Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 600,244 | T→G | 8.2% | V24G (GTC→GGC) | nrdR → | DNA‑binding transcriptional repressor NrdR |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 600,244 | 0 | T | G | 8.2% | 145.2 / 4.1 | 49 | V24G (GTC→GGC) | nrdR | DNA‑binding transcriptional repressor NrdR |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/21); new base G (2/2); total (26/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.68e-01 |
GGGCATATTTCCCATGGATGTTAACCCCTTTGGCTTGTCTTGCCAGTGCAATGCGCTACCATGGCCCTCCCTTTTTTTGTTGCCTGCCACCATGCACTGTCCCTTTTGCGGTGCCAACGACACCAAGGTCATCGACTCTCG‑CCTCGTCGCCGAGGGCGAGCAGGTGCGCCGCCGCCGTGAATGCGTGGCCTGCGGCGAGCGCTTCACCACCTTCGAAACCGCCGAGCTGGTGCTGCCCCGGCTGATCAAGCAGGACGGCACGCGCCAGCCCTTCGACGAAGAAAAGCTGCGCGC > NC_002947/600098‑600391 | gggCATATTTCCCATGGATGTTAACCCCTTTGGCTTGTCTTGCCAGTGCAATGCGCTACCATGGCCCTCCCTTTTTTTGTTGCCTGCCACCATGCACTGTCCCTTTTGCGGTGCCAACGACACCAAGGTCATCGACTCTCG‑CCtcgtcg > 1:153338/1‑149 (MQ=255) tatTTCCCATGGATGTTAACCCCTTTGGCTTGTCTTGCCAGTGCAATGCGCTACCATGGCCCTCCCTTTTTTTGTTGCCTGCCACCATGCACTGTCCCTTTTGCGGTGCCAACGACACCAAGGTCATCGACTCTCG‑CCTCGTCGCCGAg < 6:176248/149‑1 (MQ=255) tCCCATTGATGTTTAAGCCTTTGGATTGTCTTGGCAGTGCAATGCGCTACCATGGCCCTCCCTTTTTTTGTTGCCTGCCACCTTGCACTGTCCCTTTTGGGTTGCCAACGACACCATGGTCATCGACTCTCG‑CCTCGTCGCCTATGGc < 6:222424/148‑1 (MQ=255) tCCCATGGATGTCAACCCCTTTGGCTTGTCTTGCCAGTGCAATGCGCTACCCTGGCCCTCCCTTTTTTTGTTGCCTGCCACCATGCACTGTCCCTTTTGCGGTGCCAACGACACCAAGGTCATCGACTCTCG‑CCTCGTCGCCGAGGGc < 6:341077/148‑1 (MQ=255) ccATGGATGTTAACCCCTTTGGCTTGTCTTGCCAGTGCAATGCGCTACCATGGCCCTCCCTTTTTTTGTTGCCTGCCACCATGCACTGTCCCTTTTGCGGTGCCAACGACACCAAGGTCATCGACTCTCG‑CCTCGTCGCCGAGGGCGAg > 2:127705/1‑149 (MQ=255) tGGATGTTAACCCCTTTGGCTTGTCTTGCCAGTGCAATGCGCTACCATGGCCCTCCCTTTTTTTGTTGCCTGCCACCATGCACTGTCCCTTTTGCGGTGCCAACGACACCAAGGTCATCGACTCTCGCCCTCGGCGACGAggcgagagt < 7:239668/149‑8 (MQ=255) ttAACCCCTTTGGCTTGTCTTGCCAGTGCAATGCGCTACCATGGCCCTCCCTTTTTTTGTTGCCTGCCACCATGCACTGTCCCTTTTGCGGTGCCAACGACACCAAGGTCATCGACTCTCG‑CCTCGTCGCCGAGGGCGAGCAGGTgcg < 8:232373/148‑1 (MQ=255) cTTTGGCTTGTCTTGCCAGTGCAATGCGCTACCATGGCCCTCCCTTTTTTTGTTGCCTGCCACCATGCACTGTCCCTTTTGCGGTGCCAACGACACCAAGGTCATCGACTCTCG‑CCTCGTCGCCGAGGGCGAGCAGGTGCgccgccgcc > 6:284175/1‑149 (MQ=255) ggCTTGTCTTGCCAGTGCAATGCGCTACCATGGCCCTCCCTTTTTTTGTTGCCTGCCACCATGCACTGTCCCTTTTGCGGTGCCAACGACACCAAGGTCATCGACTCTCG‑CCTCGTCGCCGAGGGCGAGCAGGTGCGCCGCCGCCGTg < 5:284175/148‑1 (MQ=255) cTTGTCTTGCCAGTGCAATGCGCTACCATGGCCCTCCCTTTTTTTGTTGCCTGCCACCATGCACTGTCCCTTTTGCGGTGCCAACGACACCAAGGTCATCGACTCTCG‑CCTCGTCGCCGAGGGCGAGCAGGTGCGCCGCCGCCGTGAAt > 5:352489/1‑149 (MQ=255) gTCTTGCCAGTGCAATGCGCTACCATGGCCCTCCCTTTTTTTGTTGCCTGCCACCATGCACTGTCCCTTTTGCGGTGCCAACGACACCAAGGTCATCGACTCTCG‑CCTCGTCGCCGAGGGCGAGCAGGTGCGccgccgccg > 5:76475/1‑141 (MQ=255) gTCTTGCCAGTGCAATGCGCTACCATGGCCCTCCCTTTTTTTGTTGCCTGCCACCATGCACTGTCCCTTTTGCGGTGCCAACGACACCAAGGTCATCGACTCTCG‑CCTCGTCGCCGAGGGCGAGCAGGTGCGccgccgccg < 6:76475/141‑1 (MQ=255) gTCTTGCCAGTGCAATGCGCTACCATGGCCCTCCCTTTTTTTGTTGCCTGCCACCATGCACTGTCCCTTTTGCGGTGCCAACGACACCAAGGTCATCGACTCTCG‑CCTCGTCGCCGAGGGCGAGCAGGTGCGCCGCCGCCGTGAATGCg > 2:58530/1‑149 (MQ=255) tGCAATGCGCTACCATGGCCCTCCCTTTTTTTGTTGCCTGCCACCATGCACTGTCCCTTTTGCGGTGCCAACGACACCAAGGTCATCGACTCTCG‑CCTCGTCGCCGAGGGCGAGCAGGTGCGCCGCCGCCGTGAATGCGTGGCCTgcgg < 7:19205/149‑1 (MQ=255) gCAATGCGCTACCATGGCCCTCCCTTTTTTTGTTGCCTGCCACCATGCACTGTCCCTTTTGCGGTGCCAACGACACCAAGGTCATCGACTCTCG‑CCTCGTCGCCGAGGGCGAGCAGGTGCGCCGCCGCCGTGAATGCGTGGCCTgcggc > 3:102443/1‑149 (MQ=255) ccATGGCCCTCCCTTTTTTTGTTGCCTGCCACCATGCACTGTCCCTTTTGCGGTGCCAACGACACCAAGGTCATCGACTCTCG‑CCTCGTCGCCGAGGGCGAGCAGGTGCGCCGCCGCCGTGAATGCGTGGCCTGCGGCGAGCGCTTc < 6:352489/147‑1 (MQ=255) ccATGGCCCGCCGATTTTTTGTTGCCTGCCACCATGCACTGTCCCTTTTGCGGTGCCAACGACACCAAGGTCATCGACTCTCG‑CCTCGTCGCCGAGGGCGAGCAGGTGCGCCGCCGCCGTGAATGCGTGGCCTGCGGCGAGCGCTTcac < 4:197704/149‑1 (MQ=255) cATGGCCCTCCCTTTTTTTGTTGCCTGCCACCATGCACTGTCCCTTTTGCGGTGCCAACGACACCAAGGTCATCGACTCTCG‑CCTCGTCGCCGAGGGCGAGCAGGTGCGCCGCCGCCGTGAATGCGTGGCCTGCGGCGAGCGCTTcac > 5:281821/1‑148 (MQ=255) cctTTTTTTGTTGCCTGCCACCATGCACTGTCCCTTTTGCGGTGCCAACGACACCAAGGTCATCGACTCTCG‑CCTCGTCGCCGAGGGCGAGCAGGTGCGCCGCCGCCGTGAATGCGTGGCCTGCGGCGAGCGCTTCACCACCTTCGaa < 2:153338/148‑1 (MQ=255) tttttttGTTGCCTGCCACCATGCACTGTCCCTTTTGCGGTGCCAACGACACCAAGGTCATCGACTCTCG‑CCTCGTCGCCGAGGGCGAGCAGGTgc > 2:177070/1‑96 (MQ=255) tttttttGTTGCCTGCCACCATGCACTGTCCCTTTTGCGGTGCCAACGACACCAAGGTCATCGACTCTCG‑CCTCGTCGCCGAGGGCGAGCAGGTgc < 1:177070/96‑1 (MQ=255) tttttttGTTGCCTGCCACCATGCACTGTCCCTTTTGCGGTGCCAACGACACCAAGGTCATCGACTCTCG‑CCTCGTCGCCGAGGGCGAGCAGGTGCGCCGCCGCCGTGAATGCGTGGCCTGCGGCGAGCGCTTCACCACCTTCGAAAcc > 6:137511/1‑149 (MQ=255) tttttGTTGCCTGCCACCATGCACTGTCCCTTTTGCGGTGCCAACGACACCAAGGTCATCGACTCTCG‑CCTCGTCGCCGAGGGCGAGCAGGTGCGCCGCCGCCGTGAATGCGTGGCCTGCGGCGAGCGCTTCACCACCTTCGAAAccg < 6:281821/148‑1 (MQ=255) ttgttgCCTGCCACCATGCACTGTCCCTTTTGCGGTGCCAACGACACCAAGGTCATCGACTCTCG‑CCTCGTCGCCGAGGGCGAGCAGGTGCGCCGCCGCCGTGAATGCGTGGCCTGCGGCGAGCGCTTCACCACCTTCGAAAccgcc > 5:140983/1‑147 (MQ=255) ctgccACCATGCACTGTCCCTTTTGCGGTGCCAACGACACCAAGGTCATCGACTCTCG‑CCTCGTCGCCGAGGGCGAGCAGGTGCGCCGCCGCCGTGAATGCGTGGCCTGCGGCGAGCGCTTCACCACCTTCGAAAcc < 4:28239/137‑1 (MQ=255) ctgccACCATGCACTGTCCCTTTTGCGGTGCCAACGACACCAAGGTCATCGACTCTCG‑CCTCGTCGCCGAGGGCGAGCAGGTGCGCCGCCGCCGTGAATGCGTGGCCTGCGGCGAGCGCTTCACCACCTTCGAAAcc > 3:28239/1‑137 (MQ=255) ctgccACCATGCACTGTCCCTTTTGCGGTGCCAACGACACCAAGGTCATCGACTCTCG‑CCTCGTCGCCGAGGGCGAGCAGGTGCGCCGCCGCCGTGAATGCGTGGCCTGCGGCGAGCGCTTCACCACCTTCGAAACCGCCGAGCTGGtg < 4:35260/149‑1 (MQ=255) caccaTGCACTGTCCCTTTTGCGGTGCCAACGACACCAAGGTCATCGACTCTCG‑CCTCGTCGCCGAGGGCGAGCAGGTGCGCCGCCGCCGTGAATGCGTGGCCTGCGGCGAGCGCTTCACCACCTTCGAAACCGCCGAGCTGGtgct < 1:127705/147‑1 (MQ=255) tCCCTTTTGCGGTGCCAACGACACCAAGGTCATCGACTCTCG‑CCTCGTCGCCGAGGGCGAGCAGGTGCGCCGCCGCCGTGAATGCGTGGCCTGCGGCGAGCGCTTCACCACCTTCGAAACCGCCGAGCTGGTGCTGCCCCGGCTGATc > 1:136126/1‑148 (MQ=255) ccTTTTGCGGTGCCAACGACACCAAGGTCATCGACTCTCG‑CCTCGTCGCCGAGGGCGAGCAGGTGCGCCGCCGCCGTGAATGCGTGGCCTGCGGCGAGCGCTTCACCACCTTCGAAACCGCCGAGCTGGTGCTGCCCCGGCTGATCAAg > 2:355696/1‑149 (MQ=255) cTTTTGCGGTGCCAACGACACCAAGGTCATCGACTCTCG‑CCTCGTCGCCGAGGGCGAGCAGGTGCGCCGCCGCCGTGAATGCGTGGCCTGCGGCGAGCGCTTCACCACCTTCGAAACCGCCGAGCTGGTGCTGCCCCGGCTGATCAAg > 3:220425/1‑148 (MQ=255) cTTTTGCGGTGCCAACGACACCAAGGTCATCGACTCTCG‑CCTCGTCGCCGAGGGCGAGCAGGTGCGCCGCCGCCGTGAATGCGTGGCCTGCGGCGAGCGCTTCACCACCTTCGAAACCGCCGAGCTGGTGCTGCCCCGGCTGATCAAGc < 6:140983/149‑1 (MQ=255) ggTGCCAACGACACCAAGGTCATCGACTCTCG‑CCTCGTCGCCGAGGGCGAGCAGGTGCGCCGCCGCCGTGAATGCGTGGCCTGCGGCGAGCGCTTCACCACCTTCGAAACCGCCGAGCTGGTGCTGCCCCGGCTGATCAAGCAGGACgg > 6:231821/1‑149 (MQ=255) tGCCAACGACACCAAGGTCATCGACTCTCG‑CCTCGTCGCCGAGGGCGAGCAGGTGCGCCGCCGCCGTGAATGCGTGGCCTGCGGCGAGCGCTTCACCACCTTCGAAACCGCCGAGCTGGtgctgc < 4:251121/125‑1 (MQ=255) 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cATCGACTCTCG‑CCTCGTCGCCGAGGGCGAGCAGGTGCGCCGCCGCCGTGAATGCGTGGCCTGCGGCGAGCGCTTCACCACCTTCGAAACCGCCGAGCTGGTGCTGCCCCGGCTGATCAAGCAGGACGGCACGCGCCAGCCCTTcgac > 3:13307/1‑148 (MQ=255) tCGACTCTCG‑CCTCGTCGCCGAGGGCGAGCAGGTGCGCCGCCGCCGTGAATGCGTGGCCTGCGGCGAGCGCTTCACCACCTTCGAAACCGCCGAGCTGGTGCTGCCCCGGCTGATCAAGCAGGACGGCACGCGCCAGCCCTTcgacg > 4:223933/1‑147 (MQ=255) tCGACTCTCG‑CCTCGTCGCCGAGGGCGAGCAGGTGCGCCGCCGCCGTGAATGCGTGGCCTGCGGCGAGCGCTTCACCACCTTCGAAACCGCCGAGCTGGTGCTGCCCCGGCTGATCAAGCAGGACGGCACGCGCCAGCCCTTCGACgaa < 5:137511/149‑1 (MQ=255) tctcG‑CCTCGTCGCCGAGGGCGAGCAGGTGCGCCGCCGCCGTGAATGCg < 2:290898/49‑1 (MQ=255) tcgcccTCGGCGACGA‑GGCGAGCAGGTGCGCCGCCGCCGTGAATGCGTGGCCTGCGGCGAGCGCTTCACCACCTTCGAAACCGCCGAGCTGGTGCTGCCCCGGCTGATCAAGCAGGACGGCACGCGCCAGCCCTTCGACGAAGAAAAGc > 5:339674/5‑149 (MQ=255) tcG‑CCTCGTCGCCGAGGGCGAGCAGGTGCGCCGCCGCCGTGAATGCGTGGCCTGCGGCGAGCGCTTCACCACCTTCGAAACCGCCGAGCTGGTGCTGCCCCGGCTGATCAAGCAGGACGGCACGCGCCAGCCCTTCGACGAAGaaaa < 4:304257/147‑1 (MQ=255) tcG‑CCTCGTCGCCGAGGGCGAGCAGGTGCGCCGCCGCCGTGAATGCGTGGCCTGCGGCGAGCGCTTCACCACCTTCGAAACCGCCGAGCTGGTGCTGCCCCGGCTGATCAAGCAGGACGGCACGCGCCAGCCCTTCGACGAAGAAAAGc > 2:221289/1‑149 (MQ=255) cgcccTCGGCGACGA‑GGCGAGCAGGTGCGCCGCCGCCGTGAATGCGTGGCCTGCGGCGAGCGCTTCACCACCTTCGAAACCGCCGAGCTGGTGCTGCCCCGGCTGATCAAGCAGGACGGCACGCGCCAGCCCTTcga > 6:222559/4‑137 (MQ=255) cgcccTCGGCGACGA‑GGCGAGCAGGTGCGCCGCCGCCGTGAATGCGTGGCCTGCGGCGAGCGCTTCACCACCTTCGAAACCGCCGAGCTGGTGCTGCCCCGGCTGATCAAGCAGGACGGCACGCGCCAGCCCTTcga < 5:222559/134‑1 (MQ=255) g‑CCTCGTCGCCGAGGGCGAGCAGGTGCGCCGCCGCCGTGAATGCGTGGCCTGCGGCGAGCGCTTCACCACCTTCGAAACCGCCGAGCTGGTGCTGCCCCGGCTGATCAAGCAGGACGGCACGCGCCAGCCCTTCGACGAAGAAAAGCTg > 4:12994/1‑149 (MQ=255) gtcgCCGAGGGCGAGCAGGTGCGCCGCCGCCGTGAATGCGTGGCCTGCGGCGAGCGCTTCACCACCTTCGAAACCGCCGAGCTGGTGCTGCCCCGGCTGATCAAGCAGGACGGCACGCGCCAGCCCTTCGACGAAGAAAAGCTgcgcgc > 2:322423/1‑149 (MQ=255) | GGGCATATTTCCCATGGATGTTAACCCCTTTGGCTTGTCTTGCCAGTGCAATGCGCTACCATGGCCCTCCCTTTTTTTGTTGCCTGCCACCATGCACTGTCCCTTTTGCGGTGCCAACGACACCAAGGTCATCGACTCTCG‑CCTCGTCGCCGAGGGCGAGCAGGTGCGCCGCCGCCGTGAATGCGTGGCCTGCGGCGAGCGCTTCACCACCTTCGAAACCGCCGAGCTGGTGCTGCCCCGGCTGATCAAGCAGGACGGCACGCGCCAGCCCTTCGACGAAGAAAAGCTGCGCGC > NC_002947/600098‑600391 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |