGGCGGCGTTGCTGTTCGTCATGCAGATGGCCGGTGTCACCCCGCAGCAGTCCCTGTTTGTCGGTGATTCGCGCAGTGACGTGCAGGCGGCCAAGGCGGCTGGCGTGCAATGCGTgg < 2:183747/128‑1 (MQ=255) aaaGCCCGACCCGGCGGCGTTGCTGTTCGTCATGCAGATGGCCGGTGTCACCCCGCAGCAGTCCCTGTTTGTCGGTGATTCGCGCAGTGACGTGCAGGCGGCCAAGGCGGCTGGCGTGCAATGCGTgg > 1:183747/1‑128 (MQ=255) aaaGCCCGACCCGGCGGCGTTGCTGTTCGTCATGCAGATGGCCGGTGTCACCCCGCAGCAGTCCCTGTTTGTCGGTGATTCGCGCAGTGACGTGCAGGCGGCCAAGGCGGCTGGCGTGCAATGCGTGGGCCTGACCTACGGc < 6:165354/142‑1 (MQ=255) aaaGCCCGACCCGGCGGCGTTGCTGTTCGTCATGCAGATGGCCGGTGTCACCCCGCAGCAGTCCCTGTTTGTCGGTGATTCGCGCAGTGACGTGCAGGCGGCCAAGGCGGCTGGCGTGCAATGCGTGGGCCTGACCTACGGCTATAAcc < 1:309765/149‑1 (MQ=255) aGCCCGACCCGGCGGCGTTGCTGTTCGTCATGCAGATGGCCGGTGTCACCCCGCAGCAGTCCCTGTTTGTCGGTGATTCGCGCAGTGACGTGCAGGCGGCCAAGGCGGCTTGCGTGCAATGCGTGGGCCTGACCTACGGCTATAACCAt < 3:213034/149‑1 (MQ=255) | CGCAAGCAGGGCGTGGAGATGGCGCTGATCACCAACAAGCCTGAGCGCTTTGTTGGCCCGCTGCTGGACCAGATGAAGATCGGTAATTTCTTCCGCTGGATCATTGGTGGCGACACCTTGCCGCAGAAAAAGCCCGACCCGGCGGCGTTGCTGTTCGTCATGCAGATGGCCGGTGTCACCCCGCAGCAGTCCCTGTTTGTCGGTGATTCGCGCAGTGACGTGCAGGCGGCCAAGGCGGCTGGCGTGCAATGCGTGGGCCTGACCTACGGCTATAACCAT > NC_002947/504958‑505236 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |