| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 632,035 | C→G | 13.5% | G469A (GGC→GCC) | aldB‑I ← | aldehyde dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 632,035 | 0 | C | G | 13.5% | 140.7 / 11.6 | 52 | G469A (GGC→GCC) | aldB‑I | aldehyde dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (22/23); new base G (4/3); total (26/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.61e-01 | |||||||||||
GAGCGGGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTCTAGAAGAAGCCCAGCGGATTGATGTCGTAGCTCACCAGCAGGTTCTTGGTCTGCTGATAGTGATCCAGCATCATCTTGTGCGTCTCACGCCCAACCCCCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAGGCACGGTTGATGTCGCGGGTCCACACGCCGGCGCCCAGGCCGAACTCGGTGTCGTTGGCAATTGCCA > NC_002947/631887‑632182 | gAGCGGGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTCTAGAAGAAGCCCAGCGGATTGATGTCGTAGCTCACCAGCAGGTTCTTGGTCTGCTGATAGTGATCCAGCATCATCTTGTGCGTCTCACGCCCAACCCCCGACTTCTTGTACccgc < 7:13113/149‑1 (MQ=255) aGCGGGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTCTAGAAGAAGCCCAGCGGATTGATGTCGTAGCTCACCAGCAGGTTCTTGGTCTGCTGATAGTGATCCAGCATCATCTTGTGCGTCTCACGCCCAACCCCCGACTTCTTGTACccgcc > 2:217456/1‑149 (MQ=255) aCCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTCTAGAAGAAGCCCAGCGGATTGATGTCGTAGCTCACCAGCAGGTTCTTGGTCTGCTGATAGTGATCCAGCATCATCTTGTGCGTCTCACGCCCAACCCCCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCgg < 1:217456/148‑1 (MQ=255) aCCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTCTAGAAGAAGCCCAGCGGATTGATGTCGTAGCTCACCAGCAGGTTATTGGTCTGCTGATAGTGATCCAGCATCATCTTGTGCGTCTACCGCCCAACCCCCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCgg > 5:272644/1‑148 (MQ=255) ccGCGAAGAAGGCGACGCGGTCTAGAAGAAGCCCAGCGGATTGATGTCGTAGCTCACCAGCAGGTTCTTGGTCTGCTGATAGTGATCCGGCATCATCTTGTGCGTCTCACGCCCAACCCCCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCgg > 8:46068/1‑146 (MQ=255) ccGCGAAGAAGGCGACGCGGTCTAGAAGAAGCCCAGCGGATTGATGTCGTAGCTCACCAGCAGGTTCTTGGTCTGCTGATAGTGATCCGGCATCATCTTGTGCGTCTCACGCCCAACCCCCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCgg < 7:46068/146‑1 (MQ=255) cgcgAAGAAGGCGACGCGGTCTAGAAGAAGCCCAGCGGATTGATGTCGTAGCTCACCAGCAGGTTCTTGGTCTGCTGATAGTGATCCAGCATCATCTTGTGCGTCTCACGCCCATCCCCCGACTTCTTGTACCCGCCGTACGCGGCATg > 6:228615/1‑149 (MQ=255) cgcgAAGAAGGCGACGCGGTCTAGAAGAAGCCCAGCGGATTGATGTCGTAGCTCACCAGCAGGTTCTTGGTCTGCTGATAGTGATCCAGCATCATCTTGTGCGTCTCACGCCCAACCCCCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATg > 6:223570/1‑149 (MQ=255) agaagGCGACGCGGTCTAGAAGAAGCCCAGCGGATTGATGTCGTAGCTCACCAGCAGGTTCTTGGTCTGCTGATAGTGATCCAGCATCATCTTGTGCGTCTCACGCCCAACCCCCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCg < 7:329674/149‑1 (MQ=255) gACGCGGTCTAGAAGAAGCCCAGCGGATTGATGTCGTAGCTCACCAGCAGGTTCTTGGTCTGCTGATAGTGATCCAGCATCATCTTGTGCGTCTCACGCCCAACCCCCGACTTCTTGTACCCGGCGCATGCCGCGTTCGGCGGGTACaa < 2:252766/149‑2 (MQ=17) ggTCTAGAAGAAGCCCAGCGGATTGATGTCGTAGCTCACCAGCAGGTTCTTGGTCTGCTGATAGTGATCCAGCATCATCTTGTGCGTCTCACGCCCAACCCCCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAggtggt < 1:258011/149‑1 (MQ=255) tCTAGAAGAAGCCCAGCGGATTGATGTCGTAGCTCACCAGCAGGTTCTTGGACTGCTGATAGTGATCCAGCATCATCTTGTGCGTCTCATGCCCAACCCCCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAg > 7:185260/1‑149 (MQ=255) tAGAAGAAGCCCAGCGGATTGATGTCGTAGCTCACCAGCAGGTTCTTGGTCTGCTGATAGTGATCCAGCATCATCTTGTGCGTCTCACGCCCAACCCCCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAg > 2:214890/1‑147 (MQ=255) gaagaaGCCCAGCGGATTGATGTCGTAGCTCACCAGCAGGTTCTTGGTCTGCTGATAGTGATCCAGCATCATCTTGTGCGGCTCACGCCCAACCCCCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGt < 7:133052/149‑1 (MQ=255) aagCCCAGCGGATTGATGTCGTAGCTCACCAGCAGGTTCTTGGTCTGCTGATAGTGATCCAGCATCATCTTGTGCGTCTCACGCCCAACCCCCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTAc < 8:201033/132‑1 (MQ=255) aagCCCAGCGGATTGATGTCGTAGCTCACCAGCAGGTTCTTGGTCTGCTGATAGTGATCCAGCATCATCTTGTGCGTCTCACGCCCAACCCCCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTAc > 7:201033/1‑132 (MQ=255) agCCCAGCGGATTGATGTCGTAGCTCACCAGCAGGTTCTTGGTCTGCTGATAGTGATCCAGCATCATCTTGTGCGTCTCACGCCCAACCCCCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTc < 5:52939/149‑1 (MQ=255) gATGTCGTAGCTCACCAGCAGGTTCTTGGTCTGCTGATAGTGATCCAGCATCATCTTGTGCGTCTCACGCCCAACCCCCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCa < 4:174149/148‑1 (MQ=255) gTCGTAGCTCACCAGCAGGTTCTTGGTCTGCTGATAGTGATCCAGCATCATCTTGTGCGTCTCACGCCCAACCCCCGACTTCTTGTATCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCt > 6:174345/1‑149 (MQ=255) tCGTAGCTCACCAGCAGGTTCTTGGTCTGCTGATAGTGATCCAGCATCATCTTGTGCGTCTCACGCCCAACCCCCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCgg < 2:328738/110‑1 (MQ=255) tCGTAGCTCACCAGCAGGTTCTTGGTCTGCTGATAGTGATCCAGCATCATCTTGTGCGTCTCACGCCCAACCCCCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCgg > 1:328738/1‑110 (MQ=255) gCTCACCAGCAGGTTCTTGGACTGCTGATAGTGATCCAGCATCATCTTGTGCGTCTCATGCCCAACCCCCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGc < 8:185260/149‑1 (MQ=255) aCCAGCAGGTTCTTGGTCTGCTGATAGTGATCCAGCATCATCTTGTGCGTCTCACGCCCAACCCCCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGcccc < 4:65165/148‑1 (MQ=255) cTTGGTCTGCTGATAGTTATCCAGCATCATCTTGTGCGTCTCACGCCCAACCCCCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGcccc < 5:137312/137‑1 (MQ=255) cTTGGTCTGCTGATAGTTATCCAGCATCATCTTGTGCGTCTCACGCCCAACCCCCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGcccc > 6:137312/1‑137 (MQ=255) tgctgATAGTGATCCAGCATCATCTTGTGCGTCTCACGCCCAACCCCCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAGGCACg > 5:279613/1‑149 (MQ=255) gctgATAGTGATCCAGCATCATCTTGTGCGTCTCACGCCCAACCCCCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAGGCACgg > 8:141737/1‑149 (MQ=255) ctgATAGTGATGCAGCATCATCTTGTGCGTATCACGACCAACCCCCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAGGCACgg < 6:335792/148‑1 (MQ=255) ctgATAGTGATCCAGCATCATCTTGTGCGTCTCACGCCCAACCCCCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAGGCAc < 1:214890/146‑1 (MQ=255) tgATAGTGATCCAGCATCATCTTGTGCGTCTCACGCCCAACCCCCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGt > 5:195804/1‑139 (MQ=255) tgATAGTGATCCAGCATCATCTTGTGCGTCTCACGCCCAACCCCCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGt < 6:195804/139‑1 (MQ=255) aTAGTGATCCAGCATCATCTTGTGCGTCTCACGCCCAACCCCCGACTTCTTGTACCCGCCGAAAGCGGCATGCGCCGGGTACAGCTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCATTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAGGCACgg > 5:335792/1‑145 (MQ=255) aGTGATCCAGCATCATCTTGTGCGTCTCACGCCCAACCCCCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAGGCACGGTTGATg > 1:215493/1‑149 (MQ=255) aTCCAGCTTGATCTTGTGCGTGTCACGCCCAACCCCCGACTTCTTGTACCCTCCGAACGCGACATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAGGCACGGTTGATGTcgc < 8:7447/149‑1 (MQ=18) cAGCATCATCTTGTGCGTCTCACGCCCAACCCCCGACTTCTTGTATCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAGGCACGGTTGATGTCGCgg < 5:174345/148‑1 (MQ=255) aGCATCATCTTGTGCGTCTCACGCCCAACCCCCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAGGCACGGTTGATGTCGCGGGt > 1:187407/1‑149 (MQ=255) catcatCTTGTGCGTCTCACGCCCAACCCCCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAGGCACGGTTGATGTCGCGGGTcc < 2:215493/149‑1 (MQ=255) tcatcTTGTGCGTCTCACGCCCAACCCCCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAGGCACGGTTGATGTCGCGGGTCcac < 5:223570/149‑1 (MQ=255) tcatcTTGTGCGTCTCACGCCCAACCCCCGACTTCTAGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAGGCACGGTTGATGTCGCGGGTCcac < 5:228615/149‑1 (MQ=255) tcACGCCCAACCCCCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAGGCACGGTTGATGTCGCGGGTCCACACGCCGGCGCCCAg > 2:91711/1‑149 (MQ=255) gCCCAACCCCCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAGGCACGGTTGATGTCGCGGGTCCACACGCCGGCGCCCAGGcc > 8:150951/1‑148 (MQ=255) cccccGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGGTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAGGCACGGTTGATGTCGCGGGTCCACACGCCGGCGCCCAGGCCGAACTCg < 2:187407/149‑1 (MQ=255) ccccGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAGGCACGGTTGATGTCGCGGGTCCACACGCCGGCGCCCAGGCCGAACTCgg > 2:123058/1‑149 (MQ=255) cctGTACCCGGCGCATGCCGCGTTCGGCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAGGCACGGTTGATGTCGCGGGTCCACACGCCGGCGCCCAGGCCGAACTCGGTGTCGTTgg > 8:63611/3‑149 (MQ=17) tACCCGGCGCATGCCGCGTTCGGCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAGGCACGGTTGATGTCGCggg > 1:216734/1‑106 (MQ=17) tACCCGGCGCATGCCGCGTTCGGCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAGGCACGGTTGATGTCGCggg > 1:217443/1‑106 (MQ=17) tACCCGGCGCATGCCGCGTTCGGCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAGGCACGGTTGATGTCGCggg < 2:217443/106‑1 (MQ=17) tACCCGGCGCATGCCGCGTTCGGCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAGGCACGGTTGATGTCGCggg < 2:216734/106‑1 (MQ=17) aCCCGGCGCATGCCGCGTTCGGCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAGGCACGGTTGATGTCGCGGGTCCACACGCCGGCGCCCAGGCCGAACTCGGTGTCGTTGGCAAtt > 1:349008/1‑149 (MQ=18) aCCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAGGCACGGTTGATGTCGCGGGTCCACACGCCGGCGCCCAGGCCGAACTCGGTGTCGTTGGCAAtt > 3:240652/1‑149 (MQ=255) aCCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAGGCACGGTTGATGTCGCGGGTCCACACGCCGGCGCCCAGGCCGAACTCGGTGTCGTTGGCAAtt > 6:156364/1‑149 (MQ=255) cccGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGTTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAGGCACGGTTGATGTCGCGGGTCca < 1:269839/108‑1 (MQ=255) cccGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAGGCACGGTTGATGTCGCGGGTCCACACGCCGGCGCCCAGGCCGAACTCGGTGTCGTTGGCAAtt < 5:156364/148‑1 (MQ=255) cccGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAGGAACGGTTGATGTCGCGGGTCca > 2:269839/1‑108 (MQ=255) ccgccgAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAGGCACGGTTGATGTCGCGGGTCCACACGCCGGCGCCCAGGCCGAACTCGGTGTCGTTGGCAATTGc > 5:279171/1‑149 (MQ=255) gccgAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAGGCACGGTTGATGTCGCGGGTCCACACGCCGGCGCCCAGGCCGAACTCGGTGTCGTTGGCAATTGCCa < 6:279613/149‑1 (MQ=255) | GAGCGGGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTCTAGAAGAAGCCCAGCGGATTGATGTCGTAGCTCACCAGCAGGTTCTTGGTCTGCTGATAGTGATCCAGCATCATCTTGTGCGTCTCACGCCCAACCCCCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAGGCACGGTTGATGTCGCGGGTCCACACGCCGGCGCCCAGGCCGAACTCGGTGTCGTTGGCAATTGCCA > NC_002947/631887‑632182 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |